ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49111

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 8, 3, 7, 4, 1, 1, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.001, 0.010, 0.020, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.002, 0.015, 0.029, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.003, 0.018, 0.032, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.018 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.006, 0.035, 0.063, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.035 std_dev=0.028
O4 A 0, 0.027, 0.067, 0.107, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.067 std_dev=0.040
O2' B 0, 0.156, 0.392, 0.627, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.392 std_dev=0.236
C2' B 0, 0.159, 0.468, 0.776, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.468 std_dev=0.309
C3' B 0, 0.027, 0.448, 0.870, 2.566 max_d=2.566 avg_d=0.448 std_dev=0.422
O4' A 0, -0.234, 0.224, 0.682, 2.607 max_d=2.607 avg_d=0.224 std_dev=0.458
C2' A 0, -0.215, 0.274, 0.762, 2.824 max_d=2.824 avg_d=0.274 std_dev=0.488
O3' B 0, -0.120, 0.448, 1.016, 3.487 max_d=3.487 avg_d=0.448 std_dev=0.568
C4' A 0, -0.277, 0.339, 0.955, 3.078 max_d=3.078 avg_d=0.339 std_dev=0.616
C4' B 0, -0.105, 0.547, 1.199, 4.063 max_d=4.063 avg_d=0.547 std_dev=0.652
C3' A 0, -0.265, 0.398, 1.062, 3.107 max_d=3.107 avg_d=0.398 std_dev=0.664
O4' B 0, -0.011, 0.751, 1.512, 3.946 max_d=3.946 avg_d=0.751 std_dev=0.761
C1' B 0, 0.008, 0.833, 1.657, 3.025 max_d=3.025 avg_d=0.833 std_dev=0.824
O2' A 0, -0.322, 0.516, 1.355, 4.393 max_d=4.393 avg_d=0.516 std_dev=0.839
O3' A 0, -0.330, 0.600, 1.531, 3.090 max_d=3.090 avg_d=0.600 std_dev=0.930
O5' A 0, -0.425, 0.535, 1.495, 5.797 max_d=5.797 avg_d=0.535 std_dev=0.960
C5' A 0, -0.485, 0.531, 1.546, 5.811 max_d=5.811 avg_d=0.531 std_dev=1.016
C5' B 0, -0.237, 0.790, 1.817, 5.762 max_d=5.762 avg_d=0.790 std_dev=1.027
O5' B 0, -0.102, 0.938, 1.978, 4.619 max_d=4.619 avg_d=0.938 std_dev=1.040
OP2 A 0, -0.401, 0.901, 2.203, 8.146 max_d=8.146 avg_d=0.901 std_dev=1.302
P A 0, -0.669, 0.709, 2.086, 8.490 max_d=8.490 avg_d=0.709 std_dev=1.377
N9 B 0, -0.207, 1.251, 2.710, 4.486 max_d=4.486 avg_d=1.251 std_dev=1.459
C8 B 0, -0.199, 1.383, 2.965, 4.886 max_d=4.886 avg_d=1.383 std_dev=1.582
P B 0, -0.326, 1.337, 3.000, 6.449 max_d=6.449 avg_d=1.337 std_dev=1.663
OP1 A 0, -0.698, 0.998, 2.693, 10.520 max_d=10.520 avg_d=0.998 std_dev=1.696
OP2 B 0, -0.406, 1.562, 3.530, 6.199 max_d=6.199 avg_d=1.562 std_dev=1.968
OP1 B 0, -0.619, 1.616, 3.851, 8.900 max_d=8.900 avg_d=1.616 std_dev=2.235
C4 B 0, -0.548, 1.694, 3.935, 6.897 max_d=6.897 avg_d=1.694 std_dev=2.241
N7 B 0, -0.489, 1.844, 4.177, 6.923 max_d=6.923 avg_d=1.844 std_dev=2.333
N3 B 0, -0.734, 1.826, 4.386, 7.921 max_d=7.921 avg_d=1.826 std_dev=2.560
C5 B 0, -0.693, 2.023, 4.738, 8.134 max_d=8.134 avg_d=2.023 std_dev=2.716
C2 B 0, -1.046, 2.294, 5.633, 10.289 max_d=10.289 avg_d=2.294 std_dev=3.339
C6 B 0, -1.040, 2.521, 6.082, 10.754 max_d=10.754 avg_d=2.521 std_dev=3.561
N2 B 0, -1.249, 2.528, 6.304, 11.565 max_d=11.565 avg_d=2.528 std_dev=3.776
N1 B 0, -1.187, 2.613, 6.413, 11.650 max_d=11.650 avg_d=2.613 std_dev=3.800
O6 B 0, -1.226, 2.879, 6.985, 12.284 max_d=12.284 avg_d=2.879 std_dev=4.105

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.24 0.02 0.00 0.19 0.18 0.26 0.21
C2 0.02 0.00 0.10 0.23 0.01 0.14 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.13 0.01 0.11 0.12 0.14 0.29 0.15
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.07 0.02 0.13 0.15 0.14 0.03 0.07 0.20 0.01 0.04 0.08 0.02 0.44 0.40 0.53 0.44
C3' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.27 0.01 0.29 0.02 0.26 0.17 0.26 0.30 0.01 0.01 0.29 0.02 0.21 0.16 0.25 0.14
C4 0.02 0.01 0.07 0.27 0.00 0.14 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.16 0.01 0.03 0.29 0.31 0.62 0.47
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.14 0.00 0.21 0.01 0.21 0.08 0.13 0.26 0.23 0.03 0.15 0.01 0.01 0.10 0.15 0.03
C5 0.02 0.01 0.13 0.29 0.01 0.21 0.00 0.38 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.22 0.02 0.10 0.45 0.53 0.76 0.67
C5' 0.06 0.18 0.15 0.02 0.25 0.01 0.38 0.00 0.37 0.15 0.19 0.36 0.09 0.17 0.26 0.02 0.01 0.14 0.17 0.01
C6 0.02 0.01 0.14 0.26 0.01 0.21 0.00 0.37 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.19 0.02 0.13 0.44 0.49 0.65 0.60
N1 0.01 0.01 0.03 0.17 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.11 0.02 0.01 0.22 0.21 0.39 0.31
N3 0.02 0.01 0.07 0.26 0.01 0.13 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.10 0.01 0.08 0.14 0.12 0.40 0.25
O2 0.03 0.00 0.20 0.30 0.02 0.26 0.01 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.26 0.02 0.21 0.25 0.37 0.22 0.20
O2' 0.02 0.23 0.01 0.01 0.32 0.23 0.29 0.09 0.23 0.17 0.29 0.21 0.00 0.06 0.35 0.18 0.29 0.25 0.52 0.33
O3' 0.24 0.13 0.04 0.01 0.16 0.03 0.22 0.17 0.19 0.11 0.10 0.26 0.06 0.00 0.18 0.16 0.26 0.26 0.38 0.27
O4 0.02 0.01 0.08 0.29 0.01 0.15 0.02 0.26 0.02 0.02 0.01 0.02 0.35 0.18 0.00 0.04 0.30 0.33 0.67 0.51
O4' 0.00 0.11 0.02 0.02 0.03 0.01 0.10 0.02 0.13 0.01 0.08 0.21 0.18 0.16 0.04 0.00 0.15 0.16 0.20 0.15
O5' 0.19 0.12 0.44 0.21 0.29 0.01 0.45 0.01 0.44 0.22 0.14 0.25 0.29 0.26 0.30 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.18 0.14 0.40 0.16 0.31 0.10 0.53 0.14 0.49 0.21 0.12 0.37 0.25 0.26 0.33 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.26 0.29 0.53 0.25 0.62 0.15 0.76 0.17 0.65 0.39 0.40 0.22 0.52 0.38 0.67 0.20 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.15 0.44 0.14 0.47 0.03 0.67 0.01 0.60 0.31 0.25 0.20 0.33 0.27 0.51 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.75 1.75 0.19 0.18 1.27 0.20 1.24 0.47 1.47 0.77 1.69 1.97 1.55 0.96 0.92 0.19 0.26 0.56 0.37 1.46 0.97 0.38 0.56
C2 0.73 1.88 0.20 0.14 1.37 0.21 1.40 0.42 1.66 0.90 1.87 2.11 1.63 1.13 1.00 0.20 0.12 0.50 0.22 1.68 0.66 0.24 0.31
C2' 0.59 1.43 0.33 0.39 1.04 0.31 1.08 0.56 1.29 0.68 1.45 1.59 1.23 0.88 0.74 0.35 0.49 0.44 0.54 1.33 1.08 0.59 0.71
C3' 0.50 1.35 0.24 0.47 0.86 0.41 0.87 0.69 1.12 0.41 1.34 1.58 1.13 0.62 0.54 0.23 0.60 0.42 0.71 1.16 1.37 0.85 0.96
C4 0.64 1.69 0.21 0.19 1.30 0.22 1.39 0.29 1.61 0.96 1.73 1.80 1.47 1.19 0.97 0.19 0.24 0.40 0.23 1.65 0.27 0.54 0.23
C4' 0.52 1.40 0.32 0.56 0.84 0.51 0.79 0.82 1.06 0.30 1.34 1.69 1.17 0.48 0.51 0.32 0.67 0.48 0.84 1.06 1.52 0.98 1.09
C5 0.63 1.33 0.21 0.17 1.10 0.21 1.12 0.28 1.25 0.82 1.33 1.37 1.22 0.97 0.86 0.20 0.20 0.39 0.20 1.26 0.27 0.45 0.21
C5' 0.53 0.90 0.71 0.95 0.41 0.87 0.34 1.14 0.57 0.34 0.84 1.21 0.71 0.26 0.32 0.67 1.03 0.63 1.21 0.60 1.76 1.36 1.42
C6 0.68 1.36 0.20 0.14 1.09 0.20 1.06 0.35 1.20 0.74 1.32 1.45 1.26 0.88 0.84 0.20 0.13 0.47 0.19 1.18 0.50 0.24 0.25
N1 0.73 1.66 0.20 0.14 1.24 0.20 1.23 0.42 1.43 0.80 1.62 1.84 1.49 0.98 0.92 0.20 0.15 0.51 0.25 1.43 0.71 0.22 0.37
N3 0.69 1.90 0.21 0.16 1.40 0.22 1.47 0.36 1.73 0.97 1.92 2.10 1.62 1.22 1.02 0.19 0.17 0.45 0.18 1.78 0.44 0.39 0.20
O2 0.76 2.03 0.20 0.13 1.45 0.21 1.49 0.47 1.78 0.92 2.03 2.32 1.73 1.18 1.04 0.20 0.12 0.53 0.26 1.82 0.81 0.23 0.40
O2' 0.76 1.70 0.41 0.23 1.32 0.20 1.43 0.38 1.67 1.00 1.79 1.80 1.46 1.24 1.01 0.45 0.31 0.60 0.39 1.73 0.92 0.48 0.56
O3' 0.59 1.60 0.25 0.45 1.06 0.39 1.11 0.68 1.42 0.60 1.64 1.84 1.32 0.84 0.70 0.24 0.59 0.47 0.71 1.49 1.45 0.88 0.98
O4 0.58 1.76 0.22 0.23 1.35 0.23 1.51 0.25 1.77 1.06 1.87 1.84 1.46 1.33 1.00 0.18 0.33 0.35 0.32 1.85 0.24 0.75 0.36
O4' 0.66 1.62 0.25 0.40 1.09 0.39 1.01 0.68 1.26 0.51 1.53 1.89 1.42 0.69 0.74 0.24 0.49 0.53 0.61 1.23 1.24 0.67 0.83
O5' 0.55 0.64 0.83 1.02 0.19 0.83 0.12 0.98 0.34 0.39 0.58 0.95 0.45 0.26 0.31 0.82 1.11 0.59 1.08 0.39 1.44 1.17 1.19
OP1 0.96 0.36 1.32 1.54 0.67 1.35 0.83 1.53 0.73 1.17 0.55 0.47 0.36 1.11 0.93 1.20 1.48 1.05 1.74 0.84 2.00 1.94 1.85
OP2 0.83 0.57 1.28 1.33 0.67 0.98 0.76 1.04 0.75 0.93 0.69 0.65 0.50 0.89 0.80 1.30 1.34 0.73 1.19 0.81 1.32 1.28 1.20
P 0.87 0.25 1.27 1.45 0.46 1.18 0.54 1.29 0.43 0.89 0.36 0.50 0.20 0.78 0.74 1.23 1.50 0.89 1.42 0.51 1.63 1.50 1.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.26 0.00 0.20 0.03 0.22 0.31 0.24
C2 0.03 0.00 0.29 0.22 0.01 0.13 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.16 0.18 0.22 0.20 0.01 0.22 0.34 0.28
C2' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.15 0.02 0.07 0.19 0.12 0.17 0.22 0.36 0.29 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.39 0.10 0.47 0.61 0.48
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.22 0.00 0.27 0.02 0.29 0.24 0.27 0.20 0.18 0.28 0.18 0.02 0.01 0.03 0.06 0.31 0.16 0.11 0.08
C4 0.02 0.01 0.15 0.22 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.14 0.11 0.11 0.19 0.02 0.22 0.35 0.27
C4' 0.01 0.13 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.16 0.09 0.19 0.12 0.14 0.06 0.27 0.02 0.00 0.01 0.07 0.08 0.06 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.27 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.09 0.05 0.20 0.02 0.27 0.40 0.32
C5' 0.09 0.19 0.19 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.12 0.18 0.15 0.25 0.18 0.17 0.10 0.10 0.19 0.01 0.01 0.14 0.06 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.12 0.29 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.24 0.11 0.10 0.20 0.01 0.27 0.40 0.32
C8 0.01 0.02 0.17 0.24 0.01 0.16 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.39 0.11 0.13 0.25 0.04 0.31 0.41 0.35
N1 0.03 0.00 0.22 0.27 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.12 0.17 0.19 0.02 0.23 0.37 0.29
N2 0.05 0.01 0.36 0.20 0.02 0.19 0.01 0.25 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.26 0.25 0.27 0.23 0.02 0.24 0.34 0.29
N3 0.03 0.01 0.29 0.18 0.00 0.12 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.17 0.21 0.21 0.20 0.01 0.21 0.33 0.27
N7 0.01 0.02 0.11 0.28 0.01 0.14 0.01 0.17 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.39 0.14 0.07 0.25 0.04 0.33 0.45 0.37
N9 0.01 0.01 0.02 0.18 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.09 0.01 0.19 0.03 0.23 0.34 0.27
O2' 0.02 0.16 0.01 0.02 0.14 0.27 0.27 0.10 0.24 0.39 0.15 0.26 0.17 0.39 0.19 0.00 0.04 0.17 0.27 0.31 0.35 0.66 0.39
O3' 0.26 0.18 0.02 0.01 0.11 0.02 0.09 0.19 0.11 0.11 0.12 0.25 0.21 0.14 0.09 0.04 0.00 0.18 0.22 0.14 0.34 0.21 0.24
O4' 0.00 0.22 0.02 0.03 0.11 0.00 0.05 0.01 0.10 0.13 0.17 0.27 0.21 0.07 0.01 0.17 0.18 0.00 0.09 0.08 0.08 0.12 0.09
O5' 0.20 0.20 0.39 0.06 0.19 0.01 0.20 0.01 0.20 0.25 0.19 0.23 0.20 0.25 0.19 0.27 0.22 0.09 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00
O6 0.03 0.01 0.10 0.31 0.02 0.07 0.02 0.14 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.31 0.14 0.08 0.22 0.00 0.31 0.43 0.35
OP1 0.22 0.22 0.47 0.16 0.22 0.08 0.27 0.06 0.27 0.31 0.23 0.24 0.21 0.33 0.23 0.35 0.34 0.08 0.01 0.31 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.34 0.61 0.11 0.35 0.06 0.40 0.04 0.40 0.41 0.37 0.34 0.33 0.45 0.34 0.66 0.21 0.12 0.01 0.43 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.28 0.48 0.08 0.27 0.03 0.32 0.01 0.32 0.35 0.29 0.29 0.27 0.37 0.27 0.39 0.24 0.09 0.00 0.35 0.01 0.01 0.00