ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49113

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 3, 1, 9, 2, 1, 1, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.016, 0.023, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.023 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.023, 0.038, 0.054, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.038 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.039, 0.061, 0.083, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.061 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.037, 0.059, 0.082, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.059 std_dev=0.022
C6 A 0, 0.039, 0.061, 0.084, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.061 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.038, 0.061, 0.083, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.061 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.092, 0.139, 0.186, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.139 std_dev=0.047
O4 A 0, 0.280, 0.410, 0.539, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.410 std_dev=0.130
C2' B 0, 0.525, 0.755, 0.986, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.755 std_dev=0.231
O4' A 0, 0.236, 0.476, 0.716, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.476 std_dev=0.240
C2' A 0, 0.152, 0.514, 0.876, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.514 std_dev=0.362
O2' B 0, 0.676, 1.066, 1.456, 1.633 max_d=1.633 avg_d=1.066 std_dev=0.390
OP1 A 0, 0.857, 1.252, 1.646, 1.835 max_d=1.835 avg_d=1.252 std_dev=0.395
P A 0, 0.630, 1.064, 1.498, 1.597 max_d=1.597 avg_d=1.064 std_dev=0.434
OP2 A 0, 0.763, 1.224, 1.685, 1.953 max_d=1.953 avg_d=1.224 std_dev=0.461
O5' A 0, 0.563, 1.025, 1.487, 1.613 max_d=1.613 avg_d=1.025 std_dev=0.462
C3' B 0, 0.573, 1.038, 1.504, 1.682 max_d=1.682 avg_d=1.038 std_dev=0.466
O3' B 0, 0.454, 0.941, 1.429, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.941 std_dev=0.488
C4' A 0, 0.345, 0.846, 1.347, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.846 std_dev=0.501
C5' A 0, 0.567, 1.080, 1.593, 1.655 max_d=1.655 avg_d=1.080 std_dev=0.513
C3' A 0, 0.353, 0.934, 1.514, 1.682 max_d=1.682 avg_d=0.934 std_dev=0.580
C4' B 0, 0.689, 1.335, 1.982, 2.091 max_d=2.091 avg_d=1.335 std_dev=0.646
C1' B 0, 0.399, 1.069, 1.740, 2.840 max_d=2.840 avg_d=1.069 std_dev=0.670
O4' B 0, 0.724, 1.434, 2.144, 2.971 max_d=2.971 avg_d=1.434 std_dev=0.710
O5' B 0, 0.962, 1.737, 2.512, 3.641 max_d=3.641 avg_d=1.737 std_dev=0.775
O2' A 0, 0.241, 1.046, 1.851, 2.035 max_d=2.035 avg_d=1.046 std_dev=0.805
O3' A 0, 0.534, 1.528, 2.523, 2.761 max_d=2.761 avg_d=1.528 std_dev=0.994
OP1 B 0, 1.489, 2.523, 3.557, 4.781 max_d=4.781 avg_d=2.523 std_dev=1.034
C5' B 0, 1.051, 2.130, 3.209, 3.403 max_d=3.403 avg_d=2.130 std_dev=1.079
N9 B 0, 0.183, 1.356, 2.528, 4.442 max_d=4.442 avg_d=1.356 std_dev=1.172
P B 0, 1.283, 2.568, 3.854, 5.700 max_d=5.700 avg_d=2.568 std_dev=1.285
C8 B 0, 0.558, 2.071, 3.585, 5.498 max_d=5.498 avg_d=2.071 std_dev=1.513
C4 B 0, -0.057, 1.545, 3.146, 5.771 max_d=5.771 avg_d=1.545 std_dev=1.601
N3 B 0, 0.400, 2.081, 3.761, 6.097 max_d=6.097 avg_d=2.081 std_dev=1.681
N7 B 0, 0.383, 2.383, 4.384, 7.252 max_d=7.252 avg_d=2.383 std_dev=2.001
OP2 B 0, 1.339, 3.351, 5.363, 8.209 max_d=8.209 avg_d=3.351 std_dev=2.012
C5 B 0, -0.171, 1.884, 3.939, 7.279 max_d=7.279 avg_d=1.884 std_dev=2.055
C2 B 0, 0.491, 2.629, 4.768, 7.598 max_d=7.598 avg_d=2.629 std_dev=2.138
N1 B 0, 0.109, 2.556, 5.003, 8.752 max_d=8.752 avg_d=2.556 std_dev=2.447
N2 B 0, 0.934, 3.463, 5.991, 8.389 max_d=8.389 avg_d=3.463 std_dev=2.528
C6 B 0, -0.328, 2.209, 4.746, 8.844 max_d=8.844 avg_d=2.209 std_dev=2.537
O6 B 0, -0.395, 2.610, 5.614, 10.419 max_d=10.419 avg_d=2.610 std_dev=3.004

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.29 0.02 0.01 0.14 0.08 0.29 0.14
C2 0.02 0.00 0.14 0.28 0.01 0.10 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.16 0.01 0.05 0.26 0.17 0.33 0.19
C2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.07 0.02 0.16 0.21 0.18 0.04 0.09 0.30 0.00 0.04 0.09 0.02 0.44 0.38 0.68 0.50
C3' 0.01 0.28 0.01 0.00 0.32 0.01 0.27 0.03 0.21 0.20 0.33 0.27 0.03 0.01 0.34 0.02 0.07 0.10 0.26 0.11
C4 0.01 0.01 0.07 0.32 0.00 0.15 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.41 0.15 0.00 0.04 0.38 0.27 0.49 0.32
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.15 0.00 0.16 0.01 0.13 0.09 0.13 0.08 0.30 0.02 0.16 0.01 0.03 0.10 0.14 0.04
C5 0.01 0.01 0.16 0.27 0.01 0.16 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.14 0.01 0.09 0.34 0.21 0.39 0.25
C5' 0.07 0.12 0.21 0.03 0.21 0.01 0.20 0.00 0.16 0.10 0.18 0.10 0.09 0.22 0.23 0.02 0.01 0.11 0.09 0.02
C6 0.01 0.01 0.18 0.21 0.01 0.13 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.30 0.09 0.01 0.10 0.25 0.12 0.27 0.14
N1 0.01 0.01 0.04 0.20 0.01 0.09 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.12 0.01 0.02 0.20 0.10 0.26 0.12
N3 0.02 0.00 0.09 0.33 0.00 0.13 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.15 0.01 0.03 0.34 0.25 0.45 0.28
O2 0.04 0.00 0.30 0.27 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.23 0.02 0.10 0.22 0.16 0.31 0.17
O2' 0.02 0.26 0.00 0.03 0.41 0.30 0.38 0.09 0.30 0.22 0.35 0.17 0.00 0.06 0.46 0.21 0.36 0.24 0.79 0.45
O3' 0.29 0.16 0.04 0.01 0.15 0.02 0.14 0.22 0.09 0.12 0.15 0.23 0.06 0.00 0.18 0.20 0.21 0.40 0.41 0.30
O4 0.02 0.01 0.09 0.34 0.00 0.16 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.46 0.18 0.00 0.05 0.41 0.32 0.58 0.37
O4' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.09 0.02 0.10 0.02 0.03 0.10 0.21 0.20 0.05 0.00 0.11 0.16 0.12 0.09
O5' 0.14 0.26 0.44 0.07 0.38 0.03 0.34 0.01 0.25 0.20 0.34 0.22 0.36 0.21 0.41 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.17 0.38 0.10 0.27 0.10 0.21 0.11 0.12 0.10 0.25 0.16 0.24 0.40 0.32 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.33 0.68 0.26 0.49 0.14 0.39 0.09 0.27 0.26 0.45 0.31 0.79 0.41 0.58 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.19 0.50 0.11 0.32 0.04 0.25 0.02 0.14 0.12 0.28 0.17 0.45 0.30 0.37 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.61 1.30 0.26 0.20 0.89 0.26 0.78 0.32 0.94 0.41 1.18 1.54 1.18 0.51 0.63 0.29 0.21 0.57 0.37 0.88 0.91 0.77 0.82
C2 0.65 1.59 0.20 0.14 1.09 0.31 1.05 0.36 1.27 0.62 1.51 1.86 1.39 0.78 0.78 0.28 0.11 0.60 0.39 1.25 0.81 0.80 0.80
C2' 0.69 1.25 0.56 0.48 0.87 0.42 0.75 0.38 0.87 0.50 1.10 1.50 1.16 0.55 0.67 0.57 0.48 0.64 0.41 0.79 0.86 0.65 0.72
C3' 0.43 0.91 0.16 0.08 0.50 0.22 0.31 0.27 0.41 0.25 0.70 1.20 0.85 0.24 0.32 0.26 0.11 0.48 0.33 0.31 0.82 0.61 0.60
C4 0.60 1.63 0.14 0.11 1.13 0.30 1.13 0.32 1.34 0.73 1.56 1.89 1.41 0.90 0.80 0.24 0.17 0.53 0.39 1.34 0.61 0.72 0.67
C4' 0.45 0.96 0.13 0.09 0.56 0.20 0.39 0.30 0.49 0.32 0.76 1.23 0.89 0.31 0.38 0.19 0.19 0.51 0.37 0.40 0.93 0.66 0.67
C5 0.61 1.36 0.18 0.11 1.00 0.28 0.95 0.29 1.09 0.61 1.27 1.51 1.25 0.74 0.73 0.27 0.14 0.51 0.34 1.07 0.56 0.60 0.60
C5' 0.39 0.75 0.11 0.12 0.35 0.29 0.20 0.34 0.23 0.46 0.52 1.06 0.70 0.41 0.28 0.13 0.19 0.49 0.45 0.15 0.85 0.68 0.59
C6 0.62 1.26 0.24 0.16 0.92 0.27 0.83 0.30 0.97 0.50 1.16 1.43 1.17 0.60 0.68 0.30 0.11 0.54 0.32 0.92 0.66 0.59 0.64
N1 0.64 1.40 0.24 0.17 0.98 0.29 0.90 0.34 1.07 0.52 1.29 1.62 1.26 0.64 0.71 0.30 0.13 0.58 0.36 1.02 0.79 0.72 0.76
N3 0.63 1.70 0.16 0.11 1.15 0.31 1.15 0.35 1.39 0.71 1.63 1.99 1.45 0.89 0.81 0.26 0.13 0.57 0.40 1.39 0.71 0.79 0.75
O2 0.66 1.65 0.21 0.15 1.12 0.32 1.08 0.38 1.32 0.62 1.58 1.94 1.42 0.79 0.79 0.29 0.12 0.62 0.41 1.30 0.89 0.86 0.86
O2' 0.65 1.41 0.57 0.39 0.93 0.24 0.80 0.29 0.97 0.45 1.25 1.71 1.26 0.54 0.66 0.63 0.41 0.52 0.37 0.90 0.89 0.79 0.80
O3' 0.42 0.94 0.16 0.15 0.49 0.25 0.33 0.37 0.41 0.39 0.71 1.27 0.85 0.38 0.32 0.26 0.16 0.48 0.42 0.35 0.87 0.74 0.65
O4 0.55 1.75 0.12 0.13 1.16 0.30 1.22 0.30 1.48 0.83 1.70 2.05 1.45 1.02 0.82 0.22 0.22 0.49 0.43 1.51 0.57 0.77 0.66
O4' 0.54 1.18 0.18 0.15 0.79 0.19 0.67 0.34 0.81 0.35 1.04 1.40 1.08 0.43 0.55 0.23 0.24 0.54 0.38 0.74 0.96 0.73 0.79
O5' 0.39 0.73 0.11 0.08 0.32 0.32 0.15 0.26 0.21 0.36 0.50 1.02 0.68 0.33 0.22 0.17 0.01 0.48 0.32 0.15 0.57 0.50 0.37
OP1 0.16 0.77 0.12 0.09 0.34 0.41 0.52 0.44 0.57 0.74 0.63 1.10 0.64 0.79 0.30 0.11 0.02 0.31 0.49 0.68 0.46 0.85 0.48
OP2 0.24 0.94 0.41 0.14 0.64 0.07 0.75 0.22 0.84 0.71 0.89 1.15 0.81 0.82 0.49 0.36 0.02 0.09 0.39 0.92 0.35 0.61 0.29
P 0.11 0.68 0.16 0.02 0.29 0.21 0.37 0.25 0.43 0.53 0.53 0.95 0.59 0.57 0.19 0.15 0.01 0.20 0.37 0.50 0.40 0.57 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.15 0.01 0.28 0.02 0.26 0.47 0.24
C2 0.03 0.00 0.27 0.46 0.01 0.30 0.01 0.43 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.47 0.17 0.29 0.01 0.31 0.51 0.20
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.13 0.02 0.07 0.15 0.11 0.14 0.20 0.33 0.27 0.10 0.03 0.00 0.02 0.01 0.45 0.09 0.49 0.56 0.41
C3' 0.01 0.46 0.00 0.00 0.23 0.01 0.25 0.03 0.27 0.39 0.35 0.59 0.44 0.36 0.17 0.03 0.01 0.02 0.34 0.29 0.34 0.34 0.18
C4 0.01 0.01 0.13 0.23 0.00 0.12 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.15 0.09 0.33 0.01 0.20 0.66 0.33
C4' 0.01 0.30 0.02 0.01 0.12 0.00 0.09 0.01 0.11 0.26 0.21 0.39 0.29 0.21 0.07 0.19 0.04 0.00 0.01 0.11 0.13 0.34 0.09
C5 0.01 0.01 0.07 0.25 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.10 0.04 0.46 0.02 0.38 0.91 0.56
C5' 0.09 0.43 0.15 0.03 0.16 0.01 0.12 0.00 0.15 0.38 0.31 0.58 0.39 0.32 0.11 0.07 0.18 0.02 0.01 0.16 0.12 0.33 0.02
C6 0.01 0.01 0.11 0.27 0.01 0.11 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.22 0.13 0.07 0.41 0.00 0.30 0.90 0.51
C8 0.02 0.01 0.14 0.39 0.01 0.26 0.01 0.38 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.15 0.34 0.13 0.68 0.03 0.69 1.05 0.79
N1 0.02 0.00 0.20 0.35 0.01 0.21 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.24 0.31 0.13 0.31 0.01 0.16 0.69 0.29
N2 0.03 0.01 0.33 0.59 0.01 0.39 0.01 0.58 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.27 0.66 0.20 0.35 0.02 0.52 0.41 0.27
N3 0.03 0.00 0.27 0.44 0.01 0.29 0.01 0.39 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.45 0.17 0.28 0.01 0.30 0.47 0.20
N7 0.01 0.01 0.10 0.36 0.00 0.21 0.01 0.32 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.18 0.31 0.08 0.66 0.04 0.69 1.16 0.83
N9 0.00 0.01 0.03 0.17 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.07 0.02 0.41 0.02 0.33 0.70 0.43
O2' 0.02 0.25 0.00 0.03 0.18 0.19 0.19 0.07 0.22 0.15 0.24 0.27 0.22 0.18 0.12 0.00 0.09 0.11 0.24 0.22 0.35 0.49 0.28
O3' 0.15 0.47 0.02 0.01 0.15 0.04 0.10 0.18 0.13 0.34 0.31 0.66 0.45 0.31 0.07 0.09 0.00 0.10 0.27 0.15 0.39 0.26 0.24
O4' 0.01 0.17 0.01 0.02 0.09 0.00 0.04 0.02 0.07 0.13 0.13 0.20 0.17 0.08 0.02 0.11 0.10 0.00 0.08 0.06 0.08 0.44 0.17
O5' 0.28 0.29 0.45 0.34 0.33 0.01 0.46 0.01 0.41 0.68 0.31 0.35 0.28 0.66 0.41 0.24 0.27 0.08 0.00 0.49 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.09 0.29 0.01 0.11 0.02 0.16 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.22 0.15 0.06 0.49 0.00 0.44 1.06 0.66
OP1 0.26 0.31 0.49 0.34 0.20 0.13 0.38 0.12 0.30 0.69 0.16 0.52 0.30 0.69 0.33 0.35 0.39 0.08 0.01 0.44 0.00 0.01 0.00
OP2 0.47 0.51 0.56 0.34 0.66 0.34 0.91 0.33 0.90 1.05 0.69 0.41 0.47 1.16 0.70 0.49 0.26 0.44 0.02 1.06 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.20 0.41 0.18 0.33 0.09 0.56 0.02 0.51 0.79 0.29 0.27 0.20 0.83 0.43 0.28 0.24 0.17 0.00 0.66 0.00 0.01 0.00