ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49114

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 4, 3, 3, 0, 2, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.001, 0.012, 0.022, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.012, 0.023, 0.035, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.011, 0.025, 0.038, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.025 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.028 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.020, 0.040, 0.061, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.040 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.009, 0.029, 0.050, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.029 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.033, 0.075, 0.116, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.075 std_dev=0.042
C2' A 0, 0.233, 0.554, 0.875, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.554 std_dev=0.321
C2' B 0, 0.368, 0.692, 1.016, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.692 std_dev=0.324
O2' A 0, 0.269, 0.602, 0.936, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.602 std_dev=0.334
O2' B 0, 0.330, 0.672, 1.014, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.672 std_dev=0.342
O4' A 0, 0.203, 0.586, 0.969, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.586 std_dev=0.383
C3' A 0, 0.398, 0.932, 1.465, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.932 std_dev=0.533
C4' A 0, 0.326, 0.871, 1.416, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.871 std_dev=0.545
O3' A 0, 0.534, 1.319, 2.104, 2.289 max_d=2.289 avg_d=1.319 std_dev=0.785
C3' B 0, 0.523, 1.316, 2.110, 2.369 max_d=2.369 avg_d=1.316 std_dev=0.793
C5' A 0, 0.642, 1.502, 2.363, 2.551 max_d=2.551 avg_d=1.502 std_dev=0.860
C1' B 0, 0.387, 1.279, 2.170, 3.620 max_d=3.620 avg_d=1.279 std_dev=0.892
C4' B 0, 0.860, 1.763, 2.665, 3.861 max_d=3.861 avg_d=1.763 std_dev=0.902
O5' A 0, 0.905, 1.938, 2.971, 3.276 max_d=3.276 avg_d=1.938 std_dev=1.033
C5' B 0, 1.143, 2.262, 3.382, 3.672 max_d=3.672 avg_d=2.262 std_dev=1.120
O4' B 0, 0.388, 1.597, 2.807, 4.996 max_d=4.996 avg_d=1.597 std_dev=1.209
P A 0, 1.168, 2.433, 3.698, 4.042 max_d=4.042 avg_d=2.433 std_dev=1.265
O3' B 0, 0.700, 2.067, 3.434, 4.624 max_d=4.624 avg_d=2.067 std_dev=1.367
N9 B 0, 0.695, 2.075, 3.455, 5.324 max_d=5.324 avg_d=2.075 std_dev=1.380
OP1 A 0, 1.294, 2.780, 4.266, 4.547 max_d=4.547 avg_d=2.780 std_dev=1.486
C4 B 0, 1.153, 2.791, 4.428, 5.917 max_d=5.917 avg_d=2.791 std_dev=1.638
OP2 A 0, 1.736, 3.439, 5.141, 5.415 max_d=5.415 avg_d=3.439 std_dev=1.703
O5' B 0, 0.884, 2.591, 4.297, 5.997 max_d=5.997 avg_d=2.591 std_dev=1.706
N3 B 0, 1.040, 2.845, 4.649, 5.171 max_d=5.171 avg_d=2.845 std_dev=1.804
C8 B 0, 0.593, 2.635, 4.676, 7.298 max_d=7.298 avg_d=2.635 std_dev=2.042
C5 B 0, 1.390, 3.628, 5.866, 8.329 max_d=8.329 avg_d=3.628 std_dev=2.238
C2 B 0, 1.254, 3.735, 6.217, 7.243 max_d=7.243 avg_d=3.735 std_dev=2.482
N7 B 0, 0.985, 3.507, 6.029, 9.250 max_d=9.250 avg_d=3.507 std_dev=2.522
C6 B 0, 1.796, 4.558, 7.320, 9.566 max_d=9.566 avg_d=4.558 std_dev=2.762
P B 0, 0.724, 3.504, 6.284, 8.706 max_d=8.706 avg_d=3.504 std_dev=2.780
N1 B 0, 1.704, 4.516, 7.327, 7.918 max_d=7.918 avg_d=4.516 std_dev=2.812
N2 B 0, 0.946, 4.029, 7.111, 9.050 max_d=9.050 avg_d=4.029 std_dev=3.082
OP1 B 0, 0.537, 3.657, 6.778, 9.014 max_d=9.014 avg_d=3.657 std_dev=3.121
O6 B 0, 2.072, 5.414, 8.756, 11.866 max_d=11.866 avg_d=5.414 std_dev=3.342
OP2 B 0, 0.790, 4.201, 7.612, 10.803 max_d=10.803 avg_d=4.201 std_dev=3.411

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.01 0.37 0.17 0.60 0.39
C2 0.03 0.00 0.23 0.23 0.02 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.25 0.03 0.13 0.65 0.25 1.22 0.70
C2' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.09 0.02 0.12 0.03 0.15 0.05 0.18 0.37 0.00 0.04 0.10 0.01 0.22 0.12 0.35 0.21
C3' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.19 0.01 0.20 0.02 0.20 0.10 0.23 0.32 0.03 0.01 0.21 0.02 0.11 0.09 0.16 0.09
C4 0.02 0.02 0.09 0.19 0.00 0.13 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.23 0.00 0.04 0.85 0.46 1.72 0.99
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.13 0.00 0.15 0.01 0.13 0.06 0.09 0.06 0.09 0.03 0.14 0.01 0.02 0.08 0.06 0.03
C5 0.02 0.01 0.12 0.20 0.01 0.15 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.22 0.02 0.14 0.84 0.51 1.60 0.98
C5' 0.06 0.17 0.03 0.02 0.26 0.01 0.27 0.00 0.22 0.15 0.22 0.16 0.08 0.07 0.29 0.03 0.01 0.07 0.13 0.02
C6 0.03 0.01 0.15 0.20 0.01 0.13 0.00 0.22 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.21 0.02 0.19 0.73 0.41 1.25 0.80
N1 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.06 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.11 0.02 0.01 0.60 0.26 1.04 0.64
N3 0.03 0.01 0.18 0.23 0.01 0.09 0.01 0.22 0.02 0.01 0.00 0.02 0.15 0.27 0.02 0.09 0.78 0.35 1.53 0.87
O2 0.05 0.01 0.37 0.32 0.02 0.06 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.00 0.31 0.36 0.04 0.23 0.57 0.21 1.08 0.60
O2' 0.02 0.17 0.00 0.03 0.07 0.09 0.08 0.08 0.10 0.03 0.15 0.31 0.00 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.10 0.07
O3' 0.04 0.25 0.04 0.01 0.23 0.03 0.22 0.07 0.21 0.11 0.27 0.36 0.09 0.00 0.26 0.04 0.25 0.12 0.42 0.26
O4 0.03 0.03 0.10 0.21 0.00 0.14 0.02 0.29 0.02 0.02 0.02 0.04 0.08 0.26 0.00 0.05 0.90 0.52 1.89 1.08
O4' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.04 0.01 0.14 0.03 0.19 0.01 0.09 0.23 0.08 0.04 0.05 0.00 0.35 0.19 0.49 0.38
O5' 0.37 0.65 0.22 0.11 0.85 0.02 0.84 0.01 0.73 0.60 0.78 0.57 0.07 0.25 0.90 0.35 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.25 0.12 0.09 0.46 0.08 0.51 0.07 0.41 0.26 0.35 0.21 0.09 0.12 0.52 0.19 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.60 1.22 0.35 0.16 1.72 0.06 1.60 0.13 1.25 1.04 1.53 1.08 0.10 0.42 1.89 0.49 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.39 0.70 0.21 0.09 0.99 0.03 0.98 0.02 0.80 0.64 0.87 0.60 0.07 0.26 1.08 0.38 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.42 1.68 0.18 0.76 1.31 0.95 1.80 1.28 2.09 1.47 1.94 1.90 1.32 1.91 1.01 0.23 1.29 0.56 1.35 2.41 2.35 1.85 1.98
C2 0.52 2.24 0.22 0.50 1.60 0.77 1.98 0.99 2.42 1.35 2.49 2.54 1.76 1.81 1.11 0.19 0.95 0.50 1.00 2.66 1.85 1.42 1.58
C2' 0.61 1.84 0.35 0.37 1.57 0.41 2.11 0.70 2.39 1.72 2.16 1.97 1.52 2.25 1.25 0.54 0.97 0.40 0.76 2.78 1.75 1.33 1.38
C3' 0.58 1.46 0.29 0.51 1.33 0.40 1.84 0.66 1.99 1.71 1.71 1.60 1.24 2.15 1.14 0.60 1.13 0.41 0.80 2.33 1.70 1.38 1.32
C4 0.52 2.30 0.26 0.36 1.54 0.65 1.71 0.75 2.09 1.07 2.34 2.66 1.85 1.42 1.02 0.30 0.72 0.46 0.71 2.16 1.32 1.01 1.17
C4' 0.46 1.09 0.43 1.15 0.98 1.11 1.50 1.48 1.61 1.54 1.31 1.31 0.87 1.86 0.92 0.34 1.72 0.67 1.64 1.94 2.65 2.15 2.19
C5 0.45 1.82 0.23 0.45 1.31 0.70 1.47 0.82 1.70 1.02 1.84 2.07 1.53 1.30 0.92 0.22 0.83 0.43 0.79 1.75 1.41 1.05 1.23
C5' 0.57 0.81 0.70 1.50 0.77 1.31 1.22 1.66 1.23 1.47 0.92 1.11 0.70 1.67 0.85 0.44 2.10 0.81 1.87 1.52 2.77 2.32 2.31
C6 0.42 1.63 0.20 0.60 1.25 0.82 1.55 1.01 1.75 1.22 1.74 1.85 1.35 1.53 0.94 0.19 1.07 0.46 1.02 1.87 1.77 1.35 1.52
N1 0.46 1.88 0.20 0.61 1.42 0.83 1.82 1.08 2.13 1.37 2.09 2.12 1.50 1.79 1.04 0.20 1.10 0.50 1.11 2.35 1.98 1.53 1.69
N3 0.55 2.43 0.25 0.40 1.65 0.69 1.93 0.85 2.39 1.22 2.60 2.79 1.90 1.65 1.10 0.25 0.79 0.49 0.82 2.54 1.55 1.20 1.35
O2 0.54 2.35 0.22 0.51 1.66 0.78 2.09 1.03 2.60 1.42 2.65 2.66 1.81 1.93 1.15 0.19 0.97 0.52 1.05 2.93 1.97 1.54 1.68
O2' 0.55 1.88 0.30 0.44 1.55 0.53 2.13 0.86 2.48 1.71 2.25 2.04 1.51 2.27 1.21 0.50 1.04 0.39 0.95 2.95 2.03 1.56 1.62
O3' 0.66 1.47 0.37 0.49 1.36 0.30 1.91 0.55 2.06 1.81 1.74 1.61 1.25 2.26 1.21 0.68 1.10 0.51 0.72 2.45 1.58 1.42 1.22
O4 0.53 2.50 0.28 0.32 1.57 0.58 1.70 0.62 2.13 1.00 2.49 2.98 1.97 1.34 0.99 0.41 0.64 0.46 0.57 2.19 1.08 0.89 0.99
O4' 0.58 1.17 0.54 1.30 1.00 1.43 1.48 1.81 1.63 1.48 1.41 1.41 0.90 1.77 0.93 0.26 1.83 0.93 1.92 1.94 2.93 2.38 2.51
O5' 1.07 1.22 1.25 1.78 1.34 1.35 1.69 1.55 1.67 1.87 1.39 1.25 1.16 2.03 1.39 0.74 2.25 1.07 1.82 1.87 2.34 2.26 2.09
OP1 1.42 1.71 1.71 2.46 1.68 1.95 1.96 2.24 1.95 2.18 1.79 1.86 1.61 2.28 1.72 0.89 2.76 1.55 2.63 2.12 3.09 3.11 2.84
OP2 1.89 2.47 2.31 2.45 2.41 1.70 2.61 1.72 2.68 2.51 2.59 2.45 2.36 2.68 2.28 1.73 2.45 1.59 2.13 2.79 2.18 2.53 2.17
P 1.46 1.70 1.79 2.35 1.73 1.73 1.96 1.82 1.96 2.06 1.80 1.72 1.64 2.18 1.73 1.12 2.73 1.42 2.16 2.10 2.42 2.50 2.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.02 0.28 0.01 0.34 0.03 0.29 0.39 0.30
C2 0.06 0.00 0.38 0.53 0.02 0.27 0.02 0.37 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.30 0.56 0.14 0.45 0.01 0.54 0.80 0.52
C2' 0.00 0.38 0.00 0.01 0.19 0.02 0.10 0.17 0.17 0.19 0.28 0.46 0.38 0.12 0.03 0.00 0.04 0.01 0.42 0.13 0.31 0.57 0.36
C3' 0.02 0.53 0.01 0.00 0.30 0.01 0.31 0.02 0.36 0.42 0.44 0.66 0.50 0.39 0.20 0.03 0.01 0.02 0.28 0.38 0.22 0.32 0.11
C4 0.03 0.02 0.19 0.30 0.00 0.12 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.22 0.23 0.08 0.59 0.02 0.52 0.92 0.66
C4' 0.01 0.27 0.02 0.01 0.12 0.00 0.10 0.01 0.12 0.26 0.19 0.36 0.26 0.22 0.08 0.24 0.02 0.00 0.02 0.13 0.25 0.15 0.15
C5 0.02 0.02 0.10 0.31 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.25 0.15 0.04 0.82 0.02 0.78 1.32 0.98
C5' 0.07 0.37 0.17 0.02 0.14 0.01 0.13 0.00 0.14 0.39 0.26 0.51 0.34 0.33 0.11 0.09 0.18 0.01 0.01 0.16 0.24 0.28 0.02
C6 0.03 0.01 0.17 0.36 0.01 0.12 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.27 0.22 0.06 0.80 0.01 0.78 1.38 0.98
C8 0.02 0.02 0.19 0.42 0.01 0.26 0.01 0.39 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.24 0.36 0.11 1.01 0.03 0.97 1.36 1.14
N1 0.05 0.01 0.28 0.44 0.02 0.19 0.02 0.26 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.29 0.40 0.11 0.62 0.01 0.60 1.10 0.74
N2 0.07 0.01 0.46 0.66 0.02 0.36 0.02 0.51 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.35 0.76 0.18 0.37 0.02 0.65 0.64 0.45
N3 0.05 0.01 0.38 0.50 0.01 0.26 0.01 0.34 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.28 0.53 0.14 0.40 0.01 0.49 0.66 0.44
N7 0.01 0.02 0.12 0.39 0.01 0.22 0.00 0.33 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.27 0.31 0.07 1.05 0.03 1.08 1.60 1.27
N9 0.01 0.03 0.03 0.20 0.01 0.08 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.16 0.13 0.02 0.64 0.03 0.54 0.87 0.68
O2' 0.02 0.30 0.00 0.03 0.22 0.24 0.25 0.09 0.27 0.24 0.29 0.35 0.28 0.27 0.16 0.00 0.08 0.17 0.29 0.28 0.38 0.49 0.37
O3' 0.28 0.56 0.04 0.01 0.23 0.02 0.15 0.18 0.22 0.36 0.40 0.76 0.53 0.31 0.13 0.08 0.00 0.20 0.19 0.23 0.52 0.19 0.29
O4' 0.01 0.14 0.01 0.02 0.08 0.00 0.04 0.01 0.06 0.11 0.11 0.18 0.14 0.07 0.02 0.17 0.20 0.00 0.25 0.05 0.30 0.16 0.23
O5' 0.34 0.45 0.42 0.28 0.59 0.02 0.82 0.01 0.80 1.01 0.62 0.37 0.40 1.05 0.64 0.29 0.19 0.25 0.00 0.92 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.13 0.38 0.02 0.13 0.02 0.16 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.28 0.23 0.05 0.92 0.00 0.95 1.61 1.17
OP1 0.29 0.54 0.31 0.22 0.52 0.25 0.78 0.24 0.78 0.97 0.60 0.65 0.49 1.08 0.54 0.38 0.52 0.30 0.02 0.95 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.80 0.57 0.32 0.92 0.15 1.32 0.28 1.38 1.36 1.10 0.64 0.66 1.60 0.87 0.49 0.19 0.16 0.02 1.61 0.01 0.00 0.00
P 0.30 0.52 0.36 0.11 0.66 0.15 0.98 0.02 0.98 1.14 0.74 0.45 0.44 1.27 0.68 0.37 0.29 0.23 0.01 1.17 0.01 0.00 0.00