ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49117

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 3, 0, 1, 1, 2, 0, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.021 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.015, 0.043, 0.071, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.043 std_dev=0.028
O4 A 0, 0.017, 0.057, 0.097, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.057 std_dev=0.040
O3' A 0, 0.074, 0.169, 0.263, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.169 std_dev=0.095
C3' A 0, 0.075, 0.185, 0.295, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.185 std_dev=0.110
C4' A 0, 0.075, 0.195, 0.316, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.195 std_dev=0.120
C2' A 0, 0.078, 0.198, 0.319, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.198 std_dev=0.120
O4' A 0, 0.036, 0.158, 0.279, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.158 std_dev=0.121
O5' A 0, 0.187, 0.341, 0.495, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.341 std_dev=0.154
P A 0, 0.213, 0.404, 0.596, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.404 std_dev=0.191
N2 B 0, 0.293, 0.487, 0.680, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.487 std_dev=0.194
O2' A 0, 0.119, 0.315, 0.511, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.315 std_dev=0.196
OP1 A 0, 0.230, 0.442, 0.654, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.442 std_dev=0.212
C2 B 0, 0.314, 0.530, 0.745, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.530 std_dev=0.215
C5' A 0, 0.126, 0.352, 0.577, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.352 std_dev=0.226
N3 B 0, 0.285, 0.520, 0.755, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.520 std_dev=0.235
N1 B 0, 0.354, 0.609, 0.865, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.609 std_dev=0.255
OP2 A 0, 0.238, 0.496, 0.754, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.496 std_dev=0.258
C4 B 0, 0.292, 0.579, 0.866, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.579 std_dev=0.287
O3' B 0, 0.300, 0.600, 0.900, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.600 std_dev=0.300
C6 B 0, 0.360, 0.667, 0.974, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.667 std_dev=0.307
O2' B 0, 0.306, 0.624, 0.943, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.624 std_dev=0.319
C5 B 0, 0.316, 0.636, 0.956, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.636 std_dev=0.320
C1' B 0, 0.264, 0.601, 0.938, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.601 std_dev=0.337
N9 B 0, 0.271, 0.610, 0.949, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.610 std_dev=0.339
C3' B 0, 0.304, 0.656, 1.007, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.656 std_dev=0.351
O6 B 0, 0.399, 0.754, 1.109, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.754 std_dev=0.355
C2' B 0, 0.275, 0.630, 0.986, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.630 std_dev=0.355
OP1 B 0, 0.412, 0.771, 1.130, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.771 std_dev=0.359
O4' B 0, 0.277, 0.645, 1.013, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.645 std_dev=0.368
C4' B 0, 0.293, 0.665, 1.037, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.665 std_dev=0.372
O5' B 0, 0.318, 0.696, 1.075, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.696 std_dev=0.378
N7 B 0, 0.294, 0.678, 1.062, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.678 std_dev=0.384
P B 0, 0.389, 0.775, 1.161, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.775 std_dev=0.386
C8 B 0, 0.281, 0.668, 1.054, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.668 std_dev=0.387
C5' B 0, 0.299, 0.740, 1.180, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.740 std_dev=0.440
OP2 B 0, 0.384, 0.871, 1.358, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.871 std_dev=0.487

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.10 0.14 0.07
C2 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.05 0.01 0.05 0.07 0.08 0.09 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.04 0.07 0.04 0.05 0.06 0.01 0.03 0.06 0.01 0.10 0.17 0.21 0.14
C3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.17 0.18 0.12
C4 0.01 0.01 0.06 0.05 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.05 0.00 0.02 0.08 0.09 0.08 0.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.06 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.07 0.07 0.03
C5 0.02 0.01 0.08 0.06 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.06 0.01 0.03 0.08 0.10 0.08 0.11
C5' 0.03 0.06 0.04 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.08 0.04 0.06 0.07 0.04 0.02 0.08 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.06 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.06 0.01 0.04 0.07 0.08 0.07 0.08
N1 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.01 0.06 0.07 0.10 0.05
N3 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.09 0.05 0.01 0.04 0.08 0.07 0.07 0.06
O2 0.03 0.00 0.06 0.04 0.02 0.06 0.02 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.06 0.03 0.08 0.09 0.09 0.11 0.06
O2' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.09 0.01 0.10 0.04 0.09 0.05 0.09 0.12 0.00 0.06 0.09 0.01 0.11 0.21 0.27 0.18
O3' 0.04 0.05 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.04 0.05 0.06 0.06 0.00 0.05 0.03 0.07 0.17 0.19 0.11
O4 0.02 0.01 0.06 0.05 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.05 0.00 0.03 0.09 0.11 0.10 0.11
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.08 0.01 0.03 0.03 0.00 0.06 0.05 0.09 0.04
O5' 0.06 0.07 0.10 0.08 0.08 0.02 0.08 0.01 0.07 0.06 0.08 0.09 0.11 0.07 0.09 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.10 0.08 0.17 0.17 0.09 0.07 0.10 0.03 0.08 0.07 0.07 0.09 0.21 0.17 0.11 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.09 0.21 0.18 0.08 0.07 0.08 0.02 0.07 0.10 0.07 0.11 0.27 0.19 0.10 0.09 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.06 0.14 0.12 0.09 0.03 0.11 0.01 0.08 0.05 0.06 0.06 0.18 0.11 0.11 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.15 0.13 0.14 0.11 0.15 0.09 0.12 0.13 0.08 0.15 0.19 0.14 0.08 0.11 0.12 0.19 0.15 0.11 0.15 0.11 0.10 0.09
C2 0.10 0.10 0.09 0.12 0.07 0.13 0.08 0.11 0.11 0.07 0.12 0.14 0.08 0.08 0.07 0.09 0.15 0.12 0.09 0.13 0.10 0.10 0.06
C2' 0.13 0.18 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.09 0.16 0.07 0.19 0.20 0.15 0.09 0.10 0.11 0.15 0.13 0.10 0.18 0.12 0.08 0.08
C3' 0.14 0.18 0.13 0.14 0.13 0.13 0.15 0.09 0.21 0.10 0.22 0.20 0.15 0.13 0.12 0.14 0.17 0.14 0.09 0.25 0.13 0.07 0.09
C4 0.10 0.15 0.13 0.13 0.11 0.13 0.12 0.12 0.14 0.11 0.15 0.19 0.12 0.12 0.10 0.15 0.14 0.10 0.10 0.15 0.15 0.11 0.09
C4' 0.15 0.17 0.14 0.15 0.13 0.14 0.14 0.11 0.18 0.11 0.19 0.19 0.15 0.14 0.12 0.15 0.19 0.14 0.09 0.22 0.14 0.06 0.07
C5 0.12 0.19 0.12 0.13 0.14 0.14 0.15 0.13 0.16 0.12 0.18 0.21 0.17 0.14 0.12 0.14 0.16 0.13 0.09 0.17 0.16 0.10 0.09
C5' 0.12 0.15 0.12 0.13 0.12 0.12 0.16 0.09 0.20 0.12 0.18 0.17 0.13 0.16 0.11 0.13 0.17 0.12 0.09 0.24 0.16 0.06 0.06
C6 0.15 0.20 0.12 0.14 0.15 0.16 0.14 0.13 0.17 0.10 0.18 0.22 0.19 0.13 0.12 0.10 0.19 0.16 0.09 0.18 0.13 0.09 0.08
N1 0.13 0.14 0.11 0.14 0.09 0.15 0.09 0.12 0.12 0.06 0.14 0.18 0.12 0.07 0.08 0.10 0.18 0.14 0.09 0.13 0.10 0.09 0.07
N3 0.08 0.13 0.10 0.11 0.09 0.12 0.11 0.11 0.13 0.09 0.14 0.16 0.09 0.10 0.08 0.11 0.13 0.10 0.09 0.14 0.11 0.11 0.06
O2 0.10 0.11 0.10 0.12 0.09 0.13 0.10 0.11 0.13 0.09 0.13 0.13 0.10 0.10 0.09 0.09 0.15 0.13 0.10 0.14 0.10 0.10 0.07
O2' 0.13 0.20 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.16 0.12 0.21 0.23 0.13 0.12 0.11 0.11 0.14 0.13 0.12 0.16 0.14 0.11 0.11
O3' 0.13 0.15 0.12 0.12 0.10 0.12 0.11 0.09 0.16 0.09 0.17 0.18 0.13 0.09 0.10 0.12 0.16 0.12 0.11 0.21 0.15 0.10 0.11
O4 0.14 0.19 0.16 0.17 0.15 0.14 0.16 0.14 0.18 0.15 0.19 0.22 0.16 0.15 0.15 0.19 0.16 0.12 0.14 0.18 0.18 0.14 0.13
O4' 0.17 0.16 0.16 0.18 0.12 0.18 0.11 0.14 0.14 0.10 0.16 0.20 0.15 0.10 0.12 0.17 0.22 0.17 0.11 0.17 0.14 0.10 0.10
O5' 0.11 0.11 0.11 0.13 0.07 0.11 0.11 0.07 0.15 0.10 0.12 0.14 0.10 0.14 0.07 0.14 0.19 0.10 0.11 0.19 0.14 0.07 0.06
OP1 0.16 0.17 0.14 0.12 0.16 0.12 0.16 0.10 0.16 0.16 0.16 0.19 0.17 0.17 0.17 0.14 0.14 0.15 0.12 0.18 0.14 0.12 0.11
OP2 0.16 0.15 0.14 0.13 0.15 0.11 0.14 0.07 0.14 0.15 0.13 0.17 0.16 0.15 0.16 0.15 0.16 0.13 0.15 0.15 0.09 0.10 0.08
P 0.12 0.11 0.11 0.11 0.10 0.09 0.10 0.06 0.11 0.11 0.11 0.14 0.11 0.11 0.11 0.12 0.14 0.11 0.15 0.14 0.09 0.11 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.09 0.08 0.06
C2 0.05 0.00 0.07 0.07 0.01 0.07 0.02 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.11 0.06 0.04 0.02 0.14 0.06 0.07
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.06 0.09 0.06 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.13 0.05 0.08 0.13 0.08
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.11 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.03 0.05 0.17 0.08
C4 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.03 0.06 0.02 0.14 0.07 0.09
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.10 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.12 0.02
C5 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.03 0.10 0.02 0.19 0.13 0.13
C5' 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.08 0.06 0.07 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.09 0.02 0.13 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.06 0.04 0.11 0.01 0.21 0.14 0.15
C8 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.03 0.03 0.12 0.03 0.17 0.13 0.14
N1 0.03 0.00 0.06 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.05 0.07 0.01 0.18 0.10 0.11
N2 0.07 0.00 0.09 0.11 0.02 0.10 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.15 0.08 0.04 0.02 0.13 0.05 0.06
N3 0.05 0.01 0.06 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.06 0.03 0.02 0.12 0.05 0.06
N7 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.04 0.00 0.07 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.03 0.03 0.13 0.03 0.22 0.17 0.17
N9 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.06 0.02 0.12 0.07 0.08
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.03 0.08 0.07 0.09 0.10 0.07 0.08 0.04 0.00 0.05 0.01 0.14 0.09 0.10 0.14 0.09
O3' 0.03 0.11 0.02 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.09 0.15 0.10 0.03 0.03 0.05 0.00 0.03 0.10 0.06 0.05 0.17 0.07
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.08 0.06 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.08 0.05 0.10 0.06 0.07
O5' 0.05 0.04 0.13 0.12 0.06 0.01 0.10 0.01 0.11 0.12 0.07 0.04 0.03 0.13 0.06 0.14 0.10 0.08 0.00 0.14 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.09 0.06 0.05 0.14 0.00 0.25 0.19 0.18
OP1 0.09 0.14 0.08 0.05 0.14 0.04 0.19 0.02 0.21 0.17 0.18 0.13 0.12 0.22 0.12 0.10 0.05 0.10 0.02 0.25 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.06 0.13 0.17 0.07 0.12 0.13 0.13 0.14 0.13 0.10 0.05 0.05 0.17 0.07 0.14 0.17 0.06 0.02 0.19 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.07 0.08 0.08 0.09 0.02 0.13 0.02 0.15 0.14 0.11 0.06 0.06 0.17 0.08 0.09 0.07 0.07 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00