ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49118

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 1, 1, 4, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.012, 0.027, 0.041, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.019, 0.037, 0.056, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.037 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.013, 0.033, 0.053, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.033 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.013, 0.036, 0.059, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.036 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.016, 0.040, 0.064, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.040 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.017, 0.043, 0.069, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.043 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.029, 0.058, 0.087, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.058 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.037, 0.104, 0.170, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.104 std_dev=0.067
C2' B 0, 0.274, 0.565, 0.856, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.565 std_dev=0.291
O2' B 0, 0.247, 0.559, 0.872, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.559 std_dev=0.312
C3' B 0, 0.092, 0.888, 1.684, 2.687 max_d=2.687 avg_d=0.888 std_dev=0.796
O4' A 0, -0.228, 0.696, 1.619, 2.640 max_d=2.640 avg_d=0.696 std_dev=0.923
C2' A 0, -0.141, 0.817, 1.775, 2.813 max_d=2.813 avg_d=0.817 std_dev=0.958
C1' B 0, -0.105, 0.930, 1.965, 3.873 max_d=3.873 avg_d=0.930 std_dev=1.035
O3' B 0, -0.102, 0.978, 2.058, 4.118 max_d=4.118 avg_d=0.978 std_dev=1.080
C4' A 0, -0.194, 0.941, 2.077, 3.412 max_d=3.412 avg_d=0.941 std_dev=1.136
C3' A 0, -0.205, 1.050, 2.305, 3.741 max_d=3.741 avg_d=1.050 std_dev=1.255
C4' B 0, -0.167, 1.184, 2.536, 4.594 max_d=4.594 avg_d=1.184 std_dev=1.351
O3' A 0, -0.217, 1.164, 2.544, 4.244 max_d=4.244 avg_d=1.164 std_dev=1.381
O2' A 0, -0.197, 1.227, 2.651, 4.233 max_d=4.233 avg_d=1.227 std_dev=1.424
O4' B 0, -0.246, 1.258, 2.762, 5.108 max_d=5.108 avg_d=1.258 std_dev=1.504
N9 B 0, -0.366, 1.157, 2.680, 5.435 max_d=5.435 avg_d=1.157 std_dev=1.523
C4 B 0, -0.701, 1.212, 3.124, 6.911 max_d=6.911 avg_d=1.212 std_dev=1.912
C8 B 0, -0.524, 1.480, 3.484, 6.534 max_d=6.534 avg_d=1.480 std_dev=2.004
N3 B 0, -1.010, 1.131, 3.272, 7.813 max_d=7.813 avg_d=1.131 std_dev=2.141
C5' A 0, -0.427, 1.751, 3.929, 6.420 max_d=6.420 avg_d=1.751 std_dev=2.178
C5' B 0, -0.557, 1.678, 3.913, 7.446 max_d=7.446 avg_d=1.678 std_dev=2.235
C5 B 0, -0.841, 1.509, 3.859, 8.051 max_d=8.051 avg_d=1.509 std_dev=2.350
N7 B 0, -0.761, 1.655, 4.070, 7.761 max_d=7.761 avg_d=1.655 std_dev=2.415
O5' B 0, -0.641, 1.835, 4.310, 7.944 max_d=7.944 avg_d=1.835 std_dev=2.476
O5' A 0, -0.836, 1.818, 4.471, 7.544 max_d=7.544 avg_d=1.818 std_dev=2.653
C2 B 0, -1.356, 1.411, 4.178, 9.952 max_d=9.952 avg_d=1.411 std_dev=2.767
C6 B 0, -1.165, 1.716, 4.596, 9.904 max_d=9.904 avg_d=1.716 std_dev=2.881
N1 B 0, -1.398, 1.649, 4.696, 10.790 max_d=10.790 avg_d=1.649 std_dev=3.047
N2 B 0, -1.676, 1.596, 4.868, 11.682 max_d=11.682 avg_d=1.596 std_dev=3.272
O6 B 0, -1.296, 2.019, 5.334, 11.071 max_d=11.071 avg_d=2.019 std_dev=3.315
P B 0, -0.938, 2.404, 5.745, 10.861 max_d=10.861 avg_d=2.404 std_dev=3.342
OP2 B 0, -0.913, 2.546, 6.006, 10.891 max_d=10.891 avg_d=2.546 std_dev=3.459
P A 0, -1.185, 2.322, 5.829, 10.066 max_d=10.066 avg_d=2.322 std_dev=3.507
OP2 A 0, -0.981, 2.652, 6.285, 11.245 max_d=11.245 avg_d=2.652 std_dev=3.633
OP1 B 0, -1.058, 2.650, 6.358, 12.300 max_d=12.300 avg_d=2.650 std_dev=3.708
OP1 A 0, -1.397, 2.829, 7.054, 12.276 max_d=12.276 avg_d=2.829 std_dev=4.226

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.07 0.03 0.02 0.04 0.07 0.01 0.23 0.04 0.00 0.11 0.31 0.38 0.15
C2 0.05 0.00 0.16 0.15 0.02 0.34 0.02 0.60 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.20 0.03 0.36 0.71 0.68 0.33 0.64
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.08 0.03 0.07 0.15 0.10 0.04 0.13 0.25 0.01 0.03 0.10 0.01 0.35 0.30 0.51 0.36
C3' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.26 0.01 0.43 0.02 0.43 0.16 0.13 0.40 0.03 0.01 0.27 0.02 0.30 0.32 0.49 0.14
C4 0.04 0.02 0.08 0.26 0.00 0.14 0.01 0.30 0.01 0.02 0.01 0.02 0.36 0.16 0.01 0.06 0.29 0.55 0.83 0.40
C4' 0.01 0.34 0.03 0.01 0.14 0.00 0.39 0.01 0.45 0.07 0.24 0.72 0.25 0.02 0.14 0.00 0.02 0.27 0.38 0.06
C5 0.03 0.02 0.07 0.43 0.01 0.39 0.00 0.65 0.01 0.02 0.02 0.02 0.49 0.20 0.02 0.26 0.74 1.21 1.45 1.06
C5' 0.07 0.60 0.15 0.02 0.30 0.01 0.65 0.00 0.69 0.16 0.49 1.18 0.16 0.16 0.32 0.02 0.01 0.27 0.37 0.01
C6 0.03 0.02 0.10 0.43 0.01 0.45 0.01 0.69 0.00 0.01 0.02 0.02 0.47 0.15 0.02 0.34 0.77 1.19 1.29 1.03
N1 0.02 0.01 0.04 0.16 0.02 0.07 0.02 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.11 0.02 0.03 0.18 0.40 0.49 0.21
N3 0.04 0.01 0.13 0.13 0.01 0.24 0.02 0.49 0.02 0.01 0.00 0.02 0.21 0.15 0.02 0.26 0.56 0.58 0.19 0.46
O2 0.07 0.00 0.25 0.40 0.02 0.72 0.02 1.18 0.02 0.01 0.02 0.00 0.29 0.34 0.03 0.65 1.41 1.45 1.04 1.43
O2' 0.01 0.15 0.01 0.03 0.36 0.25 0.49 0.16 0.47 0.20 0.21 0.29 0.00 0.05 0.38 0.17 0.29 0.30 0.50 0.31
O3' 0.23 0.20 0.03 0.01 0.16 0.02 0.20 0.16 0.15 0.11 0.15 0.34 0.05 0.00 0.18 0.16 0.33 0.47 0.48 0.14
O4 0.04 0.03 0.10 0.27 0.01 0.14 0.02 0.32 0.02 0.02 0.02 0.03 0.38 0.18 0.00 0.07 0.31 0.56 0.88 0.42
O4' 0.00 0.36 0.01 0.02 0.06 0.00 0.26 0.02 0.34 0.03 0.26 0.65 0.17 0.16 0.07 0.00 0.28 0.28 0.52 0.27
O5' 0.11 0.71 0.35 0.30 0.29 0.02 0.74 0.01 0.77 0.18 0.56 1.41 0.29 0.33 0.31 0.28 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.31 0.68 0.30 0.32 0.55 0.27 1.21 0.27 1.19 0.40 0.58 1.45 0.30 0.47 0.56 0.28 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.38 0.33 0.51 0.49 0.83 0.38 1.45 0.37 1.29 0.49 0.19 1.04 0.50 0.48 0.88 0.52 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.64 0.36 0.14 0.40 0.06 1.06 0.01 1.03 0.21 0.46 1.43 0.31 0.14 0.42 0.27 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.77 1.61 0.34 0.15 1.16 0.53 1.19 0.64 1.42 0.82 1.62 1.86 1.36 0.98 0.90 0.25 0.41 0.81 0.51 1.45 0.71 0.44 0.56
C2 0.57 1.88 0.32 0.26 1.22 0.43 1.25 0.70 1.58 0.62 1.88 2.20 1.55 0.90 0.77 0.30 0.61 0.40 0.52 1.62 1.01 0.49 0.65
C2' 0.86 1.63 0.34 0.17 1.27 0.58 1.33 0.71 1.52 1.01 1.68 1.80 1.40 1.16 1.04 0.21 0.38 0.93 0.61 1.57 0.76 0.65 0.71
C3' 0.25 1.10 0.48 0.50 0.73 0.25 0.81 0.35 1.01 0.48 1.15 1.27 0.87 0.66 0.48 0.64 0.92 0.35 0.21 1.07 0.44 0.20 0.29
C4 0.41 1.70 0.31 0.43 1.11 0.61 1.13 0.94 1.40 0.58 1.65 1.95 1.44 0.83 0.67 0.30 0.71 0.26 0.80 1.41 1.24 0.83 0.94
C4' 0.33 1.12 0.61 0.61 0.74 0.28 0.78 0.29 0.98 0.44 1.13 1.32 0.91 0.61 0.49 0.70 0.97 0.23 0.25 1.01 0.40 0.16 0.18
C5 0.53 1.44 0.30 0.21 1.00 0.38 0.97 0.54 1.17 0.52 1.37 1.61 1.27 0.70 0.67 0.28 0.55 0.37 0.39 1.15 0.71 0.33 0.45
C5' 0.74 0.93 1.18 1.22 0.75 0.89 0.73 0.81 0.81 0.62 0.90 1.04 0.85 0.64 0.68 1.31 1.56 0.60 0.83 0.81 0.83 0.74 0.72
C6 0.69 1.44 0.32 0.15 1.04 0.43 1.03 0.52 1.21 0.66 1.40 1.64 1.26 0.80 0.78 0.27 0.45 0.65 0.38 1.21 0.60 0.27 0.40
N1 0.68 1.67 0.33 0.15 1.15 0.43 1.15 0.56 1.41 0.68 1.65 1.93 1.41 0.88 0.82 0.28 0.49 0.62 0.38 1.42 0.71 0.26 0.44
N3 0.45 1.89 0.31 0.40 1.19 0.57 1.24 0.92 1.59 0.61 1.88 2.21 1.55 0.91 0.71 0.30 0.71 0.27 0.78 1.62 1.31 0.83 0.96
O2 0.57 1.98 0.33 0.27 1.27 0.45 1.32 0.74 1.70 0.65 2.01 2.33 1.60 0.96 0.80 0.30 0.63 0.40 0.57 1.76 1.11 0.56 0.71
O2' 1.62 2.11 1.00 0.90 1.94 1.33 2.02 1.45 2.14 1.83 2.20 2.18 1.96 1.94 1.80 0.77 0.51 1.75 1.43 2.19 1.46 1.54 1.55
O3' 0.53 1.04 0.25 0.15 0.84 0.40 0.95 0.60 1.08 0.79 1.13 1.15 0.86 0.91 0.71 0.39 0.57 0.76 0.57 1.15 0.72 0.73 0.76
O4 0.35 1.65 0.33 0.63 1.09 0.89 1.17 1.32 1.42 0.75 1.62 1.92 1.38 0.96 0.68 0.29 0.82 0.49 1.20 1.43 1.67 1.27 1.39
O4' 0.43 1.36 0.43 0.43 0.90 0.26 0.94 0.37 1.16 0.54 1.35 1.60 1.11 0.72 0.61 0.42 0.78 0.37 0.30 1.18 0.53 0.25 0.30
O5' 0.90 0.87 1.39 1.52 0.78 1.20 0.75 1.16 0.78 0.76 0.85 0.95 0.83 0.72 0.80 1.53 1.92 0.83 1.15 0.79 1.20 1.04 1.05
OP1 1.93 0.92 2.39 2.56 1.38 2.36 1.26 2.34 0.99 1.64 0.82 0.69 1.23 1.43 1.66 2.56 2.90 1.98 2.30 0.89 2.38 2.19 2.24
OP2 1.88 0.80 2.57 2.84 1.27 2.47 1.15 2.45 0.87 1.58 0.72 0.61 1.11 1.34 1.58 2.77 3.38 1.89 2.40 0.78 2.51 2.21 2.28
P 1.57 0.75 2.11 2.29 1.08 2.01 0.97 1.98 0.77 1.29 0.68 0.65 0.98 1.10 1.32 2.30 2.70 1.57 1.94 0.70 2.02 1.81 1.86

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.10 0.05 0.09 0.18 0.14
C2 0.03 0.00 0.12 0.10 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.14 0.04 0.17 0.03 0.19 0.30 0.21
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.03 0.08 0.06 0.10 0.15 0.12 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.09 0.08 0.07 0.05
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.10 0.12 0.09 0.13 0.10 0.11 0.06 0.02 0.01 0.02 0.05 0.12 0.12 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.07 0.07 0.00 0.03 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.08 0.02 0.18 0.04 0.20 0.28 0.21
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.10 0.04 0.06 0.04 0.10 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.10 0.05 0.06 0.04
C5 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.06 0.00 0.14 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.03 0.23 0.03 0.26 0.33 0.27
C5' 0.03 0.06 0.03 0.02 0.09 0.01 0.14 0.00 0.15 0.17 0.10 0.05 0.05 0.18 0.09 0.04 0.03 0.03 0.01 0.19 0.04 0.02 0.02
C6 0.03 0.02 0.08 0.10 0.02 0.07 0.02 0.15 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.11 0.12 0.04 0.24 0.01 0.29 0.37 0.29
C8 0.01 0.02 0.06 0.12 0.01 0.10 0.01 0.17 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.13 0.03 0.23 0.05 0.24 0.28 0.24
N1 0.03 0.01 0.10 0.09 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.16 0.12 0.04 0.21 0.02 0.25 0.34 0.26
N2 0.04 0.00 0.15 0.13 0.02 0.06 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.23 0.18 0.05 0.15 0.04 0.17 0.28 0.20
N3 0.02 0.01 0.12 0.10 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.17 0.12 0.03 0.15 0.04 0.16 0.26 0.19
N7 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.10 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.12 0.03 0.26 0.05 0.29 0.34 0.29
N9 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.16 0.05 0.17 0.24 0.19
O2' 0.01 0.19 0.01 0.02 0.10 0.04 0.08 0.04 0.11 0.04 0.16 0.23 0.17 0.03 0.02 0.00 0.04 0.06 0.05 0.11 0.11 0.07 0.05
O3' 0.03 0.14 0.02 0.01 0.08 0.02 0.09 0.03 0.12 0.13 0.12 0.18 0.12 0.12 0.06 0.04 0.00 0.03 0.07 0.13 0.19 0.14 0.11
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.06 0.03 0.00 0.11 0.06 0.11 0.22 0.18
O5' 0.10 0.17 0.05 0.05 0.18 0.02 0.23 0.01 0.24 0.23 0.21 0.15 0.15 0.26 0.16 0.05 0.07 0.11 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01
O6 0.05 0.03 0.09 0.12 0.04 0.10 0.03 0.19 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.05 0.05 0.11 0.13 0.06 0.28 0.00 0.35 0.42 0.34
OP1 0.09 0.19 0.08 0.12 0.20 0.05 0.26 0.04 0.29 0.24 0.25 0.17 0.16 0.29 0.17 0.11 0.19 0.11 0.01 0.35 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.30 0.07 0.07 0.28 0.06 0.33 0.02 0.37 0.28 0.34 0.28 0.26 0.34 0.24 0.07 0.14 0.22 0.01 0.42 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.21 0.05 0.05 0.21 0.04 0.27 0.02 0.29 0.24 0.26 0.20 0.19 0.29 0.19 0.05 0.11 0.18 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00