ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49120

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.009, 0.028, 0.047, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.028 std_dev=0.019
O4 A 0, 0.014, 0.067, 0.120, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.067 std_dev=0.053
O3' B 0, 0.146, 0.308, 0.470, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.308 std_dev=0.162
C3' B 0, 0.174, 0.340, 0.506, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.340 std_dev=0.166
C2' A 0, 0.017, 0.218, 0.419, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.218 std_dev=0.201
C2' B 0, 0.177, 0.405, 0.633, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.405 std_dev=0.228
O4' A 0, -0.026, 0.237, 0.500, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.237 std_dev=0.263
O4' B 0, 0.091, 0.375, 0.658, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.375 std_dev=0.283
O2' B 0, 0.093, 0.428, 0.763, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.428 std_dev=0.335
OP1 A 0, 0.186, 0.531, 0.876, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.531 std_dev=0.345
P A 0, 0.088, 0.467, 0.846, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.467 std_dev=0.379
C4' B 0, 0.045, 0.444, 0.843, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.444 std_dev=0.399
C5' A 0, 0.061, 0.516, 0.972, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.516 std_dev=0.455
C4' A 0, -0.038, 0.439, 0.917, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.439 std_dev=0.477
O2' A 0, -0.072, 0.439, 0.949, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.439 std_dev=0.511
O5' A 0, -0.029, 0.602, 1.232, 2.082 max_d=2.082 avg_d=0.602 std_dev=0.630
C3' A 0, -0.103, 0.528, 1.159, 1.776 max_d=1.776 avg_d=0.528 std_dev=0.631
C1' B 0, 0.006, 0.672, 1.337, 1.908 max_d=1.908 avg_d=0.672 std_dev=0.665
OP2 A 0, -0.020, 0.675, 1.371, 1.978 max_d=1.978 avg_d=0.675 std_dev=0.695
O3' A 0, -0.196, 0.902, 1.999, 3.060 max_d=3.060 avg_d=0.902 std_dev=1.098
C5' B 0, -0.266, 0.842, 1.949, 3.255 max_d=3.255 avg_d=0.842 std_dev=1.107
N9 B 0, -0.238, 1.136, 2.509, 3.792 max_d=3.792 avg_d=1.136 std_dev=1.374
O5' B 0, -0.347, 1.081, 2.508, 3.938 max_d=3.938 avg_d=1.081 std_dev=1.427
C8 B 0, -0.425, 1.454, 3.334, 5.403 max_d=5.403 avg_d=1.454 std_dev=1.879
C4 B 0, -0.492, 1.546, 3.584, 5.500 max_d=5.500 avg_d=1.546 std_dev=2.038
P B 0, -0.672, 1.635, 3.942, 6.224 max_d=6.224 avg_d=1.635 std_dev=2.307
N3 B 0, -0.629, 1.718, 4.066, 6.470 max_d=6.470 avg_d=1.718 std_dev=2.347
N7 B 0, -0.688, 1.905, 4.498, 7.211 max_d=7.211 avg_d=1.905 std_dev=2.593
C5 B 0, -0.706, 1.930, 4.566, 7.102 max_d=7.102 avg_d=1.930 std_dev=2.636
OP1 B 0, -0.869, 1.800, 4.468, 6.843 max_d=6.843 avg_d=1.800 std_dev=2.668
OP2 B 0, -0.783, 1.957, 4.696, 7.130 max_d=7.130 avg_d=1.957 std_dev=2.739
C2 B 0, -0.913, 2.194, 5.302, 8.529 max_d=8.529 avg_d=2.194 std_dev=3.107
C6 B 0, -0.983, 2.405, 5.793, 9.059 max_d=9.059 avg_d=2.405 std_dev=3.388
N1 B 0, -1.049, 2.469, 5.987, 9.473 max_d=9.473 avg_d=2.469 std_dev=3.518
N2 B 0, -1.139, 2.537, 6.213, 10.310 max_d=10.310 avg_d=2.537 std_dev=3.676
O6 B 0, -1.201, 2.818, 6.837, 10.748 max_d=10.748 avg_d=2.818 std_dev=4.019

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.01 0.00 0.13 0.14 0.36 0.09
C2 0.01 0.00 0.15 0.24 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.16 0.01 0.05 0.15 0.12 0.28 0.11
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.07 0.03 0.04 0.18 0.06 0.04 0.13 0.22 0.00 0.04 0.08 0.02 0.29 0.22 0.62 0.31
C3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.38 0.01 0.37 0.01 0.30 0.22 0.32 0.17 0.02 0.01 0.40 0.03 0.26 0.25 0.18 0.15
C4 0.01 0.01 0.07 0.38 0.00 0.14 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.27 0.00 0.02 0.26 0.17 0.38 0.23
C4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.14 0.00 0.16 0.01 0.14 0.08 0.10 0.03 0.28 0.02 0.15 0.00 0.01 0.19 0.28 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.37 0.00 0.16 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.26 0.29 0.01 0.07 0.25 0.17 0.37 0.23
C5' 0.08 0.06 0.18 0.01 0.12 0.01 0.14 0.00 0.11 0.06 0.09 0.06 0.10 0.18 0.14 0.01 0.01 0.21 0.32 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.30 0.01 0.14 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.20 0.01 0.09 0.18 0.13 0.27 0.14
N1 0.00 0.01 0.04 0.22 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.12 0.01 0.01 0.13 0.12 0.28 0.09
N3 0.01 0.00 0.13 0.32 0.00 0.10 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.19 0.01 0.03 0.21 0.14 0.32 0.17
O2 0.01 0.00 0.22 0.17 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.24 0.01 0.09 0.12 0.12 0.30 0.09
O2' 0.01 0.23 0.00 0.02 0.30 0.28 0.26 0.10 0.21 0.18 0.28 0.18 0.00 0.03 0.32 0.17 0.24 0.20 0.60 0.19
O3' 0.23 0.16 0.04 0.01 0.27 0.02 0.29 0.18 0.20 0.12 0.19 0.24 0.03 0.00 0.31 0.16 0.35 0.40 0.16 0.28
O4 0.01 0.01 0.08 0.40 0.00 0.15 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.31 0.00 0.01 0.29 0.20 0.46 0.27
O4' 0.00 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.03 0.09 0.17 0.16 0.01 0.00 0.11 0.23 0.31 0.14
O5' 0.13 0.15 0.29 0.26 0.26 0.01 0.25 0.01 0.18 0.13 0.21 0.12 0.24 0.35 0.29 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.14 0.12 0.22 0.25 0.17 0.19 0.17 0.21 0.13 0.12 0.14 0.12 0.20 0.40 0.20 0.23 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.36 0.28 0.62 0.18 0.38 0.28 0.37 0.32 0.27 0.28 0.32 0.30 0.60 0.16 0.46 0.31 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.11 0.31 0.15 0.23 0.04 0.23 0.01 0.14 0.09 0.17 0.09 0.19 0.28 0.27 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.59 1.64 0.12 0.17 1.13 0.39 1.07 1.04 1.31 0.54 1.56 1.88 1.44 0.74 0.75 0.12 0.09 0.24 0.95 1.29 1.69 0.99 1.26
C2 0.71 1.96 0.23 0.11 1.47 0.40 1.57 0.87 1.85 1.05 2.00 2.16 1.68 1.34 1.08 0.19 0.11 0.31 0.60 1.92 1.26 0.42 0.81
C2' 0.68 1.59 0.26 0.13 1.09 0.22 0.99 0.81 1.20 0.50 1.48 1.85 1.42 0.66 0.75 0.27 0.18 0.36 0.82 1.16 1.56 0.94 1.14
C3' 0.42 1.25 0.13 0.28 0.73 0.28 0.58 0.83 0.78 0.14 1.09 1.54 1.10 0.24 0.41 0.16 0.25 0.28 0.99 0.70 1.64 1.23 1.30
C4 0.70 1.86 0.29 0.10 1.45 0.33 1.62 0.56 1.82 1.29 1.90 2.06 1.61 1.54 1.14 0.26 0.13 0.33 0.18 1.92 0.57 0.31 0.19
C4' 0.51 1.32 0.04 0.21 0.80 0.19 0.60 0.82 0.79 0.11 1.13 1.62 1.20 0.21 0.46 0.05 0.17 0.35 1.04 0.69 1.76 1.34 1.40
C5 0.66 1.48 0.26 0.10 1.19 0.30 1.26 0.52 1.40 1.03 1.47 1.61 1.35 1.19 0.96 0.25 0.13 0.31 0.19 1.44 0.50 0.28 0.19
C5' 0.42 0.88 0.15 0.23 0.45 0.26 0.18 0.59 0.31 0.24 0.64 1.16 0.84 0.21 0.22 0.13 0.15 0.40 0.93 0.18 1.40 1.25 1.19
C6 0.63 1.39 0.20 0.11 1.08 0.34 1.08 0.70 1.23 0.77 1.36 1.52 1.27 0.92 0.83 0.19 0.12 0.28 0.46 1.24 0.87 0.27 0.55
N1 0.66 1.67 0.19 0.13 1.25 0.38 1.26 0.88 1.48 0.80 1.65 1.85 1.48 1.02 0.90 0.16 0.11 0.28 0.67 1.50 1.27 0.54 0.87
N3 0.73 2.02 0.27 0.10 1.55 0.37 1.72 0.73 1.99 1.26 2.10 2.22 1.71 1.57 1.17 0.23 0.12 0.33 0.37 2.10 0.93 0.13 0.49
O2 0.71 2.11 0.22 0.12 1.55 0.41 1.66 0.96 1.99 1.04 2.18 2.35 1.78 1.37 1.10 0.18 0.11 0.30 0.72 2.08 1.50 0.62 1.01
O2' 0.56 1.68 0.19 0.15 1.07 0.41 0.98 1.16 1.24 0.43 1.56 2.00 1.45 0.61 0.67 0.29 0.10 0.19 1.18 1.21 2.11 1.38 1.62
O3' 0.51 1.52 0.11 0.29 0.91 0.19 0.75 0.80 1.00 0.26 1.36 1.87 1.33 0.39 0.53 0.11 0.29 0.34 1.07 0.93 1.86 1.50 1.48
O4 0.69 1.98 0.32 0.12 1.51 0.31 1.75 0.45 1.98 1.45 2.05 2.25 1.66 1.74 1.19 0.27 0.14 0.34 0.14 2.12 0.34 0.59 0.10
O4' 0.53 1.47 0.07 0.26 0.97 0.35 0.84 1.04 1.05 0.32 1.34 1.71 1.32 0.48 0.61 0.08 0.22 0.24 1.06 0.99 1.77 1.18 1.38
O5' 0.54 0.85 0.09 0.06 0.54 0.32 0.35 0.21 0.42 0.24 0.65 1.07 0.85 0.27 0.37 0.05 0.01 0.53 0.47 0.34 0.74 0.75 0.64
OP1 0.09 0.24 0.19 0.05 0.40 0.38 0.72 0.31 0.71 0.84 0.46 0.23 0.19 0.97 0.43 0.13 0.03 0.22 0.41 0.89 0.36 0.72 0.43
OP2 0.10 0.28 0.33 0.07 0.37 0.12 0.60 0.08 0.63 0.59 0.47 0.18 0.19 0.72 0.35 0.30 0.02 0.08 0.22 0.75 0.22 0.39 0.22
P 0.19 0.14 0.15 0.02 0.15 0.23 0.36 0.12 0.34 0.48 0.16 0.29 0.19 0.56 0.19 0.14 0.00 0.24 0.32 0.47 0.27 0.50 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.03 0.25 0.01 0.20 0.02 0.22 0.29 0.21
C2 0.03 0.00 0.28 0.09 0.00 0.27 0.00 0.38 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.50 0.28 0.36 0.25 0.00 0.34 0.37 0.24
C2' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.15 0.03 0.09 0.16 0.14 0.14 0.22 0.33 0.26 0.07 0.03 0.00 0.02 0.03 0.37 0.11 0.46 0.64 0.47
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.15 0.01 0.26 0.02 0.24 0.34 0.16 0.10 0.07 0.35 0.19 0.02 0.01 0.03 0.05 0.29 0.19 0.30 0.16
C4 0.02 0.00 0.15 0.15 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.14 0.18 0.18 0.01 0.21 0.40 0.24
C4' 0.01 0.27 0.03 0.01 0.09 0.00 0.05 0.01 0.07 0.25 0.18 0.36 0.26 0.20 0.06 0.27 0.02 0.00 0.01 0.06 0.10 0.12 0.04
C5 0.01 0.00 0.09 0.26 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.25 0.09 0.07 0.26 0.01 0.30 0.57 0.39
C5' 0.09 0.38 0.16 0.02 0.13 0.01 0.07 0.00 0.09 0.34 0.26 0.52 0.36 0.28 0.10 0.10 0.20 0.02 0.00 0.07 0.05 0.04 0.01
C6 0.02 0.00 0.14 0.24 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.08 0.14 0.21 0.00 0.26 0.59 0.35
C8 0.01 0.00 0.14 0.34 0.00 0.25 0.00 0.34 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.48 0.20 0.20 0.48 0.01 0.51 0.62 0.57
N1 0.03 0.00 0.22 0.16 0.01 0.18 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.37 0.16 0.27 0.17 0.00 0.22 0.46 0.23
N2 0.04 0.00 0.33 0.10 0.01 0.36 0.01 0.52 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.64 0.38 0.43 0.35 0.01 0.49 0.38 0.33
N3 0.03 0.00 0.26 0.07 0.00 0.26 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.48 0.30 0.36 0.26 0.01 0.34 0.35 0.25
N7 0.00 0.00 0.07 0.35 0.00 0.20 0.00 0.28 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.42 0.20 0.11 0.45 0.01 0.53 0.75 0.61
N9 0.00 0.01 0.03 0.19 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.11 0.01 0.24 0.01 0.24 0.38 0.29
O2' 0.03 0.50 0.00 0.02 0.25 0.27 0.25 0.10 0.27 0.48 0.37 0.64 0.48 0.42 0.19 0.00 0.03 0.14 0.26 0.28 0.32 0.75 0.42
O3' 0.25 0.28 0.02 0.01 0.14 0.02 0.09 0.20 0.08 0.20 0.16 0.38 0.30 0.20 0.11 0.03 0.00 0.14 0.23 0.11 0.20 0.29 0.21
O4' 0.01 0.36 0.03 0.03 0.18 0.00 0.07 0.02 0.14 0.20 0.27 0.43 0.36 0.11 0.01 0.14 0.14 0.00 0.09 0.10 0.04 0.10 0.11
O5' 0.20 0.25 0.37 0.05 0.18 0.01 0.26 0.00 0.21 0.48 0.17 0.35 0.26 0.45 0.24 0.26 0.23 0.09 0.00 0.27 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.00 0.11 0.29 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.11 0.10 0.27 0.00 0.36 0.71 0.45
OP1 0.22 0.34 0.46 0.19 0.21 0.10 0.30 0.05 0.26 0.51 0.22 0.49 0.34 0.53 0.24 0.32 0.20 0.04 0.02 0.36 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.37 0.64 0.30 0.40 0.12 0.57 0.04 0.59 0.62 0.46 0.38 0.35 0.75 0.38 0.75 0.29 0.10 0.02 0.71 0.01 0.00 0.00
P 0.21 0.24 0.47 0.16 0.24 0.04 0.39 0.01 0.35 0.57 0.23 0.33 0.25 0.61 0.29 0.42 0.21 0.11 0.00 0.45 0.00 0.00 0.00