ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49122

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.007
O4 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.026 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.020, 0.037, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.037 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.031, 0.073, 0.115, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.073 std_dev=0.042
C2' A 0, 0.037, 0.086, 0.135, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.086 std_dev=0.049
O2' A 0, 0.064, 0.144, 0.224, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.144 std_dev=0.080
O3' A 0, 0.074, 0.160, 0.246, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.160 std_dev=0.086
C3' A 0, 0.010, 0.105, 0.199, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.105 std_dev=0.094
C4' A 0, -0.030, 0.129, 0.287, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.129 std_dev=0.159
P A 0, 0.096, 0.274, 0.451, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.274 std_dev=0.178
O4' B 0, 0.094, 0.279, 0.464, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.279 std_dev=0.185
C4' B 0, 0.119, 0.317, 0.515, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.317 std_dev=0.198
C1' B 0, 0.100, 0.299, 0.498, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.299 std_dev=0.199
O5' A 0, 0.056, 0.258, 0.461, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.258 std_dev=0.203
O2' B 0, 0.174, 0.378, 0.582, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.378 std_dev=0.204
C2' B 0, 0.143, 0.360, 0.576, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.360 std_dev=0.217
C5' B 0, 0.109, 0.329, 0.550, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.329 std_dev=0.220
N9 B 0, 0.103, 0.329, 0.554, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.329 std_dev=0.226
N3 B 0, 0.144, 0.373, 0.601, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.373 std_dev=0.229
C4 B 0, 0.114, 0.353, 0.592, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.353 std_dev=0.239
C3' B 0, 0.148, 0.387, 0.627, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.387 std_dev=0.239
O5' B 0, 0.104, 0.360, 0.615, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.360 std_dev=0.255
C8 B 0, 0.130, 0.387, 0.643, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.387 std_dev=0.257
C2 B 0, 0.160, 0.429, 0.699, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.429 std_dev=0.269
C5 B 0, 0.122, 0.402, 0.682, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.402 std_dev=0.280
O3' B 0, 0.183, 0.465, 0.746, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.465 std_dev=0.282
N7 B 0, 0.138, 0.427, 0.716, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.427 std_dev=0.289
P B 0, 0.080, 0.374, 0.668, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.374 std_dev=0.294
OP1 B 0, 0.102, 0.401, 0.699, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.401 std_dev=0.299
N2 B 0, 0.179, 0.479, 0.779, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.479 std_dev=0.300
N1 B 0, 0.159, 0.464, 0.769, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.464 std_dev=0.305
C6 B 0, 0.143, 0.459, 0.774, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.459 std_dev=0.315
OP2 B 0, 0.041, 0.373, 0.705, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.373 std_dev=0.332
O6 B 0, 0.166, 0.528, 0.890, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.528 std_dev=0.362
C5' A 0, -0.091, 0.278, 0.648, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.278 std_dev=0.370
OP2 A 0, -0.010, 0.869, 1.748, 2.298 max_d=2.298 avg_d=0.869 std_dev=0.879
OP1 A 0, -0.223, 1.039, 2.301, 3.171 max_d=3.171 avg_d=1.039 std_dev=1.262

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.19 0.28 0.30 0.12
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.21 0.38 0.34 0.11
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.09 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.19 0.09 0.30 0.15
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.10 0.30 0.08
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.25 0.62 0.48 0.11
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.20 0.22 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.26 0.69 0.53 0.11
C5' 0.06 0.11 0.09 0.02 0.19 0.00 0.21 0.00 0.20 0.13 0.15 0.06 0.07 0.03 0.20 0.02 0.00 0.35 0.34 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.26 0.61 0.47 0.11
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.23 0.43 0.36 0.12
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.23 0.49 0.40 0.11
O2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.18 0.26 0.29 0.12
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.04 0.02 0.04 0.07 0.00 0.02 0.04 0.01 0.16 0.11 0.34 0.16
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.06 0.02 0.00 0.02 0.05 0.07 0.20 0.32 0.05
O4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.26 0.67 0.52 0.11
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.17 0.41 0.36 0.10
O5' 0.19 0.21 0.19 0.04 0.25 0.01 0.26 0.00 0.26 0.23 0.23 0.18 0.16 0.07 0.26 0.17 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.28 0.38 0.09 0.10 0.62 0.20 0.69 0.35 0.61 0.43 0.49 0.26 0.11 0.20 0.67 0.41 0.03 0.00 0.00 0.01
OP2 0.30 0.34 0.30 0.30 0.48 0.22 0.53 0.34 0.47 0.36 0.40 0.29 0.34 0.32 0.52 0.36 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.11 0.15 0.08 0.11 0.01 0.11 0.01 0.11 0.12 0.11 0.12 0.16 0.05 0.11 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.05 0.05 0.04 0.07 0.04 0.10 0.06 0.09 0.13 0.06 0.05 0.05 0.13 0.09 0.05 0.04 0.07 0.10 0.10 0.10 0.07 0.08
C2 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.06 0.09 0.13 0.08 0.08 0.08 0.13 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08 0.09 0.08
C2' 0.05 0.04 0.03 0.02 0.06 0.02 0.08 0.05 0.08 0.11 0.05 0.04 0.04 0.12 0.07 0.06 0.04 0.05 0.09 0.09 0.10 0.06 0.08
C3' 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.07 0.03 0.07 0.09 0.04 0.04 0.04 0.10 0.05 0.08 0.07 0.03 0.05 0.09 0.04 0.04 0.03
C4 0.10 0.07 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.12 0.07 0.06 0.07 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.08 0.09 0.11 0.10
C4' 0.06 0.04 0.08 0.07 0.05 0.08 0.07 0.06 0.06 0.08 0.04 0.04 0.04 0.09 0.06 0.11 0.10 0.06 0.02 0.08 0.04 0.06 0.04
C5 0.07 0.04 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07 0.11 0.05 0.03 0.04 0.10 0.08 0.06 0.07 0.09 0.10 0.07 0.10 0.10 0.10
C5' 0.23 0.15 0.25 0.25 0.15 0.28 0.10 0.25 0.08 0.12 0.11 0.16 0.17 0.09 0.17 0.29 0.29 0.24 0.18 0.06 0.19 0.17 0.18
C6 0.07 0.04 0.05 0.06 0.06 0.05 0.08 0.07 0.07 0.12 0.05 0.03 0.04 0.11 0.08 0.04 0.05 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.09
N1 0.07 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.09 0.06 0.08 0.12 0.06 0.05 0.05 0.12 0.09 0.06 0.06 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08
N3 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.08 0.09 0.12 0.08 0.09 0.09 0.12 0.11 0.12 0.12 0.10 0.09 0.10 0.08 0.11 0.09
O2 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.07 0.11 0.06 0.11 0.13 0.09 0.10 0.09 0.14 0.11 0.11 0.11 0.09 0.09 0.12 0.08 0.09 0.08
O2' 0.07 0.05 0.04 0.04 0.08 0.05 0.10 0.08 0.09 0.14 0.06 0.04 0.05 0.14 0.10 0.03 0.03 0.09 0.12 0.11 0.12 0.08 0.10
O3' 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.08 0.02 0.07 0.10 0.05 0.04 0.04 0.11 0.06 0.06 0.06 0.03 0.04 0.09 0.04 0.04 0.02
O4 0.12 0.09 0.12 0.12 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.12 0.08 0.08 0.10 0.11 0.12 0.12 0.13 0.11 0.10 0.09 0.09 0.13 0.11
O4' 0.06 0.05 0.05 0.04 0.07 0.03 0.10 0.05 0.10 0.13 0.07 0.04 0.04 0.14 0.09 0.05 0.03 0.06 0.10 0.11 0.09 0.07 0.08
O5' 0.29 0.30 0.29 0.29 0.31 0.28 0.33 0.30 0.32 0.34 0.31 0.29 0.29 0.34 0.31 0.27 0.27 0.29 0.32 0.33 0.27 0.24 0.28
OP1 0.88 1.00 0.83 0.81 1.01 0.78 1.09 0.78 1.11 1.07 1.06 0.96 0.96 1.13 0.99 0.74 0.71 0.86 0.90 1.15 0.83 1.04 0.95
OP2 0.74 0.82 0.72 0.72 0.84 0.68 0.89 0.70 0.91 0.88 0.87 0.79 0.80 0.92 0.82 0.64 0.66 0.73 0.83 0.94 0.72 0.95 0.86
P 0.09 0.11 0.09 0.09 0.12 0.08 0.14 0.09 0.14 0.14 0.13 0.11 0.10 0.16 0.11 0.08 0.07 0.09 0.10 0.15 0.09 0.09 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.01 0.07 0.01 0.08 0.09 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.04 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.08 0.07
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.09 0.01 0.10 0.10 0.10
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.05 0.04 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.11 0.12 0.11
C8 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.09 0.01 0.08 0.06 0.08
N1 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.09 0.00 0.10 0.11 0.10
N2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.07 0.01 0.08 0.10 0.08
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.07 0.07
N7 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.11 0.01 0.11 0.10 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.09 0.07 0.08 0.08 0.06 0.08 0.05 0.02 0.00 0.01 0.03 0.10 0.07 0.08 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04
O5' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.07 0.00 0.09 0.00 0.10 0.09 0.09 0.07 0.06 0.11 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.11 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.13 0.14 0.12
OP1 0.03 0.08 0.04 0.04 0.08 0.03 0.10 0.03 0.11 0.08 0.10 0.08 0.07 0.11 0.06 0.04 0.07 0.02 0.02 0.13 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.09 0.03 0.04 0.08 0.01 0.10 0.01 0.12 0.06 0.11 0.10 0.07 0.10 0.05 0.02 0.08 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.02 0.02 0.07 0.01 0.10 0.01 0.11 0.08 0.10 0.08 0.07 0.11 0.05 0.01 0.04 0.04 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00