ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49124

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.017, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.017, 0.031, 0.045, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.031 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.008, 0.025, 0.041, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.025 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.026, 0.045, 0.065, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.045 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.010, 0.031, 0.052, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.031 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.018, 0.048, 0.078, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.048 std_dev=0.030
C2' B 0, 0.109, 0.218, 0.327, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.218 std_dev=0.109
C1' B 0, 0.138, 0.436, 0.733, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.436 std_dev=0.298
O4' B 0, 0.166, 0.595, 1.025, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.595 std_dev=0.430
O2' B 0, 0.072, 0.570, 1.068, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.570 std_dev=0.498
C2' A 0, 0.005, 0.551, 1.096, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.551 std_dev=0.545
O4' A 0, -0.011, 0.554, 1.119, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.554 std_dev=0.565
P A 0, 0.024, 0.636, 1.247, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.636 std_dev=0.611
OP2 A 0, 0.031, 0.731, 1.430, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.731 std_dev=0.699
O2' A 0, 0.010, 0.753, 1.497, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.753 std_dev=0.744
N9 B 0, 0.072, 0.818, 1.563, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.818 std_dev=0.745
C3' B 0, 0.103, 0.856, 1.608, 1.751 max_d=1.751 avg_d=0.856 std_dev=0.753
O5' A 0, -0.030, 0.723, 1.476, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.723 std_dev=0.753
OP1 B 0, 0.189, 0.989, 1.788, 1.955 max_d=1.955 avg_d=0.989 std_dev=0.799
C4' A 0, -0.031, 0.897, 1.825, 2.068 max_d=2.068 avg_d=0.897 std_dev=0.928
C3' A 0, -0.028, 0.952, 1.933, 2.135 max_d=2.135 avg_d=0.952 std_dev=0.981
O5' B 0, 0.151, 1.151, 2.151, 2.339 max_d=2.339 avg_d=1.151 std_dev=1.000
C4' B 0, 0.110, 1.116, 2.121, 2.316 max_d=2.316 avg_d=1.116 std_dev=1.006
OP1 A 0, 0.017, 1.022, 2.028, 2.248 max_d=2.248 avg_d=1.022 std_dev=1.006
P B 0, 0.170, 1.218, 2.265, 2.497 max_d=2.497 avg_d=1.218 std_dev=1.048
C5' A 0, 0.004, 1.149, 2.294, 2.670 max_d=2.670 avg_d=1.149 std_dev=1.145
O3' B 0, 0.101, 1.266, 2.431, 2.606 max_d=2.606 avg_d=1.266 std_dev=1.165
C8 B 0, 0.019, 1.201, 2.383, 2.671 max_d=2.671 avg_d=1.201 std_dev=1.182
O3' A 0, -0.058, 1.371, 2.800, 3.086 max_d=3.086 avg_d=1.371 std_dev=1.429
C5' B 0, 0.065, 1.549, 3.034, 3.296 max_d=3.296 avg_d=1.549 std_dev=1.485
C4 B 0, -0.051, 1.441, 2.933, 3.306 max_d=3.306 avg_d=1.441 std_dev=1.492
N7 B 0, -0.098, 1.759, 3.617, 4.080 max_d=4.080 avg_d=1.759 std_dev=1.858
OP2 B 0, 0.060, 2.012, 3.963, 4.440 max_d=4.440 avg_d=2.012 std_dev=1.951
N3 B 0, -0.104, 1.854, 3.812, 4.278 max_d=4.278 avg_d=1.854 std_dev=1.958
C5 B 0, -0.135, 1.845, 3.826, 4.349 max_d=4.349 avg_d=1.845 std_dev=1.980
C2 B 0, -0.218, 2.485, 5.189, 5.873 max_d=5.873 avg_d=2.485 std_dev=2.704
C6 B 0, -0.264, 2.503, 5.270, 6.018 max_d=6.018 avg_d=2.503 std_dev=2.767
N1 B 0, -0.283, 2.744, 5.771, 6.579 max_d=6.579 avg_d=2.744 std_dev=3.027
O6 B 0, -0.351, 2.970, 6.292, 7.194 max_d=7.194 avg_d=2.970 std_dev=3.321
N2 B 0, -0.288, 3.060, 6.408, 7.230 max_d=7.230 avg_d=3.060 std_dev=3.348

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.09 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.35 0.02 0.00 0.17 0.23 0.35 0.19
C2 0.01 0.00 0.21 0.19 0.01 0.09 0.02 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.24 0.01 0.21 0.17 0.19 0.19 0.15
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.12 0.02 0.03 0.20 0.07 0.05 0.19 0.29 0.01 0.05 0.13 0.01 0.53 0.66 0.92 0.66
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.46 0.01 0.53 0.01 0.47 0.25 0.31 0.05 0.01 0.01 0.49 0.03 0.12 0.35 0.34 0.24
C4 0.02 0.01 0.12 0.46 0.00 0.14 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.17 0.01 0.02 0.15 0.15 0.16 0.13
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.14 0.00 0.30 0.01 0.31 0.08 0.03 0.26 0.33 0.02 0.15 0.01 0.01 0.10 0.09 0.03
C5 0.03 0.02 0.03 0.53 0.01 0.30 0.00 0.22 0.01 0.02 0.02 0.02 0.39 0.33 0.02 0.16 0.22 0.21 0.16 0.17
C5' 0.09 0.20 0.20 0.01 0.08 0.01 0.22 0.00 0.23 0.06 0.14 0.34 0.14 0.27 0.10 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.47 0.01 0.31 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.39 0.25 0.02 0.22 0.17 0.15 0.14 0.12
N1 0.01 0.00 0.05 0.25 0.01 0.08 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.09 0.02 0.01 0.11 0.15 0.22 0.12
N3 0.01 0.00 0.19 0.31 0.01 0.03 0.02 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.07 0.01 0.16 0.13 0.14 0.12 0.11
O2 0.03 0.00 0.29 0.05 0.02 0.26 0.02 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.48 0.01 0.36 0.25 0.28 0.24 0.21
O2' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.26 0.33 0.39 0.14 0.39 0.17 0.11 0.24 0.00 0.11 0.27 0.21 0.33 0.47 0.96 0.51
O3' 0.35 0.24 0.05 0.01 0.17 0.02 0.33 0.27 0.25 0.09 0.07 0.48 0.11 0.00 0.23 0.22 0.12 0.16 0.14 0.11
O4 0.02 0.01 0.13 0.49 0.01 0.15 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.01 0.27 0.23 0.00 0.03 0.18 0.19 0.24 0.17
O4' 0.00 0.21 0.01 0.03 0.02 0.01 0.16 0.01 0.22 0.01 0.16 0.36 0.21 0.22 0.03 0.00 0.10 0.11 0.06 0.14
O5' 0.17 0.17 0.53 0.12 0.15 0.01 0.22 0.01 0.17 0.11 0.13 0.25 0.33 0.12 0.18 0.10 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.23 0.19 0.66 0.35 0.15 0.10 0.21 0.06 0.15 0.15 0.14 0.28 0.47 0.16 0.19 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.19 0.92 0.34 0.16 0.09 0.16 0.02 0.14 0.22 0.12 0.24 0.96 0.14 0.24 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.15 0.66 0.24 0.13 0.03 0.17 0.02 0.12 0.12 0.11 0.21 0.51 0.11 0.17 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.30 1.77 0.07 0.13 0.68 0.07 0.24 0.59 0.64 0.63 1.41 2.34 1.43 0.59 0.12 0.47 0.61 0.07 0.03 0.35 0.68 0.49 0.17
C2 0.29 1.18 0.11 0.38 0.17 0.28 0.53 0.21 0.38 0.95 0.49 1.97 1.04 1.20 0.18 0.37 0.92 0.22 0.30 0.84 0.79 0.16 0.37
C2' 0.46 1.93 0.33 0.29 0.95 0.03 0.58 0.51 1.00 0.39 1.68 2.33 1.59 0.30 0.35 0.79 0.69 0.11 0.24 0.71 1.01 0.40 0.36
C3' 0.53 1.22 0.63 0.74 0.17 1.07 0.03 1.62 0.60 1.15 1.18 1.65 0.76 0.83 0.52 0.08 0.31 0.95 0.86 0.54 0.08 1.44 0.66
C4 0.23 0.14 0.12 0.56 0.44 0.54 1.17 0.19 1.28 1.06 0.66 0.75 0.31 1.48 0.43 0.20 1.08 0.35 0.55 1.67 0.85 0.22 0.55
C4' 0.46 1.23 0.62 0.71 0.19 1.01 0.03 1.60 0.51 1.07 1.10 1.70 0.80 0.78 0.47 0.09 0.21 0.86 1.00 0.43 0.23 1.48 0.77
C5 0.26 0.35 0.13 0.49 0.24 0.45 0.84 0.10 0.81 0.93 0.26 0.84 0.49 1.21 0.33 0.26 0.97 0.31 0.50 1.09 0.84 0.18 0.54
C5' 0.61 0.93 0.75 0.90 0.09 1.22 0.08 1.80 0.42 1.00 0.87 1.30 0.55 0.67 0.55 0.15 0.40 1.04 1.27 0.40 0.50 1.62 0.97
C6 0.30 1.03 0.11 0.32 0.25 0.22 0.31 0.21 0.14 0.79 0.50 1.49 1.00 0.91 0.11 0.40 0.78 0.20 0.31 0.44 0.80 0.08 0.40
N1 0.31 1.39 0.11 0.29 0.39 0.17 0.20 0.32 0.05 0.80 0.84 2.01 1.21 0.92 0.07 0.43 0.78 0.17 0.23 0.32 0.77 0.23 0.33
N3 0.26 0.62 0.12 0.50 0.19 0.44 0.95 0.06 0.98 1.05 0.21 1.39 0.66 1.44 0.33 0.28 1.04 0.30 0.45 1.47 0.83 0.06 0.47
O2 0.30 1.36 0.11 0.35 0.26 0.23 0.43 0.29 0.23 0.93 0.70 2.21 1.14 1.16 0.14 0.39 0.90 0.19 0.24 0.72 0.76 0.27 0.30
O2' 1.03 2.92 0.73 0.63 1.79 0.46 1.52 0.15 2.09 0.34 2.81 3.28 2.43 0.54 1.05 1.09 1.04 0.67 0.59 1.79 1.31 0.19 0.65
O3' 0.73 1.48 0.87 1.07 0.20 1.49 0.12 2.18 0.85 1.32 1.52 2.00 0.86 0.88 0.65 0.19 0.56 1.29 1.44 0.87 0.61 2.22 1.34
O4 0.17 0.56 0.11 0.64 0.78 0.67 1.49 0.38 1.78 1.11 1.33 0.13 0.22 1.61 0.57 0.11 1.14 0.40 0.65 2.16 0.85 0.37 0.62
O4' 0.19 1.34 0.39 0.36 0.30 0.57 0.04 1.11 0.41 0.93 1.08 1.89 0.98 0.78 0.30 0.12 0.21 0.46 0.57 0.23 0.13 0.99 0.39
O5' 0.41 0.81 0.56 0.70 0.18 0.89 0.13 1.31 0.46 0.64 0.78 1.07 0.53 0.36 0.31 0.12 0.30 0.72 0.80 0.44 0.15 0.98 0.46
OP1 0.54 0.70 0.67 1.10 0.24 1.30 0.43 1.70 0.77 0.25 0.88 0.81 0.38 0.15 0.20 0.23 0.83 0.95 1.36 0.91 0.52 1.31 0.85
OP2 0.18 0.49 0.32 0.69 0.35 0.64 0.52 0.72 0.66 0.22 0.64 0.47 0.32 0.44 0.14 0.18 0.64 0.37 0.29 0.75 0.52 0.16 0.24
P 0.32 0.64 0.46 0.73 0.25 0.84 0.33 1.14 0.59 0.20 0.72 0.75 0.40 0.08 0.10 0.13 0.48 0.60 0.74 0.65 0.09 0.68 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.04 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.01 0.05 0.07 0.06 0.01 0.00 0.01 0.13 0.00 0.50 0.06 0.73 0.17 0.38
C2 0.06 0.00 0.05 0.12 0.01 0.13 0.02 0.10 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.11 0.30 0.11 0.56 0.02 1.03 0.17 0.43
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.07 0.05 0.03 0.06 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.42 0.05 0.74 0.25 0.51
C3' 0.04 0.12 0.01 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.03 0.09 0.15 0.12 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.08 0.11 0.12
C4 0.04 0.01 0.04 0.07 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.22 0.06 0.73 0.03 1.27 0.31 0.65
C4' 0.02 0.13 0.02 0.00 0.06 0.00 0.02 0.01 0.05 0.06 0.09 0.16 0.12 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.11 0.10 0.16
C5 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.19 0.04 0.93 0.03 1.71 0.49 0.93
C5' 0.03 0.10 0.07 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.05 0.14 0.10 0.08 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03
C6 0.05 0.02 0.05 0.07 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.07 0.24 0.07 0.90 0.01 1.73 0.47 0.90
C8 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.09 0.09 0.05 1.06 0.03 1.83 0.62 1.10
N1 0.05 0.00 0.06 0.09 0.01 0.09 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.27 0.09 0.74 0.01 1.40 0.32 0.67
N2 0.07 0.00 0.05 0.15 0.01 0.16 0.02 0.14 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.14 0.34 0.14 0.42 0.02 0.77 0.08 0.25
N3 0.06 0.00 0.05 0.12 0.01 0.12 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.29 0.11 0.51 0.02 0.90 0.13 0.37
N7 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.08 0.13 0.02 1.10 0.03 2.04 0.68 1.18
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.14 0.01 0.78 0.04 1.27 0.35 0.71
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.07 0.07 0.09 0.10 0.14 0.11 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01 0.36 0.08 0.74 0.27 0.52
O3' 0.13 0.30 0.03 0.01 0.22 0.02 0.19 0.02 0.24 0.09 0.27 0.34 0.29 0.13 0.14 0.01 0.00 0.08 0.14 0.23 0.28 0.09 0.20
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.07 0.05 0.09 0.14 0.11 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.39 0.07 0.41 0.09 0.14
O5' 0.50 0.56 0.42 0.03 0.73 0.02 0.93 0.02 0.90 1.06 0.74 0.42 0.51 1.10 0.78 0.36 0.14 0.39 0.00 0.98 0.01 0.01 0.01
O6 0.06 0.02 0.05 0.06 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.08 0.23 0.07 0.98 0.00 1.96 0.57 1.04
OP1 0.73 1.03 0.74 0.08 1.27 0.11 1.71 0.03 1.73 1.83 1.40 0.77 0.90 2.04 1.27 0.74 0.28 0.41 0.01 1.96 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.17 0.25 0.11 0.31 0.10 0.49 0.02 0.47 0.62 0.32 0.08 0.13 0.68 0.35 0.27 0.09 0.09 0.01 0.57 0.02 0.00 0.01
P 0.38 0.43 0.51 0.12 0.65 0.16 0.93 0.03 0.90 1.10 0.67 0.25 0.37 1.18 0.71 0.52 0.20 0.14 0.01 1.04 0.01 0.01 0.00