ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49125

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.013, 0.027, 0.040, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.016, 0.032, 0.048, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.032 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.015, 0.034, 0.053, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.034 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.018, 0.041, 0.065, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.041 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.018, 0.045, 0.071, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.045 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.021, 0.049, 0.078, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.049 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.035, 0.084, 0.134, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.084 std_dev=0.049
O2 A 0, 0.050, 0.099, 0.149, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.099 std_dev=0.050
O2' B 0, 0.371, 0.708, 1.044, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.708 std_dev=0.336
C2' B 0, 0.526, 1.020, 1.514, 1.461 max_d=1.461 avg_d=1.020 std_dev=0.494
C1' B 0, 0.662, 1.287, 1.913, 1.732 max_d=1.732 avg_d=1.287 std_dev=0.626
C3' B 0, 0.647, 1.418, 2.188, 2.036 max_d=2.036 avg_d=1.418 std_dev=0.770
O3' B 0, 0.617, 1.554, 2.492, 2.783 max_d=2.783 avg_d=1.554 std_dev=0.937
N9 B 0, 0.671, 1.693, 2.715, 3.545 max_d=3.545 avg_d=1.693 std_dev=1.022
O4' B 0, 0.798, 1.844, 2.890, 3.306 max_d=3.306 avg_d=1.844 std_dev=1.046
O4' A 0, 0.645, 1.710, 2.775, 2.623 max_d=2.623 avg_d=1.710 std_dev=1.065
C4' B 0, 0.712, 1.853, 2.993, 3.631 max_d=3.631 avg_d=1.853 std_dev=1.141
C2' A 0, 0.709, 1.881, 3.053, 2.860 max_d=2.860 avg_d=1.881 std_dev=1.172
C4 B 0, 0.368, 1.600, 2.831, 4.296 max_d=4.296 avg_d=1.600 std_dev=1.231
C4' A 0, 0.827, 2.077, 3.327, 3.133 max_d=3.133 avg_d=2.077 std_dev=1.250
O3' A 0, 0.848, 2.134, 3.421, 3.028 max_d=3.028 avg_d=2.134 std_dev=1.287
N3 B 0, -0.019, 1.293, 2.605, 4.401 max_d=4.401 avg_d=1.293 std_dev=1.312
C3' A 0, 0.840, 2.176, 3.513, 3.257 max_d=3.257 avg_d=2.176 std_dev=1.336
C8 B 0, 0.632, 2.345, 4.059, 5.882 max_d=5.882 avg_d=2.345 std_dev=1.713
O5' B 0, 1.234, 2.973, 4.713, 5.506 max_d=5.506 avg_d=2.973 std_dev=1.740
C5' B 0, 0.842, 2.603, 4.363, 5.668 max_d=5.668 avg_d=2.603 std_dev=1.761
O2' A 0, 1.145, 2.969, 4.793, 4.517 max_d=4.517 avg_d=2.969 std_dev=1.824
C5 B 0, 0.247, 2.135, 4.023, 6.395 max_d=6.395 avg_d=2.135 std_dev=1.888
C2 B 0, -0.446, 1.470, 3.386, 6.103 max_d=6.103 avg_d=1.470 std_dev=1.916
P B 0, 1.246, 3.402, 5.557, 6.926 max_d=6.926 avg_d=3.402 std_dev=2.155
OP1 B 0, 1.300, 3.461, 5.622, 6.886 max_d=6.886 avg_d=3.461 std_dev=2.161
N7 B 0, 0.425, 2.615, 4.806, 7.424 max_d=7.424 avg_d=2.615 std_dev=2.190
OP2 B 0, 1.270, 3.557, 5.843, 7.135 max_d=7.135 avg_d=3.557 std_dev=2.287
N1 B 0, -0.472, 1.819, 4.110, 7.329 max_d=7.329 avg_d=1.819 std_dev=2.291
C6 B 0, -0.158, 2.207, 4.571, 7.766 max_d=7.766 avg_d=2.207 std_dev=2.365
N2 B 0, -0.839, 1.582, 4.003, 7.471 max_d=7.471 avg_d=1.582 std_dev=2.421
C5' A 0, 1.365, 3.840, 6.315, 5.982 max_d=5.982 avg_d=3.840 std_dev=2.475
O6 B 0, -0.351, 2.634, 5.618, 9.686 max_d=9.686 avg_d=2.634 std_dev=2.984
O5' A 0, 1.702, 4.875, 8.048, 7.643 max_d=7.643 avg_d=4.875 std_dev=3.173
P A 0, 2.169, 6.759, 11.349, 10.665 max_d=10.665 avg_d=6.759 std_dev=4.590
OP1 A 0, 2.477, 7.382, 12.286, 11.494 max_d=11.494 avg_d=7.382 std_dev=4.904
OP2 A 0, 2.791, 8.062, 13.333, 12.310 max_d=12.310 avg_d=8.062 std_dev=5.271

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.02 0.03 0.03 0.02 0.21 0.05 0.01 0.26 0.17 0.50 0.27
C2 0.02 0.00 0.14 0.36 0.03 0.33 0.03 0.42 0.02 0.01 0.01 0.00 0.27 0.06 0.05 0.33 0.90 0.62 1.34 0.95
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.12 0.13 0.01 0.10 0.25 0.00 0.02 0.02 0.02 0.26 0.24 0.36 0.18
C3' 0.03 0.36 0.01 0.00 0.28 0.01 0.36 0.02 0.37 0.18 0.33 0.64 0.02 0.01 0.30 0.03 0.34 0.44 0.30 0.26
C4 0.05 0.03 0.02 0.28 0.00 0.13 0.01 0.27 0.02 0.03 0.02 0.04 0.27 0.26 0.01 0.06 0.65 0.65 1.46 0.84
C4' 0.03 0.33 0.02 0.01 0.13 0.00 0.34 0.01 0.39 0.07 0.23 0.67 0.22 0.02 0.14 0.01 0.03 0.18 0.10 0.04
C5 0.05 0.03 0.10 0.36 0.01 0.34 0.00 0.70 0.01 0.02 0.02 0.03 0.29 0.35 0.03 0.22 0.92 1.20 1.68 1.21
C5' 0.04 0.42 0.12 0.02 0.27 0.01 0.70 0.00 0.74 0.16 0.27 0.98 0.12 0.16 0.29 0.01 0.01 0.23 0.06 0.03
C6 0.05 0.02 0.13 0.37 0.02 0.39 0.01 0.74 0.00 0.01 0.02 0.02 0.27 0.33 0.03 0.30 0.93 1.11 1.46 1.13
N1 0.02 0.01 0.01 0.18 0.03 0.07 0.02 0.16 0.01 0.00 0.02 0.02 0.15 0.15 0.04 0.02 0.47 0.36 0.92 0.53
N3 0.03 0.01 0.10 0.33 0.02 0.23 0.02 0.27 0.02 0.02 0.00 0.03 0.27 0.14 0.04 0.24 0.82 0.50 1.47 0.92
O2 0.03 0.00 0.25 0.64 0.04 0.67 0.03 0.98 0.02 0.02 0.03 0.00 0.39 0.26 0.07 0.59 1.54 1.35 1.92 1.63
O2' 0.02 0.27 0.00 0.02 0.27 0.22 0.29 0.12 0.27 0.15 0.27 0.39 0.00 0.07 0.28 0.16 0.31 0.40 0.35 0.25
O3' 0.21 0.06 0.02 0.01 0.26 0.02 0.35 0.16 0.33 0.15 0.14 0.26 0.07 0.00 0.30 0.13 0.34 0.67 0.25 0.34
O4 0.05 0.05 0.02 0.30 0.01 0.14 0.03 0.29 0.03 0.04 0.04 0.07 0.28 0.30 0.00 0.07 0.67 0.71 1.57 0.90
O4' 0.01 0.33 0.02 0.03 0.06 0.01 0.22 0.01 0.30 0.02 0.24 0.59 0.16 0.13 0.07 0.00 0.23 0.11 0.36 0.22
O5' 0.26 0.90 0.26 0.34 0.65 0.03 0.92 0.01 0.93 0.47 0.82 1.54 0.31 0.34 0.67 0.23 0.00 0.04 0.04 0.02
OP1 0.17 0.62 0.24 0.44 0.65 0.18 1.20 0.23 1.11 0.36 0.50 1.35 0.40 0.67 0.71 0.11 0.04 0.00 0.04 0.02
OP2 0.50 1.34 0.36 0.30 1.46 0.10 1.68 0.06 1.46 0.92 1.47 1.92 0.35 0.25 1.57 0.36 0.04 0.04 0.00 0.02
P 0.27 0.95 0.18 0.26 0.84 0.04 1.21 0.03 1.13 0.53 0.92 1.63 0.25 0.34 0.90 0.22 0.02 0.02 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.36 1.07 0.25 0.48 0.88 1.12 1.27 1.37 1.57 0.88 1.45 0.99 0.73 1.25 0.61 0.21 0.40 0.98 1.03 1.84 1.15 0.89 1.05
C2 0.44 0.81 0.33 0.39 0.95 0.86 1.50 0.92 1.68 1.30 1.32 0.51 0.57 1.69 0.82 0.24 0.33 0.82 0.67 2.03 0.73 0.77 0.67
C2' 0.27 0.79 0.15 0.24 0.64 1.03 1.03 1.27 1.30 0.69 1.15 0.69 0.49 1.04 0.40 0.38 0.22 0.99 0.84 1.57 0.97 0.61 0.85
C3' 0.34 1.16 0.71 0.47 1.02 0.45 1.33 0.66 1.55 0.99 1.45 1.06 0.91 1.31 0.78 0.90 0.69 0.39 0.19 1.77 0.55 0.40 0.18
C4 0.51 0.45 0.39 0.40 0.85 0.69 1.37 0.68 1.38 1.44 0.93 0.08 0.35 1.72 0.88 0.27 0.33 0.74 0.62 1.65 0.62 0.82 0.63
C4' 0.48 1.44 0.67 0.41 1.18 0.49 1.43 0.74 1.70 0.98 1.69 1.42 1.16 1.31 0.87 0.81 0.61 0.41 0.32 1.89 0.65 0.23 0.34
C5 0.45 0.63 0.35 0.44 0.81 0.85 1.20 0.88 1.26 1.12 0.98 0.39 0.46 1.35 0.75 0.27 0.40 0.83 0.67 1.44 0.71 0.75 0.67
C5' 1.24 1.90 1.34 1.20 1.74 0.91 1.92 0.96 2.11 1.61 2.10 1.86 1.70 1.83 1.53 1.39 1.33 0.97 0.97 2.24 1.19 1.19 1.05
C6 0.38 0.88 0.29 0.46 0.84 1.01 1.20 1.14 1.37 0.93 1.21 0.74 0.64 1.23 0.65 0.26 0.41 0.91 0.84 1.56 0.91 0.79 0.84
N1 0.39 0.94 0.29 0.43 0.91 0.99 1.35 1.13 1.57 1.05 1.35 0.76 0.66 1.41 0.70 0.23 0.37 0.90 0.82 1.84 0.91 0.78 0.83
N3 0.50 0.59 0.37 0.38 0.92 0.74 1.50 0.73 1.59 1.46 1.13 0.19 0.43 1.82 0.89 0.25 0.31 0.76 0.62 1.94 0.63 0.83 0.63
O2 0.45 0.86 0.32 0.38 0.99 0.86 1.57 0.93 1.79 1.34 1.41 0.54 0.59 1.77 0.84 0.23 0.31 0.82 0.67 2.20 0.74 0.79 0.68
O2' 0.71 0.66 0.29 0.66 0.58 1.51 0.93 1.88 1.18 0.80 1.04 0.59 0.38 1.00 0.58 0.21 0.42 1.49 1.51 1.47 1.60 1.34 1.59
O3' 0.31 1.05 0.73 0.49 0.93 0.42 1.22 0.69 1.43 0.93 1.33 0.98 0.82 1.22 0.72 0.96 0.73 0.45 0.27 1.64 0.47 0.58 0.25
O4 0.56 0.24 0.41 0.40 0.76 0.57 1.31 0.58 1.21 1.60 0.66 0.40 0.31 1.83 0.91 0.29 0.30 0.69 0.71 1.50 0.66 0.94 0.74
O4' 0.25 1.43 0.36 0.14 1.13 0.65 1.44 0.89 1.75 0.92 1.72 1.40 1.10 1.31 0.76 0.46 0.35 0.47 0.51 1.96 0.73 0.29 0.52
O5' 1.54 2.20 1.68 1.59 2.08 1.05 2.27 1.02 2.43 1.99 2.39 2.12 2.02 2.20 1.88 1.73 1.82 1.09 1.26 2.54 1.49 1.61 1.39
OP1 2.52 2.76 2.57 2.65 2.82 2.21 2.98 2.24 3.04 2.90 2.93 2.62 2.68 3.03 2.75 2.47 2.82 2.27 2.57 3.14 2.81 3.04 2.79
OP2 2.60 2.65 2.89 2.93 2.82 2.28 2.97 2.28 2.96 2.97 2.81 2.46 2.63 3.05 2.82 2.92 3.15 2.18 2.67 3.04 2.94 3.13 2.87
P 2.27 2.58 2.39 2.44 2.61 1.93 2.76 1.95 2.83 2.65 2.74 2.45 2.49 2.78 2.52 2.36 2.67 1.93 2.26 2.92 2.53 2.67 2.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.04 0.05 0.01 0.02 0.23 0.01 0.29 0.05 0.26 0.31 0.19
C2 0.04 0.00 0.34 0.24 0.02 0.12 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.17 0.14 0.23 0.40 0.03 0.24 0.92 0.47
C2' 0.01 0.34 0.00 0.01 0.19 0.02 0.14 0.10 0.20 0.14 0.28 0.40 0.33 0.10 0.03 0.01 0.02 0.02 0.24 0.18 0.30 0.24 0.21
C3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.27 0.01 0.39 0.04 0.39 0.39 0.32 0.19 0.19 0.45 0.25 0.02 0.01 0.03 0.09 0.44 0.28 0.21 0.13
C4 0.03 0.02 0.19 0.27 0.00 0.08 0.01 0.21 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.07 0.12 0.48 0.03 0.40 0.97 0.58
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.08 0.00 0.19 0.01 0.15 0.36 0.07 0.19 0.12 0.35 0.15 0.27 0.02 0.01 0.03 0.21 0.33 0.20 0.04
C5 0.04 0.01 0.14 0.39 0.01 0.19 0.00 0.36 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.21 0.18 0.05 0.66 0.03 0.72 1.36 0.89
C5' 0.05 0.15 0.10 0.04 0.21 0.01 0.36 0.00 0.33 0.54 0.20 0.20 0.14 0.55 0.26 0.14 0.16 0.03 0.01 0.41 0.37 0.28 0.02
C6 0.04 0.02 0.20 0.39 0.02 0.15 0.01 0.33 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.15 0.16 0.09 0.66 0.01 0.75 1.46 0.93
C8 0.04 0.02 0.14 0.39 0.01 0.36 0.02 0.54 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.38 0.26 0.18 0.74 0.05 0.81 1.27 0.93
N1 0.03 0.01 0.28 0.32 0.01 0.07 0.02 0.20 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.07 0.17 0.53 0.02 0.49 1.22 0.71
N2 0.06 0.01 0.40 0.19 0.02 0.19 0.01 0.20 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.31 0.22 0.28 0.33 0.04 0.13 0.78 0.33
N3 0.04 0.01 0.33 0.19 0.01 0.12 0.01 0.14 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.18 0.18 0.23 0.36 0.03 0.19 0.75 0.37
N7 0.05 0.02 0.10 0.45 0.02 0.35 0.01 0.55 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.37 0.31 0.12 0.81 0.05 0.99 1.57 1.11
N9 0.01 0.03 0.03 0.25 0.01 0.15 0.03 0.26 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.00 0.18 0.07 0.03 0.49 0.04 0.40 0.83 0.54
O2' 0.02 0.17 0.01 0.02 0.07 0.27 0.21 0.14 0.15 0.38 0.06 0.31 0.18 0.37 0.18 0.00 0.04 0.22 0.11 0.22 0.27 0.35 0.17
O3' 0.23 0.14 0.02 0.01 0.07 0.02 0.18 0.16 0.16 0.26 0.07 0.22 0.18 0.31 0.07 0.04 0.00 0.12 0.24 0.24 0.25 0.19 0.14
O4' 0.01 0.23 0.02 0.03 0.12 0.01 0.05 0.03 0.09 0.18 0.17 0.28 0.23 0.12 0.03 0.22 0.12 0.00 0.34 0.06 0.36 0.32 0.24
O5' 0.29 0.40 0.24 0.09 0.48 0.03 0.66 0.01 0.66 0.74 0.53 0.33 0.36 0.81 0.49 0.11 0.24 0.34 0.00 0.76 0.02 0.01 0.01
O6 0.05 0.03 0.18 0.44 0.03 0.21 0.03 0.41 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.22 0.24 0.06 0.76 0.00 0.97 1.68 1.11
OP1 0.26 0.24 0.30 0.28 0.40 0.33 0.72 0.37 0.75 0.81 0.49 0.13 0.19 0.99 0.40 0.27 0.25 0.36 0.02 0.97 0.00 0.04 0.02
OP2 0.31 0.92 0.24 0.21 0.97 0.20 1.36 0.28 1.46 1.27 1.22 0.78 0.75 1.57 0.83 0.35 0.19 0.32 0.01 1.68 0.04 0.00 0.02
P 0.19 0.47 0.21 0.13 0.58 0.04 0.89 0.02 0.93 0.93 0.71 0.33 0.37 1.11 0.54 0.17 0.14 0.24 0.01 1.11 0.02 0.02 0.00