ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49126

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.007, 0.021, 0.034, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.011, 0.043, 0.075, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.043 std_dev=0.032
O4 A 0, 0.021, 0.054, 0.088, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.054 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.032, 0.147, 0.261, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.147 std_dev=0.115
C2' A 0, 0.018, 0.142, 0.267, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.142 std_dev=0.124
C1' B 0, 0.116, 0.314, 0.511, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.314 std_dev=0.197
C4' A 0, 0.027, 0.225, 0.423, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.225 std_dev=0.198
C3' A 0, 0.042, 0.243, 0.445, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.243 std_dev=0.201
O4' B 0, 0.113, 0.315, 0.516, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.315 std_dev=0.202
C4' B 0, 0.144, 0.350, 0.557, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.350 std_dev=0.206
O2' A 0, 0.043, 0.268, 0.492, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.268 std_dev=0.224
C3' B 0, 0.164, 0.400, 0.636, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.400 std_dev=0.236
O3' B 0, 0.124, 0.361, 0.599, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.361 std_dev=0.238
N3 B 0, 0.136, 0.377, 0.619, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.377 std_dev=0.242
N9 B 0, 0.161, 0.424, 0.687, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.424 std_dev=0.263
C4 B 0, 0.160, 0.434, 0.708, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.434 std_dev=0.274
C2' B 0, 0.162, 0.461, 0.760, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.461 std_dev=0.299
C5' B 0, 0.166, 0.488, 0.810, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.488 std_dev=0.322
C2 B 0, 0.152, 0.483, 0.814, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.483 std_dev=0.331
OP1 B 0, 0.200, 0.532, 0.863, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.532 std_dev=0.332
O3' A 0, 0.069, 0.403, 0.737, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.403 std_dev=0.334
P B 0, 0.234, 0.574, 0.914, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.574 std_dev=0.340
C5' A 0, -0.005, 0.339, 0.684, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.339 std_dev=0.344
C8 B 0, 0.215, 0.566, 0.918, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.566 std_dev=0.352
C5 B 0, 0.198, 0.551, 0.904, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.551 std_dev=0.353
O5' B 0, 0.170, 0.533, 0.897, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.533 std_dev=0.363
N2 B 0, 0.143, 0.527, 0.910, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.527 std_dev=0.384
P A 0, 0.019, 0.404, 0.789, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.404 std_dev=0.385
N7 B 0, 0.226, 0.619, 1.012, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.619 std_dev=0.393
N1 B 0, 0.182, 0.601, 1.020, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.601 std_dev=0.419
C6 B 0, 0.204, 0.634, 1.064, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.634 std_dev=0.430
OP2 B 0, 0.294, 0.729, 1.164, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.729 std_dev=0.435
O2' B 0, 0.086, 0.530, 0.974, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.530 std_dev=0.444
O6 B 0, 0.227, 0.751, 1.276, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.751 std_dev=0.525
O5' A 0, -0.125, 0.485, 1.095, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.485 std_dev=0.610
OP1 A 0, -0.153, 0.579, 1.311, 2.178 max_d=2.178 avg_d=0.579 std_dev=0.732
OP2 A 0, -0.161, 0.725, 1.611, 2.635 max_d=2.635 avg_d=0.725 std_dev=0.886

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.18 0.12 0.87 0.30
C2 0.02 0.00 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.07 0.01 0.01 0.28 0.33 0.77 0.31
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.02 0.06 0.13 0.01 0.03 0.03 0.01 0.07 0.15 0.71 0.25
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.09 0.00 0.15 0.02 0.16 0.06 0.03 0.10 0.01 0.01 0.08 0.02 0.04 0.23 0.56 0.19
C4 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.09 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.00 0.05 0.47 0.47 0.55 0.23
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.15 0.05 0.04 0.07 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.25 0.63 0.16
C5 0.01 0.01 0.05 0.15 0.01 0.14 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.17 0.01 0.06 0.54 0.40 0.56 0.21
C5' 0.04 0.08 0.03 0.02 0.21 0.01 0.27 0.00 0.24 0.12 0.14 0.03 0.05 0.04 0.23 0.02 0.01 0.38 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.16 0.01 0.15 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.17 0.01 0.06 0.50 0.29 0.73 0.23
N1 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03 0.33 0.26 0.82 0.29
N3 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01 0.04 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.05 0.02 0.03 0.36 0.42 0.66 0.28
O2 0.04 0.01 0.13 0.10 0.01 0.07 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.21 0.16 0.02 0.03 0.17 0.31 0.80 0.34
O2' 0.02 0.13 0.01 0.01 0.07 0.05 0.03 0.05 0.05 0.03 0.12 0.21 0.00 0.05 0.09 0.06 0.04 0.23 0.69 0.22
O3' 0.02 0.07 0.03 0.01 0.09 0.01 0.17 0.04 0.17 0.05 0.05 0.16 0.05 0.00 0.08 0.01 0.15 0.48 0.42 0.20
O4 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.10 0.01 0.23 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.08 0.00 0.05 0.48 0.53 0.44 0.21
O4' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.03 0.03 0.06 0.01 0.05 0.00 0.14 0.05 0.90 0.32
O5' 0.18 0.28 0.07 0.04 0.47 0.02 0.54 0.01 0.50 0.33 0.36 0.17 0.04 0.15 0.48 0.14 0.00 0.04 0.05 0.01
OP1 0.12 0.33 0.15 0.23 0.47 0.25 0.40 0.38 0.29 0.26 0.42 0.31 0.23 0.48 0.53 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.87 0.77 0.71 0.56 0.55 0.63 0.56 0.35 0.73 0.82 0.66 0.80 0.69 0.42 0.44 0.90 0.05 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.31 0.25 0.19 0.23 0.16 0.21 0.02 0.23 0.29 0.28 0.34 0.22 0.20 0.21 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.20 0.26 0.16 0.09 0.14 0.09 0.15 0.14 0.04 0.19 0.27 0.16 0.04 0.04 0.46 0.16 0.01 0.21 0.13 0.15 0.10 0.15
C2 0.04 0.20 0.24 0.15 0.09 0.15 0.10 0.14 0.15 0.02 0.20 0.27 0.15 0.05 0.03 0.48 0.15 0.05 0.18 0.15 0.15 0.09 0.14
C2' 0.03 0.22 0.24 0.13 0.10 0.13 0.10 0.13 0.15 0.03 0.21 0.29 0.16 0.05 0.04 0.41 0.12 0.02 0.19 0.15 0.14 0.06 0.13
C3' 0.09 0.20 0.16 0.07 0.11 0.05 0.12 0.05 0.16 0.08 0.20 0.27 0.15 0.10 0.08 0.28 0.06 0.11 0.08 0.16 0.14 0.08 0.07
C4 0.05 0.14 0.23 0.13 0.06 0.15 0.05 0.13 0.09 0.03 0.13 0.19 0.11 0.02 0.01 0.47 0.11 0.05 0.16 0.08 0.16 0.10 0.14
C4' 0.09 0.20 0.15 0.06 0.11 0.04 0.11 0.03 0.15 0.09 0.19 0.27 0.16 0.09 0.08 0.26 0.06 0.12 0.07 0.15 0.12 0.06 0.04
C5 0.06 0.14 0.26 0.16 0.08 0.16 0.06 0.15 0.08 0.06 0.12 0.18 0.13 0.05 0.06 0.48 0.14 0.04 0.21 0.07 0.17 0.10 0.16
C5' 0.25 0.26 0.14 0.20 0.23 0.19 0.24 0.18 0.25 0.23 0.26 0.30 0.25 0.24 0.23 0.13 0.23 0.28 0.11 0.25 0.24 0.23 0.19
C6 0.06 0.16 0.28 0.18 0.09 0.16 0.07 0.17 0.10 0.07 0.14 0.21 0.14 0.06 0.07 0.47 0.17 0.03 0.24 0.09 0.17 0.12 0.18
N1 0.04 0.19 0.26 0.16 0.09 0.15 0.08 0.15 0.12 0.03 0.18 0.25 0.15 0.03 0.04 0.48 0.16 0.02 0.21 0.12 0.16 0.10 0.16
N3 0.06 0.18 0.22 0.13 0.09 0.14 0.09 0.13 0.13 0.04 0.18 0.24 0.14 0.06 0.04 0.47 0.12 0.07 0.15 0.13 0.15 0.10 0.13
O2 0.05 0.23 0.24 0.15 0.11 0.15 0.13 0.15 0.19 0.04 0.23 0.30 0.17 0.08 0.05 0.48 0.16 0.07 0.17 0.19 0.15 0.09 0.14
O2' 0.07 0.24 0.26 0.17 0.12 0.18 0.12 0.18 0.17 0.06 0.23 0.32 0.18 0.07 0.07 0.44 0.16 0.05 0.23 0.17 0.16 0.09 0.16
O3' 0.11 0.18 0.17 0.10 0.10 0.07 0.12 0.07 0.15 0.12 0.19 0.25 0.13 0.12 0.09 0.27 0.10 0.11 0.08 0.16 0.16 0.13 0.10
O4 0.09 0.13 0.22 0.13 0.04 0.15 0.04 0.13 0.08 0.05 0.12 0.17 0.10 0.02 0.04 0.43 0.10 0.08 0.13 0.08 0.18 0.14 0.15
O4' 0.01 0.20 0.23 0.11 0.09 0.08 0.07 0.09 0.12 0.03 0.18 0.26 0.15 0.02 0.03 0.40 0.09 0.05 0.16 0.11 0.12 0.07 0.10
O5' 0.52 0.45 0.38 0.50 0.46 0.50 0.46 0.50 0.45 0.46 0.45 0.44 0.45 0.46 0.48 0.32 0.56 0.56 0.43 0.45 0.53 0.52 0.50
OP1 0.60 0.62 0.72 0.55 0.67 0.55 0.67 0.57 0.65 0.70 0.62 0.59 0.64 0.70 0.67 0.70 0.40 0.54 0.60 0.64 0.44 0.51 0.52
OP2 0.16 0.15 0.22 0.22 0.19 0.28 0.21 0.24 0.21 0.22 0.16 0.16 0.18 0.24 0.18 0.23 0.27 0.20 0.32 0.24 0.18 0.10 0.15
P 0.14 0.14 0.25 0.14 0.16 0.15 0.14 0.15 0.12 0.17 0.11 0.15 0.16 0.16 0.16 0.26 0.07 0.11 0.20 0.12 0.10 0.06 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.09 0.05 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.02 0.10 0.10 0.07
C2 0.06 0.00 0.05 0.06 0.01 0.08 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.13 0.06 0.10 0.05 0.01 0.10 0.13 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.08 0.09 0.07 0.14 0.03 0.10 0.05 0.13 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.09 0.17 0.20 0.13
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.03 0.10 0.04 0.11 0.05 0.09 0.04 0.02 0.01 0.02 0.07 0.05 0.13 0.10 0.07
C4 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.05 0.09 0.01 0.13 0.15 0.11
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.11 0.06 0.13 0.06 0.09 0.05 0.08 0.03 0.01 0.02 0.04 0.07 0.10 0.04
C5 0.02 0.00 0.08 0.05 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.05 0.12 0.01 0.14 0.19 0.14
C5' 0.03 0.05 0.09 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.10 0.19 0.06 0.08 0.06 0.19 0.12 0.03 0.06 0.02 0.01 0.12 0.03 0.09 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.03 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.03 0.08 0.11 0.00 0.13 0.18 0.13
C8 0.02 0.01 0.14 0.10 0.00 0.11 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.18 0.11 0.01 0.16 0.02 0.19 0.21 0.16
N1 0.05 0.01 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.10 0.08 0.01 0.10 0.15 0.11
N2 0.09 0.02 0.10 0.11 0.03 0.13 0.03 0.08 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.22 0.11 0.13 0.07 0.03 0.12 0.13 0.12
N3 0.05 0.01 0.05 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.14 0.06 0.08 0.05 0.01 0.11 0.13 0.10
N7 0.01 0.01 0.13 0.09 0.00 0.09 0.00 0.19 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.18 0.10 0.02 0.17 0.02 0.19 0.23 0.18
N9 0.01 0.02 0.06 0.04 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.09 0.01 0.14 0.15 0.11
O2' 0.04 0.13 0.00 0.02 0.02 0.08 0.08 0.03 0.06 0.18 0.06 0.22 0.14 0.18 0.05 0.00 0.08 0.08 0.04 0.11 0.21 0.28 0.16
O3' 0.06 0.06 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.03 0.11 0.04 0.11 0.06 0.10 0.06 0.08 0.00 0.07 0.13 0.05 0.11 0.09 0.05
O4' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.08 0.01 0.10 0.13 0.08 0.02 0.02 0.08 0.07 0.00 0.03 0.09 0.06 0.07 0.04
O5' 0.04 0.05 0.02 0.07 0.09 0.02 0.12 0.01 0.11 0.16 0.08 0.07 0.05 0.17 0.09 0.04 0.13 0.03 0.00 0.13 0.03 0.04 0.01
O6 0.02 0.01 0.09 0.05 0.01 0.04 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.11 0.05 0.09 0.13 0.00 0.14 0.20 0.15
OP1 0.10 0.10 0.17 0.13 0.13 0.07 0.14 0.03 0.13 0.19 0.10 0.12 0.11 0.19 0.14 0.21 0.11 0.06 0.03 0.14 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.13 0.20 0.10 0.15 0.10 0.19 0.09 0.18 0.21 0.15 0.13 0.13 0.23 0.15 0.28 0.09 0.07 0.04 0.20 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.10 0.13 0.07 0.11 0.04 0.14 0.01 0.13 0.16 0.11 0.12 0.10 0.18 0.11 0.16 0.05 0.04 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00