ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49127

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.006, 0.028, 0.051, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.008, 0.038, 0.068, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.030
C6 A 0, 0.008, 0.038, 0.068, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.030
C2 A 0, 0.005, 0.036, 0.067, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.036 std_dev=0.031
C4 A 0, 0.007, 0.038, 0.069, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.038 std_dev=0.031
O2 A 0, 0.005, 0.073, 0.141, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.073 std_dev=0.068
O4 A 0, 0.021, 0.169, 0.316, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.169 std_dev=0.148
O2' B 0, 0.224, 0.501, 0.778, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.501 std_dev=0.277
C2' B 0, 0.095, 0.391, 0.687, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.391 std_dev=0.296
O4' A 0, 0.333, 0.668, 1.003, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.668 std_dev=0.335
C4' A 0, 0.459, 0.924, 1.389, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.924 std_dev=0.465
C2' A 0, 0.468, 0.942, 1.415, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.942 std_dev=0.474
C3' B 0, 0.234, 0.755, 1.276, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.755 std_dev=0.521
C3' A 0, 0.545, 1.192, 1.840, 1.778 max_d=1.778 avg_d=1.192 std_dev=0.647
C1' B 0, 0.748, 1.537, 2.327, 2.133 max_d=2.133 avg_d=1.537 std_dev=0.790
C5' A 0, 0.683, 1.496, 2.309, 2.225 max_d=2.225 avg_d=1.496 std_dev=0.813
O2' A 0, 0.804, 1.623, 2.442, 2.196 max_d=2.196 avg_d=1.623 std_dev=0.819
O3' A 0, 0.892, 1.832, 2.772, 2.543 max_d=2.543 avg_d=1.832 std_dev=0.940
O5' B 0, 0.969, 1.968, 2.968, 2.685 max_d=2.685 avg_d=1.968 std_dev=0.999
C4' B 0, 0.430, 1.456, 2.482, 2.630 max_d=2.630 avg_d=1.456 std_dev=1.026
O4' B 0, 0.343, 1.491, 2.640, 2.854 max_d=2.854 avg_d=1.491 std_dev=1.149
O3' B 0, 0.171, 1.433, 2.696, 2.960 max_d=2.960 avg_d=1.433 std_dev=1.262
N9 B 0, 1.262, 2.576, 3.890, 3.573 max_d=3.573 avg_d=2.576 std_dev=1.314
C5' B 0, 0.946, 2.289, 3.631, 3.649 max_d=3.649 avg_d=2.289 std_dev=1.342
O5' A 0, 0.572, 1.921, 3.270, 3.467 max_d=3.467 avg_d=1.921 std_dev=1.349
P B 0, 1.479, 3.126, 4.772, 4.500 max_d=4.500 avg_d=3.126 std_dev=1.647
C4 B 0, 1.591, 3.293, 4.995, 4.601 max_d=4.601 avg_d=3.293 std_dev=1.702
P A 0, 0.438, 2.303, 4.168, 4.526 max_d=4.526 avg_d=2.303 std_dev=1.865
N3 B 0, 1.217, 3.216, 5.215, 5.350 max_d=5.350 avg_d=3.216 std_dev=1.999
OP1 B 0, 2.086, 4.205, 6.324, 5.579 max_d=5.579 avg_d=4.205 std_dev=2.119
C8 B 0, 1.213, 3.443, 5.673, 5.967 max_d=5.967 avg_d=3.443 std_dev=2.230
C5 B 0, 2.267, 4.550, 6.832, 5.959 max_d=5.959 avg_d=4.550 std_dev=2.282
OP2 B 0, 0.880, 3.167, 5.454, 5.837 max_d=5.837 avg_d=3.167 std_dev=2.287
OP2 A 0, 0.513, 3.051, 5.589, 6.094 max_d=6.094 avg_d=3.051 std_dev=2.538
OP1 A 0, 0.662, 3.267, 5.871, 6.351 max_d=6.351 avg_d=3.267 std_dev=2.605
N7 B 0, 1.901, 4.625, 7.350, 7.472 max_d=7.472 avg_d=4.625 std_dev=2.724
C2 B 0, 1.508, 4.236, 6.963, 7.216 max_d=7.216 avg_d=4.236 std_dev=2.727
C6 B 0, 2.790, 5.657, 8.525, 7.605 max_d=7.605 avg_d=5.657 std_dev=2.868
N1 B 0, 2.216, 5.280, 8.344, 8.341 max_d=8.341 avg_d=5.280 std_dev=3.064
N2 B 0, 1.698, 4.800, 7.902, 8.202 max_d=8.202 avg_d=4.800 std_dev=3.102
O6 B 0, 3.475, 6.955, 10.435, 8.839 max_d=8.839 avg_d=6.955 std_dev=3.480

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.31 0.01 0.00 0.08 0.50 0.35 0.08
C2 0.01 0.00 0.07 0.16 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.31 0.23 0.00 0.03 0.20 0.97 0.41 0.18
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.09 0.01 0.11 0.23 0.10 0.03 0.07 0.13 0.00 0.03 0.12 0.02 0.49 0.22 0.87 0.56
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.44 0.00 0.54 0.02 0.49 0.25 0.29 0.09 0.02 0.01 0.49 0.01 0.13 0.06 0.23 0.14
C4 0.01 0.00 0.09 0.44 0.00 0.17 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.31 0.23 0.00 0.02 0.46 1.13 0.36 0.37
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.17 0.00 0.21 0.00 0.20 0.10 0.11 0.02 0.29 0.03 0.17 0.00 0.01 0.14 0.15 0.03
C5 0.01 0.01 0.11 0.54 0.00 0.21 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.25 0.40 0.01 0.03 0.53 1.03 0.29 0.37
C5' 0.07 0.05 0.23 0.02 0.15 0.00 0.18 0.00 0.15 0.06 0.10 0.01 0.06 0.18 0.16 0.01 0.00 0.11 0.38 0.00
C6 0.01 0.01 0.10 0.49 0.00 0.20 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.33 0.01 0.02 0.42 0.86 0.29 0.24
N1 0.00 0.01 0.03 0.25 0.01 0.10 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.09 0.01 0.00 0.20 0.81 0.36 0.13
N3 0.01 0.00 0.07 0.29 0.00 0.11 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.34 0.07 0.00 0.02 0.33 1.11 0.41 0.29
O2 0.02 0.00 0.13 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.35 0.52 0.00 0.05 0.08 0.93 0.43 0.14
O2' 0.01 0.31 0.00 0.02 0.31 0.29 0.25 0.06 0.19 0.20 0.34 0.35 0.00 0.06 0.31 0.20 0.41 0.18 0.88 0.52
O3' 0.31 0.23 0.03 0.01 0.23 0.03 0.40 0.18 0.33 0.09 0.07 0.52 0.06 0.00 0.30 0.23 0.11 0.07 0.15 0.11
O4 0.01 0.00 0.12 0.49 0.00 0.17 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.31 0.30 0.00 0.04 0.50 1.16 0.37 0.40
O4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.20 0.23 0.04 0.00 0.12 0.61 0.14 0.16
O5' 0.08 0.20 0.49 0.13 0.46 0.01 0.53 0.00 0.42 0.20 0.33 0.08 0.41 0.11 0.50 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.50 0.97 0.22 0.06 1.13 0.14 1.03 0.11 0.86 0.81 1.11 0.93 0.18 0.07 1.16 0.61 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.35 0.41 0.87 0.23 0.36 0.15 0.29 0.38 0.29 0.36 0.41 0.43 0.88 0.15 0.37 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.18 0.56 0.14 0.37 0.03 0.37 0.00 0.24 0.13 0.29 0.14 0.52 0.11 0.40 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.75 1.10 0.11 0.23 0.33 0.69 0.44 0.60 0.86 0.85 1.18 1.42 0.64 0.52 0.52 0.10 0.50 0.90 0.30 0.99 0.62 0.51 0.42
C2 0.81 0.67 0.10 0.13 0.46 0.43 0.75 0.40 0.51 1.59 0.56 1.14 0.35 1.40 0.95 0.14 0.22 0.80 0.23 0.64 0.50 0.22 0.29
C2' 0.46 1.83 0.30 0.23 0.92 0.58 1.09 0.49 1.67 0.45 2.01 2.14 1.28 0.63 0.39 0.10 0.69 0.60 0.15 1.84 0.48 0.54 0.30
C3' 0.43 2.44 0.94 0.38 1.65 0.11 1.91 0.22 2.49 0.85 2.71 2.61 1.90 1.42 0.97 0.68 0.19 0.13 0.66 2.69 0.72 1.25 0.79
C4 0.80 0.18 0.08 0.12 0.90 0.21 1.41 0.24 1.16 2.08 0.55 0.50 0.20 2.10 1.28 0.19 0.11 0.61 0.21 1.41 0.30 0.34 0.21
C4' 0.37 1.48 0.40 0.09 0.85 0.61 1.17 0.49 1.68 0.30 1.79 1.58 0.99 0.81 0.31 0.25 0.39 0.66 0.39 1.94 0.70 1.02 0.60
C5 0.83 0.18 0.09 0.12 0.77 0.24 1.11 0.25 0.86 1.78 0.40 0.43 0.20 1.67 1.16 0.17 0.08 0.64 0.20 1.00 0.30 0.26 0.20
C5' 0.38 1.09 0.29 0.07 0.74 0.64 1.15 0.43 1.54 0.49 1.47 1.05 0.70 1.00 0.33 0.12 0.40 0.64 0.40 1.84 0.64 1.08 0.61
C6 0.82 0.47 0.09 0.13 0.42 0.43 0.59 0.37 0.40 1.31 0.42 0.77 0.23 1.07 0.86 0.13 0.21 0.77 0.22 0.46 0.41 0.19 0.26
N1 0.81 0.75 0.10 0.16 0.33 0.52 0.49 0.46 0.46 1.27 0.71 1.12 0.41 1.00 0.79 0.12 0.31 0.83 0.25 0.53 0.51 0.28 0.32
N3 0.81 0.36 0.09 0.11 0.71 0.29 1.15 0.30 0.86 1.93 0.37 0.86 0.18 1.88 1.15 0.17 0.10 0.70 0.21 1.09 0.40 0.22 0.23
O2 0.80 0.84 0.11 0.15 0.40 0.48 0.66 0.44 0.51 1.53 0.73 1.34 0.46 1.32 0.89 0.13 0.27 0.83 0.25 0.62 0.56 0.28 0.33
O2' 0.47 1.97 0.25 0.22 0.98 0.56 1.19 0.48 1.85 0.48 2.20 2.32 1.35 0.69 0.41 0.21 0.69 0.57 0.23 2.07 0.60 0.72 0.44
O3' 0.80 3.21 1.27 0.70 2.28 0.21 2.63 0.40 3.34 1.35 3.58 3.39 2.54 2.04 1.47 0.91 0.11 0.39 1.06 3.61 1.05 1.80 1.22
O4 0.74 0.34 0.08 0.15 1.13 0.19 1.80 0.22 1.63 2.33 0.91 0.29 0.35 2.52 1.41 0.22 0.19 0.49 0.23 1.98 0.22 0.54 0.26
O4' 0.89 0.77 0.08 0.29 0.21 0.86 0.33 0.71 0.74 0.74 0.94 0.98 0.36 0.36 0.56 0.15 0.48 1.10 0.36 0.92 0.69 0.64 0.49
O5' 0.23 1.15 0.64 0.33 0.95 0.06 1.27 0.17 1.52 0.81 1.44 1.08 0.87 1.17 0.66 0.41 0.01 0.13 0.67 1.72 0.68 1.12 0.77
OP1 0.45 0.24 0.17 0.38 0.23 0.59 0.44 0.50 0.50 0.46 0.27 0.41 0.38 0.63 0.25 0.08 0.01 0.56 0.21 0.73 0.21 0.43 0.25
OP2 0.09 0.23 0.16 0.13 0.42 0.26 0.87 0.70 0.93 0.92 0.59 0.20 0.15 1.16 0.42 0.60 0.01 0.18 1.14 1.20 1.34 1.54 1.36
P 0.20 0.20 0.10 0.01 0.29 0.13 0.65 0.14 0.75 0.57 0.52 0.02 0.03 0.80 0.23 0.09 0.01 0.17 0.51 0.97 0.59 0.82 0.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.38 0.00 0.13 0.02 0.13 0.13 0.11
C2 0.02 0.00 0.18 0.23 0.00 0.55 0.01 1.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.18 0.47 1.51 0.01 1.83 2.19 1.91
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.17 0.06 0.16 0.09 0.25 0.22 0.16 0.03 0.00 0.04 0.03 0.37 0.10 0.39 0.46 0.40
C3' 0.02 0.23 0.00 0.00 0.09 0.01 0.38 0.02 0.32 0.65 0.07 0.44 0.29 0.65 0.27 0.03 0.00 0.01 0.09 0.46 0.05 0.14 0.08
C4 0.01 0.00 0.07 0.09 0.00 0.16 0.00 0.37 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.27 0.10 0.24 0.52 0.01 0.58 0.66 0.62
C4' 0.01 0.55 0.01 0.01 0.16 0.00 0.10 0.00 0.03 0.54 0.31 0.77 0.56 0.45 0.13 0.33 0.02 0.00 0.01 0.10 0.05 0.04 0.01
C5 0.01 0.01 0.06 0.38 0.00 0.10 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.15 0.08 0.04 0.01 0.03 0.06 0.02
C5' 0.04 1.09 0.17 0.02 0.37 0.00 0.04 0.00 0.20 0.80 0.71 1.50 1.04 0.66 0.13 0.14 0.22 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.32 0.00 0.03 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.19 0.18 0.28 0.00 0.36 0.45 0.42
C8 0.01 0.01 0.16 0.65 0.00 0.54 0.00 0.80 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.35 0.16 0.29 1.03 0.01 1.08 1.24 1.13
N1 0.02 0.00 0.09 0.07 0.00 0.31 0.00 0.71 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.08 0.35 0.98 0.01 1.24 1.49 1.31
N2 0.02 0.00 0.25 0.44 0.01 0.77 0.01 1.50 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.29 0.57 2.06 0.01 2.63 3.15 2.69
N3 0.02 0.00 0.22 0.29 0.00 0.56 0.01 1.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.28 0.47 1.43 0.01 1.60 1.84 1.68
N7 0.01 0.01 0.16 0.65 0.00 0.45 0.00 0.66 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.39 0.27 0.17 0.87 0.01 0.98 1.17 1.00
N9 0.00 0.01 0.03 0.27 0.00 0.13 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.10 0.01 0.12 0.01 0.11 0.13 0.12
O2' 0.01 0.18 0.00 0.03 0.27 0.33 0.35 0.14 0.35 0.35 0.27 0.09 0.15 0.39 0.25 0.00 0.02 0.21 0.23 0.38 0.24 0.52 0.29
O3' 0.38 0.18 0.04 0.00 0.10 0.02 0.15 0.22 0.19 0.16 0.08 0.29 0.28 0.27 0.10 0.02 0.00 0.23 0.35 0.32 0.47 0.46 0.42
O4' 0.00 0.47 0.03 0.01 0.24 0.00 0.08 0.01 0.18 0.29 0.35 0.57 0.47 0.17 0.01 0.21 0.23 0.00 0.07 0.11 0.07 0.06 0.05
O5' 0.13 1.51 0.37 0.09 0.52 0.01 0.04 0.00 0.28 1.03 0.98 2.06 1.43 0.87 0.12 0.23 0.35 0.07 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.10 0.46 0.01 0.10 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.32 0.11 0.02 0.00 0.05 0.08 0.08
OP1 0.13 1.83 0.39 0.05 0.58 0.05 0.03 0.05 0.36 1.08 1.24 2.63 1.60 0.98 0.11 0.24 0.47 0.07 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 2.19 0.46 0.14 0.66 0.04 0.06 0.03 0.45 1.24 1.49 3.15 1.84 1.17 0.13 0.52 0.46 0.06 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01
P 0.11 1.91 0.40 0.08 0.62 0.01 0.02 0.01 0.42 1.13 1.31 2.69 1.68 1.00 0.12 0.29 0.42 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00