ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49128

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O4 A 0, 0.001, 0.012, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C1' A 0, -0.002, 0.018, 0.038, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.018 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.001, 0.031, 0.060, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.031 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.027, 0.079, 0.132, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.079 std_dev=0.053
O4' A 0, -0.001, 0.111, 0.223, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.111 std_dev=0.112
O2' A 0, 0.029, 0.183, 0.336, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.183 std_dev=0.154
C3' A 0, -0.030, 0.218, 0.466, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.218 std_dev=0.248
C2' B 0, 0.114, 0.364, 0.613, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.364 std_dev=0.249
C4' A 0, -0.060, 0.235, 0.529, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.235 std_dev=0.294
O2' B 0, 0.105, 0.421, 0.737, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.421 std_dev=0.316
O3' A 0, -0.023, 0.375, 0.774, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.375 std_dev=0.399
O5' A 0, -0.049, 0.382, 0.814, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.382 std_dev=0.432
C5' A 0, -0.077, 0.385, 0.846, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.385 std_dev=0.461
C3' B 0, 0.088, 0.649, 1.209, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.649 std_dev=0.560
OP2 B 0, 0.203, 1.250, 2.297, 2.488 max_d=2.488 avg_d=1.250 std_dev=1.047
P A 0, 0.109, 1.340, 2.571, 2.588 max_d=2.588 avg_d=1.340 std_dev=1.231
C1' B 0, -0.200, 1.058, 2.316, 3.195 max_d=3.195 avg_d=1.058 std_dev=1.258
O5' B 0, 0.041, 1.381, 2.721, 3.443 max_d=3.443 avg_d=1.381 std_dev=1.340
C4' B 0, -0.157, 1.229, 2.615, 3.545 max_d=3.545 avg_d=1.229 std_dev=1.386
P B 0, 0.146, 1.541, 2.937, 3.516 max_d=3.516 avg_d=1.541 std_dev=1.395
OP2 A 0, -0.033, 1.597, 3.226, 4.093 max_d=4.093 avg_d=1.597 std_dev=1.629
O3' B 0, -0.299, 1.346, 2.991, 4.105 max_d=4.105 avg_d=1.346 std_dev=1.645
O4' B 0, -0.299, 1.376, 3.052, 4.230 max_d=4.230 avg_d=1.376 std_dev=1.676
C5' B 0, -0.157, 1.671, 3.500, 4.673 max_d=4.673 avg_d=1.671 std_dev=1.828
OP1 A 0, 0.116, 1.989, 3.861, 4.048 max_d=4.048 avg_d=1.989 std_dev=1.872
N9 B 0, -0.491, 1.451, 3.393, 4.787 max_d=4.787 avg_d=1.451 std_dev=1.942
OP1 B 0, 0.056, 2.022, 3.987, 5.044 max_d=5.044 avg_d=2.022 std_dev=1.965
C8 B 0, -0.515, 1.490, 3.494, 4.936 max_d=4.936 avg_d=1.490 std_dev=2.004
C4 B 0, -0.922, 2.014, 4.949, 7.080 max_d=7.080 avg_d=2.014 std_dev=2.936
N7 B 0, -0.927, 2.037, 5.001, 7.155 max_d=7.155 avg_d=2.037 std_dev=2.964
N3 B 0, -1.093, 2.247, 5.588, 8.015 max_d=8.015 avg_d=2.247 std_dev=3.341
C5 B 0, -1.174, 2.346, 5.866, 8.429 max_d=8.429 avg_d=2.346 std_dev=3.520
C2 B 0, -1.523, 2.815, 7.153, 10.314 max_d=10.314 avg_d=2.815 std_dev=4.338
C6 B 0, -1.649, 2.980, 7.610, 10.987 max_d=10.987 avg_d=2.980 std_dev=4.629
N2 B 0, -1.742, 3.149, 8.041, 11.605 max_d=11.605 avg_d=3.149 std_dev=4.892
N1 B 0, -1.787, 3.155, 8.096, 11.702 max_d=11.702 avg_d=3.155 std_dev=4.942
O6 B 0, -1.946, 3.395, 8.736, 12.637 max_d=12.637 avg_d=3.395 std_dev=5.341

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.16 0.16 0.88 0.25
C2 0.04 0.00 0.04 0.11 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.10 0.00 0.03 0.24 0.44 1.21 0.44
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.21 0.33 0.68 0.12
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.19 0.00 0.19 0.01 0.17 0.12 0.16 0.06 0.04 0.01 0.20 0.01 0.27 0.40 0.59 0.21
C4 0.03 0.01 0.04 0.19 0.00 0.15 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.22 0.00 0.07 0.25 0.85 1.49 0.68
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.15 0.00 0.18 0.00 0.16 0.08 0.09 0.04 0.03 0.01 0.16 0.00 0.01 0.44 0.43 0.13
C5 0.02 0.01 0.03 0.19 0.01 0.18 0.00 0.31 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.23 0.00 0.08 0.24 0.90 1.51 0.72
C5' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.28 0.00 0.31 0.00 0.26 0.14 0.21 0.04 0.03 0.03 0.31 0.01 0.01 0.38 0.35 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.17 0.00 0.16 0.00 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.00 0.08 0.23 0.68 1.38 0.61
N1 0.02 0.01 0.03 0.12 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.04 0.22 0.42 1.18 0.44
N3 0.04 0.00 0.04 0.16 0.00 0.09 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.17 0.00 0.05 0.25 0.64 1.37 0.56
O2 0.05 0.00 0.06 0.06 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.03 0.00 0.06 0.24 0.32 1.08 0.32
O2' 0.01 0.12 0.00 0.04 0.09 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.12 0.19 0.00 0.09 0.09 0.04 0.05 0.53 0.50 0.16
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.22 0.01 0.23 0.03 0.18 0.11 0.17 0.03 0.09 0.00 0.25 0.01 0.18 0.67 0.41 0.25
O4 0.03 0.00 0.04 0.20 0.00 0.16 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.25 0.00 0.07 0.25 0.96 1.53 0.74
O4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.05 0.06 0.04 0.01 0.07 0.00 0.03 0.06 0.76 0.30
O5' 0.16 0.24 0.21 0.27 0.25 0.01 0.24 0.01 0.23 0.22 0.25 0.24 0.05 0.18 0.25 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.16 0.44 0.33 0.40 0.85 0.44 0.90 0.38 0.68 0.42 0.64 0.32 0.53 0.67 0.96 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.88 1.21 0.68 0.59 1.49 0.43 1.51 0.35 1.38 1.18 1.37 1.08 0.50 0.41 1.53 0.76 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.25 0.44 0.12 0.21 0.68 0.13 0.72 0.01 0.61 0.44 0.56 0.32 0.16 0.25 0.74 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.28 1.43 0.07 0.21 0.71 0.77 0.82 0.87 1.21 0.17 1.49 1.78 1.00 0.49 0.24 0.19 0.30 0.75 0.73 1.30 0.86 0.69 0.73
C2 0.22 2.13 0.11 0.39 1.21 1.12 1.46 1.29 2.01 0.56 2.31 2.48 1.51 1.06 0.56 0.32 0.63 0.89 0.93 2.16 1.25 0.75 0.93
C2' 0.38 1.13 0.09 0.16 0.52 0.83 0.69 0.96 1.07 0.14 1.27 1.39 0.71 0.43 0.14 0.15 0.18 0.91 0.82 1.20 0.96 0.70 0.82
C3' 0.37 0.61 0.21 0.18 0.23 0.55 0.38 0.65 0.63 0.04 0.73 0.76 0.32 0.22 0.06 0.07 0.41 0.79 0.60 0.73 0.63 0.49 0.59
C4 0.23 1.94 0.14 0.45 1.24 1.31 1.52 1.48 1.98 0.66 2.16 2.03 1.42 1.16 0.60 0.35 0.68 1.03 1.03 2.11 1.37 0.77 1.02
C4' 0.26 0.66 0.22 0.22 0.25 0.33 0.30 0.38 0.52 0.10 0.69 0.88 0.42 0.11 0.06 0.13 0.44 0.55 0.40 0.56 0.37 0.43 0.40
C5 0.34 1.31 0.11 0.30 0.78 1.07 0.94 1.15 1.26 0.30 1.41 1.42 0.96 0.65 0.29 0.29 0.36 1.00 0.88 1.33 1.05 0.72 0.87
C5' 0.21 0.23 0.36 0.51 0.08 0.14 0.10 0.21 0.16 0.20 0.23 0.35 0.12 0.15 0.14 0.35 0.86 0.36 0.18 0.18 0.21 0.25 0.19
C6 0.34 1.22 0.08 0.22 0.63 0.87 0.75 0.94 1.07 0.15 1.27 1.43 0.87 0.46 0.18 0.23 0.26 0.87 0.77 1.13 0.89 0.70 0.77
N1 0.27 1.63 0.08 0.28 0.87 0.93 1.03 1.04 1.45 0.30 1.72 1.94 1.16 0.68 0.33 0.25 0.40 0.85 0.82 1.55 1.01 0.71 0.82
N3 0.21 2.29 0.13 0.47 1.38 1.27 1.69 1.47 2.27 0.72 2.54 2.54 1.63 1.27 0.68 0.36 0.75 0.95 1.02 2.44 1.42 0.77 1.02
O2 0.21 2.32 0.11 0.41 1.32 1.13 1.60 1.32 2.22 0.63 2.55 2.73 1.62 1.17 0.63 0.32 0.69 0.85 0.94 2.42 1.31 0.75 0.95
O2' 0.32 1.32 0.08 0.19 0.63 0.80 0.79 0.93 1.20 0.17 1.44 1.65 0.87 0.49 0.21 0.15 0.26 0.82 0.79 1.32 0.95 0.70 0.79
O3' 0.36 0.44 0.27 0.29 0.15 0.49 0.31 0.59 0.52 0.06 0.58 0.53 0.19 0.20 0.09 0.14 0.58 0.78 0.56 0.64 0.57 0.42 0.54
O4 0.20 2.01 0.16 0.54 1.41 1.47 1.79 1.72 2.27 0.86 2.36 1.97 1.47 1.43 0.74 0.37 0.82 1.05 1.13 2.43 1.58 0.80 1.13
O4' 0.24 1.08 0.13 0.06 0.49 0.46 0.52 0.51 0.81 0.09 1.06 1.38 0.77 0.24 0.14 0.05 0.17 0.55 0.49 0.84 0.51 0.56 0.50
O5' 0.64 0.47 0.11 0.19 0.62 0.31 0.67 0.34 0.63 0.75 0.54 0.34 0.52 0.74 0.68 0.09 0.55 0.72 0.56 0.66 0.41 0.73 0.58
OP1 1.88 2.19 1.43 1.47 2.20 1.61 2.29 1.73 2.34 2.13 2.29 2.06 2.15 2.25 2.09 1.27 1.53 1.85 1.89 2.38 1.83 2.03 1.96
OP2 1.29 1.58 1.56 1.66 1.53 1.41 1.61 1.41 1.70 1.45 1.66 1.51 1.52 1.56 1.43 1.61 1.93 1.16 1.30 1.76 1.32 1.29 1.26
P 1.11 1.34 1.02 1.12 1.34 1.06 1.43 1.11 1.48 1.32 1.43 1.25 1.29 1.42 1.27 1.04 1.38 1.08 1.16 1.53 1.15 1.26 1.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.25 0.01 0.27 0.42 0.30
C2 0.01 0.00 0.33 0.08 0.01 0.23 0.01 0.57 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.47 0.22 0.35 0.92 0.00 1.20 0.98 1.16
C2' 0.00 0.33 0.00 0.00 0.14 0.01 0.02 0.05 0.09 0.29 0.23 0.42 0.33 0.20 0.05 0.00 0.01 0.00 0.17 0.04 0.19 0.59 0.32
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.04 0.06 0.23 0.02 0.14 0.09 0.20 0.08 0.02 0.00 0.02 0.09 0.09 0.13 0.55 0.25
C4 0.01 0.01 0.14 0.01 0.00 0.14 0.00 0.37 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.06 0.18 0.66 0.00 0.82 0.78 0.85
C4' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.14 0.00 0.13 0.01 0.16 0.14 0.21 0.26 0.20 0.13 0.07 0.01 0.04 0.00 0.06 0.16 0.08 0.29 0.08
C5 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.13 0.00 0.35 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.07 0.60 0.00 0.83 0.82 0.87
C5' 0.07 0.57 0.05 0.04 0.37 0.01 0.35 0.00 0.44 0.25 0.54 0.63 0.50 0.27 0.20 0.02 0.04 0.04 0.00 0.42 0.08 0.17 0.01
C6 0.01 0.00 0.09 0.06 0.00 0.16 0.00 0.44 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.04 0.14 0.72 0.00 1.04 0.94 1.04
C8 0.02 0.01 0.29 0.23 0.00 0.14 0.00 0.25 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.26 0.20 0.28 0.00 0.35 0.48 0.38
N1 0.00 0.00 0.23 0.02 0.01 0.21 0.01 0.54 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.13 0.27 0.87 0.00 1.21 1.01 1.18
N2 0.02 0.00 0.42 0.14 0.00 0.26 0.00 0.63 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.62 0.32 0.41 1.00 0.01 1.33 1.02 1.24
N3 0.01 0.00 0.33 0.09 0.00 0.20 0.00 0.50 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.44 0.20 0.34 0.83 0.00 1.02 0.87 1.00
N7 0.01 0.01 0.20 0.20 0.00 0.13 0.00 0.27 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.19 0.22 0.11 0.38 0.00 0.56 0.66 0.60
N9 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.07 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.40 0.00 0.48 0.57 0.52
O2' 0.03 0.47 0.00 0.02 0.20 0.01 0.08 0.02 0.17 0.28 0.34 0.62 0.44 0.19 0.05 0.00 0.01 0.07 0.15 0.12 0.10 0.54 0.23
O3' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.06 0.04 0.06 0.04 0.04 0.26 0.13 0.32 0.20 0.22 0.07 0.01 0.00 0.02 0.09 0.06 0.10 0.55 0.16
O4' 0.00 0.35 0.00 0.02 0.18 0.00 0.07 0.04 0.14 0.20 0.27 0.41 0.34 0.11 0.01 0.07 0.02 0.00 0.21 0.10 0.22 0.22 0.17
O5' 0.25 0.92 0.17 0.09 0.66 0.06 0.60 0.00 0.72 0.28 0.87 1.00 0.83 0.38 0.40 0.15 0.09 0.21 0.00 0.67 0.05 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.16 0.00 0.42 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.06 0.10 0.67 0.00 1.04 0.94 1.04
OP1 0.27 1.20 0.19 0.13 0.82 0.08 0.83 0.08 1.04 0.35 1.21 1.33 1.02 0.56 0.48 0.10 0.10 0.22 0.05 1.04 0.00 0.02 0.00
OP2 0.42 0.98 0.59 0.55 0.78 0.29 0.82 0.17 0.94 0.48 1.01 1.02 0.87 0.66 0.57 0.54 0.55 0.22 0.01 0.94 0.02 0.00 0.00
P 0.30 1.16 0.32 0.25 0.85 0.08 0.87 0.01 1.04 0.38 1.18 1.24 1.00 0.60 0.52 0.23 0.16 0.17 0.00 1.04 0.00 0.00 0.00