Doublet Group distance statistics: 49129

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C6	A	0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C2	A	0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N3	A	0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N1	A	0, 0.003, 0.020, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.017
C1'	A	0, 0.006, 0.031, 0.056, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.031 std_dev=0.025
C4	A	0, 0.003, 0.029, 0.055, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.029 std_dev=0.026
O2	A	0, 0.011, 0.049, 0.088, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.049 std_dev=0.038
O4	A	0, 0.029, 0.084, 0.139, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.084 std_dev=0.055
C3'	B	0, 0.130, 0.355, 0.579, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.355 std_dev=0.224
O4'	A	0, 0.169, 0.404, 0.639, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.404 std_dev=0.235
C2'	B	0, 0.167, 0.436, 0.706, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.436 std_dev=0.269
C2'	A	0, 0.197, 0.471, 0.746, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.471 std_dev=0.274
O2'	A	0, 0.236, 0.576, 0.917, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.576 std_dev=0.341
C4'	A	0, 0.262, 0.625, 0.989, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.625 std_dev=0.363
O4'	B	0, 0.224, 0.592, 0.960, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.592 std_dev=0.368
O3'	B	0, 0.245, 0.648, 1.051, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.648 std_dev=0.403
C3'	A	0, 0.295, 0.706, 1.117, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.706 std_dev=0.411
C4'	B	0, 0.224, 0.670, 1.117, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.670 std_dev=0.447
C1'	B	0, 0.325, 0.782, 1.239, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.782 std_dev=0.457
O2'	B	0, 0.308, 0.790, 1.272, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.790 std_dev=0.482
O5'	A	0, 0.358, 0.900, 1.442, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.900 std_dev=0.542
OP2	A	0, 0.428, 1.042, 1.656, 1.537 max_d=1.537 avg_d=1.042 std_dev=0.614
C5'	A	0, 0.444, 1.059, 1.673, 1.512 max_d=1.512 avg_d=1.059 std_dev=0.614
O3'	A	0, 0.445, 1.061, 1.677, 1.517 max_d=1.517 avg_d=1.061 std_dev=0.616
P	A	0, 0.468, 1.121, 1.773, 1.633 max_d=1.633 avg_d=1.121 std_dev=0.653
OP1	A	0, 0.565, 1.345, 2.125, 1.910 max_d=1.910 avg_d=1.345 std_dev=0.780
N9	B	0, 0.613, 1.461, 2.310, 2.042 max_d=2.042 avg_d=1.461 std_dev=0.849
N3	B	0, 0.622, 1.501, 2.380, 2.158 max_d=2.158 avg_d=1.501 std_dev=0.879
C4	B	0, 0.687, 1.654, 2.621, 2.347 max_d=2.347 avg_d=1.654 std_dev=0.967
C5'	B	0, 0.456, 1.446, 2.435, 2.785 max_d=2.785 avg_d=1.446 std_dev=0.989
O5'	B	0, 0.745, 1.821, 2.898, 2.804 max_d=2.804 avg_d=1.821 std_dev=1.076
C2	B	0, 0.815, 1.956, 3.097, 2.797 max_d=2.797 avg_d=1.956 std_dev=1.141
C8	B	0, 0.885, 2.098, 3.312, 2.874 max_d=2.874 avg_d=2.098 std_dev=1.213
OP2	B	0, 0.804, 2.051, 3.299, 3.375 max_d=3.375 avg_d=2.051 std_dev=1.248
N2	B	0, 0.909, 2.169, 3.428, 3.101 max_d=3.101 avg_d=2.169 std_dev=1.259
C5	B	0, 0.945, 2.263, 3.581, 3.199 max_d=3.199 avg_d=2.263 std_dev=1.318
P	B	0, 0.956, 2.285, 3.615, 3.281 max_d=3.281 avg_d=2.285 std_dev=1.329
N1	B	0, 1.007, 2.422, 3.838, 3.422 max_d=3.422 avg_d=2.422 std_dev=1.415
N7	B	0, 1.066, 2.535, 4.003, 3.522 max_d=3.522 avg_d=2.535 std_dev=1.469
C6	B	0, 1.085, 2.609, 4.132, 3.702 max_d=3.702 avg_d=2.609 std_dev=1.523
O6	B	0, 1.301, 3.124, 4.948, 4.431 max_d=4.431 avg_d=3.124 std_dev=1.823
OP1	B	0, 1.643, 3.956, 6.270, 5.781 max_d=5.781 avg_d=3.956 std_dev=2.313

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.03	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.03	0.05	0.03	0.02	0.04	0.00	0.04	0.05	0.07	0.05
C2	0.03	0.00	0.08	0.07	0.03	0.04	0.01	0.05	0.00	0.01	0.01	0.01	0.10	0.08	0.05	0.02	0.07	0.08	0.11	0.09
C2'	0.00	0.08	0.00	0.00	0.06	0.01	0.06	0.00	0.05	0.03	0.08	0.14	0.00	0.03	0.06	0.00	0.04	0.06	0.03	0.03
C3'	0.01	0.07	0.00	0.00	0.06	0.00	0.08	0.00	0.08	0.03	0.06	0.12	0.01	0.01	0.06	0.01	0.06	0.07	0.05	0.05
C4	0.03	0.03	0.06	0.06	0.00	0.04	0.01	0.07	0.02	0.03	0.01	0.04	0.08	0.08	0.01	0.02	0.09	0.12	0.15	0.12
C4'	0.00	0.04	0.01	0.00	0.04	0.00	0.05	0.00	0.05	0.02	0.03	0.07	0.04	0.02	0.04	0.00	0.01	0.06	0.01	0.01
C5	0.02	0.01	0.06	0.08	0.01	0.05	0.00	0.09	0.01	0.02	0.01	0.02	0.06	0.10	0.02	0.02	0.12	0.14	0.16	0.14
C5'	0.01	0.05	0.00	0.00	0.07	0.00	0.09	0.00	0.08	0.05	0.05	0.07	0.04	0.02	0.07	0.01	0.01	0.07	0.01	0.01
C6	0.01	0.00	0.05	0.08	0.02	0.05	0.01	0.08	0.00	0.00	0.01	0.01	0.05	0.09	0.03	0.03	0.11	0.11	0.13	0.11
N1	0.01	0.01	0.03	0.03	0.03	0.02	0.02	0.05	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.03	0.04	0.01	0.07	0.08	0.10	0.08
N3	0.03	0.01	0.08	0.06	0.01	0.03	0.01	0.05	0.01	0.01	0.00	0.03	0.10	0.08	0.03	0.02	0.08	0.09	0.13	0.10
O2	0.05	0.01	0.14	0.12	0.04	0.07	0.02	0.07	0.01	0.01	0.03	0.00	0.16	0.14	0.06	0.04	0.08	0.08	0.10	0.09
O2'	0.03	0.10	0.00	0.01	0.08	0.04	0.06	0.04	0.05	0.04	0.10	0.16	0.00	0.07	0.08	0.02	0.01	0.09	0.01	0.01
O3'	0.02	0.08	0.03	0.01	0.08	0.02	0.10	0.02	0.09	0.03	0.08	0.14	0.07	0.00	0.08	0.02	0.06	0.12	0.10	0.07
O4	0.04	0.05	0.06	0.06	0.01	0.04	0.02	0.07	0.03	0.04	0.03	0.06	0.08	0.08	0.00	0.02	0.09	0.13	0.17	0.13
O4'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.02	0.04	0.02	0.02	0.02	0.00	0.07	0.07	0.09	0.07
O5'	0.04	0.07	0.04	0.06	0.09	0.01	0.12	0.01	0.11	0.07	0.08	0.08	0.01	0.06	0.09	0.07	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.05	0.08	0.06	0.07	0.12	0.06	0.14	0.07	0.11	0.08	0.09	0.08	0.09	0.12	0.13	0.07	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.07	0.11	0.03	0.05	0.15	0.01	0.16	0.01	0.13	0.10	0.13	0.10	0.01	0.10	0.17	0.09	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.05	0.09	0.03	0.05	0.12	0.01	0.14	0.01	0.11	0.08	0.10	0.09	0.01	0.07	0.13	0.07	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.17	0.33	0.22	0.12	0.28	0.30	0.32	0.51	0.37	0.23	0.37	0.34	0.29	0.29	0.22	0.43	0.31	0.15	0.18	0.39	0.35	0.52	0.20
C2	0.15	0.32	0.18	0.11	0.21	0.24	0.21	0.41	0.28	0.14	0.33	0.37	0.27	0.13	0.15	0.35	0.31	0.14	0.28	0.29	0.43	0.60	0.30
C2'	0.19	0.42	0.21	0.09	0.37	0.27	0.43	0.43	0.48	0.31	0.47	0.42	0.37	0.40	0.29	0.38	0.32	0.17	0.26	0.51	0.39	0.55	0.25
C3'	0.25	0.43	0.26	0.13	0.41	0.30	0.46	0.44	0.50	0.40	0.48	0.42	0.39	0.46	0.36	0.43	0.30	0.22	0.25	0.53	0.39	0.55	0.27
C4	0.16	0.28	0.16	0.09	0.16	0.21	0.12	0.34	0.18	0.21	0.26	0.34	0.24	0.12	0.14	0.31	0.27	0.14	0.32	0.16	0.43	0.64	0.34
C4'	0.21	0.36	0.24	0.10	0.34	0.32	0.39	0.53	0.42	0.34	0.40	0.35	0.33	0.40	0.30	0.46	0.28	0.19	0.20	0.45	0.36	0.52	0.21
C5	0.18	0.28	0.21	0.11	0.22	0.26	0.21	0.41	0.24	0.16	0.28	0.30	0.26	0.15	0.18	0.37	0.30	0.16	0.22	0.23	0.30	0.55	0.23
C5'	0.24	0.35	0.25	0.10	0.35	0.33	0.40	0.52	0.41	0.37	0.39	0.34	0.33	0.41	0.33	0.46	0.26	0.22	0.24	0.43	0.36	0.54	0.23
C6	0.19	0.31	0.23	0.12	0.26	0.29	0.28	0.47	0.31	0.21	0.32	0.31	0.28	0.24	0.22	0.42	0.32	0.16	0.18	0.32	0.31	0.52	0.20
N1	0.17	0.32	0.21	0.11	0.25	0.27	0.27	0.46	0.32	0.18	0.34	0.34	0.28	0.22	0.19	0.40	0.32	0.15	0.21	0.34	0.35	0.54	0.22
N3	0.15	0.31	0.16	0.10	0.17	0.22	0.14	0.36	0.21	0.19	0.30	0.37	0.25	0.11	0.13	0.31	0.29	0.14	0.33	0.20	0.48	0.65	0.35
O2	0.16	0.34	0.19	0.11	0.21	0.24	0.21	0.42	0.29	0.14	0.35	0.39	0.27	0.13	0.15	0.35	0.32	0.14	0.28	0.30	0.47	0.61	0.32
O2'	0.19	0.42	0.21	0.09	0.37	0.26	0.43	0.45	0.49	0.32	0.48	0.42	0.36	0.41	0.29	0.39	0.32	0.16	0.24	0.54	0.39	0.52	0.22
O3'	0.29	0.47	0.28	0.16	0.46	0.28	0.53	0.41	0.56	0.47	0.53	0.46	0.43	0.54	0.41	0.42	0.33	0.24	0.28	0.60	0.42	0.54	0.29
O4	0.16	0.26	0.13	0.09	0.10	0.17	0.08	0.28	0.09	0.34	0.20	0.34	0.21	0.26	0.17	0.25	0.23	0.12	0.41	0.06	0.54	0.68	0.42
O4'	0.17	0.28	0.24	0.14	0.25	0.34	0.29	0.57	0.32	0.23	0.32	0.28	0.25	0.28	0.21	0.47	0.30	0.16	0.15	0.35	0.34	0.49	0.17
O5'	0.24	0.35	0.24	0.10	0.35	0.27	0.40	0.42	0.41	0.38	0.38	0.33	0.33	0.42	0.33	0.46	0.30	0.21	0.22	0.43	0.40	0.49	0.22
OP1	0.31	0.33	0.23	0.15	0.38	0.30	0.43	0.41	0.43	0.47	0.38	0.30	0.32	0.49	0.39	0.41	0.26	0.29	0.31	0.46	0.30	0.49	0.17
OP2	0.30	0.32	0.23	0.14	0.35	0.31	0.38	0.36	0.37	0.40	0.35	0.29	0.31	0.40	0.36	0.46	0.29	0.32	0.34	0.38	0.26	0.52	0.22
P	0.27	0.32	0.24	0.09	0.35	0.29	0.39	0.42	0.39	0.41	0.36	0.29	0.31	0.42	0.35	0.46	0.25	0.26	0.28	0.41	0.32	0.49	0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.02	0.03	0.02	0.02	0.12	0.03	0.01	0.04	0.04	0.04	0.01	0.01	0.02	0.18	0.00	0.04	0.02	0.18	0.37	0.08
C2	0.04	0.00	0.04	0.10	0.02	0.27	0.02	0.70	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.13	0.12	0.15	0.30	0.01	0.50	0.31	0.20
C2'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.04	0.03	0.04	0.24	0.04	0.04	0.05	0.04	0.04	0.04	0.03	0.00	0.04	0.02	0.12	0.04	0.23	0.32	0.06
C3'	0.02	0.10	0.00	0.00	0.05	0.01	0.05	0.03	0.07	0.01	0.10	0.11	0.09	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.32	0.06	0.27	0.36	0.19
C4	0.03	0.02	0.04	0.05	0.00	0.15	0.00	0.46	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.11	0.05	0.09	0.18	0.01	0.29	0.41	0.07
C4'	0.02	0.27	0.03	0.01	0.15	0.00	0.12	0.01	0.17	0.04	0.23	0.30	0.24	0.04	0.04	0.12	0.03	0.01	0.02	0.15	0.41	0.12	0.13
C5	0.02	0.02	0.04	0.05	0.00	0.12	0.00	0.43	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.00	0.01	0.11	0.07	0.06	0.22	0.01	0.33	0.44	0.09
C5'	0.12	0.70	0.24	0.03	0.46	0.01	0.43	0.00	0.53	0.16	0.65	0.78	0.63	0.27	0.25	0.11	0.10	0.02	0.01	0.51	0.31	0.01	0.03
C6	0.03	0.01	0.04	0.07	0.01	0.17	0.01	0.53	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.11	0.03	0.09	0.28	0.00	0.44	0.42	0.15
C8	0.01	0.03	0.04	0.01	0.01	0.04	0.01	0.16	0.01	0.00	0.02	0.03	0.01	0.00	0.00	0.08	0.19	0.05	0.10	0.01	0.15	0.48	0.09
N1	0.04	0.01	0.05	0.10	0.01	0.23	0.01	0.65	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.02	0.02	0.12	0.08	0.13	0.31	0.00	0.52	0.36	0.19
N2	0.04	0.01	0.04	0.11	0.02	0.30	0.03	0.78	0.02	0.03	0.03	0.00	0.01	0.03	0.02	0.14	0.18	0.17	0.32	0.02	0.59	0.23	0.27
N3	0.04	0.01	0.04	0.09	0.01	0.24	0.01	0.63	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.12	0.08	0.14	0.24	0.01	0.37	0.33	0.13
N7	0.01	0.02	0.04	0.02	0.01	0.04	0.00	0.27	0.01	0.00	0.02	0.03	0.01	0.00	0.01	0.10	0.14	0.02	0.17	0.01	0.23	0.48	0.08
N9	0.01	0.02	0.03	0.01	0.01	0.04	0.01	0.25	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.07	0.14	0.02	0.09	0.01	0.17	0.43	0.07
O2'	0.02	0.13	0.00	0.01	0.11	0.12	0.11	0.11	0.11	0.08	0.12	0.14	0.12	0.10	0.07	0.00	0.15	0.06	0.17	0.11	0.23	0.33	0.10
O3'	0.18	0.12	0.04	0.00	0.05	0.03	0.07	0.10	0.03	0.19	0.08	0.18	0.08	0.14	0.14	0.15	0.00	0.19	0.26	0.03	0.38	0.27	0.17
O4'	0.00	0.15	0.02	0.01	0.09	0.01	0.06	0.02	0.09	0.05	0.13	0.17	0.14	0.02	0.02	0.06	0.19	0.00	0.06	0.07	0.22	0.30	0.08
O5'	0.04	0.30	0.12	0.32	0.18	0.02	0.22	0.01	0.28	0.10	0.31	0.32	0.24	0.17	0.09	0.17	0.26	0.06	0.00	0.29	0.01	0.01	0.01
O6	0.02	0.01	0.04	0.06	0.01	0.15	0.01	0.51	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.11	0.03	0.07	0.29	0.00	0.47	0.43	0.16
OP1	0.18	0.50	0.23	0.27	0.29	0.41	0.33	0.31	0.44	0.15	0.52	0.59	0.37	0.23	0.17	0.23	0.38	0.22	0.01	0.47	0.00	0.01	0.01
OP2	0.37	0.31	0.32	0.36	0.41	0.12	0.44	0.01	0.42	0.48	0.36	0.23	0.33	0.48	0.43	0.33	0.27	0.30	0.01	0.43	0.01	0.00	0.01
P	0.08	0.20	0.06	0.19	0.07	0.13	0.09	0.03	0.15	0.09	0.19	0.27	0.13	0.08	0.07	0.10	0.17	0.08	0.01	0.16	0.01	0.01	0.00