ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49130

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.037 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.025, 0.088, 0.152, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.088 std_dev=0.064
O4' A 0, 0.028, 0.096, 0.164, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.096 std_dev=0.068
O4 A 0, 0.032, 0.109, 0.186, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.109 std_dev=0.077
O2' A 0, 0.032, 0.114, 0.197, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.114 std_dev=0.083
C3' A 0, 0.046, 0.157, 0.269, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.157 std_dev=0.112
C8 B 0, 0.048, 0.165, 0.281, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.165 std_dev=0.117
O3' A 0, 0.056, 0.193, 0.330, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.193 std_dev=0.137
C4' A 0, 0.056, 0.193, 0.331, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.193 std_dev=0.138
N9 B 0, 0.063, 0.217, 0.371, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.217 std_dev=0.154
C5' A 0, 0.079, 0.277, 0.474, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.277 std_dev=0.197
C1' B 0, 0.096, 0.327, 0.558, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.327 std_dev=0.231
O5' A 0, 0.097, 0.338, 0.578, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.338 std_dev=0.240
N7 B 0, 0.103, 0.353, 0.602, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.353 std_dev=0.250
O4' B 0, 0.110, 0.376, 0.642, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.376 std_dev=0.266
O5' B 0, 0.113, 0.386, 0.658, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.386 std_dev=0.273
C5' B 0, 0.121, 0.416, 0.711, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.416 std_dev=0.295
C4' B 0, 0.123, 0.420, 0.717, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.420 std_dev=0.297
C2' B 0, 0.126, 0.431, 0.735, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.431 std_dev=0.305
C3' B 0, 0.126, 0.432, 0.738, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.432 std_dev=0.306
C4 B 0, 0.128, 0.439, 0.750, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.439 std_dev=0.311
P B 0, 0.131, 0.447, 0.763, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.447 std_dev=0.316
C5 B 0, 0.145, 0.496, 0.848, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.496 std_dev=0.351
O2' B 0, 0.154, 0.528, 0.901, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.528 std_dev=0.373
P A 0, 0.157, 0.542, 0.927, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.542 std_dev=0.385
OP2 B 0, 0.159, 0.545, 0.931, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.545 std_dev=0.386
O3' B 0, 0.164, 0.560, 0.955, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.560 std_dev=0.396
OP2 A 0, 0.171, 0.589, 1.008, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.589 std_dev=0.419
N3 B 0, 0.195, 0.667, 1.138, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.667 std_dev=0.472
OP1 A 0, 0.200, 0.686, 1.173, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.686 std_dev=0.487
OP1 B 0, 0.213, 0.727, 1.242, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.727 std_dev=0.515
C6 B 0, 0.232, 0.791, 1.350, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.791 std_dev=0.559
C2 B 0, 0.261, 0.891, 1.521, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.891 std_dev=0.630
N1 B 0, 0.277, 0.945, 1.614, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.945 std_dev=0.669
O6 B 0, 0.280, 0.955, 1.630, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.955 std_dev=0.675
N2 B 0, 0.332, 1.133, 1.934, 1.703 max_d=1.703 avg_d=1.133 std_dev=0.801

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.08 0.05 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.09 0.06 0.07
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04 0.05
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.05
O2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O3' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.08 0.06 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
O5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.07 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.05 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.02 0.06 0.05 0.03 0.06 0.03 0.10 0.01 0.13 0.06 0.11 0.05 0.03 0.11 0.03 0.09 0.05 0.00 0.04 0.17 0.08 0.08 0.06
C2 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.02 0.08 0.05 0.10 0.06 0.08 0.03 0.04 0.09 0.04 0.05 0.01 0.05 0.08 0.12 0.02 0.03 0.01
C2' 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04 0.05 0.09 0.02 0.11 0.06 0.08 0.01 0.01 0.10 0.02 0.11 0.07 0.01 0.01 0.15 0.10 0.10 0.08
C3' 0.03 0.06 0.05 0.04 0.06 0.04 0.11 0.02 0.14 0.07 0.11 0.04 0.03 0.12 0.03 0.09 0.06 0.01 0.02 0.19 0.11 0.10 0.07
C4 0.03 0.00 0.00 0.04 0.02 0.06 0.04 0.09 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.06 0.04 0.04 0.03 0.09 0.11 0.06 0.06 0.01 0.03
C4' 0.02 0.09 0.04 0.03 0.07 0.03 0.12 0.01 0.16 0.07 0.14 0.07 0.05 0.13 0.04 0.08 0.05 0.01 0.03 0.21 0.10 0.10 0.06
C5 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.06 0.06 0.07 0.07 0.04 0.02 0.00 0.08 0.03 0.08 0.01 0.04 0.09 0.09 0.03 0.00 0.01
C5' 0.02 0.09 0.03 0.02 0.08 0.03 0.13 0.01 0.17 0.09 0.14 0.07 0.05 0.14 0.04 0.07 0.04 0.01 0.03 0.22 0.11 0.10 0.06
C6 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.09 0.02 0.11 0.07 0.08 0.01 0.01 0.10 0.03 0.09 0.04 0.01 0.07 0.14 0.02 0.04 0.02
N1 0.01 0.05 0.03 0.02 0.05 0.01 0.09 0.02 0.11 0.07 0.09 0.03 0.03 0.10 0.03 0.08 0.03 0.02 0.06 0.14 0.04 0.05 0.03
N3 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.06 0.08 0.06 0.06 0.05 0.01 0.02 0.07 0.04 0.03 0.03 0.08 0.10 0.08 0.03 0.01 0.02
O2 0.02 0.06 0.00 0.01 0.06 0.02 0.09 0.04 0.11 0.06 0.09 0.05 0.05 0.09 0.05 0.04 0.00 0.06 0.08 0.13 0.02 0.04 0.02
O2' 0.05 0.01 0.08 0.07 0.02 0.06 0.06 0.04 0.09 0.04 0.06 0.02 0.02 0.08 0.01 0.13 0.10 0.02 0.01 0.13 0.11 0.11 0.09
O3' 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.10 0.02 0.14 0.06 0.11 0.04 0.02 0.11 0.02 0.11 0.07 0.02 0.03 0.19 0.10 0.10 0.07
O4 0.04 0.05 0.03 0.07 0.01 0.10 0.01 0.12 0.02 0.03 0.05 0.08 0.04 0.01 0.02 0.01 0.08 0.12 0.13 0.02 0.09 0.03 0.05
O4' 0.03 0.08 0.04 0.03 0.07 0.04 0.12 0.01 0.15 0.06 0.13 0.07 0.05 0.12 0.03 0.09 0.05 0.01 0.04 0.19 0.09 0.09 0.06
O5' 0.01 0.10 0.03 0.02 0.08 0.03 0.15 0.01 0.19 0.10 0.15 0.08 0.06 0.16 0.05 0.07 0.04 0.01 0.03 0.24 0.11 0.09 0.06
OP1 0.04 0.14 0.05 0.06 0.13 0.05 0.18 0.07 0.22 0.14 0.19 0.13 0.11 0.19 0.10 0.02 0.05 0.03 0.09 0.26 0.04 0.05 0.02
OP2 0.00 0.10 0.01 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.19 0.11 0.16 0.08 0.06 0.17 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.25 0.10 0.08 0.04
P 0.00 0.10 0.01 0.01 0.09 0.01 0.15 0.02 0.18 0.10 0.15 0.08 0.06 0.16 0.06 0.04 0.01 0.01 0.03 0.23 0.11 0.10 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.08 0.00 0.07 0.00 0.09 0.11 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.07 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.07 0.05 0.02
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.07 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.03
C4 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.08 0.00 0.10 0.10 0.08
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.12 0.00 0.14 0.14 0.12
C5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.10 0.04 0.00 0.01 0.11 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.02 0.12 0.00 0.15 0.16 0.14
C8 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.14 0.01 0.13 0.09 0.11
N1 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.01 0.09 0.00 0.12 0.15 0.11
N2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.10 0.01 0.05 0.01 0.08 0.11 0.06
N3 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.00 0.05 0.00 0.07 0.08 0.05
N7 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.15 0.01 0.16 0.15 0.15
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.06 0.05
O2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.08 0.11 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.04 0.01
O3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.06 0.10 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.09 0.07 0.03
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.05
O5' 0.03 0.07 0.02 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.12 0.14 0.09 0.05 0.05 0.15 0.08 0.01 0.02 0.00 0.00 0.14 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03 0.02 0.14 0.00 0.17 0.19 0.17
OP1 0.04 0.09 0.07 0.08 0.10 0.03 0.14 0.03 0.15 0.13 0.12 0.08 0.07 0.16 0.08 0.06 0.09 0.00 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.11 0.05 0.06 0.10 0.01 0.14 0.01 0.16 0.09 0.15 0.11 0.08 0.15 0.06 0.04 0.07 0.05 0.00 0.19 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.07 0.02 0.03 0.08 0.02 0.12 0.01 0.14 0.11 0.11 0.06 0.05 0.15 0.05 0.01 0.03 0.05 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00