ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49131

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.004, 0.042, 0.080, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.042 std_dev=0.038
O4 A 0, 0.012, 0.110, 0.208, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.110 std_dev=0.098
C2' A 0, 0.113, 0.423, 0.734, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.423 std_dev=0.310
O4' A 0, 0.067, 0.381, 0.695, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.381 std_dev=0.314
C2' B 0, 0.057, 0.417, 0.777, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.417 std_dev=0.360
O2' B 0, 0.169, 0.576, 0.984, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.576 std_dev=0.408
C1' B 0, 0.206, 0.715, 1.223, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.715 std_dev=0.509
O2' A 0, 0.171, 0.780, 1.390, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.780 std_dev=0.609
C4' A 0, 0.077, 0.696, 1.315, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.696 std_dev=0.619
P A 0, 0.254, 0.913, 1.571, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.913 std_dev=0.659
C5' A 0, 0.247, 0.935, 1.623, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.935 std_dev=0.688
C3' A 0, 0.150, 0.867, 1.583, 1.755 max_d=1.755 avg_d=0.867 std_dev=0.717
O5' A 0, 0.316, 1.152, 1.989, 1.962 max_d=1.962 avg_d=1.152 std_dev=0.837
N9 B 0, 0.176, 1.049, 1.922, 2.137 max_d=2.137 avg_d=1.049 std_dev=0.873
C3' B 0, 0.229, 1.190, 2.152, 2.354 max_d=2.354 avg_d=1.190 std_dev=0.961
O4' B 0, 0.107, 1.132, 2.156, 2.481 max_d=2.481 avg_d=1.132 std_dev=1.024
O3' B 0, 0.438, 1.563, 2.689, 2.603 max_d=2.603 avg_d=1.563 std_dev=1.125
C8 B 0, 0.469, 1.604, 2.739, 2.469 max_d=2.469 avg_d=1.604 std_dev=1.135
OP1 A 0, 0.483, 1.661, 2.838, 2.597 max_d=2.597 avg_d=1.661 std_dev=1.177
C4' B 0, 0.255, 1.504, 2.753, 3.058 max_d=3.058 avg_d=1.504 std_dev=1.249
O3' A 0, 0.264, 1.546, 2.828, 3.139 max_d=3.139 avg_d=1.546 std_dev=1.282
C4 B 0, 0.336, 1.736, 3.135, 3.427 max_d=3.427 avg_d=1.736 std_dev=1.399
N7 B 0, 0.529, 2.118, 3.708, 3.829 max_d=3.829 avg_d=2.118 std_dev=1.589
N3 B 0, 0.658, 2.333, 4.007, 3.852 max_d=3.852 avg_d=2.333 std_dev=1.675
OP2 A 0, 0.730, 2.506, 4.282, 3.899 max_d=3.899 avg_d=2.506 std_dev=1.776
C5 B 0, 0.413, 2.192, 3.971, 4.358 max_d=4.358 avg_d=2.192 std_dev=1.779
C5' B 0, 0.421, 2.330, 4.239, 4.677 max_d=4.677 avg_d=2.330 std_dev=1.909
O5' B 0, 0.311, 2.477, 4.643, 5.276 max_d=5.276 avg_d=2.477 std_dev=2.166
C2 B 0, 0.934, 3.231, 5.528, 5.135 max_d=5.135 avg_d=3.231 std_dev=2.297
C6 B 0, 0.709, 3.088, 5.467, 5.788 max_d=5.788 avg_d=3.088 std_dev=2.379
N1 B 0, 0.964, 3.529, 6.094, 6.019 max_d=6.019 avg_d=3.529 std_dev=2.565
O6 B 0, 0.832, 3.646, 6.459, 6.849 max_d=6.849 avg_d=3.646 std_dev=2.813
N2 B 0, 1.171, 4.027, 6.882, 6.308 max_d=6.308 avg_d=4.027 std_dev=2.856
P B 0, 0.529, 3.427, 6.325, 7.087 max_d=7.087 avg_d=3.427 std_dev=2.898
OP2 B 0, 0.707, 3.773, 6.839, 7.510 max_d=7.510 avg_d=3.773 std_dev=3.066
OP1 B 0, 0.936, 4.176, 7.416, 7.897 max_d=7.897 avg_d=4.176 std_dev=3.240

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.25 0.00 0.00 0.23 0.43 0.26 0.17
C2 0.02 0.00 0.17 0.26 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.05 0.01 0.07 0.33 0.58 0.49 0.21
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.02 0.01 0.13 0.17 0.17 0.01 0.11 0.31 0.00 0.03 0.03 0.01 0.63 0.70 0.56 0.59
C3' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.32 0.01 0.28 0.02 0.21 0.20 0.32 0.24 0.00 0.01 0.34 0.02 0.41 0.34 0.31 0.26
C4 0.01 0.01 0.02 0.32 0.00 0.12 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.33 0.16 0.00 0.00 0.45 0.67 0.76 0.29
C4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.12 0.00 0.13 0.01 0.12 0.07 0.09 0.04 0.25 0.05 0.13 0.00 0.01 0.09 0.12 0.04
C5 0.00 0.01 0.13 0.28 0.00 0.13 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.35 0.19 0.00 0.06 0.46 0.68 0.75 0.30
C5' 0.07 0.02 0.17 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.09 0.03 0.06 0.04 0.07 0.22 0.11 0.02 0.01 0.21 0.21 0.01
C6 0.00 0.00 0.17 0.21 0.00 0.12 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.30 0.13 0.00 0.08 0.41 0.64 0.57 0.25
N1 0.00 0.01 0.01 0.20 0.01 0.07 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.06 0.00 0.00 0.33 0.56 0.44 0.20
N3 0.01 0.00 0.11 0.32 0.00 0.09 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.25 0.06 0.00 0.05 0.40 0.63 0.64 0.25
O2 0.03 0.00 0.31 0.24 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.18 0.02 0.12 0.29 0.54 0.41 0.20
O2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.33 0.25 0.35 0.07 0.30 0.19 0.25 0.11 0.00 0.07 0.35 0.17 0.40 0.52 0.37 0.45
O3' 0.25 0.05 0.03 0.01 0.16 0.05 0.19 0.22 0.13 0.06 0.06 0.18 0.07 0.00 0.20 0.15 0.15 0.35 0.12 0.13
O4 0.00 0.01 0.03 0.34 0.00 0.13 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.02 0.35 0.20 0.00 0.00 0.48 0.67 0.85 0.32
O4' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.02 0.08 0.00 0.05 0.12 0.17 0.15 0.00 0.00 0.09 0.30 0.05 0.14
O5' 0.23 0.33 0.63 0.41 0.45 0.01 0.46 0.01 0.41 0.33 0.40 0.29 0.40 0.15 0.48 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.43 0.58 0.70 0.34 0.67 0.09 0.68 0.21 0.64 0.56 0.63 0.54 0.52 0.35 0.67 0.30 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.26 0.49 0.56 0.31 0.76 0.12 0.75 0.21 0.57 0.44 0.64 0.41 0.37 0.12 0.85 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.17 0.21 0.59 0.26 0.29 0.04 0.30 0.01 0.25 0.20 0.25 0.20 0.45 0.13 0.32 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.31 1.33 0.09 0.29 0.61 0.88 0.72 1.10 1.11 0.19 1.39 1.72 0.90 0.42 0.20 0.19 0.22 0.79 0.77 1.20 1.11 0.52 0.89
C2 0.29 1.90 0.12 0.58 0.91 1.19 0.98 1.54 1.46 0.31 1.88 2.46 1.36 0.56 0.34 0.14 0.62 0.91 1.19 1.52 1.73 0.97 1.39
C2' 0.54 1.21 0.20 0.43 0.43 1.08 0.58 1.27 1.02 0.23 1.31 1.63 0.71 0.28 0.16 0.41 0.32 1.03 0.92 1.15 1.22 0.62 1.03
C3' 0.16 1.50 0.29 0.12 0.84 0.55 1.04 0.67 1.45 0.39 1.66 1.81 1.04 0.76 0.39 0.18 0.19 0.53 0.27 1.61 0.53 0.18 0.34
C4 0.27 1.89 0.14 0.68 0.95 1.27 0.96 1.58 1.37 0.34 1.78 2.40 1.45 0.55 0.38 0.13 0.76 0.92 1.23 1.38 1.70 0.99 1.38
C4' 0.16 1.10 0.16 0.06 0.60 0.53 0.79 0.62 1.12 0.28 1.26 1.32 0.73 0.59 0.24 0.17 0.15 0.52 0.25 1.26 0.46 0.19 0.30
C5 0.30 1.34 0.11 0.41 0.66 0.96 0.70 1.12 1.02 0.24 1.29 1.68 1.01 0.41 0.25 0.18 0.38 0.79 0.81 1.04 1.11 0.58 0.90
C5' 0.22 0.79 0.18 0.19 0.49 0.38 0.71 0.37 0.97 0.34 1.00 0.88 0.49 0.61 0.24 0.27 0.31 0.45 0.03 1.12 0.08 0.44 0.04
C6 0.31 1.20 0.09 0.28 0.57 0.84 0.65 1.00 0.96 0.19 1.21 1.53 0.85 0.38 0.20 0.20 0.21 0.75 0.69 1.01 0.96 0.45 0.77
N1 0.31 1.49 0.10 0.39 0.70 0.99 0.79 1.23 1.19 0.23 1.50 1.93 1.05 0.45 0.25 0.18 0.36 0.83 0.89 1.25 1.28 0.65 1.03
N3 0.27 2.08 0.14 0.71 1.02 1.32 1.06 1.71 1.55 0.36 2.01 2.69 1.54 0.61 0.39 0.12 0.81 0.95 1.35 1.59 1.94 1.14 1.57
O2 0.28 2.03 0.12 0.61 0.97 1.24 1.06 1.64 1.59 0.33 2.04 2.64 1.45 0.60 0.36 0.14 0.68 0.93 1.29 1.67 1.91 1.09 1.53
O2' 0.83 1.03 0.42 0.68 0.24 1.39 0.35 1.65 0.77 0.57 1.11 1.52 0.52 0.30 0.45 0.56 0.52 1.38 1.32 0.89 1.65 1.06 1.47
O3' 0.28 1.68 0.31 0.13 0.95 0.67 1.16 0.82 1.63 0.46 1.87 2.02 1.17 0.85 0.47 0.27 0.11 0.63 0.38 1.82 0.70 0.08 0.47
O4 0.24 2.04 0.17 0.86 1.06 1.44 1.02 1.82 1.43 0.39 1.87 2.55 1.64 0.59 0.44 0.08 0.98 0.95 1.47 1.41 1.98 1.23 1.63
O4' 0.20 1.10 0.12 0.12 0.57 0.64 0.70 0.77 1.02 0.20 1.20 1.37 0.75 0.48 0.21 0.16 0.10 0.58 0.44 1.12 0.71 0.23 0.53
O5' 0.64 0.67 0.43 0.35 0.56 0.51 0.60 0.43 0.71 0.49 0.73 0.71 0.61 0.55 0.53 0.53 0.50 0.74 0.25 0.79 0.21 0.40 0.22
OP1 0.84 0.87 0.44 0.30 0.72 0.65 0.64 0.56 0.73 0.52 0.83 0.96 0.87 0.52 0.67 0.81 0.56 0.87 0.32 0.75 0.36 0.23 0.29
OP2 1.07 1.26 0.99 0.97 1.18 0.80 1.16 0.75 1.18 1.09 1.19 1.31 1.26 1.14 1.11 0.97 1.07 0.96 0.93 1.18 1.02 1.22 0.98
P 0.58 0.69 0.35 0.41 0.59 0.27 0.60 0.13 0.67 0.49 0.68 0.74 0.68 0.56 0.52 0.45 0.70 0.57 0.30 0.72 0.43 0.65 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.17 0.08
C2 0.02 0.00 0.10 0.15 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.17 0.02 0.11 0.00 0.16 0.16 0.12
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.08 0.10 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.07 0.12 0.03
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.11 0.01 0.11 0.03 0.13 0.08 0.15 0.15 0.13 0.08 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.13 0.10 0.04 0.02
C4 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.11 0.01 0.09 0.00 0.11 0.16 0.10
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.07 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.08 0.09 0.06 0.02
C5 0.00 0.01 0.03 0.11 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.13 0.01 0.10 0.01 0.11 0.15 0.10
C5' 0.02 0.07 0.02 0.03 0.05 0.01 0.07 0.00 0.09 0.04 0.08 0.06 0.05 0.06 0.03 0.07 0.06 0.02 0.01 0.10 0.08 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.05 0.13 0.00 0.07 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01 0.12 0.00 0.15 0.16 0.12
C8 0.00 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.04 0.05 0.02 0.06 0.18 0.08
N1 0.01 0.00 0.08 0.15 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.18 0.00 0.13 0.01 0.17 0.16 0.13
N2 0.03 0.00 0.10 0.15 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.18 0.04 0.11 0.01 0.17 0.16 0.12
N3 0.02 0.00 0.10 0.13 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.15 0.03 0.09 0.01 0.13 0.16 0.10
N7 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.11 0.03 0.08 0.03 0.07 0.16 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.17 0.09
O2' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.04 0.09 0.12 0.09 0.05 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.06 0.15 0.08 0.04
O3' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.11 0.01 0.13 0.06 0.16 0.09 0.18 0.18 0.15 0.11 0.06 0.03 0.00 0.01 0.06 0.17 0.22 0.09 0.13
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.02 0.07 0.15 0.09
O5' 0.06 0.11 0.03 0.01 0.09 0.01 0.10 0.01 0.12 0.05 0.13 0.11 0.09 0.08 0.06 0.02 0.06 0.07 0.00 0.14 0.01 0.04 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.13 0.00 0.08 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.17 0.02 0.14 0.00 0.16 0.16 0.13
OP1 0.06 0.16 0.07 0.10 0.11 0.09 0.11 0.08 0.15 0.06 0.17 0.17 0.13 0.07 0.07 0.15 0.22 0.07 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.16 0.12 0.04 0.16 0.06 0.15 0.02 0.16 0.18 0.16 0.16 0.16 0.16 0.17 0.08 0.09 0.15 0.04 0.16 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.12 0.03 0.02 0.10 0.02 0.10 0.02 0.12 0.08 0.13 0.12 0.10 0.08 0.09 0.04 0.13 0.09 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00