ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49132

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.001, 0.008, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, -0.001, 0.007, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.004, 0.026, 0.048, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.022
C2' A 0, 0.014, 0.072, 0.130, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.072 std_dev=0.058
O2' A 0, 0.025, 0.086, 0.147, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.086 std_dev=0.061
O4 A 0, -0.002, 0.068, 0.138, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.068 std_dev=0.070
O4' A 0, 0.003, 0.074, 0.146, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.074 std_dev=0.072
C3' A 0, 0.003, 0.116, 0.229, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.116 std_dev=0.113
C4' A 0, 0.002, 0.116, 0.230, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.116 std_dev=0.114
O2' B 0, 0.038, 0.155, 0.272, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.155 std_dev=0.117
O3' A 0, 0.011, 0.159, 0.307, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.159 std_dev=0.148
C2' B 0, 0.062, 0.214, 0.367, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.214 std_dev=0.152
C8 B 0, 0.066, 0.234, 0.401, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.234 std_dev=0.167
N9 B 0, 0.068, 0.238, 0.407, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.238 std_dev=0.169
N7 B 0, 0.067, 0.238, 0.409, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.238 std_dev=0.171
O5' A 0, -0.033, 0.139, 0.310, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.139 std_dev=0.171
C4 B 0, 0.068, 0.240, 0.412, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.240 std_dev=0.172
C5 B 0, 0.067, 0.241, 0.414, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.241 std_dev=0.173
N1 B 0, 0.067, 0.244, 0.420, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.244 std_dev=0.176
C2 B 0, 0.070, 0.246, 0.423, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.246 std_dev=0.177
C1' B 0, 0.073, 0.250, 0.427, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.250 std_dev=0.177
C6 B 0, 0.069, 0.246, 0.423, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.246 std_dev=0.177
N3 B 0, 0.072, 0.249, 0.427, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.249 std_dev=0.178
N2 B 0, 0.073, 0.254, 0.435, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.254 std_dev=0.181
P A 0, 0.075, 0.257, 0.438, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.257 std_dev=0.182
O6 B 0, 0.074, 0.260, 0.447, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.260 std_dev=0.186
C5' A 0, -0.008, 0.179, 0.367, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.179 std_dev=0.187
C3' B 0, 0.089, 0.314, 0.539, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.314 std_dev=0.225
OP2 A 0, 0.094, 0.324, 0.553, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.324 std_dev=0.229
O4' B 0, 0.097, 0.331, 0.565, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.331 std_dev=0.234
OP1 A 0, 0.099, 0.342, 0.585, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.342 std_dev=0.243
O3' B 0, 0.092, 0.350, 0.609, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.350 std_dev=0.258
C4' B 0, 0.106, 0.372, 0.637, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.372 std_dev=0.265
C5' B 0, 0.114, 0.411, 0.708, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.411 std_dev=0.297
O5' B 0, 0.121, 0.478, 0.835, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.478 std_dev=0.357
OP1 B 0, 0.119, 0.539, 0.959, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.539 std_dev=0.420
P B 0, 0.117, 0.539, 0.962, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.539 std_dev=0.423
OP2 B 0, 0.119, 0.568, 1.017, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.568 std_dev=0.449

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04
C2 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.06 0.08 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.07 0.04 0.03
C4 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.09 0.12 0.14 0.12
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.10 0.13 0.14 0.13
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.09 0.10 0.10 0.11
N1 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.06 0.07 0.07
N3 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.00 0.07 0.09 0.11 0.09
O2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.07 0.06
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.08 0.04 0.03
O4 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.10 0.14 0.17 0.15
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04
O5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.09 0.05 0.07 0.03 0.01 0.02 0.10 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.03 0.06 0.05 0.07 0.12 0.03 0.13 0.02 0.10 0.06 0.09 0.04 0.06 0.08 0.14 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.08 0.03 0.04 0.14 0.01 0.14 0.01 0.10 0.07 0.11 0.07 0.02 0.04 0.17 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.02 0.03 0.12 0.01 0.13 0.01 0.11 0.07 0.09 0.06 0.02 0.03 0.15 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.06 0.09 0.06 0.06 0.07 0.10 0.09 0.05 0.07 0.01 0.06 0.08 0.07 0.03 0.06 0.02 0.06
C2 0.04 0.06 0.08 0.07 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.08 0.06 0.04 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.03 0.02
C2' 0.07 0.07 0.09 0.11 0.08 0.11 0.07 0.11 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.02 0.07 0.09 0.09 0.03 0.08 0.05 0.08
C3' 0.04 0.02 0.04 0.08 0.03 0.08 0.02 0.08 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04 0.05 0.06 0.03 0.05 0.03 0.05
C4 0.00 0.06 0.06 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.08 0.06 0.05 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01
C4' 0.03 0.03 0.03 0.07 0.03 0.06 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.08 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03
C5 0.02 0.07 0.07 0.07 0.04 0.05 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.08 0.07 0.04 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.06 0.02 0.04 0.02
C5' 0.06 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.08 0.02 0.00 0.02 0.07 0.06 0.14 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.06 0.04
C6 0.05 0.07 0.08 0.09 0.06 0.08 0.02 0.07 0.02 0.02 0.04 0.08 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.06 0.05 0.03 0.04 0.01 0.04
N1 0.05 0.08 0.08 0.09 0.06 0.07 0.03 0.07 0.02 0.04 0.05 0.09 0.08 0.03 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05 0.03 0.04 0.01 0.04
N3 0.02 0.04 0.07 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.07 0.04 0.05 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01
O2 0.04 0.06 0.07 0.07 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.08 0.06 0.05 0.05 0.03 0.02 0.05 0.04 0.08 0.03 0.04 0.03
O2' 0.08 0.09 0.09 0.12 0.09 0.11 0.09 0.11 0.08 0.08 0.09 0.10 0.10 0.08 0.09 0.02 0.07 0.10 0.10 0.07 0.08 0.06 0.08
O3' 0.03 0.02 0.02 0.06 0.03 0.06 0.03 0.06 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.08 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03
O4 0.02 0.11 0.07 0.03 0.06 0.02 0.05 0.02 0.06 0.03 0.08 0.14 0.11 0.04 0.03 0.06 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01
O4' 0.03 0.06 0.05 0.08 0.04 0.07 0.03 0.07 0.03 0.03 0.05 0.08 0.06 0.03 0.03 0.05 0.05 0.04 0.05 0.02 0.03 0.02 0.04
O5' 0.07 0.05 0.04 0.04 0.07 0.03 0.08 0.05 0.08 0.10 0.06 0.04 0.05 0.10 0.08 0.15 0.02 0.03 0.04 0.09 0.02 0.06 0.05
OP1 0.14 0.10 0.14 0.05 0.12 0.05 0.12 0.03 0.11 0.15 0.10 0.08 0.11 0.14 0.14 0.24 0.05 0.09 0.04 0.11 0.05 0.06 0.04
OP2 0.16 0.13 0.15 0.04 0.14 0.04 0.14 0.01 0.13 0.16 0.13 0.12 0.13 0.14 0.16 0.25 0.05 0.10 0.02 0.13 0.02 0.02 0.01
P 0.13 0.09 0.12 0.03 0.11 0.02 0.11 0.01 0.10 0.14 0.09 0.08 0.09 0.12 0.12 0.22 0.04 0.07 0.02 0.10 0.02 0.04 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.03
C2 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.05 0.07 0.01 0.06 0.10 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.00 0.05 0.06 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.06 0.10 0.05
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01
C4 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.04 0.01 0.05 0.09 0.05
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.08 0.04
C5' 0.02 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.04 0.00 0.05 0.08 0.05
C8 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01
N1 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.04 0.06 0.00 0.06 0.10 0.07
N2 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.07 0.06 0.08 0.01 0.07 0.11 0.08
N3 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.05 0.07 0.01 0.06 0.10 0.07
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.02
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.03
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.06 0.11 0.09 0.05 0.02 0.00 0.06 0.01 0.02 0.04 0.04 0.09 0.03
O3' 0.03 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.07 0.06 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02
O5' 0.02 0.07 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.08 0.07 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.08 0.04
OP1 0.03 0.06 0.06 0.03 0.05 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.06 0.07 0.06 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.10 0.10 0.03 0.09 0.02 0.08 0.03 0.08 0.06 0.10 0.11 0.10 0.06 0.08 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.07 0.08 0.07 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00