ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49133

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.007, 0.027, 0.047, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.027 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.010, 0.033, 0.057, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.033 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.009, 0.034, 0.058, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.034 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.011, 0.036, 0.062, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.036 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.003, 0.030, 0.057, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.030 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.012, 0.047, 0.083, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.047 std_dev=0.035
C2' A 0, 0.008, 0.048, 0.087, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.048 std_dev=0.040
O4 A 0, 0.012, 0.058, 0.104, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.058 std_dev=0.046
C4' A 0, 0.022, 0.077, 0.132, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.077 std_dev=0.055
C3' A 0, 0.023, 0.082, 0.140, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.082 std_dev=0.058
O2' A 0, 0.027, 0.094, 0.162, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.094 std_dev=0.068
P A 0, 0.022, 0.100, 0.178, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.100 std_dev=0.078
C5' A 0, 0.028, 0.121, 0.214, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.121 std_dev=0.093
OP1 A 0, 0.020, 0.115, 0.211, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.115 std_dev=0.096
O5' A 0, 0.037, 0.143, 0.250, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.143 std_dev=0.106
O3' A 0, 0.039, 0.149, 0.259, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.149 std_dev=0.110
OP2 A 0, 0.042, 0.191, 0.341, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.191 std_dev=0.149
O2' B 0, -0.012, 0.360, 0.732, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.360 std_dev=0.372
C8 B 0, -0.013, 0.395, 0.804, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.395 std_dev=0.409
C1' B 0, -0.067, 0.346, 0.759, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.346 std_dev=0.413
N7 B 0, 0.000, 0.426, 0.852, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.426 std_dev=0.426
C2' B 0, -0.072, 0.372, 0.815, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.372 std_dev=0.443
C4' B 0, -0.073, 0.377, 0.827, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.377 std_dev=0.450
O4' B 0, -0.075, 0.375, 0.826, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.375 std_dev=0.450
N9 B 0, -0.056, 0.420, 0.896, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.420 std_dev=0.476
O3' B 0, -0.093, 0.402, 0.898, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.402 std_dev=0.495
C3' B 0, -0.096, 0.405, 0.906, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.405 std_dev=0.501
C5 B 0, -0.064, 0.477, 1.017, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.477 std_dev=0.541
C5' B 0, -0.083, 0.473, 1.029, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.473 std_dev=0.556
C4 B 0, -0.086, 0.481, 1.048, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.481 std_dev=0.567
O6 B 0, -0.095, 0.525, 1.145, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.525 std_dev=0.620
C6 B 0, -0.091, 0.538, 1.168, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.538 std_dev=0.630
N3 B 0, -0.095, 0.560, 1.214, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.560 std_dev=0.654
N1 B 0, -0.111, 0.610, 1.331, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.610 std_dev=0.721
O5' B 0, -0.111, 0.623, 1.357, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.623 std_dev=0.734
C2 B 0, -0.120, 0.618, 1.356, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.618 std_dev=0.738
OP2 B 0, -0.096, 0.669, 1.434, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.669 std_dev=0.765
P B 0, -0.100, 0.677, 1.454, 1.765 max_d=1.765 avg_d=0.677 std_dev=0.777
OP1 B 0, -0.101, 0.725, 1.550, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.725 std_dev=0.826
N2 B 0, -0.115, 0.753, 1.620, 1.967 max_d=1.967 avg_d=0.753 std_dev=0.867

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.08 0.03 0.05 0.03
C2 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.11 0.02 0.04 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.07 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01
C4 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.14 0.01 0.03 0.01
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00
C5 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.15 0.01 0.04 0.02
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01
C6 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.15 0.02 0.03 0.03
N1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.12 0.02 0.04 0.03
N3 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.11 0.02 0.03 0.02
O2 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.11 0.03 0.06 0.03
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.10 0.03
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.10 0.02
O4 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.04 0.14 0.00 0.05 0.01
O4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.03 0.04 0.03
O5' 0.08 0.11 0.04 0.00 0.14 0.01 0.15 0.00 0.15 0.12 0.11 0.11 0.04 0.04 0.14 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.05 0.04 0.07 0.07 0.03 0.07 0.04 0.06 0.03 0.04 0.03 0.06 0.10 0.10 0.05 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02
P 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.07 0.04 0.04 0.06 0.03 0.07 0.05 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07 0.07 0.06 0.04 0.03 0.03 0.04 0.08 0.07 0.04 0.04
C2 0.05 0.03 0.05 0.05 0.03 0.07 0.04 0.07 0.04 0.04 0.05 0.01 0.04 0.05 0.03 0.07 0.05 0.11 0.14 0.04 0.17 0.09 0.12
C2' 0.05 0.10 0.06 0.07 0.08 0.05 0.08 0.06 0.08 0.07 0.10 0.12 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.01 0.02 0.09 0.04 0.03 0.02
C3' 0.09 0.13 0.09 0.11 0.11 0.09 0.11 0.11 0.11 0.10 0.13 0.16 0.12 0.11 0.10 0.09 0.10 0.03 0.07 0.12 0.02 0.08 0.07
C4 0.12 0.07 0.15 0.14 0.07 0.12 0.05 0.12 0.05 0.04 0.06 0.06 0.09 0.05 0.06 0.19 0.15 0.15 0.20 0.03 0.21 0.12 0.16
C4' 0.10 0.12 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.13 0.11 0.11 0.13 0.15 0.12 0.11 0.11 0.09 0.11 0.04 0.10 0.12 0.05 0.11 0.11
C5 0.04 0.03 0.10 0.09 0.02 0.07 0.04 0.06 0.03 0.05 0.04 0.02 0.04 0.06 0.02 0.16 0.12 0.08 0.12 0.04 0.14 0.05 0.08
C5' 0.14 0.15 0.14 0.15 0.14 0.14 0.13 0.18 0.13 0.14 0.14 0.17 0.14 0.14 0.14 0.13 0.14 0.09 0.17 0.14 0.11 0.17 0.16
C6 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.03 0.06 0.03 0.08 0.05 0.05 0.06 0.05 0.10 0.03 0.05
N1 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.01 0.06 0.07 0.06 0.11 0.04 0.06
N3 0.11 0.06 0.12 0.11 0.06 0.11 0.05 0.12 0.05 0.05 0.05 0.04 0.07 0.05 0.06 0.14 0.12 0.15 0.20 0.03 0.22 0.13 0.17
O2 0.05 0.03 0.03 0.03 0.03 0.06 0.04 0.07 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.11 0.15 0.03 0.17 0.10 0.13
O2' 0.05 0.10 0.06 0.07 0.07 0.05 0.07 0.07 0.07 0.06 0.10 0.12 0.09 0.07 0.07 0.07 0.08 0.01 0.03 0.08 0.03 0.04 0.04
O3' 0.08 0.14 0.10 0.12 0.11 0.09 0.11 0.12 0.11 0.09 0.13 0.17 0.13 0.10 0.10 0.10 0.12 0.03 0.09 0.11 0.04 0.09 0.09
O4 0.20 0.13 0.23 0.21 0.13 0.18 0.09 0.18 0.09 0.08 0.11 0.13 0.15 0.06 0.14 0.26 0.22 0.20 0.28 0.05 0.28 0.18 0.23
O4' 0.06 0.08 0.06 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.08 0.09 0.08 0.05 0.05 0.01 0.05 0.09 0.03 0.07 0.06
O5' 0.24 0.24 0.22 0.24 0.24 0.25 0.24 0.31 0.24 0.26 0.24 0.25 0.24 0.25 0.25 0.18 0.20 0.21 0.30 0.25 0.23 0.30 0.30
OP1 0.11 0.10 0.10 0.12 0.10 0.13 0.10 0.20 0.09 0.12 0.10 0.12 0.10 0.11 0.11 0.08 0.10 0.08 0.22 0.10 0.18 0.22 0.23
OP2 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.09 0.08 0.15 0.07 0.10 0.08 0.11 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.06 0.17 0.08 0.10 0.14 0.15
P 0.14 0.14 0.13 0.15 0.13 0.15 0.13 0.22 0.12 0.14 0.14 0.15 0.14 0.13 0.14 0.09 0.13 0.11 0.24 0.13 0.17 0.22 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.13 0.01 0.15 0.07 0.11
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.03 0.04 0.20 0.03 0.26 0.27 0.25
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.03 0.14 0.07 0.09
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.12 0.05 0.06
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.23 0.01 0.25 0.21 0.23
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.11 0.00 0.04
C5 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.25 0.01 0.26 0.23 0.25
C5' 0.05 0.12 0.04 0.03 0.12 0.02 0.13 0.00 0.14 0.09 0.13 0.10 0.12 0.11 0.10 0.05 0.00 0.02 0.01 0.13 0.10 0.01 0.02
C6 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.04 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02 0.25 0.00 0.28 0.27 0.28
C8 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.21 0.00 0.21 0.14 0.18
N1 0.03 0.01 0.05 0.04 0.02 0.03 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.07 0.04 0.04 0.22 0.02 0.28 0.28 0.27
N2 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.04 0.02 0.04 0.00 0.03 0.03 0.02 0.07 0.02 0.05 0.14 0.05 0.24 0.25 0.22
N3 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.02 0.12 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.03 0.03 0.21 0.02 0.25 0.23 0.23
N7 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.05 0.03 0.01 0.24 0.01 0.25 0.19 0.23
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.21 0.01 0.21 0.15 0.19
O2' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.06 0.03 0.07 0.07 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.06 0.08 0.06 0.14 0.07 0.09
O3' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.09 0.03 0.02
O4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.07 0.01 0.10 0.02 0.04
O5' 0.13 0.20 0.09 0.04 0.23 0.03 0.25 0.01 0.25 0.21 0.22 0.14 0.21 0.24 0.21 0.08 0.03 0.07 0.00 0.24 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.24 0.00 0.28 0.27 0.27
OP1 0.15 0.26 0.14 0.12 0.25 0.11 0.26 0.10 0.28 0.21 0.28 0.24 0.25 0.25 0.21 0.14 0.09 0.10 0.02 0.28 0.00 0.03 0.02
OP2 0.07 0.27 0.07 0.05 0.21 0.00 0.23 0.01 0.27 0.14 0.28 0.25 0.23 0.19 0.15 0.07 0.03 0.02 0.02 0.27 0.03 0.00 0.02
P 0.11 0.25 0.09 0.06 0.23 0.04 0.25 0.02 0.28 0.18 0.27 0.22 0.23 0.23 0.19 0.09 0.02 0.04 0.01 0.27 0.02 0.02 0.00