ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49134

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.001, 0.017, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.005, 0.022, 0.040, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.005, 0.022, 0.040, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.016, 0.056, 0.095, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.056 std_dev=0.040
O4 A 0, 0.021, 0.072, 0.124, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.072 std_dev=0.051
C1' B 0, 0.081, 0.335, 0.589, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.335 std_dev=0.254
N9 B 0, 0.112, 0.381, 0.651, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.381 std_dev=0.270
C8 B 0, 0.117, 0.403, 0.690, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.403 std_dev=0.286
O4' B 0, 0.055, 0.354, 0.653, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.354 std_dev=0.299
P A 0, 0.091, 0.394, 0.697, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.394 std_dev=0.303
C4 B 0, 0.115, 0.419, 0.723, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.419 std_dev=0.304
O4' A 0, 0.130, 0.444, 0.758, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.444 std_dev=0.314
N7 B 0, 0.113, 0.436, 0.759, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.436 std_dev=0.323
C3' A 0, 0.130, 0.460, 0.791, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.460 std_dev=0.330
C5 B 0, 0.114, 0.446, 0.778, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.446 std_dev=0.332
C2' B 0, 0.087, 0.422, 0.756, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.422 std_dev=0.334
N3 B 0, 0.118, 0.453, 0.789, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.453 std_dev=0.335
C4' A 0, 0.134, 0.471, 0.807, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.471 std_dev=0.336
C6 B 0, 0.111, 0.484, 0.856, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.484 std_dev=0.372
O2' B 0, 0.103, 0.478, 0.854, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.478 std_dev=0.375
C2 B 0, 0.123, 0.515, 0.908, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.515 std_dev=0.392
N1 B 0, 0.122, 0.523, 0.924, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.523 std_dev=0.401
O6 B 0, 0.102, 0.504, 0.905, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.504 std_dev=0.401
C4' B 0, 0.074, 0.477, 0.881, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.477 std_dev=0.404
C3' B 0, 0.080, 0.485, 0.891, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.485 std_dev=0.405
C2' A 0, 0.176, 0.601, 1.027, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.601 std_dev=0.425
O3' A 0, 0.172, 0.602, 1.032, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.602 std_dev=0.430
O5' B 0, 0.060, 0.528, 0.995, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.528 std_dev=0.467
N2 B 0, 0.138, 0.608, 1.078, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.608 std_dev=0.470
C5' B 0, 0.094, 0.566, 1.037, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.566 std_dev=0.472
O3' B 0, 0.128, 0.633, 1.138, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.633 std_dev=0.505
C5' A 0, 0.212, 0.727, 1.241, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.727 std_dev=0.514
P B 0, 0.069, 0.594, 1.120, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.594 std_dev=0.525
OP1 B 0, 0.224, 0.766, 1.307, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.766 std_dev=0.542
O5' A 0, 0.306, 1.049, 1.791, 1.617 max_d=1.617 avg_d=1.049 std_dev=0.742
O2' A 0, 0.330, 1.129, 1.928, 1.732 max_d=1.732 avg_d=1.129 std_dev=0.799
OP2 B 0, 0.319, 1.162, 2.005, 1.973 max_d=1.973 avg_d=1.162 std_dev=0.843
OP2 A 0, 0.355, 1.269, 2.182, 2.114 max_d=2.114 avg_d=1.269 std_dev=0.914
OP1 A 0, 0.507, 1.736, 2.966, 2.690 max_d=2.690 avg_d=1.736 std_dev=1.230

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.14 0.03 0.00 0.15 0.13 0.31 0.01
C2 0.02 0.00 0.07 0.03 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.12 0.01 0.04 0.20 0.08 0.30 0.03
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.06 0.02 0.09 0.13 0.11 0.02 0.06 0.13 0.00 0.00 0.06 0.02 0.24 0.33 0.07 0.23
C3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.02 0.33 0.11 0.12
C4 0.02 0.00 0.06 0.04 0.00 0.05 0.01 0.16 0.02 0.02 0.00 0.02 0.11 0.12 0.01 0.04 0.29 0.20 0.34 0.06
C4' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.07 0.01 0.05 0.00 0.02 0.26 0.32 0.02
C5 0.01 0.03 0.09 0.03 0.01 0.06 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.04 0.14 0.13 0.02 0.03 0.33 0.18 0.38 0.05
C5' 0.05 0.09 0.13 0.01 0.16 0.01 0.18 0.00 0.17 0.10 0.12 0.06 0.04 0.09 0.17 0.02 0.01 0.23 0.28 0.02
C6 0.01 0.02 0.11 0.04 0.02 0.05 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.03 0.13 0.13 0.02 0.02 0.31 0.10 0.39 0.04
N1 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.03 0.06 0.13 0.03 0.02 0.23 0.05 0.34 0.03
N3 0.02 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.12 0.02 0.05 0.24 0.14 0.31 0.05
O2 0.03 0.01 0.13 0.04 0.02 0.00 0.04 0.06 0.03 0.03 0.02 0.00 0.13 0.13 0.01 0.06 0.15 0.10 0.25 0.04
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.11 0.07 0.14 0.04 0.13 0.06 0.07 0.13 0.00 0.04 0.12 0.03 0.21 0.45 0.20 0.31
O3' 0.14 0.12 0.00 0.00 0.12 0.01 0.13 0.09 0.13 0.13 0.12 0.13 0.04 0.00 0.12 0.10 0.15 0.34 0.14 0.08
O4 0.03 0.01 0.06 0.05 0.01 0.05 0.02 0.17 0.02 0.03 0.02 0.01 0.12 0.12 0.00 0.04 0.30 0.25 0.33 0.08
O4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.06 0.03 0.10 0.04 0.00 0.08 0.03 0.53 0.13
O5' 0.15 0.20 0.24 0.02 0.29 0.02 0.33 0.01 0.31 0.23 0.24 0.15 0.21 0.15 0.30 0.08 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.13 0.08 0.33 0.33 0.20 0.26 0.18 0.23 0.10 0.05 0.14 0.10 0.45 0.34 0.25 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.30 0.07 0.11 0.34 0.32 0.38 0.28 0.39 0.34 0.31 0.25 0.20 0.14 0.33 0.53 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.01 0.03 0.23 0.12 0.06 0.02 0.05 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.31 0.08 0.08 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.18 0.05 0.04 0.13 0.03 0.13 0.03 0.14 0.10 0.16 0.21 0.17 0.12 0.11 0.07 0.06 0.06 0.08 0.14 0.27 0.06 0.07
C2 0.10 0.22 0.08 0.05 0.17 0.04 0.17 0.02 0.18 0.13 0.21 0.26 0.21 0.15 0.14 0.06 0.07 0.06 0.10 0.18 0.29 0.07 0.08
C2' 0.09 0.10 0.15 0.18 0.02 0.16 0.05 0.16 0.06 0.09 0.09 0.17 0.06 0.07 0.05 0.19 0.19 0.11 0.12 0.06 0.09 0.07 0.10
C3' 0.03 0.12 0.02 0.04 0.07 0.04 0.07 0.06 0.08 0.07 0.10 0.17 0.11 0.08 0.06 0.03 0.04 0.04 0.03 0.08 0.13 0.03 0.02
C4 0.09 0.21 0.08 0.06 0.18 0.03 0.18 0.02 0.19 0.15 0.20 0.22 0.20 0.17 0.15 0.06 0.07 0.04 0.09 0.18 0.28 0.13 0.04
C4' 0.03 0.07 0.05 0.06 0.02 0.05 0.03 0.07 0.03 0.05 0.04 0.12 0.07 0.06 0.01 0.08 0.07 0.02 0.05 0.05 0.11 0.04 0.05
C5 0.09 0.17 0.07 0.05 0.16 0.03 0.16 0.03 0.16 0.13 0.16 0.17 0.18 0.15 0.14 0.08 0.07 0.05 0.09 0.15 0.29 0.09 0.05
C5' 0.17 0.10 0.20 0.21 0.15 0.20 0.18 0.19 0.17 0.20 0.13 0.07 0.11 0.21 0.16 0.21 0.19 0.17 0.18 0.19 0.05 0.04 0.16
C6 0.09 0.17 0.07 0.05 0.15 0.03 0.15 0.03 0.15 0.12 0.16 0.18 0.17 0.14 0.13 0.09 0.07 0.06 0.09 0.15 0.29 0.03 0.07
N1 0.09 0.19 0.07 0.05 0.15 0.04 0.15 0.03 0.16 0.12 0.18 0.22 0.18 0.14 0.13 0.07 0.07 0.06 0.09 0.15 0.29 0.00 0.07
N3 0.09 0.23 0.08 0.06 0.18 0.03 0.18 0.02 0.19 0.14 0.21 0.26 0.21 0.17 0.15 0.06 0.07 0.05 0.10 0.19 0.29 0.11 0.06
O2 0.09 0.24 0.07 0.05 0.18 0.03 0.17 0.02 0.19 0.13 0.22 0.28 0.21 0.15 0.14 0.06 0.06 0.05 0.10 0.19 0.28 0.09 0.09
O2' 0.17 0.10 0.26 0.26 0.03 0.21 0.05 0.17 0.06 0.12 0.10 0.18 0.04 0.08 0.10 0.34 0.30 0.16 0.12 0.07 0.13 0.04 0.07
O3' 0.02 0.06 0.04 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.05 0.03 0.11 0.06 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.03 0.11 0.04 0.06
O4 0.08 0.19 0.09 0.06 0.17 0.03 0.18 0.01 0.19 0.15 0.19 0.18 0.18 0.17 0.14 0.08 0.08 0.03 0.09 0.19 0.26 0.20 0.04
O4' 0.11 0.12 0.10 0.09 0.11 0.08 0.09 0.06 0.08 0.09 0.09 0.15 0.13 0.09 0.11 0.10 0.11 0.09 0.10 0.07 0.24 0.08 0.08
O5' 0.33 0.26 0.35 0.34 0.31 0.33 0.33 0.30 0.32 0.35 0.29 0.23 0.27 0.35 0.32 0.36 0.31 0.32 0.30 0.33 0.19 0.13 0.26
OP1 0.43 0.35 0.48 0.47 0.39 0.42 0.38 0.36 0.35 0.41 0.34 0.34 0.38 0.39 0.41 0.47 0.52 0.39 0.36 0.35 0.38 0.37 0.31
OP2 0.35 0.49 0.18 0.23 0.44 0.42 0.45 0.54 0.48 0.38 0.49 0.49 0.46 0.42 0.40 0.04 0.08 0.47 0.51 0.48 0.62 0.77 0.59
P 0.13 0.16 0.09 0.10 0.14 0.14 0.14 0.17 0.14 0.13 0.15 0.17 0.16 0.13 0.14 0.04 0.09 0.15 0.16 0.14 0.24 0.33 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.13 0.13 0.02
C2 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.07 0.02 0.14 0.33 0.10
C2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.06 0.07 0.04
C4 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.13 0.29 0.09
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.02 0.02 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.06 0.04 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.06 0.00 0.13 0.35 0.15
C5' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.10 0.10 0.08 0.05 0.04 0.11 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.04 0.07 0.00
C6 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.06 0.01 0.12 0.39 0.16
C8 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.07 0.02 0.16 0.26 0.15
N1 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.06 0.02 0.11 0.37 0.12
N2 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.08 0.02 0.14 0.32 0.10
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.14 0.29 0.08
N7 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.08 0.02 0.18 0.33 0.19
N9 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.13 0.22 0.07
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.08 0.08 0.02
O3' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.04 0.06 0.03 0.01 0.00 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02 0.06 0.05 0.07 0.07 0.05
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.07 0.04 0.14 0.08 0.03
O5' 0.04 0.07 0.01 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.02 0.01 0.06 0.07 0.00 0.08 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.08 0.00 0.13 0.41 0.18
OP1 0.13 0.14 0.08 0.06 0.13 0.06 0.13 0.04 0.12 0.16 0.11 0.14 0.14 0.18 0.13 0.08 0.07 0.14 0.02 0.13 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.33 0.09 0.07 0.29 0.04 0.35 0.07 0.39 0.26 0.37 0.32 0.29 0.33 0.22 0.08 0.07 0.08 0.02 0.41 0.02 0.00 0.01
P 0.02 0.10 0.03 0.04 0.09 0.01 0.15 0.00 0.16 0.15 0.12 0.10 0.08 0.19 0.07 0.02 0.05 0.03 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00