ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49135

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C6 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O4 A 0, 0.000, 0.056, 0.112, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.056 std_dev=0.056
O4' A 0, 0.000, 0.075, 0.149, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.075 std_dev=0.075
N2 B 0, 0.000, 0.076, 0.153, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.076 std_dev=0.076
N3 B 0, 0.000, 0.085, 0.170, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.085 std_dev=0.085
C2' A 0, 0.000, 0.087, 0.174, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.087 std_dev=0.087
C2 B 0, 0.000, 0.097, 0.194, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.097 std_dev=0.097
C1' B 0, 0.000, 0.107, 0.214, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.107 std_dev=0.107
N9 B 0, 0.000, 0.107, 0.214, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.107 std_dev=0.107
C4 B 0, 0.000, 0.113, 0.227, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.113 std_dev=0.113
O3' A 0, 0.000, 0.118, 0.236, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.118 std_dev=0.118
C4' A 0, 0.000, 0.120, 0.240, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.120 std_dev=0.120
C3' A 0, 0.000, 0.120, 0.241, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.120 std_dev=0.120
O2' A 0, 0.000, 0.121, 0.241, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.121 std_dev=0.121
O4' B 0, 0.000, 0.134, 0.268, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.134 std_dev=0.134
N1 B 0, 0.000, 0.141, 0.282, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.141 std_dev=0.141
C2' B 0, 0.000, 0.153, 0.307, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.153 std_dev=0.153
C5 B 0, 0.000, 0.164, 0.328, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.164 std_dev=0.164
C4' B 0, 0.000, 0.165, 0.330, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.165 std_dev=0.165
C8 B 0, 0.000, 0.168, 0.336, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.168 std_dev=0.168
C5' B 0, 0.000, 0.172, 0.345, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.172 std_dev=0.172
C6 B 0, 0.000, 0.173, 0.345, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.173 std_dev=0.173
O2' B 0, 0.000, 0.173, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.173 std_dev=0.173
O5' A 0, 0.000, 0.181, 0.362, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.181 std_dev=0.181
C5' A 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
C3' B 0, 0.000, 0.207, 0.415, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.207 std_dev=0.207
O6 B 0, 0.000, 0.209, 0.418, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.209 std_dev=0.209
N7 B 0, 0.000, 0.209, 0.418, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.209 std_dev=0.209
OP2 A 0, 0.000, 0.225, 0.449, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.225 std_dev=0.225
P A 0, 0.000, 0.241, 0.481, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.241 std_dev=0.241
OP1 A 0, 0.000, 0.261, 0.522, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.261 std_dev=0.261
O3' B 0, 0.000, 0.288, 0.576, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.288 std_dev=0.288
OP2 B 0, 0.000, 0.325, 0.651, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.325 std_dev=0.325
O5' B 0, 0.000, 0.330, 0.659, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.330 std_dev=0.330
P B 0, 0.000, 0.337, 0.674, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.337 std_dev=0.337
OP1 B 0, 0.000, 0.409, 0.817, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.409 std_dev=0.409

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02
C2 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.08 0.01 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02
C4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.07 0.00 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
C5 0.03 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.03 0.07 0.01 0.04
C5' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02
C6 0.03 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.04 0.07 0.02 0.04
N1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.03 0.05
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.08 0.00 0.04
O2 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.08 0.02 0.05
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O3' 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03
O4 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
O5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.05 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.03 0.08 0.01 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.07 0.07 0.08 0.08 0.01 0.03 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01
OP2 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.02 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.13 0.01 0.03
C2 0.03 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.09 0.05 0.03 0.00 0.06 0.07 0.02
C2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.13 0.01 0.04
C3' 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.15 0.03 0.06
C4 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.01 0.07 0.07 0.01
C4' 0.04 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.05 0.06 0.16 0.04 0.07
C5 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.08 0.06 0.01
C5' 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.03 0.06 0.07 0.16 0.05 0.08
C6 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.09 0.05 0.00
N1 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.09 0.04 0.00
N3 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.08 0.05 0.02 0.00 0.06 0.07 0.02
O2 0.04 0.02 0.04 0.07 0.02 0.07 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.10 0.06 0.04 0.01 0.06 0.08 0.03
O2' 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.07 0.03 0.02 0.02 0.11 0.01 0.02
O3' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.15 0.03 0.06
O4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.08 0.05 0.01
O4' 0.04 0.04 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.06 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.01 0.03 0.06 0.06 0.16 0.03 0.07
O5' 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.06 0.03 0.00 0.01 0.12 0.01 0.03
OP1 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.10 0.08 0.09 0.09 0.08 0.05 0.08 0.07 0.05 0.07 0.09 0.01 0.00
OP2 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.14 0.03 0.06
P 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.06 0.04 0.01 0.02 0.11 0.01 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02
C2 0.03 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.04 0.12 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.04 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.07 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02
C4 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.12 0.06
C4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01
C5 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.14 0.07
C5' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.06 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.08 0.02 0.00
C6 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.07 0.14 0.07
C8 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.13 0.07
N1 0.04 0.01 0.06 0.05 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.06 0.03 0.04 0.00 0.07 0.15 0.09
N2 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.11 0.05
N3 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.12 0.06
N7 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.08 0.15 0.08
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.11 0.05
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.06 0.06 0.04 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.05 0.01
O3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.06 0.05 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.04 0.01
O5' 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.12 0.06
OP1 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.06 0.06 0.08 0.07 0.05 0.07 0.03 0.02 0.08 0.02 0.05 0.04 0.07 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.12 0.07 0.04 0.12 0.03 0.14 0.02 0.14 0.13 0.15 0.11 0.12 0.15 0.11 0.05 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.06 0.03 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.07 0.09 0.05 0.06 0.08 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00