ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49136

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O4 A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.000, 0.038, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.000, 0.064, 0.128, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.064 std_dev=0.064
C4' A 0, 0.000, 0.082, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.082 std_dev=0.082
C3' A 0, 0.000, 0.087, 0.174, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.087 std_dev=0.087
O2' A 0, 0.000, 0.090, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.090 std_dev=0.090
O3' A 0, 0.000, 0.143, 0.285, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.143 std_dev=0.143
C5' A 0, 0.000, 0.205, 0.410, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.205 std_dev=0.205
O2' B 0, 0.000, 0.226, 0.453, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.226 std_dev=0.226
O3' B 0, 0.000, 0.273, 0.547, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.273 std_dev=0.273
C2' B 0, 0.000, 0.314, 0.628, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.314 std_dev=0.314
O5' A 0, 0.000, 0.323, 0.646, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.323 std_dev=0.323
C3' B 0, 0.000, 0.337, 0.674, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.337 std_dev=0.337
C4' B 0, 0.000, 0.349, 0.698, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.349 std_dev=0.349
C1' B 0, 0.000, 0.362, 0.724, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.362 std_dev=0.362
O4' B 0, 0.000, 0.372, 0.745, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.372 std_dev=0.372
C5' B 0, 0.000, 0.420, 0.841, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.420 std_dev=0.420
P A 0, 0.000, 0.424, 0.848, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.424 std_dev=0.424
OP1 A 0, 0.000, 0.445, 0.891, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.445 std_dev=0.445
OP2 A 0, 0.000, 0.479, 0.958, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.479 std_dev=0.479
N9 B 0, 0.000, 0.489, 0.977, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.489 std_dev=0.489
O5' B 0, 0.000, 0.493, 0.986, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.493 std_dev=0.493
C4 B 0, 0.000, 0.539, 1.078, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.539 std_dev=0.539
C8 B 0, 0.000, 0.544, 1.088, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.544 std_dev=0.544
N3 B 0, 0.000, 0.568, 1.136, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.568 std_dev=0.568
C5 B 0, 0.000, 0.573, 1.146, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.573 std_dev=0.573
C2 B 0, 0.000, 0.576, 1.152, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.576 std_dev=0.576
N7 B 0, 0.000, 0.582, 1.164, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.582 std_dev=0.582
N1 B 0, 0.000, 0.590, 1.180, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.590 std_dev=0.590
P B 0, 0.000, 0.591, 1.181, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.591 std_dev=0.591
OP1 B 0, 0.000, 0.597, 1.194, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.597 std_dev=0.597
N2 B 0, 0.000, 0.606, 1.213, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.606 std_dev=0.606
C6 B 0, 0.000, 0.611, 1.223, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.611 std_dev=0.611
OP2 B 0, 0.000, 0.670, 1.340, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.670 std_dev=0.670
O6 B 0, 0.000, 0.700, 1.400, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.700 std_dev=0.700

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01
C2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.05 0.05
C2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C3' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00
C4 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.09 0.09
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
C5 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.06 0.06 0.07
C5' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00
C6 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04
N1 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03
N3 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.08 0.07
O2 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.04 0.06 0.05
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
O3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02
O4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.13 0.11
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.05 0.07 0.05
O5' 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.02 0.04 0.01 0.03 0.07 0.03 0.06 0.02 0.03 0.02 0.06 0.04 0.03 0.05 0.10 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.05 0.00 0.02 0.09 0.03 0.06 0.02 0.02 0.02 0.08 0.06 0.01 0.04 0.13 0.07 0.02 0.01 0.00 0.02
P 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.02 0.07 0.00 0.04 0.03 0.07 0.05 0.01 0.02 0.11 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.15 0.03 0.07 0.08 0.11 0.07 0.12 0.08 0.06 0.11 0.25 0.13 0.06 0.05 0.02 0.08 0.11 0.10 0.07 0.11 0.08 0.10
C2 0.05 0.15 0.01 0.05 0.08 0.09 0.07 0.10 0.08 0.05 0.11 0.25 0.13 0.06 0.05 0.02 0.05 0.10 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10
C2' 0.05 0.13 0.02 0.06 0.06 0.09 0.05 0.10 0.06 0.04 0.10 0.23 0.10 0.04 0.03 0.02 0.08 0.09 0.08 0.05 0.09 0.06 0.08
C3' 0.03 0.11 0.01 0.06 0.03 0.08 0.03 0.09 0.04 0.02 0.07 0.20 0.08 0.02 0.01 0.03 0.09 0.07 0.07 0.03 0.08 0.05 0.07
C4 0.08 0.21 0.03 0.05 0.12 0.08 0.11 0.07 0.13 0.08 0.17 0.31 0.19 0.09 0.08 0.00 0.02 0.11 0.06 0.12 0.04 0.05 0.06
C4' 0.01 0.09 0.01 0.04 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.18 0.07 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.05 0.01 0.07 0.03 0.06
C5 0.09 0.22 0.05 0.07 0.13 0.09 0.11 0.07 0.13 0.08 0.18 0.32 0.20 0.09 0.09 0.05 0.05 0.11 0.06 0.13 0.03 0.04 0.05
C5' 0.04 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.05 0.06 0.01 0.11 0.01 0.06 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.03 0.00
C6 0.08 0.19 0.05 0.08 0.11 0.10 0.10 0.09 0.11 0.07 0.15 0.30 0.17 0.08 0.07 0.04 0.08 0.11 0.08 0.11 0.06 0.06 0.07
N1 0.06 0.16 0.03 0.07 0.08 0.10 0.08 0.11 0.09 0.06 0.12 0.26 0.14 0.07 0.06 0.01 0.07 0.11 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10
N3 0.06 0.18 0.02 0.05 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.07 0.14 0.28 0.16 0.08 0.07 0.02 0.03 0.11 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09
O2 0.04 0.12 0.01 0.05 0.06 0.09 0.05 0.11 0.06 0.05 0.09 0.22 0.10 0.05 0.04 0.03 0.05 0.09 0.10 0.06 0.12 0.10 0.11
O2' 0.05 0.13 0.02 0.06 0.06 0.10 0.05 0.11 0.06 0.04 0.09 0.23 0.10 0.04 0.04 0.02 0.08 0.10 0.09 0.05 0.10 0.07 0.09
O3' 0.04 0.11 0.02 0.07 0.04 0.09 0.03 0.09 0.04 0.02 0.08 0.20 0.08 0.03 0.02 0.04 0.10 0.08 0.07 0.03 0.08 0.05 0.07
O4 0.07 0.21 0.01 0.01 0.12 0.04 0.11 0.03 0.13 0.07 0.17 0.31 0.20 0.08 0.08 0.03 0.03 0.10 0.03 0.13 0.00 0.03 0.03
O4' 0.06 0.15 0.04 0.08 0.08 0.11 0.07 0.12 0.08 0.06 0.11 0.24 0.13 0.06 0.06 0.03 0.09 0.11 0.10 0.07 0.11 0.08 0.11
O5' 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.03 0.08 0.01 0.06 0.06 0.04 0.05 0.01 0.03 0.07 0.06 0.01 0.04
OP1 0.12 0.10 0.12 0.07 0.15 0.05 0.16 0.03 0.16 0.15 0.13 0.03 0.11 0.16 0.15 0.08 0.02 0.08 0.07 0.17 0.03 0.10 0.06
OP2 0.14 0.08 0.14 0.07 0.14 0.06 0.15 0.04 0.14 0.15 0.11 0.01 0.10 0.15 0.16 0.11 0.01 0.09 0.06 0.14 0.02 0.08 0.05
P 0.10 0.06 0.11 0.05 0.12 0.03 0.12 0.01 0.12 0.12 0.09 0.01 0.07 0.12 0.13 0.09 0.00 0.06 0.04 0.13 0.00 0.06 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.08 0.16 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
C2 0.11 0.00 0.15 0.12 0.02 0.11 0.00 0.10 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.19 0.15 0.09 0.08 0.05 0.07 0.03 0.06
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.11 0.21 0.14 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01
C3' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.08 0.19 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.03
C4 0.06 0.02 0.07 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.07 0.04 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04
C4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.18 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01
C5 0.04 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01
C5' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.16 0.12 0.00 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01
C6 0.05 0.03 0.07 0.05 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.09 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01
C8 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02
N1 0.08 0.02 0.11 0.08 0.01 0.07 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.03 0.14 0.10 0.05 0.04 0.04 0.03 0.00 0.02
N2 0.16 0.01 0.21 0.19 0.02 0.18 0.01 0.16 0.06 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.06 0.28 0.23 0.15 0.12 0.11 0.12 0.06 0.10
N3 0.12 0.00 0.14 0.13 0.01 0.12 0.00 0.12 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.17 0.15 0.10 0.10 0.03 0.10 0.06 0.09
N7 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00
N9 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03
O2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.08 0.02 0.06 0.03 0.09 0.00 0.14 0.28 0.17 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.09 0.04 0.03 0.03
O3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.07 0.01 0.04 0.03 0.06 0.01 0.10 0.23 0.15 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.06 0.06 0.06 0.06
O4' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.15 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01
O5' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.12 0.10 0.00 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
O6 0.05 0.05 0.07 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.11 0.03 0.03 0.03 0.09 0.06 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02
OP1 0.00 0.07 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.12 0.10 0.00 0.03 0.04 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.06 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.10 0.09 0.00 0.03 0.03 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00