ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49137

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
O4 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 B 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C4' A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C3' A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O2' A 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
O5' A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C5' A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C2 B 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C4 B 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N9 B 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N2 B 0, 0.000, 0.030, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O3' A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O2' B 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C1' B 0, 0.000, 0.036, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C2' B 0, 0.000, 0.037, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C5 B 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C8 B 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
N1 B 0, 0.000, 0.043, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.043 std_dev=0.043
C5' B 0, 0.000, 0.047, 0.094, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.047
N7 B 0, 0.000, 0.048, 0.095, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.048 std_dev=0.048
C6 B 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
P A 0, 0.000, 0.052, 0.103, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.052 std_dev=0.052
O4' B 0, 0.000, 0.053, 0.106, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C4' B 0, 0.000, 0.054, 0.108, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C3' B 0, 0.000, 0.054, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.054 std_dev=0.054
OP1 A 0, 0.000, 0.055, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.055 std_dev=0.055
O5' B 0, 0.000, 0.056, 0.111, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.056 std_dev=0.056
O6 B 0, 0.000, 0.069, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.069 std_dev=0.069
O3' B 0, 0.000, 0.073, 0.145, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.073 std_dev=0.073
OP2 A 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
P B 0, 0.000, 0.078, 0.156, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.078 std_dev=0.078
OP2 B 0, 0.000, 0.097, 0.193, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.097 std_dev=0.097
OP1 B 0, 0.000, 0.117, 0.235, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.117 std_dev=0.117

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C4 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
O2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
O4 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
O5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01
C2 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01
C2' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00
C3' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01
C4 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00
C4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
N1 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01
N3 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01
O2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01
O2' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02
O4 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00
O5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01
OP1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
OP2 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02
P 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00
C5 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C5' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00
C6 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C8 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00
N2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00
N7 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
O3' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01
O5' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02
OP1 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00