ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49139

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O4 A 0, 0.000, 0.037, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.037
O2 A 0, 0.000, 0.038, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.038
C6 B 0, 0.000, 0.122, 0.245, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.122 std_dev=0.122
O6 B 0, 0.000, 0.123, 0.247, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.123 std_dev=0.123
N3 B 0, 0.000, 0.189, 0.379, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.189 std_dev=0.189
C5 B 0, 0.000, 0.201, 0.402, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.201 std_dev=0.201
N1 B 0, 0.000, 0.236, 0.472, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C4 B 0, 0.000, 0.238, 0.475, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.238 std_dev=0.238
C2 B 0, 0.000, 0.238, 0.475, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.238 std_dev=0.238
N7 B 0, 0.000, 0.349, 0.697, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.349 std_dev=0.349
N2 B 0, 0.000, 0.397, 0.795, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.397 std_dev=0.397
N9 B 0, 0.000, 0.412, 0.823, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.412 std_dev=0.412
C8 B 0, 0.000, 0.477, 0.954, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.477 std_dev=0.477
C1' B 0, 0.000, 0.509, 1.019, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.509 std_dev=0.509
C2' B 0, 0.000, 0.525, 1.049, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.525 std_dev=0.525
O2' B 0, 0.000, 0.526, 1.052, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.526 std_dev=0.526
C5' B 0, 0.000, 0.541, 1.082, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.541 std_dev=0.541
O4' B 0, 0.000, 0.543, 1.086, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.543 std_dev=0.543
O4' A 0, 0.000, 0.544, 1.089, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.544 std_dev=0.544
C4' B 0, 0.000, 0.562, 1.124, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.562 std_dev=0.562
C3' B 0, 0.000, 0.568, 1.135, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.568 std_dev=0.568
C2' A 0, 0.000, 0.628, 1.256, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.628 std_dev=0.628
O3' B 0, 0.000, 0.671, 1.342, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.671 std_dev=0.671
P A 0, 0.000, 0.672, 1.345, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.672 std_dev=0.672
O5' A 0, 0.000, 0.767, 1.535, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.767 std_dev=0.767
C4' A 0, 0.000, 0.854, 1.709, 1.709 max_d=1.709 avg_d=0.854 std_dev=0.854
OP1 A 0, 0.000, 0.878, 1.755, 1.755 max_d=1.755 avg_d=0.878 std_dev=0.878
C3' A 0, 0.000, 0.918, 1.836, 1.836 max_d=1.836 avg_d=0.918 std_dev=0.918
O2' A 0, 0.000, 1.019, 2.038, 2.038 max_d=2.038 avg_d=1.019 std_dev=1.019
C5' A 0, 0.000, 1.029, 2.059, 2.059 max_d=2.059 avg_d=1.029 std_dev=1.029
O3' A 0, 0.000, 1.402, 2.804, 2.804 max_d=2.804 avg_d=1.402 std_dev=1.402
OP2 A 0, 0.000, 1.468, 2.936, 2.936 max_d=2.936 avg_d=1.468 std_dev=1.468
O5' B 0, 0.000, 1.614, 3.227, 3.227 max_d=3.227 avg_d=1.614 std_dev=1.614
OP1 B 0, 0.000, 2.226, 4.452, 4.452 max_d=4.452 avg_d=2.226 std_dev=2.226
P B 0, 0.000, 2.521, 5.043, 5.043 max_d=5.043 avg_d=2.521 std_dev=2.521
OP2 B 0, 0.000, 3.653, 7.307, 7.307 max_d=7.307 avg_d=3.653 std_dev=3.653

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.28 0.00 0.00 0.19 0.12 0.13 0.06
C2 0.01 0.00 0.15 0.29 0.00 0.09 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.02 0.00 0.04 0.04 0.05 0.24 0.13
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.22 0.14 0.00 0.10 0.28 0.00 0.02 0.01 0.01 0.44 0.50 0.66 0.51
C3' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.26 0.00 0.16 0.01 0.09 0.16 0.31 0.31 0.01 0.00 0.28 0.01 0.02 0.25 0.32 0.17
C4 0.00 0.00 0.01 0.26 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.08 0.00 0.03 0.05 0.14 0.58 0.26
C4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.08 0.11 0.24 0.02 0.03 0.00 0.01 0.12 0.12 0.01
C5 0.00 0.00 0.12 0.16 0.00 0.03 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.25 0.00 0.01 0.02 0.13 0.09 0.54 0.24
C5' 0.10 0.03 0.22 0.01 0.11 0.00 0.19 0.00 0.21 0.11 0.05 0.02 0.02 0.18 0.11 0.01 0.00 0.08 0.06 0.01
C6 0.00 0.00 0.14 0.09 0.00 0.05 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.08 0.00 0.01 0.19 0.01 0.32 0.14
N1 0.00 0.00 0.00 0.16 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.08 0.00 0.02 0.13 0.01 0.16 0.08
N3 0.00 0.00 0.10 0.31 0.00 0.08 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.22 0.09 0.01 0.04 0.02 0.11 0.44 0.21
O2 0.02 0.00 0.28 0.31 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.02 0.01 0.06 0.02 0.02 0.12 0.08
O2' 0.02 0.15 0.00 0.01 0.26 0.24 0.25 0.02 0.20 0.14 0.22 0.07 0.00 0.00 0.28 0.18 0.37 0.43 0.88 0.54
O3' 0.28 0.02 0.02 0.00 0.08 0.02 0.00 0.18 0.08 0.08 0.09 0.02 0.00 0.00 0.11 0.22 0.20 0.00 0.14 0.04
O4 0.00 0.00 0.01 0.28 0.00 0.03 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.28 0.11 0.00 0.04 0.03 0.17 0.68 0.30
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.18 0.22 0.04 0.00 0.00 0.07 0.11 0.18
O5' 0.19 0.04 0.44 0.02 0.05 0.01 0.13 0.00 0.19 0.13 0.02 0.02 0.37 0.20 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.12 0.05 0.50 0.25 0.14 0.12 0.09 0.08 0.01 0.01 0.11 0.02 0.43 0.00 0.17 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.24 0.66 0.32 0.58 0.12 0.54 0.06 0.32 0.16 0.44 0.12 0.88 0.14 0.68 0.11 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.13 0.51 0.17 0.26 0.01 0.24 0.01 0.14 0.08 0.21 0.08 0.54 0.04 0.30 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.12 0.13 0.16 0.03 0.01 0.04 0.02 0.08 0.03 0.12 0.18 0.08 0.00 0.02 0.21 0.27 0.06 0.31 0.08 0.76 1.01 0.92
C2 0.04 0.09 0.11 0.15 0.02 0.01 0.03 0.04 0.07 0.02 0.09 0.14 0.05 0.01 0.01 0.19 0.27 0.06 0.27 0.07 0.67 0.97 0.84
C2' 0.35 0.27 0.31 0.32 0.30 0.43 0.31 0.44 0.29 0.34 0.27 0.24 0.29 0.32 0.33 0.23 0.25 0.45 0.17 0.29 0.28 0.47 0.42
C3' 0.02 0.07 0.07 0.02 0.06 0.25 0.06 0.34 0.07 0.04 0.07 0.06 0.06 0.05 0.04 0.25 0.10 0.20 0.13 0.07 0.17 0.36 0.35
C4 0.07 0.08 0.12 0.16 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.03 0.09 0.14 0.03 0.00 0.04 0.20 0.29 0.04 0.20 0.07 0.48 0.77 0.64
C4' 0.01 0.16 0.15 0.11 0.07 0.21 0.08 0.31 0.12 0.00 0.15 0.21 0.12 0.04 0.02 0.35 0.29 0.23 0.08 0.12 0.26 0.41 0.39
C5 0.10 0.12 0.17 0.20 0.01 0.04 0.02 0.04 0.07 0.05 0.12 0.19 0.06 0.01 0.05 0.25 0.35 0.03 0.21 0.08 0.46 0.73 0.62
C5' 0.15 0.32 0.03 0.05 0.24 0.47 0.23 0.57 0.27 0.15 0.31 0.36 0.28 0.18 0.18 0.30 0.15 0.45 0.44 0.26 0.14 0.10 0.05
C6 0.09 0.13 0.17 0.21 0.02 0.03 0.03 0.04 0.08 0.05 0.12 0.20 0.07 0.01 0.04 0.26 0.37 0.04 0.25 0.08 0.57 0.83 0.74
N1 0.05 0.12 0.14 0.17 0.03 0.01 0.03 0.03 0.07 0.03 0.11 0.18 0.07 0.00 0.02 0.22 0.31 0.06 0.28 0.08 0.67 0.95 0.84
N3 0.04 0.07 0.11 0.14 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.02 0.08 0.12 0.03 0.01 0.02 0.18 0.27 0.05 0.24 0.07 0.58 0.90 0.75
O2 0.02 0.08 0.09 0.12 0.02 0.01 0.03 0.05 0.06 0.01 0.08 0.12 0.04 0.01 0.00 0.16 0.23 0.08 0.28 0.07 0.71 1.03 0.88
O2' 0.42 0.45 0.36 0.28 0.44 0.32 0.44 0.25 0.45 0.43 0.45 0.45 0.44 0.43 0.43 0.37 0.29 0.42 0.02 0.45 0.63 0.74 0.70
O3' 0.07 0.00 0.20 0.10 0.06 0.21 0.08 0.31 0.06 0.11 0.02 0.05 0.02 0.10 0.08 0.43 0.22 0.19 0.11 0.06 0.20 0.37 0.36
O4 0.05 0.06 0.10 0.13 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.02 0.08 0.10 0.00 0.01 0.03 0.16 0.26 0.03 0.16 0.08 0.40 0.68 0.54
O4' 0.19 0.14 0.34 0.37 0.02 0.10 0.01 0.02 0.06 0.15 0.13 0.24 0.06 0.09 0.12 0.47 0.54 0.00 0.32 0.07 0.73 0.92 0.86
O5' 0.16 0.17 0.02 0.17 0.14 0.52 0.12 0.56 0.13 0.10 0.15 0.20 0.18 0.10 0.13 0.27 0.03 0.45 0.51 0.12 0.25 0.25 0.16
OP1 0.12 0.12 0.25 0.04 0.16 0.35 0.19 0.45 0.19 0.20 0.15 0.07 0.11 0.21 0.17 0.58 0.01 0.18 0.61 0.21 0.62 0.68 0.50
OP2 0.55 0.82 0.50 0.11 0.78 0.01 0.82 0.06 0.87 0.69 0.86 0.78 0.77 0.77 0.69 0.75 0.00 0.26 0.20 0.89 0.23 0.23 0.05
P 0.19 0.26 0.24 0.01 0.26 0.22 0.29 0.27 0.30 0.25 0.28 0.23 0.24 0.28 0.24 0.49 0.00 0.07 0.38 0.31 0.28 0.33 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.30 0.01 0.17 0.37 0.20
C2 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.12 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.10 0.13 0.23 0.00 0.20 0.10 0.16
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.51 0.00 0.36 0.76 0.46
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.32 0.01 0.15 0.38 0.15
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.06 0.35 0.00 0.32 0.46 0.37
C4' 0.00 0.12 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.10 0.15 0.10 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.11 0.18
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.04 0.42 0.01 0.47 0.72 0.57
C5' 0.03 0.22 0.01 0.01 0.15 0.00 0.14 0.00 0.17 0.04 0.21 0.26 0.20 0.09 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.04 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.06 0.37 0.00 0.45 0.60 0.52
C8 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.54 0.02 0.56 1.05 0.74
N1 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.09 0.10 0.29 0.00 0.32 0.31 0.33
N2 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.15 0.00 0.26 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.10 0.16 0.16 0.00 0.10 0.12 0.01
N3 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.09 0.12 0.24 0.00 0.17 0.13 0.14
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.52 0.02 0.62 1.07 0.79
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.41 0.01 0.36 0.62 0.44
O2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.08 0.10 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.54 0.06 0.42 0.93 0.53
O3' 0.04 0.10 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.09 0.10 0.09 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.16 0.07 0.06 0.11 0.11
O4' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.02 0.06 0.03 0.10 0.16 0.12 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.04 0.09 0.11
O5' 0.30 0.23 0.51 0.32 0.35 0.01 0.42 0.01 0.37 0.54 0.29 0.16 0.24 0.52 0.41 0.54 0.16 0.02 0.00 0.39 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.07 0.04 0.39 0.00 0.52 0.72 0.61
OP1 0.17 0.20 0.36 0.15 0.32 0.10 0.47 0.04 0.45 0.56 0.32 0.10 0.17 0.62 0.36 0.42 0.06 0.04 0.00 0.52 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 0.10 0.76 0.38 0.46 0.11 0.72 0.00 0.60 1.05 0.31 0.12 0.13 1.07 0.62 0.93 0.11 0.09 0.01 0.72 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.16 0.46 0.15 0.37 0.18 0.57 0.00 0.52 0.74 0.33 0.01 0.14 0.79 0.44 0.53 0.11 0.11 0.00 0.61 0.00 0.00 0.00