ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49141

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O4 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O3' A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2' A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C3' A 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
O2' A 0, 0.000, 0.036, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
C4' A 0, 0.000, 0.051, 0.101, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C5' A 0, 0.000, 0.071, 0.142, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.071 std_dev=0.071
N3 B 0, 0.000, 0.072, 0.145, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.072 std_dev=0.072
O4' B 0, 0.000, 0.083, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.083 std_dev=0.083
C4' B 0, 0.000, 0.086, 0.172, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.086 std_dev=0.086
C5' B 0, 0.000, 0.088, 0.177, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.088 std_dev=0.088
O5' A 0, 0.000, 0.093, 0.186, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.093 std_dev=0.093
C2 B 0, 0.000, 0.096, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.096 std_dev=0.096
C4 B 0, 0.000, 0.100, 0.201, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.100 std_dev=0.100
P A 0, 0.000, 0.102, 0.204, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.102 std_dev=0.102
OP2 A 0, 0.000, 0.104, 0.209, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.104 std_dev=0.104
OP1 A 0, 0.000, 0.106, 0.211, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.106 std_dev=0.106
C1' B 0, 0.000, 0.108, 0.216, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.108 std_dev=0.108
C3' B 0, 0.000, 0.118, 0.236, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.118 std_dev=0.118
N9 B 0, 0.000, 0.119, 0.239, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.119 std_dev=0.119
N2 B 0, 0.000, 0.120, 0.241, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.120 std_dev=0.120
N1 B 0, 0.000, 0.132, 0.263, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.132 std_dev=0.132
O3' B 0, 0.000, 0.133, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.133 std_dev=0.133
C2' B 0, 0.000, 0.135, 0.270, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.135 std_dev=0.135
C5 B 0, 0.000, 0.140, 0.280, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.140 std_dev=0.140
O2' B 0, 0.000, 0.150, 0.300, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.150 std_dev=0.150
C6 B 0, 0.000, 0.153, 0.306, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.153 std_dev=0.153
C8 B 0, 0.000, 0.168, 0.337, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.168 std_dev=0.168
O5' B 0, 0.000, 0.178, 0.355, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.178 std_dev=0.178
N7 B 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
O6 B 0, 0.000, 0.193, 0.386, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.193 std_dev=0.193
P B 0, 0.000, 0.201, 0.402, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.201 std_dev=0.201
OP1 B 0, 0.000, 0.215, 0.430, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.215 std_dev=0.215
OP2 B 0, 0.000, 0.223, 0.446, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.223 std_dev=0.223

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01
O2 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01
O3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01
O4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
O5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.03 0.06 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.04 0.06 0.00 0.02 0.03 0.06 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02
C2 0.04 0.05 0.05 0.06 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.02 0.05 0.08 0.02 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03
C2' 0.05 0.03 0.05 0.05 0.02 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01
C3' 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00
C4 0.03 0.05 0.04 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.01 0.05 0.07 0.03 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04
C4' 0.03 0.04 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00
C5 0.04 0.04 0.06 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.03 0.03 0.06 0.02 0.02 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05
C5' 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01
C6 0.06 0.03 0.06 0.06 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.06 0.01 0.03 0.04 0.06 0.04 0.05 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04
N1 0.05 0.04 0.06 0.06 0.01 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.04 0.07 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03
N3 0.03 0.05 0.04 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.01 0.06 0.08 0.03 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03
O2 0.04 0.05 0.05 0.06 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.01 0.06 0.08 0.02 0.01 0.02 0.05 0.05 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02
O2' 0.05 0.01 0.05 0.05 0.02 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.06 0.03 0.06 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01
O3' 0.05 0.01 0.05 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01
O4 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.00 0.05 0.06 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03
O4' 0.04 0.04 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.07 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02
O5' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.07 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01
OP1 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03
OP2 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02
P 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.04 0.04
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.03 0.04
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.04 0.04
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.04
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.04 0.04
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.06 0.05
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.03 0.04
N2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.03 0.03
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.04 0.04
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.05 0.05
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.05 0.05
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03 0.02
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.03 0.03
O5' 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.04 0.04
OP1 0.06 0.05 0.05 0.03 0.06 0.03 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.06 0.03 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00