ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49147

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 14, 11, 10, 7, 8, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.001, 0.008, 0.016, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.012 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.005, 0.025, 0.046, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.025 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.029, 0.075, 0.121, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.075 std_dev=0.046
O4 A 0, -0.001, 0.050, 0.102, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.050 std_dev=0.051
O4' A 0, 0.007, 0.058, 0.110, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.058 std_dev=0.051
O2' A 0, 0.066, 0.129, 0.193, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.129 std_dev=0.063
C3' A 0, 0.033, 0.107, 0.181, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.107 std_dev=0.074
C4' A 0, 0.022, 0.100, 0.179, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.100 std_dev=0.079
O3' A 0, 0.047, 0.161, 0.275, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.161 std_dev=0.114
C5' A 0, 0.047, 0.172, 0.297, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.172 std_dev=0.125
O5' A 0, 0.065, 0.202, 0.340, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.202 std_dev=0.138
C1' B 0, 0.119, 0.294, 0.469, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.294 std_dev=0.175
C4 B 0, 0.137, 0.315, 0.493, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.315 std_dev=0.178
C2' B 0, 0.117, 0.296, 0.476, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.296 std_dev=0.179
N9 B 0, 0.134, 0.319, 0.504, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.319 std_dev=0.185
C3' B 0, 0.113, 0.298, 0.483, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.298 std_dev=0.185
O2' B 0, 0.160, 0.353, 0.545, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.353 std_dev=0.192
O4' B 0, 0.105, 0.301, 0.496, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.301 std_dev=0.196
O3' B 0, 0.114, 0.313, 0.512, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.313 std_dev=0.199
N3 B 0, 0.139, 0.338, 0.538, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.338 std_dev=0.200
C5 B 0, 0.136, 0.352, 0.567, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.352 std_dev=0.216
N1 B 0, 0.148, 0.369, 0.590, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.369 std_dev=0.221
C6 B 0, 0.143, 0.367, 0.592, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.367 std_dev=0.225
C2 B 0, 0.144, 0.370, 0.595, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.370 std_dev=0.226
C4' B 0, 0.082, 0.311, 0.539, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.311 std_dev=0.228
C8 B 0, 0.124, 0.381, 0.638, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.381 std_dev=0.257
N6 B 0, 0.155, 0.424, 0.694, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.424 std_dev=0.270
P A 0, 0.085, 0.356, 0.627, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.356 std_dev=0.271
O5' B 0, 0.192, 0.465, 0.739, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.465 std_dev=0.273
N7 B 0, 0.127, 0.406, 0.686, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.406 std_dev=0.279
P B 0, 0.240, 0.544, 0.848, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.544 std_dev=0.304
OP1 B 0, 0.300, 0.626, 0.952, 1.772 max_d=1.772 avg_d=0.626 std_dev=0.326
C5' B 0, 0.036, 0.385, 0.733, 1.749 max_d=1.749 avg_d=0.385 std_dev=0.348
OP2 B 0, 0.219, 0.603, 0.987, 1.987 max_d=1.987 avg_d=0.603 std_dev=0.384
OP1 A 0, 0.072, 0.526, 0.980, 2.346 max_d=2.346 avg_d=0.526 std_dev=0.454
OP2 A 0, 0.040, 0.559, 1.078, 2.458 max_d=2.458 avg_d=0.559 std_dev=0.519

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.19 0.21 0.04
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.08 0.25 0.26 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.09 0.31 0.08
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.01 0.01 0.07 0.01 0.04 0.06 0.32 0.11
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.12 0.29 0.24 0.13
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.08 0.17 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.13 0.29 0.20 0.14
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.08 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.02 0.11 0.26 0.19 0.11
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.08 0.24 0.22 0.07
N3 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.10 0.27 0.26 0.11
O2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.02 0.03 0.07 0.24 0.28 0.07
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03 0.08 0.30 0.08
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.03 0.06 0.03 0.05 0.06 0.03 0.00 0.09 0.01 0.08 0.14 0.38 0.16
O4 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.09 0.00 0.03 0.14 0.29 0.25 0.15
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.21 0.12 0.04
O5' 0.05 0.08 0.03 0.04 0.12 0.01 0.13 0.01 0.11 0.08 0.10 0.07 0.03 0.08 0.14 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.19 0.25 0.09 0.06 0.29 0.08 0.29 0.05 0.26 0.24 0.27 0.24 0.08 0.14 0.29 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.26 0.31 0.32 0.24 0.17 0.20 0.05 0.19 0.22 0.26 0.28 0.30 0.38 0.25 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.08 0.11 0.13 0.04 0.14 0.01 0.11 0.07 0.11 0.07 0.08 0.16 0.15 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.09 0.06 0.09 0.08 0.20 0.09 0.31 0.09 0.12 0.09 0.08 0.10 0.12 0.09 0.13 0.06 0.15 0.14 0.12 0.11 0.09
C2 0.11 0.12 0.09 0.10 0.11 0.20 0.13 0.30 0.12 0.16 0.12 0.11 0.14 0.16 0.13 0.17 0.10 0.15 0.11 0.15 0.13 0.12
C2' 0.08 0.09 0.07 0.08 0.08 0.18 0.09 0.27 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.16 0.06 0.15 0.13 0.11 0.10 0.08
C3' 0.08 0.07 0.07 0.10 0.07 0.18 0.07 0.24 0.07 0.09 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.14 0.07 0.15 0.15 0.10 0.10 0.07
C4 0.14 0.12 0.14 0.14 0.12 0.20 0.14 0.28 0.11 0.19 0.10 0.12 0.13 0.18 0.15 0.19 0.15 0.17 0.13 0.17 0.16 0.15
C4' 0.07 0.07 0.05 0.09 0.06 0.17 0.07 0.25 0.06 0.09 0.06 0.06 0.07 0.09 0.07 0.10 0.03 0.14 0.15 0.11 0.10 0.08
C5 0.11 0.10 0.11 0.13 0.08 0.21 0.10 0.29 0.08 0.15 0.08 0.10 0.09 0.14 0.11 0.16 0.14 0.16 0.12 0.14 0.14 0.11
C5' 0.06 0.07 0.04 0.08 0.05 0.14 0.06 0.21 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.02 0.12 0.14 0.12 0.09 0.09
C6 0.09 0.09 0.07 0.10 0.08 0.20 0.09 0.31 0.08 0.13 0.08 0.08 0.09 0.12 0.10 0.14 0.10 0.15 0.13 0.11 0.12 0.09
N1 0.09 0.10 0.07 0.10 0.09 0.20 0.10 0.31 0.10 0.14 0.09 0.09 0.11 0.13 0.10 0.15 0.08 0.15 0.12 0.13 0.11 0.09
N3 0.13 0.14 0.12 0.12 0.13 0.20 0.15 0.29 0.14 0.19 0.12 0.13 0.15 0.19 0.15 0.18 0.12 0.16 0.12 0.17 0.15 0.14
O2 0.11 0.14 0.09 0.10 0.12 0.19 0.14 0.31 0.14 0.16 0.14 0.12 0.15 0.17 0.13 0.17 0.09 0.15 0.11 0.15 0.13 0.12
O2' 0.08 0.10 0.07 0.09 0.08 0.18 0.09 0.28 0.09 0.10 0.10 0.08 0.10 0.10 0.08 0.16 0.06 0.15 0.14 0.11 0.10 0.09
O3' 0.10 0.08 0.10 0.11 0.08 0.17 0.08 0.21 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.15 0.09 0.16 0.15 0.11 0.11 0.08
O4 0.18 0.14 0.17 0.17 0.16 0.21 0.17 0.26 0.14 0.23 0.11 0.15 0.15 0.22 0.19 0.21 0.17 0.19 0.16 0.20 0.20 0.18
O4' 0.08 0.07 0.06 0.11 0.07 0.20 0.09 0.32 0.08 0.13 0.07 0.06 0.09 0.12 0.09 0.10 0.05 0.15 0.16 0.12 0.11 0.10
O5' 0.07 0.08 0.04 0.10 0.06 0.18 0.06 0.24 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.01 0.13 0.18 0.13 0.15 0.12
OP1 0.07 0.11 0.09 0.04 0.09 0.21 0.08 0.27 0.09 0.07 0.10 0.10 0.09 0.07 0.07 0.21 0.02 0.19 0.28 0.34 0.29 0.35
OP2 0.09 0.27 0.06 0.11 0.16 0.11 0.14 0.20 0.18 0.08 0.24 0.24 0.16 0.09 0.10 0.11 0.02 0.07 0.21 0.39 0.24 0.30
P 0.04 0.11 0.04 0.01 0.07 0.06 0.06 0.11 0.07 0.04 0.10 0.10 0.07 0.04 0.05 0.09 0.00 0.06 0.16 0.23 0.15 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.10 0.13 0.18 0.11
C2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.10 0.09 0.17 0.19 0.25 0.19
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.06 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.20 0.21 0.28 0.21
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.12 0.17 0.12
C4 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.05 0.16 0.18 0.25 0.18
C4' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.07 0.06 0.08 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.04 0.05
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.17 0.20 0.29 0.20
C5' 0.04 0.09 0.06 0.02 0.06 0.00 0.09 0.00 0.08 0.15 0.08 0.09 0.10 0.14 0.08 0.04 0.04 0.01 0.00 0.12 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.04 0.18 0.21 0.29 0.21
C8 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.04 0.06 0.16 0.20 0.30 0.21
N1 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.09 0.07 0.18 0.20 0.28 0.20
N3 0.02 0.00 0.06 0.04 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.10 0.09 0.16 0.17 0.23 0.17
N6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.03 0.18 0.22 0.32 0.23
N7 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.04 0.17 0.22 0.32 0.22
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.14 0.17 0.24 0.16
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04 0.04 0.07 0.08 0.11 0.13 0.06 0.06 0.02 0.00 0.04 0.01 0.21 0.25 0.31 0.22
O3' 0.05 0.10 0.02 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.07 0.04 0.09 0.10 0.07 0.05 0.05 0.04 0.00 0.04 0.11 0.11 0.10 0.08
O4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.07 0.09 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.09 0.14 0.10 0.10
O5' 0.10 0.17 0.20 0.16 0.16 0.01 0.17 0.00 0.18 0.16 0.18 0.16 0.18 0.17 0.14 0.21 0.11 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.19 0.21 0.12 0.18 0.13 0.20 0.12 0.21 0.20 0.20 0.17 0.22 0.22 0.17 0.25 0.11 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.25 0.28 0.17 0.25 0.04 0.29 0.04 0.29 0.30 0.28 0.23 0.32 0.32 0.24 0.31 0.10 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.19 0.21 0.12 0.18 0.05 0.20 0.01 0.21 0.21 0.20 0.17 0.23 0.22 0.16 0.22 0.08 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00