ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49148

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 7, 9, 14, 8, 7, 4, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.010 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.018, 0.034, 0.050, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.034 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.018, 0.060, 0.102, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.060 std_dev=0.042
C2' A 0, 0.040, 0.087, 0.134, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.087 std_dev=0.047
O4 A 0, -0.003, 0.064, 0.131, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.064 std_dev=0.067
C4' A 0, 0.030, 0.101, 0.173, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.101 std_dev=0.071
C3' A 0, 0.023, 0.095, 0.167, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.095 std_dev=0.072
O2' A 0, 0.133, 0.213, 0.294, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.213 std_dev=0.080
O5' A 0, 0.101, 0.201, 0.301, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.201 std_dev=0.100
C5' A 0, 0.072, 0.181, 0.290, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.181 std_dev=0.109
O3' B 0, 0.170, 0.285, 0.400, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.285 std_dev=0.115
O3' A 0, 0.041, 0.161, 0.281, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.161 std_dev=0.120
P A 0, 0.161, 0.292, 0.423, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.292 std_dev=0.131
C3' B 0, 0.177, 0.332, 0.487, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.332 std_dev=0.155
C2' B 0, 0.214, 0.402, 0.589, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.402 std_dev=0.187
C4' B 0, 0.159, 0.347, 0.536, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.347 std_dev=0.188
O2' B 0, 0.198, 0.400, 0.602, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.400 std_dev=0.202
O4' B 0, 0.252, 0.467, 0.683, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.467 std_dev=0.215
C1' B 0, 0.268, 0.486, 0.704, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.486 std_dev=0.218
O5' B 0, 0.261, 0.485, 0.709, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.485 std_dev=0.224
C5' B 0, 0.177, 0.405, 0.632, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.405 std_dev=0.227
N9 B 0, 0.315, 0.565, 0.815, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.565 std_dev=0.250
P B 0, 0.296, 0.555, 0.814, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.555 std_dev=0.259
OP2 A 0, 0.106, 0.371, 0.637, 2.036 max_d=2.036 avg_d=0.371 std_dev=0.266
C8 B 0, 0.322, 0.593, 0.864, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.593 std_dev=0.271
OP2 B 0, 0.323, 0.595, 0.867, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.595 std_dev=0.272
C4 B 0, 0.342, 0.621, 0.901, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.621 std_dev=0.280
N3 B 0, 0.349, 0.634, 0.920, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.634 std_dev=0.286
N7 B 0, 0.342, 0.651, 0.960, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.651 std_dev=0.309
C5 B 0, 0.356, 0.668, 0.981, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.668 std_dev=0.312
OP1 B 0, 0.338, 0.660, 0.982, 2.447 max_d=2.447 avg_d=0.660 std_dev=0.322
C2 B 0, 0.371, 0.695, 1.019, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.695 std_dev=0.324
C6 B 0, 0.385, 0.732, 1.079, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.732 std_dev=0.347
N1 B 0, 0.390, 0.742, 1.094, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.742 std_dev=0.352
N6 B 0, 0.408, 0.789, 1.170, 1.753 max_d=1.753 avg_d=0.789 std_dev=0.381
OP1 A 0, 0.006, 0.403, 0.800, 3.062 max_d=3.062 avg_d=0.403 std_dev=0.397

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.12 0.07 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01 0.06 0.19 0.17 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.04 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.05 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.08 0.24 0.25 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.09 0.25 0.24 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.08 0.21 0.18 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.18 0.14 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.07 0.22 0.22 0.08
O2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.02 0.05 0.17 0.15 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.06 0.03 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.07 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.11 0.10 0.05
O4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.09 0.25 0.28 0.10
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.11 0.05 0.03
O5' 0.03 0.06 0.03 0.04 0.08 0.01 0.09 0.00 0.08 0.06 0.07 0.05 0.02 0.06 0.09 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.19 0.07 0.05 0.24 0.04 0.25 0.05 0.21 0.18 0.22 0.17 0.06 0.11 0.25 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.17 0.04 0.05 0.25 0.04 0.24 0.09 0.18 0.14 0.22 0.15 0.03 0.10 0.28 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.04 0.04 0.09 0.01 0.09 0.01 0.07 0.05 0.08 0.05 0.03 0.05 0.10 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.17 0.12 0.09 0.13 0.14 0.13 0.17 0.14 0.13 0.16 0.15 0.14 0.12 0.12 0.13 0.07 0.14 0.12 0.26 0.15 0.17
C2 0.12 0.15 0.11 0.10 0.13 0.15 0.12 0.20 0.13 0.12 0.15 0.15 0.13 0.12 0.12 0.14 0.08 0.14 0.11 0.25 0.13 0.16
C2' 0.13 0.19 0.12 0.09 0.15 0.15 0.15 0.18 0.16 0.13 0.18 0.17 0.16 0.14 0.14 0.12 0.06 0.15 0.12 0.25 0.14 0.15
C3' 0.16 0.18 0.12 0.10 0.15 0.17 0.15 0.18 0.16 0.15 0.18 0.17 0.16 0.15 0.15 0.13 0.07 0.18 0.15 0.26 0.16 0.18
C4 0.11 0.13 0.12 0.11 0.11 0.13 0.11 0.20 0.11 0.11 0.12 0.13 0.11 0.11 0.11 0.16 0.10 0.11 0.11 0.25 0.13 0.16
C4' 0.15 0.17 0.13 0.10 0.15 0.15 0.15 0.16 0.16 0.15 0.17 0.16 0.16 0.15 0.15 0.14 0.07 0.16 0.14 0.27 0.16 0.18
C5 0.11 0.14 0.12 0.10 0.12 0.13 0.11 0.17 0.12 0.11 0.13 0.14 0.12 0.11 0.11 0.15 0.09 0.11 0.11 0.26 0.14 0.17
C5' 0.16 0.18 0.14 0.10 0.16 0.14 0.16 0.13 0.17 0.17 0.18 0.16 0.17 0.16 0.16 0.16 0.07 0.16 0.15 0.27 0.18 0.19
C6 0.12 0.16 0.12 0.10 0.13 0.13 0.12 0.16 0.13 0.12 0.15 0.15 0.13 0.12 0.12 0.14 0.07 0.13 0.12 0.27 0.15 0.17
N1 0.12 0.16 0.11 0.09 0.13 0.14 0.12 0.18 0.13 0.12 0.15 0.15 0.13 0.12 0.12 0.14 0.07 0.13 0.12 0.26 0.14 0.16
N3 0.12 0.14 0.12 0.11 0.12 0.15 0.12 0.21 0.12 0.12 0.13 0.14 0.12 0.12 0.12 0.15 0.10 0.13 0.11 0.24 0.13 0.16
O2 0.13 0.17 0.12 0.10 0.14 0.16 0.14 0.22 0.14 0.13 0.16 0.16 0.14 0.13 0.13 0.14 0.08 0.15 0.12 0.24 0.13 0.16
O2' 0.14 0.20 0.12 0.09 0.16 0.15 0.15 0.18 0.17 0.14 0.20 0.18 0.17 0.14 0.14 0.12 0.06 0.15 0.12 0.24 0.14 0.15
O3' 0.18 0.20 0.13 0.11 0.18 0.18 0.18 0.19 0.19 0.17 0.20 0.19 0.19 0.17 0.17 0.14 0.07 0.20 0.17 0.27 0.17 0.18
O4 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11 0.13 0.10 0.21 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.10 0.16 0.12 0.10 0.11 0.24 0.13 0.16
O4' 0.14 0.16 0.13 0.10 0.14 0.14 0.14 0.16 0.14 0.14 0.16 0.15 0.14 0.14 0.14 0.14 0.08 0.15 0.13 0.28 0.16 0.18
O5' 0.15 0.17 0.14 0.11 0.15 0.15 0.15 0.14 0.16 0.16 0.17 0.16 0.16 0.15 0.15 0.16 0.08 0.16 0.17 0.29 0.19 0.20
OP1 0.16 0.15 0.15 0.17 0.16 0.17 0.17 0.20 0.17 0.18 0.16 0.15 0.18 0.18 0.17 0.14 0.20 0.16 0.14 0.14 0.21 0.15
OP2 0.34 0.14 0.34 0.32 0.23 0.36 0.23 0.34 0.19 0.33 0.15 0.17 0.19 0.29 0.30 0.38 0.32 0.36 0.43 0.53 0.39 0.45
P 0.15 0.18 0.14 0.10 0.15 0.12 0.16 0.10 0.17 0.17 0.18 0.16 0.17 0.17 0.15 0.15 0.07 0.14 0.15 0.26 0.19 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.10 0.04
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.04 0.07 0.06 0.11 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.13 0.08 0.07
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.12 0.17 0.09 0.11
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.07 0.06 0.11 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.06 0.11 0.06
C5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.03 0.07 0.07 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.06 0.11 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.09 0.06 0.12 0.06
C8 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.03 0.08 0.06 0.11 0.05
N1 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.03 0.08 0.06 0.11 0.06
N3 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.04 0.06 0.06 0.11 0.05
N6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.10 0.07 0.12 0.07
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.09 0.07 0.11 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.06 0.11 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.12 0.09 0.06
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.12 0.23 0.14 0.16
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.04 0.14 0.07
O5' 0.03 0.07 0.07 0.12 0.07 0.01 0.08 0.00 0.09 0.08 0.08 0.06 0.10 0.09 0.06 0.04 0.12 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.06 0.13 0.17 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.12 0.23 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.11 0.08 0.09 0.11 0.09 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.09 0.14 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.05 0.07 0.11 0.05 0.02 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.04 0.06 0.16 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00