ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49149

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 11, 16, 9, 3, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.011, 0.017, 0.023, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.012, 0.019, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.010, 0.017, 0.024, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.016, 0.025, 0.033, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.018, 0.027, 0.036, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.019 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.030, 0.055, 0.079, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.055 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.025, 0.056, 0.086, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.056 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.056, 0.141, 0.225, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.141 std_dev=0.085
C2' A 0, 0.058, 0.148, 0.237, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.148 std_dev=0.089
N3 B 0, 0.408, 0.537, 0.666, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.537 std_dev=0.129
C1' B 0, 0.362, 0.494, 0.625, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.494 std_dev=0.131
C4' B 0, 0.370, 0.510, 0.650, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.510 std_dev=0.140
O4' B 0, 0.323, 0.467, 0.612, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.467 std_dev=0.145
N9 B 0, 0.405, 0.554, 0.702, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.554 std_dev=0.149
C4 B 0, 0.413, 0.562, 0.712, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.562 std_dev=0.149
O2' A 0, 0.151, 0.311, 0.470, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.311 std_dev=0.160
C3' B 0, 0.381, 0.543, 0.704, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.543 std_dev=0.162
C2 B 0, 0.445, 0.610, 0.775, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.610 std_dev=0.165
C2' B 0, 0.345, 0.514, 0.682, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.514 std_dev=0.169
O3' B 0, 0.315, 0.484, 0.652, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.484 std_dev=0.169
C4' A 0, 0.193, 0.367, 0.541, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.367 std_dev=0.174
C3' A 0, 0.325, 0.504, 0.683, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.504 std_dev=0.179
O2' B 0, 0.233, 0.433, 0.633, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.433 std_dev=0.200
C5 B 0, 0.459, 0.661, 0.862, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.661 std_dev=0.201
C8 B 0, 0.461, 0.666, 0.871, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.666 std_dev=0.205
N1 B 0, 0.472, 0.686, 0.900, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.686 std_dev=0.214
C6 B 0, 0.481, 0.713, 0.946, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.713 std_dev=0.232
N7 B 0, 0.495, 0.728, 0.961, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.728 std_dev=0.233
P B 0, 0.319, 0.553, 0.786, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.553 std_dev=0.233
P A 0, 0.234, 0.489, 0.743, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.489 std_dev=0.255
O5' B 0, 0.367, 0.625, 0.883, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.625 std_dev=0.258
N6 B 0, 0.519, 0.814, 1.109, 1.769 max_d=1.769 avg_d=0.814 std_dev=0.295
O3' A 0, 0.883, 1.180, 1.477, 2.059 max_d=2.059 avg_d=1.180 std_dev=0.297
OP2 B 0, 0.284, 0.586, 0.888, 1.939 max_d=1.939 avg_d=0.586 std_dev=0.302
OP2 A 0, 0.174, 0.478, 0.782, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.478 std_dev=0.304
OP1 A 0, 0.216, 0.528, 0.840, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.528 std_dev=0.312
OP1 B 0, 0.253, 0.571, 0.889, 2.338 max_d=2.338 avg_d=0.571 std_dev=0.318
C5' A 0, 0.236, 0.585, 0.934, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.585 std_dev=0.349
C5' B 0, 0.222, 0.580, 0.938, 1.859 max_d=1.859 avg_d=0.580 std_dev=0.358
O5' A 0, 0.510, 0.886, 1.262, 1.853 max_d=1.853 avg_d=0.886 std_dev=0.376

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.09 0.02 0.00 0.22 0.22 0.33 0.12
C2 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.13 0.01 0.05 0.28 0.19 0.32 0.12
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.09 0.04 0.02 0.04 0.06 0.00 0.04 0.05 0.01 0.20 0.21 0.34 0.12
C3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.02 0.06 0.02 0.03 0.09 0.02 0.01 0.05 0.02 0.09 0.22 0.28 0.10
C4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.09 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.09 0.00 0.02 0.33 0.16 0.29 0.13
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.06 0.06 0.01 0.02 0.09 0.00 0.02 0.21 0.28 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.11 0.00 0.31 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.07 0.01 0.03 0.33 0.15 0.28 0.13
C5' 0.09 0.19 0.09 0.02 0.28 0.01 0.31 0.00 0.28 0.20 0.24 0.14 0.08 0.04 0.30 0.02 0.01 0.25 0.27 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.10 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.04 0.31 0.15 0.31 0.11
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.01 0.28 0.18 0.33 0.11
N3 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.06 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.02 0.11 0.12 0.01 0.04 0.30 0.17 0.31 0.12
O2 0.05 0.00 0.06 0.09 0.02 0.06 0.02 0.14 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.19 0.03 0.08 0.24 0.20 0.33 0.13
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.10 0.01 0.07 0.08 0.06 0.06 0.11 0.13 0.00 0.07 0.10 0.01 0.18 0.21 0.34 0.13
O3' 0.09 0.13 0.04 0.01 0.09 0.02 0.07 0.04 0.07 0.09 0.12 0.19 0.07 0.00 0.09 0.11 0.08 0.29 0.26 0.13
O4 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.09 0.01 0.30 0.02 0.02 0.01 0.03 0.10 0.09 0.00 0.02 0.33 0.16 0.28 0.15
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.08 0.01 0.11 0.02 0.00 0.21 0.26 0.29 0.16
O5' 0.22 0.28 0.20 0.09 0.33 0.02 0.33 0.01 0.31 0.28 0.30 0.24 0.18 0.08 0.33 0.21 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.19 0.21 0.22 0.16 0.21 0.15 0.25 0.15 0.18 0.17 0.20 0.21 0.29 0.16 0.26 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.33 0.32 0.34 0.28 0.29 0.28 0.28 0.27 0.31 0.33 0.31 0.33 0.34 0.26 0.28 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.12 0.12 0.10 0.13 0.05 0.13 0.01 0.11 0.11 0.12 0.13 0.13 0.13 0.15 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.15 0.15 0.11 0.12 0.22 0.12 0.35 0.14 0.11 0.15 0.14 0.14 0.11 0.10 0.20 0.12 0.13 0.20 0.25 0.19 0.14
C2 0.11 0.20 0.14 0.13 0.14 0.23 0.15 0.43 0.17 0.12 0.20 0.17 0.18 0.13 0.12 0.22 0.13 0.12 0.23 0.27 0.21 0.17
C2' 0.11 0.14 0.15 0.12 0.12 0.22 0.12 0.31 0.13 0.10 0.14 0.14 0.13 0.11 0.11 0.18 0.12 0.14 0.20 0.26 0.20 0.15
C3' 0.09 0.15 0.15 0.10 0.10 0.18 0.10 0.25 0.11 0.09 0.13 0.14 0.12 0.10 0.09 0.16 0.10 0.11 0.15 0.24 0.19 0.12
C4 0.12 0.18 0.15 0.16 0.13 0.21 0.13 0.43 0.15 0.13 0.17 0.16 0.15 0.13 0.12 0.22 0.18 0.11 0.26 0.24 0.23 0.17
C4' 0.08 0.14 0.14 0.10 0.10 0.18 0.10 0.27 0.11 0.09 0.13 0.13 0.11 0.09 0.09 0.16 0.11 0.11 0.13 0.23 0.16 0.10
C5 0.11 0.15 0.15 0.14 0.12 0.19 0.12 0.34 0.12 0.13 0.14 0.14 0.12 0.12 0.12 0.21 0.15 0.10 0.23 0.22 0.22 0.15
C5' 0.19 0.18 0.21 0.21 0.16 0.28 0.13 0.35 0.13 0.14 0.15 0.19 0.12 0.12 0.16 0.21 0.24 0.22 0.22 0.35 0.20 0.23
C6 0.11 0.15 0.15 0.12 0.12 0.20 0.12 0.33 0.13 0.12 0.14 0.14 0.12 0.12 0.11 0.21 0.13 0.11 0.21 0.22 0.21 0.14
N1 0.10 0.17 0.14 0.11 0.12 0.22 0.13 0.37 0.15 0.11 0.17 0.15 0.15 0.12 0.11 0.21 0.12 0.11 0.21 0.24 0.20 0.14
N3 0.12 0.20 0.15 0.15 0.14 0.23 0.15 0.46 0.17 0.13 0.20 0.18 0.17 0.13 0.12 0.22 0.16 0.12 0.25 0.28 0.22 0.18
O2 0.11 0.22 0.15 0.13 0.16 0.23 0.17 0.44 0.20 0.13 0.23 0.18 0.21 0.15 0.13 0.22 0.13 0.12 0.23 0.28 0.21 0.18
O2' 0.15 0.18 0.16 0.15 0.15 0.26 0.15 0.35 0.16 0.14 0.17 0.18 0.17 0.14 0.14 0.19 0.14 0.19 0.26 0.30 0.24 0.21
O3' 0.11 0.18 0.15 0.10 0.12 0.22 0.11 0.32 0.13 0.10 0.15 0.17 0.14 0.11 0.10 0.16 0.10 0.15 0.20 0.29 0.20 0.17
O4 0.14 0.19 0.17 0.20 0.14 0.22 0.15 0.46 0.16 0.15 0.18 0.17 0.16 0.15 0.14 0.21 0.22 0.13 0.29 0.25 0.25 0.19
O4' 0.13 0.14 0.19 0.14 0.12 0.18 0.13 0.29 0.13 0.14 0.14 0.13 0.14 0.14 0.13 0.22 0.15 0.11 0.20 0.22 0.22 0.14
O5' 0.34 0.26 0.42 0.42 0.30 0.30 0.29 0.27 0.27 0.33 0.26 0.29 0.26 0.31 0.33 0.41 0.40 0.33 0.37 0.29 0.49 0.38
OP1 0.21 0.20 0.20 0.21 0.20 0.21 0.21 0.20 0.20 0.23 0.20 0.20 0.21 0.22 0.21 0.19 0.22 0.21 0.22 0.29 0.24 0.21
OP2 0.15 0.19 0.14 0.18 0.13 0.19 0.10 0.17 0.11 0.12 0.15 0.19 0.10 0.12 0.10 0.17 0.20 0.15 0.19 0.31 0.17 0.17
P 0.10 0.10 0.16 0.20 0.09 0.13 0.10 0.13 0.10 0.13 0.10 0.10 0.11 0.13 0.10 0.10 0.21 0.11 0.12 0.21 0.21 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.11 0.13 0.17 0.05
C2 0.03 0.00 0.06 0.04 0.01 0.11 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.10 0.16 0.15 0.20 0.10
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.15 0.21 0.11 0.08
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.09 0.03 0.04 0.06 0.08 0.04 0.02 0.01 0.03 0.20 0.29 0.08 0.15
C4 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.05 0.17 0.13 0.18 0.07
C4' 0.02 0.11 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.08 0.08 0.11 0.03 0.07 0.02 0.08 0.03 0.00 0.01 0.14 0.22 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.20 0.13 0.18 0.08
C5' 0.01 0.15 0.02 0.02 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.19 0.10 0.14 0.09 0.17 0.08 0.08 0.06 0.02 0.01 0.23 0.30 0.02
C6 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.05 0.20 0.13 0.19 0.09
C8 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.08 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.08 0.06 0.20 0.14 0.18 0.08
N1 0.03 0.00 0.06 0.03 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.08 0.19 0.15 0.20 0.10
N3 0.03 0.00 0.06 0.04 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.10 0.15 0.14 0.19 0.09
N6 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.04 0.22 0.14 0.19 0.10
N7 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.07 0.04 0.22 0.13 0.18 0.09
N9 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.17 0.13 0.17 0.06
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.04 0.08 0.05 0.08 0.05 0.07 0.07 0.08 0.05 0.07 0.04 0.00 0.04 0.04 0.08 0.21 0.11 0.05
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.06 0.03 0.08 0.04 0.06 0.05 0.07 0.03 0.04 0.00 0.02 0.14 0.30 0.11 0.14
O4' 0.00 0.10 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.08 0.10 0.04 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.13 0.13 0.21 0.06
O5' 0.11 0.16 0.15 0.20 0.17 0.01 0.20 0.01 0.20 0.20 0.19 0.15 0.22 0.22 0.17 0.08 0.14 0.13 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.13 0.15 0.21 0.29 0.13 0.14 0.13 0.23 0.13 0.14 0.15 0.14 0.14 0.13 0.13 0.21 0.30 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.20 0.11 0.08 0.18 0.22 0.18 0.30 0.19 0.18 0.20 0.19 0.19 0.18 0.17 0.11 0.11 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.10 0.08 0.15 0.07 0.04 0.08 0.02 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.06 0.05 0.14 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00