ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49150

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 13, 13, 4, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.011 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.008, 0.026, 0.044, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.026 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.015, 0.044, 0.073, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.044 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.009, 0.042, 0.075, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.042 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.024, 0.063, 0.103, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.063 std_dev=0.040
C3' A 0, 0.037, 0.089, 0.141, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.089 std_dev=0.052
C4' A 0, 0.026, 0.084, 0.142, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.084 std_dev=0.058
O2' A 0, 0.020, 0.102, 0.184, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.102 std_dev=0.082
O3' A 0, 0.048, 0.139, 0.230, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.139 std_dev=0.091
C5' A 0, 0.043, 0.150, 0.256, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.150 std_dev=0.107
C1' B 0, 0.165, 0.291, 0.417, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.291 std_dev=0.126
N3 B 0, 0.126, 0.260, 0.393, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.260 std_dev=0.133
C2' B 0, 0.178, 0.313, 0.448, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.313 std_dev=0.135
O3' B 0, 0.095, 0.237, 0.380, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.237 std_dev=0.142
C4 B 0, 0.146, 0.288, 0.431, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.288 std_dev=0.143
N9 B 0, 0.169, 0.313, 0.456, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.313 std_dev=0.144
C3' B 0, 0.131, 0.276, 0.421, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.276 std_dev=0.145
O2' B 0, 0.189, 0.335, 0.481, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.335 std_dev=0.146
C2 B 0, 0.096, 0.247, 0.398, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.247 std_dev=0.151
P A 0, 0.088, 0.241, 0.393, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.241 std_dev=0.153
C4' B 0, 0.115, 0.273, 0.431, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.273 std_dev=0.158
N1 B 0, 0.087, 0.256, 0.425, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.256 std_dev=0.169
C5 B 0, 0.136, 0.307, 0.479, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.307 std_dev=0.171
C6 B 0, 0.106, 0.286, 0.466, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.286 std_dev=0.180
C8 B 0, 0.174, 0.357, 0.541, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.357 std_dev=0.183
O4' B 0, 0.110, 0.294, 0.477, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.294 std_dev=0.183
N7 B 0, 0.156, 0.354, 0.552, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.354 std_dev=0.198
OP2 A 0, 0.138, 0.341, 0.543, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.341 std_dev=0.202
N6 B 0, 0.095, 0.305, 0.514, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.305 std_dev=0.209
O5' A 0, 0.027, 0.250, 0.474, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.250 std_dev=0.224
OP1 A 0, 0.094, 0.338, 0.581, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.338 std_dev=0.243
OP2 B 0, 0.166, 0.425, 0.684, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.425 std_dev=0.259
P B 0, 0.148, 0.420, 0.693, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.420 std_dev=0.272
C5' B 0, 0.111, 0.389, 0.668, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.389 std_dev=0.279
O5' B 0, 0.133, 0.418, 0.704, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.418 std_dev=0.286
OP1 B 0, 0.192, 0.490, 0.789, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.490 std_dev=0.298

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.14 0.16 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.01 0.09 0.11 0.17 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.10 0.22 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.08 0.23 0.06
C4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.01 0.16 0.11 0.14 0.08
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.12 0.17 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.20 0.13 0.12 0.09
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.03 0.04 0.02 0.07 0.01 0.00 0.11 0.13 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.19 0.14 0.13 0.07
N1 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.11 0.13 0.15 0.04
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01 0.01 0.12 0.10 0.16 0.07
O2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.02 0.07 0.11 0.18 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.05 0.07 0.00 0.03 0.05 0.04 0.04 0.11 0.23 0.05
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.05 0.06 0.03 0.00 0.06 0.01 0.12 0.08 0.26 0.08
O4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.02 0.16 0.11 0.13 0.09
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.08 0.18 0.13 0.06
O5' 0.06 0.09 0.03 0.07 0.16 0.01 0.20 0.00 0.19 0.11 0.12 0.07 0.04 0.12 0.16 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.14 0.11 0.10 0.08 0.11 0.12 0.13 0.11 0.14 0.13 0.10 0.11 0.11 0.08 0.11 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.17 0.22 0.23 0.14 0.17 0.12 0.13 0.13 0.15 0.16 0.18 0.23 0.26 0.13 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.05 0.05 0.06 0.08 0.03 0.09 0.01 0.07 0.04 0.07 0.05 0.05 0.08 0.09 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.08 0.11 0.09 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.16 0.11 0.14 0.07 0.24 0.09 0.09
C2 0.09 0.08 0.09 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.10 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.15 0.08 0.17 0.07 0.22 0.09 0.09
C2' 0.08 0.09 0.10 0.07 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.16 0.08 0.13 0.06 0.22 0.09 0.07
C3' 0.06 0.08 0.08 0.06 0.05 0.05 0.05 0.09 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.13 0.07 0.12 0.08 0.22 0.09 0.07
C4 0.08 0.08 0.08 0.06 0.07 0.09 0.07 0.14 0.06 0.10 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.14 0.08 0.17 0.10 0.20 0.11 0.11
C4' 0.06 0.07 0.08 0.06 0.05 0.05 0.05 0.10 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.11 0.08 0.11 0.07 0.25 0.10 0.09
C5 0.09 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.07 0.10 0.07 0.10 0.08 0.09 0.07 0.09 0.09 0.15 0.10 0.15 0.10 0.21 0.10 0.10
C5' 0.05 0.06 0.04 0.03 0.04 0.06 0.04 0.13 0.04 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.08 0.05 0.10 0.07 0.26 0.10 0.09
C6 0.10 0.09 0.11 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.10 0.08 0.09 0.07 0.09 0.09 0.15 0.11 0.14 0.08 0.23 0.09 0.10
N1 0.09 0.08 0.10 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.15 0.09 0.15 0.07 0.23 0.09 0.09
N3 0.09 0.08 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.12 0.07 0.10 0.07 0.07 0.08 0.10 0.09 0.15 0.07 0.17 0.08 0.20 0.11 0.10
O2 0.09 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.15 0.08 0.17 0.06 0.22 0.10 0.09
O2' 0.08 0.10 0.10 0.07 0.07 0.05 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.07 0.15 0.08 0.13 0.06 0.23 0.09 0.08
O3' 0.06 0.08 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.10 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.05 0.05 0.10 0.06 0.12 0.10 0.22 0.10 0.07
O4 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.11 0.08 0.18 0.07 0.11 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.14 0.08 0.16 0.12 0.19 0.13 0.12
O4' 0.10 0.09 0.12 0.10 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.10 0.08 0.09 0.07 0.09 0.09 0.16 0.13 0.13 0.09 0.25 0.10 0.11
O5' 0.08 0.07 0.02 0.05 0.07 0.16 0.07 0.20 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.01 0.16 0.14 0.23 0.13 0.11
OP1 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.17 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.02 0.09 0.13 0.24 0.13 0.12
OP2 0.08 0.13 0.13 0.09 0.09 0.05 0.10 0.10 0.11 0.13 0.12 0.12 0.11 0.13 0.09 0.14 0.02 0.09 0.16 0.38 0.21 0.22
P 0.04 0.07 0.02 0.01 0.04 0.05 0.03 0.09 0.03 0.05 0.05 0.06 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.08 0.08 0.27 0.10 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.09 0.13 0.13 0.08
C2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.07 0.06 0.07 0.11 0.11 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.18 0.13 0.10
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.22 0.10 0.09
C4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.03 0.06 0.10 0.11 0.07
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.08 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.14 0.07 0.04
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.06 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.02 0.05 0.10 0.09 0.07
C5' 0.08 0.16 0.07 0.02 0.17 0.01 0.21 0.00 0.21 0.22 0.18 0.14 0.22 0.23 0.16 0.06 0.03 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.03 0.05 0.10 0.09 0.07
C8 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.08 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.04 0.06 0.10 0.11 0.07
N1 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.06 0.05 0.05 0.10 0.10 0.07
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.06 0.06 0.07 0.11 0.11 0.08
N6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.06 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.06 0.11 0.08 0.07
N7 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.07 0.00 0.23 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.06 0.10 0.09 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.10 0.11 0.07
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06 0.06 0.08 0.04 0.10 0.11 0.07 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.12 0.23 0.15 0.12
O3' 0.04 0.07 0.02 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.06 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.00 0.08 0.06 0.24 0.10 0.09
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.19 0.11
O5' 0.09 0.07 0.11 0.07 0.06 0.01 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.12 0.06 0.08 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.13 0.11 0.18 0.22 0.10 0.14 0.10 0.05 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.23 0.24 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.11 0.13 0.10 0.11 0.07 0.09 0.05 0.09 0.11 0.10 0.11 0.08 0.09 0.11 0.15 0.10 0.19 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.08 0.10 0.09 0.07 0.04 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.12 0.09 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00