ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49152

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 1, 2, 1, 3, 3, 4, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.013, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.024 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.030 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.012, 0.027, 0.041, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.012, 0.046, 0.079, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.046 std_dev=0.033
O4 A 0, 0.052, 0.098, 0.144, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.098 std_dev=0.046
C2' A 0, 0.051, 0.161, 0.271, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.161 std_dev=0.110
O4' A 0, 0.038, 0.160, 0.283, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.160 std_dev=0.123
C3' A 0, 0.147, 0.321, 0.496, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.321 std_dev=0.174
O2' A 0, 0.140, 0.325, 0.509, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.325 std_dev=0.184
C4' A 0, 0.106, 0.306, 0.507, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.306 std_dev=0.200
O3' B 0, 0.344, 0.576, 0.809, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.576 std_dev=0.233
C1' B 0, 0.366, 0.613, 0.860, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.613 std_dev=0.247
C4 B 0, 0.474, 0.749, 1.025, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.749 std_dev=0.276
N9 B 0, 0.462, 0.740, 1.018, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.740 std_dev=0.278
C2' B 0, 0.368, 0.653, 0.938, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.653 std_dev=0.285
O3' A 0, 0.202, 0.490, 0.778, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.490 std_dev=0.288
C3' B 0, 0.376, 0.667, 0.957, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.667 std_dev=0.290
O4' B 0, 0.357, 0.657, 0.958, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.657 std_dev=0.301
N3 B 0, 0.417, 0.719, 1.022, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.719 std_dev=0.302
O2' B 0, 0.336, 0.645, 0.954, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.645 std_dev=0.309
C5' A 0, 0.236, 0.553, 0.870, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.553 std_dev=0.317
C4' B 0, 0.344, 0.662, 0.980, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.662 std_dev=0.318
P A 0, 0.343, 0.682, 1.021, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.682 std_dev=0.339
C5 B 0, 0.587, 0.930, 1.274, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.930 std_dev=0.343
O5' A 0, 0.167, 0.513, 0.860, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.513 std_dev=0.346
C8 B 0, 0.585, 0.954, 1.324, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.954 std_dev=0.369
C2 B 0, 0.476, 0.857, 1.238, 1.874 max_d=1.874 avg_d=0.857 std_dev=0.381
C6 B 0, 0.642, 1.029, 1.416, 1.566 max_d=1.566 avg_d=1.029 std_dev=0.387
N1 B 0, 0.593, 0.987, 1.380, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.987 std_dev=0.394
N7 B 0, 0.652, 1.057, 1.461, 1.556 max_d=1.556 avg_d=1.057 std_dev=0.405
C5' B 0, 0.368, 0.829, 1.289, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.829 std_dev=0.461
N6 B 0, 0.724, 1.229, 1.733, 2.063 max_d=2.063 avg_d=1.229 std_dev=0.505
OP2 A 0, 0.388, 0.914, 1.441, 2.601 max_d=2.601 avg_d=0.914 std_dev=0.526
OP1 A 0, 0.450, 1.033, 1.616, 2.794 max_d=2.794 avg_d=1.033 std_dev=0.583
O5' B 0, 0.357, 1.378, 2.399, 3.875 max_d=3.875 avg_d=1.378 std_dev=1.021
P B 0, 0.555, 2.109, 3.663, 5.623 max_d=5.623 avg_d=2.109 std_dev=1.554
OP1 B 0, 0.653, 2.358, 4.062, 6.464 max_d=6.464 avg_d=2.358 std_dev=1.705
OP2 B 0, 0.696, 2.511, 4.327, 5.839 max_d=5.839 avg_d=2.511 std_dev=1.816

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.24 0.35 0.12
C2 0.03 0.00 0.09 0.12 0.02 0.07 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.01 0.11 0.12 0.03 0.03 0.16 0.34 0.34 0.09
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.05 0.03 0.09 0.14 0.00 0.02 0.08 0.01 0.10 0.16 0.45 0.15
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.15 0.00 0.18 0.02 0.16 0.09 0.14 0.14 0.02 0.01 0.16 0.01 0.16 0.14 0.42 0.14
C4 0.03 0.02 0.06 0.15 0.00 0.11 0.01 0.20 0.02 0.02 0.01 0.03 0.07 0.18 0.01 0.04 0.24 0.43 0.21 0.15
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.12 0.07 0.09 0.07 0.06 0.03 0.11 0.01 0.02 0.15 0.25 0.07
C5 0.02 0.02 0.06 0.18 0.01 0.13 0.00 0.23 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.21 0.02 0.04 0.25 0.45 0.14 0.18
C5' 0.03 0.12 0.03 0.02 0.20 0.01 0.23 0.00 0.21 0.12 0.16 0.10 0.06 0.04 0.21 0.02 0.01 0.14 0.12 0.02
C6 0.02 0.02 0.05 0.16 0.02 0.12 0.00 0.21 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.18 0.03 0.05 0.21 0.39 0.18 0.12
N1 0.01 0.02 0.03 0.09 0.02 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.09 0.03 0.02 0.13 0.32 0.30 0.08
N3 0.03 0.01 0.09 0.14 0.01 0.09 0.02 0.16 0.02 0.02 0.00 0.02 0.11 0.15 0.02 0.03 0.20 0.38 0.30 0.11
O2 0.05 0.01 0.14 0.14 0.03 0.07 0.03 0.10 0.03 0.03 0.02 0.00 0.17 0.16 0.04 0.05 0.14 0.31 0.40 0.10
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.07 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.11 0.17 0.00 0.04 0.08 0.08 0.11 0.19 0.39 0.12
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.18 0.03 0.21 0.04 0.18 0.09 0.15 0.16 0.04 0.00 0.20 0.03 0.20 0.14 0.39 0.16
O4 0.03 0.03 0.08 0.16 0.01 0.11 0.02 0.21 0.03 0.03 0.02 0.04 0.08 0.20 0.00 0.04 0.26 0.45 0.20 0.19
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.03 0.05 0.08 0.03 0.04 0.00 0.13 0.24 0.29 0.14
O5' 0.05 0.16 0.10 0.16 0.24 0.02 0.25 0.01 0.21 0.13 0.20 0.14 0.11 0.20 0.26 0.13 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.24 0.34 0.16 0.14 0.43 0.15 0.45 0.14 0.39 0.32 0.38 0.31 0.19 0.14 0.45 0.24 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.34 0.45 0.42 0.21 0.25 0.14 0.12 0.18 0.30 0.30 0.40 0.39 0.39 0.20 0.29 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.09 0.15 0.14 0.15 0.07 0.18 0.02 0.12 0.08 0.11 0.10 0.12 0.16 0.19 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.25 0.22 0.22 0.21 0.21 0.20 0.21 0.20 0.21 0.23 0.23 0.20 0.20 0.21 0.25 0.23 0.25 0.29 0.61 0.41 0.49
C2 0.18 0.27 0.18 0.16 0.20 0.18 0.19 0.20 0.21 0.18 0.25 0.24 0.21 0.18 0.18 0.24 0.17 0.24 0.39 0.63 0.53 0.60
C2' 0.18 0.23 0.19 0.18 0.17 0.19 0.17 0.19 0.19 0.19 0.22 0.19 0.18 0.17 0.17 0.22 0.19 0.23 0.26 0.48 0.31 0.35
C3' 0.12 0.24 0.12 0.14 0.12 0.18 0.11 0.20 0.16 0.12 0.22 0.19 0.16 0.10 0.10 0.16 0.14 0.20 0.27 0.41 0.30 0.25
C4 0.15 0.30 0.15 0.14 0.19 0.20 0.18 0.25 0.21 0.18 0.26 0.27 0.20 0.17 0.17 0.19 0.14 0.25 0.45 0.59 0.58 0.61
C4' 0.11 0.23 0.11 0.12 0.13 0.14 0.12 0.18 0.16 0.13 0.21 0.19 0.15 0.11 0.11 0.15 0.12 0.16 0.24 0.49 0.29 0.32
C5 0.18 0.25 0.16 0.15 0.20 0.19 0.18 0.21 0.20 0.18 0.23 0.24 0.19 0.18 0.18 0.18 0.13 0.24 0.38 0.55 0.49 0.53
C5' 0.06 0.25 0.06 0.04 0.13 0.12 0.10 0.19 0.15 0.06 0.21 0.21 0.13 0.06 0.06 0.14 0.05 0.12 0.26 0.44 0.28 0.25
C6 0.20 0.24 0.19 0.17 0.20 0.19 0.19 0.19 0.20 0.20 0.23 0.23 0.19 0.19 0.20 0.21 0.16 0.24 0.32 0.57 0.43 0.50
N1 0.20 0.26 0.20 0.18 0.20 0.19 0.19 0.19 0.20 0.20 0.24 0.24 0.20 0.19 0.20 0.24 0.19 0.24 0.33 0.61 0.46 0.54
N3 0.17 0.30 0.16 0.15 0.20 0.19 0.19 0.23 0.22 0.18 0.27 0.26 0.22 0.18 0.17 0.22 0.15 0.25 0.44 0.63 0.59 0.64
O2 0.19 0.28 0.19 0.17 0.20 0.18 0.19 0.19 0.22 0.19 0.26 0.24 0.22 0.18 0.19 0.26 0.19 0.24 0.39 0.65 0.55 0.62
O2' 0.17 0.24 0.17 0.16 0.18 0.17 0.18 0.18 0.20 0.19 0.23 0.20 0.19 0.17 0.17 0.21 0.16 0.22 0.27 0.51 0.35 0.40
O3' 0.16 0.29 0.17 0.17 0.18 0.21 0.16 0.23 0.21 0.14 0.27 0.25 0.21 0.14 0.15 0.19 0.17 0.23 0.31 0.37 0.33 0.21
O4 0.15 0.35 0.14 0.16 0.19 0.24 0.18 0.31 0.22 0.19 0.29 0.31 0.21 0.18 0.15 0.19 0.15 0.27 0.50 0.58 0.64 0.64
O4' 0.25 0.26 0.26 0.27 0.23 0.24 0.22 0.24 0.22 0.24 0.24 0.25 0.21 0.23 0.24 0.28 0.28 0.25 0.25 0.64 0.37 0.47
O5' 0.07 0.29 0.04 0.07 0.15 0.15 0.12 0.21 0.18 0.07 0.25 0.26 0.16 0.07 0.08 0.14 0.03 0.15 0.26 0.42 0.26 0.20
OP1 0.11 0.20 0.13 0.08 0.13 0.27 0.10 0.31 0.12 0.11 0.16 0.20 0.10 0.11 0.10 0.23 0.03 0.25 0.36 0.49 0.35 0.27
OP2 0.14 0.29 0.14 0.13 0.22 0.17 0.22 0.28 0.25 0.18 0.28 0.26 0.26 0.20 0.17 0.24 0.02 0.09 0.34 0.62 0.54 0.40
P 0.06 0.18 0.06 0.02 0.10 0.14 0.08 0.18 0.10 0.08 0.15 0.17 0.09 0.07 0.05 0.13 0.01 0.11 0.27 0.47 0.35 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.03 0.04 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.27 0.44 0.56 0.32
C2 0.06 0.00 0.13 0.10 0.02 0.06 0.03 0.14 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.23 0.17 0.07 0.25 0.38 0.58 0.24
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.06 0.02 0.05 0.08 0.06 0.09 0.10 0.13 0.07 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.55 0.91 0.91 0.75
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.08 0.07 0.10 0.05 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.41 0.67 0.60 0.51
C4 0.02 0.02 0.06 0.03 0.00 0.04 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.12 0.10 0.05 0.29 0.46 0.66 0.34
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.09 0.06 0.06 0.08 0.10 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.21 0.27 0.06
C5 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.07 0.00 0.20 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.11 0.08 0.05 0.34 0.55 0.76 0.44
C5' 0.07 0.14 0.08 0.02 0.15 0.01 0.20 0.00 0.21 0.22 0.18 0.12 0.23 0.24 0.15 0.07 0.03 0.02 0.01 0.24 0.28 0.02
C6 0.03 0.02 0.06 0.04 0.01 0.07 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.14 0.10 0.06 0.32 0.53 0.72 0.39
C8 0.03 0.03 0.09 0.08 0.01 0.09 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.15 0.08 0.05 0.44 0.65 0.89 0.61
N1 0.04 0.01 0.10 0.07 0.02 0.06 0.02 0.18 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.19 0.14 0.07 0.29 0.45 0.64 0.31
N3 0.06 0.01 0.13 0.10 0.01 0.06 0.02 0.12 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.22 0.16 0.07 0.24 0.37 0.56 0.23
N6 0.03 0.03 0.07 0.05 0.02 0.08 0.02 0.23 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.14 0.09 0.06 0.35 0.58 0.77 0.45
N7 0.02 0.03 0.08 0.07 0.02 0.10 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.14 0.07 0.05 0.41 0.66 0.89 0.59
N9 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.05 0.06 0.02 0.33 0.51 0.70 0.41
O2' 0.02 0.23 0.01 0.01 0.12 0.02 0.11 0.07 0.14 0.15 0.19 0.22 0.14 0.14 0.05 0.00 0.05 0.02 0.57 1.10 1.06 0.85
O3' 0.07 0.17 0.02 0.01 0.10 0.02 0.08 0.03 0.10 0.08 0.14 0.16 0.09 0.07 0.06 0.05 0.00 0.08 0.26 0.52 0.45 0.31
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.07 0.07 0.06 0.05 0.02 0.02 0.08 0.00 0.22 0.17 0.33 0.17
O5' 0.27 0.25 0.55 0.41 0.29 0.02 0.34 0.01 0.32 0.44 0.29 0.24 0.35 0.41 0.33 0.57 0.26 0.22 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.44 0.38 0.91 0.67 0.46 0.21 0.55 0.24 0.53 0.65 0.45 0.37 0.58 0.66 0.51 1.10 0.52 0.17 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.56 0.58 0.91 0.60 0.66 0.27 0.76 0.28 0.72 0.89 0.64 0.56 0.77 0.89 0.70 1.06 0.45 0.33 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.32 0.24 0.75 0.51 0.34 0.06 0.44 0.02 0.39 0.61 0.31 0.23 0.45 0.59 0.41 0.85 0.31 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00