ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49154

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.014, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.010, 0.017, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.022 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.011, 0.024, 0.038, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.013, 0.027, 0.042, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.014
O4 A 0, 0.016, 0.033, 0.049, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.033 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.033, 0.055, 0.077, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.055 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.082, 0.203, 0.324, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.203 std_dev=0.121
O3' A 0, 0.168, 0.299, 0.431, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.299 std_dev=0.131
C4' A 0, 0.162, 0.327, 0.491, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.327 std_dev=0.164
C3' A 0, 0.101, 0.292, 0.483, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.292 std_dev=0.191
C2' A 0, 0.243, 0.446, 0.650, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.446 std_dev=0.204
C3' B 0, 0.203, 0.476, 0.748, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.476 std_dev=0.272
O3' B 0, 0.290, 0.585, 0.881, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.585 std_dev=0.296
C2' B 0, 0.334, 0.648, 0.962, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.648 std_dev=0.314
C1' B 0, 0.590, 0.957, 1.323, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.957 std_dev=0.367
O2' A 0, 0.495, 0.863, 1.231, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.863 std_dev=0.368
C5' A 0, 0.558, 0.938, 1.318, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.938 std_dev=0.380
O5' A 0, 0.592, 1.005, 1.418, 1.466 max_d=1.466 avg_d=1.005 std_dev=0.413
C4' B 0, 0.443, 0.872, 1.302, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.872 std_dev=0.430
O4' B 0, 0.619, 1.054, 1.490, 1.435 max_d=1.435 avg_d=1.054 std_dev=0.435
N9 B 0, 0.732, 1.205, 1.677, 1.768 max_d=1.768 avg_d=1.205 std_dev=0.473
O2' B 0, 0.422, 0.928, 1.434, 1.772 max_d=1.772 avg_d=0.928 std_dev=0.506
C8 B 0, 0.716, 1.253, 1.790, 1.986 max_d=1.986 avg_d=1.253 std_dev=0.537
P A 0, 0.652, 1.190, 1.729, 1.995 max_d=1.995 avg_d=1.190 std_dev=0.539
C4 B 0, 0.957, 1.550, 2.143, 2.091 max_d=2.091 avg_d=1.550 std_dev=0.593
N3 B 0, 1.077, 1.712, 2.347, 2.245 max_d=2.245 avg_d=1.712 std_dev=0.635
N7 B 0, 0.920, 1.582, 2.245, 2.377 max_d=2.377 avg_d=1.582 std_dev=0.663
C5' B 0, 0.756, 1.445, 2.134, 2.221 max_d=2.221 avg_d=1.445 std_dev=0.689
C5 B 0, 1.061, 1.751, 2.442, 2.469 max_d=2.469 avg_d=1.751 std_dev=0.690
C2 B 0, 1.297, 2.068, 2.839, 2.779 max_d=2.779 avg_d=2.068 std_dev=0.771
C6 B 0, 1.298, 2.116, 2.934, 2.983 max_d=2.983 avg_d=2.116 std_dev=0.818
N1 B 0, 1.412, 2.266, 3.121, 3.122 max_d=3.122 avg_d=2.266 std_dev=0.855
N6 B 0, 1.435, 2.352, 3.269, 3.370 max_d=3.370 avg_d=2.352 std_dev=0.917
O5' B 0, 1.386, 2.309, 3.231, 3.395 max_d=3.395 avg_d=2.309 std_dev=0.922
OP2 A 0, 0.590, 1.522, 2.454, 2.976 max_d=2.976 avg_d=1.522 std_dev=0.932
OP1 A 0, 0.825, 1.766, 2.706, 3.114 max_d=3.114 avg_d=1.766 std_dev=0.940
P B 0, 1.927, 3.544, 5.160, 4.848 max_d=4.848 avg_d=3.544 std_dev=1.617
OP2 B 0, 3.167, 5.239, 7.312, 6.542 max_d=6.542 avg_d=5.239 std_dev=2.073
OP1 B 0, 2.780, 5.058, 7.337, 6.775 max_d=6.775 avg_d=5.058 std_dev=2.278

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.00 0.07 0.12 0.22 0.09
C2 0.03 0.00 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.05 0.02 0.06 0.11 0.23 0.42 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.05 0.07 0.02 0.04 0.08 0.00 0.02 0.05 0.01 0.15 0.21 0.24 0.16
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.02 0.07 0.03 0.04 0.05 0.02 0.01 0.06 0.01 0.10 0.34 0.20 0.13
C4 0.04 0.01 0.05 0.05 0.00 0.08 0.01 0.17 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.05 0.17 0.48 0.70 0.19
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.03 0.02 0.02 0.08 0.00 0.03 0.35 0.24 0.05
C5 0.03 0.01 0.07 0.07 0.01 0.08 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.01 0.04 0.18 0.50 0.73 0.20
C5' 0.03 0.10 0.05 0.02 0.17 0.00 0.18 0.00 0.15 0.10 0.13 0.07 0.04 0.05 0.18 0.01 0.01 0.40 0.32 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.07 0.02 0.07 0.00 0.15 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.06 0.02 0.04 0.15 0.38 0.59 0.15
N1 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.10 0.22 0.41 0.10
N3 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01 0.06 0.01 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01 0.08 0.05 0.01 0.06 0.14 0.35 0.57 0.15
O2 0.04 0.00 0.08 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.07 0.02 0.08 0.09 0.15 0.31 0.09
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.07 0.02 0.09 0.04 0.09 0.04 0.08 0.15 0.00 0.04 0.08 0.02 0.16 0.27 0.28 0.19
O3' 0.04 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.06 0.04 0.05 0.07 0.04 0.00 0.05 0.04 0.07 0.45 0.31 0.13
O4 0.04 0.02 0.05 0.06 0.00 0.08 0.01 0.18 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.05 0.00 0.06 0.19 0.54 0.77 0.22
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.06 0.08 0.02 0.04 0.06 0.00 0.11 0.17 0.15 0.10
O5' 0.07 0.11 0.15 0.10 0.17 0.03 0.18 0.01 0.15 0.10 0.14 0.09 0.16 0.07 0.19 0.11 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.12 0.23 0.21 0.34 0.48 0.35 0.50 0.40 0.38 0.22 0.35 0.15 0.27 0.45 0.54 0.17 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.42 0.24 0.20 0.70 0.24 0.73 0.32 0.59 0.41 0.57 0.31 0.28 0.31 0.77 0.15 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.11 0.16 0.13 0.19 0.05 0.20 0.02 0.15 0.10 0.15 0.09 0.19 0.13 0.22 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.21 0.20 0.11 0.12 0.10 0.14 0.14 0.18 0.11 0.21 0.15 0.19 0.13 0.10 0.39 0.14 0.16 0.34 0.20 0.48 0.36
C2 0.08 0.19 0.21 0.10 0.13 0.13 0.13 0.20 0.16 0.09 0.19 0.15 0.16 0.11 0.10 0.45 0.09 0.16 0.60 0.55 0.76 0.66
C2' 0.10 0.20 0.20 0.10 0.14 0.11 0.17 0.13 0.20 0.17 0.21 0.15 0.21 0.18 0.14 0.35 0.11 0.17 0.27 0.16 0.39 0.29
C3' 0.12 0.21 0.19 0.12 0.15 0.11 0.19 0.12 0.22 0.19 0.23 0.16 0.23 0.21 0.15 0.28 0.14 0.17 0.19 0.16 0.32 0.20
C4 0.11 0.18 0.18 0.08 0.14 0.12 0.14 0.23 0.15 0.11 0.17 0.16 0.15 0.12 0.12 0.42 0.11 0.13 0.64 0.58 0.81 0.66
C4' 0.11 0.20 0.18 0.14 0.13 0.11 0.16 0.14 0.18 0.16 0.20 0.15 0.20 0.17 0.13 0.26 0.17 0.16 0.17 0.20 0.32 0.16
C5 0.12 0.18 0.19 0.08 0.14 0.13 0.14 0.20 0.15 0.11 0.17 0.16 0.15 0.12 0.13 0.40 0.09 0.14 0.40 0.22 0.58 0.38
C5' 0.17 0.23 0.16 0.15 0.18 0.15 0.19 0.17 0.21 0.20 0.22 0.21 0.21 0.20 0.18 0.16 0.20 0.20 0.15 0.37 0.32 0.20
C6 0.08 0.18 0.19 0.10 0.12 0.11 0.12 0.16 0.14 0.09 0.17 0.15 0.14 0.10 0.10 0.41 0.12 0.13 0.30 0.13 0.48 0.29
N1 0.06 0.18 0.20 0.10 0.11 0.11 0.12 0.16 0.15 0.08 0.18 0.14 0.15 0.10 0.09 0.42 0.12 0.15 0.42 0.29 0.57 0.44
N3 0.09 0.18 0.20 0.09 0.14 0.13 0.13 0.23 0.16 0.10 0.18 0.16 0.16 0.11 0.11 0.44 0.09 0.14 0.70 0.70 0.87 0.76
O2 0.10 0.22 0.22 0.11 0.15 0.14 0.16 0.21 0.19 0.12 0.22 0.18 0.20 0.14 0.12 0.45 0.09 0.18 0.65 0.65 0.81 0.73
O2' 0.20 0.29 0.24 0.15 0.25 0.19 0.30 0.22 0.32 0.26 0.32 0.24 0.34 0.29 0.23 0.37 0.13 0.25 0.41 0.33 0.51 0.46
O3' 0.12 0.24 0.19 0.12 0.17 0.11 0.23 0.13 0.27 0.20 0.28 0.17 0.30 0.24 0.16 0.29 0.13 0.18 0.25 0.14 0.34 0.26
O4 0.13 0.19 0.18 0.11 0.16 0.13 0.16 0.27 0.17 0.15 0.19 0.18 0.18 0.15 0.15 0.39 0.15 0.14 0.75 0.77 0.94 0.80
O4' 0.10 0.17 0.23 0.18 0.10 0.13 0.12 0.16 0.14 0.14 0.18 0.12 0.15 0.13 0.12 0.37 0.21 0.14 0.22 0.14 0.39 0.21
O5' 0.14 0.20 0.17 0.14 0.15 0.13 0.16 0.13 0.17 0.17 0.19 0.18 0.17 0.17 0.15 0.15 0.17 0.13 0.18 0.48 0.24 0.21
OP1 0.82 0.45 0.87 0.96 0.62 0.90 0.60 0.98 0.49 0.81 0.43 0.53 0.47 0.70 0.76 0.79 0.94 0.87 1.17 1.38 1.18 1.23
OP2 0.99 0.69 1.09 1.04 0.86 1.03 0.83 1.02 0.73 0.99 0.67 0.77 0.69 0.90 0.97 1.01 0.88 1.01 0.98 1.06 1.08 1.01
P 0.12 0.20 0.12 0.14 0.15 0.10 0.16 0.10 0.17 0.18 0.19 0.18 0.17 0.17 0.15 0.15 0.16 0.07 0.27 0.66 0.40 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.04 0.03 0.08 0.11 0.02 0.01 0.00 0.02 0.10 0.01 0.15 0.29 0.13 0.11
C2 0.10 0.00 0.15 0.11 0.02 0.14 0.01 0.24 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.24 0.09 0.16 0.21 0.26 0.30 0.32
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.07 0.01 0.03 0.10 0.05 0.09 0.11 0.15 0.03 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.35 0.60 0.32 0.39
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.02 0.05 0.05 0.08 0.11 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.27 0.60 0.21 0.33
C4 0.05 0.02 0.07 0.06 0.00 0.06 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.07 0.08 0.19 0.21 0.11 0.13
C4' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.07 0.06 0.11 0.13 0.07 0.05 0.02 0.12 0.03 0.01 0.02 0.22 0.26 0.08
C5 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.06 0.05 0.34 0.34 0.26 0.26
C5' 0.05 0.24 0.10 0.02 0.18 0.01 0.21 0.00 0.23 0.18 0.24 0.21 0.25 0.21 0.13 0.07 0.11 0.01 0.01 0.20 0.30 0.01
C6 0.04 0.00 0.05 0.05 0.01 0.07 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.07 0.27 0.25 0.21 0.20
C8 0.03 0.02 0.09 0.05 0.01 0.06 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.20 0.05 0.09 0.56 0.63 0.48 0.51
N1 0.08 0.00 0.11 0.08 0.01 0.11 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.07 0.12 0.17 0.19 0.19 0.22
N3 0.11 0.00 0.15 0.11 0.01 0.13 0.01 0.21 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.23 0.09 0.16 0.19 0.21 0.28 0.28
N6 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.07 0.02 0.25 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.06 0.06 0.36 0.34 0.34 0.28
N7 0.01 0.02 0.06 0.05 0.02 0.05 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.16 0.05 0.06 0.54 0.58 0.51 0.49
N9 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.02 0.30 0.36 0.17 0.23
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.08 0.12 0.05 0.07 0.06 0.20 0.16 0.23 0.05 0.16 0.05 0.00 0.05 0.06 0.21 0.51 0.32 0.30
O3' 0.10 0.09 0.03 0.01 0.07 0.03 0.06 0.11 0.06 0.05 0.07 0.09 0.06 0.05 0.06 0.05 0.00 0.08 0.12 0.50 0.25 0.22
O4' 0.01 0.16 0.01 0.02 0.08 0.01 0.05 0.01 0.07 0.09 0.12 0.16 0.06 0.06 0.02 0.06 0.08 0.00 0.11 0.15 0.27 0.10
O5' 0.15 0.21 0.35 0.27 0.19 0.02 0.34 0.01 0.27 0.56 0.17 0.19 0.36 0.54 0.30 0.21 0.12 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.29 0.26 0.60 0.60 0.21 0.22 0.34 0.20 0.25 0.63 0.19 0.21 0.34 0.58 0.36 0.51 0.50 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.30 0.32 0.21 0.11 0.26 0.26 0.30 0.21 0.48 0.19 0.28 0.34 0.51 0.17 0.32 0.25 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.32 0.39 0.33 0.13 0.08 0.26 0.01 0.20 0.51 0.22 0.28 0.28 0.49 0.23 0.30 0.22 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00