ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49155

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.020 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.024, 0.045, 0.066, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.045 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.021, 0.074, 0.127, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.074 std_dev=0.053
O4' B 0, 0.171, 0.391, 0.610, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.391 std_dev=0.219
C1' B 0, 0.154, 0.380, 0.606, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.380 std_dev=0.226
C4' B 0, 0.177, 0.435, 0.692, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.435 std_dev=0.258
C2' B 0, 0.198, 0.498, 0.798, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.498 std_dev=0.300
C5' B 0, 0.211, 0.544, 0.876, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.544 std_dev=0.332
N9 B 0, 0.177, 0.520, 0.864, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.520 std_dev=0.344
N3 B 0, 0.198, 0.548, 0.898, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.548 std_dev=0.350
O4' A 0, 0.120, 0.522, 0.924, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.522 std_dev=0.402
C4 B 0, 0.172, 0.582, 0.992, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.582 std_dev=0.410
P A 0, 0.381, 0.813, 1.244, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.813 std_dev=0.431
C2 B 0, 0.202, 0.645, 1.089, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.645 std_dev=0.443
O5' A 0, 0.342, 0.797, 1.252, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.797 std_dev=0.455
C3' B 0, 0.135, 0.591, 1.047, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.591 std_dev=0.456
C8 B 0, 0.230, 0.697, 1.165, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.697 std_dev=0.467
OP1 A 0, 0.394, 0.873, 1.352, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.873 std_dev=0.479
C4' A 0, 0.219, 0.726, 1.232, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.726 std_dev=0.507
C3' A 0, 0.203, 0.711, 1.218, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.711 std_dev=0.507
P B 0, 0.351, 0.890, 1.429, 1.856 max_d=1.856 avg_d=0.890 std_dev=0.539
OP2 A 0, 0.423, 0.966, 1.508, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.966 std_dev=0.543
C2' A 0, 0.105, 0.649, 1.193, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.649 std_dev=0.544
C5 B 0, 0.196, 0.763, 1.331, 1.731 max_d=1.731 avg_d=0.763 std_dev=0.568
O2' B 0, 0.306, 0.886, 1.465, 1.627 max_d=1.627 avg_d=0.886 std_dev=0.579
OP2 B 0, 0.496, 1.088, 1.680, 2.012 max_d=2.012 avg_d=1.088 std_dev=0.592
N7 B 0, 0.250, 0.846, 1.442, 1.902 max_d=1.902 avg_d=0.846 std_dev=0.596
N1 B 0, 0.181, 0.780, 1.379, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.780 std_dev=0.599
C6 B 0, 0.201, 0.858, 1.515, 1.969 max_d=1.969 avg_d=0.858 std_dev=0.657
O5' B 0, 0.380, 1.045, 1.710, 2.315 max_d=2.315 avg_d=1.045 std_dev=0.665
C5' A 0, 0.284, 1.012, 1.739, 2.154 max_d=2.154 avg_d=1.012 std_dev=0.727
O3' A 0, 0.090, 0.854, 1.617, 2.150 max_d=2.150 avg_d=0.854 std_dev=0.764
OP1 B 0, 0.538, 1.302, 2.065, 2.398 max_d=2.398 avg_d=1.302 std_dev=0.764
N6 B 0, 0.259, 1.063, 1.867, 2.468 max_d=2.468 avg_d=1.063 std_dev=0.804
O3' B 0, 0.269, 1.169, 2.068, 2.495 max_d=2.495 avg_d=1.169 std_dev=0.899
O2' A 0, 0.191, 1.166, 2.141, 2.570 max_d=2.570 avg_d=1.166 std_dev=0.975

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.26 0.01 0.01 0.33 0.25 0.45 0.24
C2 0.02 0.00 0.16 0.14 0.02 0.05 0.02 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.21 0.01 0.14 0.45 0.30 0.45 0.30
C2' 0.02 0.16 0.00 0.01 0.07 0.02 0.20 0.23 0.24 0.04 0.10 0.33 0.00 0.04 0.06 0.03 0.73 0.71 0.40 0.58
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.22 0.01 0.25 0.03 0.23 0.13 0.18 0.14 0.04 0.01 0.24 0.01 0.39 0.48 0.29 0.25
C4 0.01 0.02 0.07 0.22 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.12 0.01 0.02 0.47 0.28 0.41 0.26
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.17 0.05 0.04 0.14 0.20 0.03 0.09 0.01 0.02 0.18 0.47 0.08
C5 0.01 0.02 0.20 0.25 0.00 0.16 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.44 0.18 0.00 0.14 0.46 0.27 0.41 0.25
C5' 0.08 0.14 0.23 0.03 0.11 0.01 0.13 0.00 0.12 0.08 0.12 0.21 0.07 0.20 0.12 0.01 0.01 0.19 0.44 0.02
C6 0.01 0.01 0.24 0.23 0.01 0.17 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.42 0.17 0.01 0.19 0.45 0.28 0.44 0.26
N1 0.00 0.01 0.04 0.13 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.18 0.14 0.00 0.02 0.43 0.28 0.45 0.27
N3 0.01 0.01 0.10 0.18 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.16 0.15 0.01 0.09 0.46 0.28 0.43 0.28
O2 0.04 0.00 0.33 0.14 0.02 0.14 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.35 0.36 0.02 0.27 0.44 0.32 0.46 0.32
O2' 0.01 0.14 0.00 0.04 0.32 0.20 0.44 0.07 0.42 0.18 0.16 0.35 0.00 0.08 0.33 0.14 0.53 0.63 0.43 0.48
O3' 0.26 0.21 0.04 0.01 0.12 0.03 0.18 0.20 0.17 0.14 0.15 0.36 0.08 0.00 0.13 0.18 0.24 0.55 0.48 0.33
O4 0.01 0.01 0.06 0.24 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.33 0.13 0.00 0.03 0.46 0.27 0.39 0.25
O4' 0.01 0.14 0.03 0.01 0.02 0.01 0.14 0.01 0.19 0.02 0.09 0.27 0.14 0.18 0.03 0.00 0.07 0.09 0.63 0.27
O5' 0.33 0.45 0.73 0.39 0.47 0.02 0.46 0.01 0.45 0.43 0.46 0.44 0.53 0.24 0.46 0.07 0.00 0.01 0.05 0.00
OP1 0.25 0.30 0.71 0.48 0.28 0.18 0.27 0.19 0.28 0.28 0.28 0.32 0.63 0.55 0.27 0.09 0.01 0.00 0.04 0.01
OP2 0.45 0.45 0.40 0.29 0.41 0.47 0.41 0.44 0.44 0.45 0.43 0.46 0.43 0.48 0.39 0.63 0.05 0.04 0.00 0.00
P 0.24 0.30 0.58 0.25 0.26 0.08 0.25 0.02 0.26 0.27 0.28 0.32 0.48 0.33 0.25 0.27 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.39 0.23 0.22 0.32 0.21 0.38 0.27 0.44 0.29 0.44 0.31 0.47 0.36 0.26 0.46 0.83 0.25 0.28 0.35 0.23 0.20
C2 0.18 0.40 0.21 0.33 0.29 0.25 0.31 0.33 0.36 0.22 0.40 0.34 0.37 0.27 0.23 0.51 0.96 0.25 0.33 0.43 0.25 0.29
C2' 0.45 0.47 0.33 0.56 0.55 0.46 0.63 0.46 0.62 0.62 0.55 0.46 0.66 0.66 0.54 0.27 1.13 0.48 0.52 0.52 0.47 0.48
C3' 0.46 0.40 0.52 0.34 0.37 0.48 0.29 0.51 0.28 0.32 0.32 0.46 0.26 0.29 0.38 0.57 0.62 0.50 0.49 0.52 0.42 0.42
C4 0.20 0.39 0.21 0.36 0.31 0.26 0.31 0.34 0.35 0.25 0.38 0.37 0.34 0.28 0.26 0.52 0.95 0.24 0.32 0.49 0.26 0.31
C4' 0.41 0.41 0.53 0.18 0.37 0.38 0.32 0.41 0.34 0.30 0.36 0.43 0.32 0.30 0.36 0.63 0.54 0.42 0.34 0.47 0.42 0.32
C5 0.20 0.37 0.22 0.33 0.31 0.23 0.30 0.27 0.33 0.24 0.36 0.36 0.33 0.27 0.25 0.52 0.92 0.23 0.24 0.39 0.24 0.21
C5' 0.43 0.54 0.55 0.22 0.47 0.40 0.45 0.39 0.49 0.37 0.52 0.53 0.48 0.40 0.42 0.57 0.54 0.43 0.28 0.47 0.51 0.33
C6 0.19 0.38 0.22 0.27 0.32 0.21 0.34 0.25 0.37 0.26 0.39 0.35 0.38 0.31 0.26 0.50 0.87 0.23 0.24 0.35 0.25 0.19
N1 0.18 0.39 0.21 0.28 0.30 0.23 0.33 0.28 0.38 0.24 0.41 0.33 0.39 0.30 0.24 0.49 0.90 0.24 0.28 0.36 0.23 0.22
N3 0.20 0.41 0.22 0.35 0.31 0.27 0.32 0.35 0.37 0.25 0.40 0.37 0.37 0.29 0.26 0.53 0.97 0.25 0.35 0.49 0.28 0.34
O2 0.18 0.39 0.21 0.32 0.28 0.26 0.30 0.34 0.36 0.22 0.40 0.32 0.37 0.26 0.22 0.50 0.97 0.25 0.35 0.44 0.26 0.32
O2' 0.80 1.18 0.60 0.83 1.12 0.76 1.27 0.77 1.33 1.13 1.30 1.05 1.38 1.25 1.02 0.38 1.32 0.84 0.86 0.81 0.93 0.87
O3' 0.57 0.49 0.66 0.46 0.52 0.53 0.47 0.56 0.42 0.50 0.42 0.55 0.39 0.47 0.54 0.70 0.65 0.56 0.58 0.61 0.56 0.53
O4 0.20 0.39 0.20 0.39 0.31 0.27 0.32 0.36 0.35 0.29 0.37 0.36 0.36 0.32 0.27 0.50 0.91 0.23 0.34 0.55 0.30 0.37
O4' 0.38 0.37 0.53 0.12 0.37 0.31 0.36 0.36 0.38 0.34 0.37 0.39 0.38 0.35 0.36 0.74 0.58 0.37 0.31 0.45 0.39 0.28
O5' 0.50 0.49 0.39 0.41 0.53 0.47 0.56 0.49 0.55 0.54 0.52 0.51 0.56 0.56 0.53 0.44 0.75 0.54 0.53 0.51 0.46 0.45
OP1 0.49 0.55 0.45 0.35 0.62 0.37 0.69 0.37 0.68 0.68 0.62 0.54 0.72 0.73 0.61 0.31 0.45 0.45 0.45 0.38 0.38 0.32
OP2 0.40 0.45 0.29 0.31 0.41 0.32 0.38 0.33 0.38 0.39 0.41 0.46 0.35 0.38 0.41 0.14 0.71 0.40 0.39 0.43 0.37 0.31
P 0.38 0.38 0.37 0.22 0.42 0.30 0.45 0.28 0.43 0.44 0.41 0.40 0.45 0.46 0.42 0.31 0.52 0.37 0.31 0.36 0.33 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.31 0.01 0.14 0.22 0.39 0.15
C2 0.03 0.00 0.09 0.05 0.01 0.14 0.01 0.17 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.09 0.51 0.16 0.32 0.18 0.28 0.14
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.22 0.05 0.11 0.07 0.08 0.07 0.09 0.04 0.01 0.05 0.03 0.44 0.43 0.59 0.45
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.00 0.19 0.03 0.16 0.32 0.06 0.06 0.21 0.31 0.15 0.03 0.01 0.01 0.17 0.41 0.52 0.26
C4 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.29 0.07 0.31 0.17 0.28 0.11
C4' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.17 0.09 0.13 0.05 0.15 0.07 0.23 0.03 0.00 0.03 0.36 0.34 0.12
C5 0.01 0.01 0.05 0.19 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.22 0.14 0.04 0.38 0.18 0.26 0.17
C5' 0.06 0.17 0.22 0.03 0.11 0.01 0.11 0.00 0.13 0.13 0.15 0.16 0.13 0.14 0.06 0.04 0.20 0.03 0.01 0.32 0.19 0.02
C6 0.01 0.02 0.05 0.16 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.21 0.07 0.41 0.19 0.26 0.20
C8 0.02 0.01 0.11 0.32 0.01 0.17 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.39 0.16 0.10 0.33 0.17 0.30 0.16
N1 0.03 0.01 0.07 0.06 0.02 0.09 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.39 0.13 0.37 0.18 0.27 0.17
N3 0.03 0.01 0.08 0.06 0.00 0.13 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.51 0.15 0.28 0.17 0.30 0.11
N6 0.01 0.02 0.07 0.21 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.24 0.14 0.06 0.45 0.22 0.28 0.25
N7 0.02 0.02 0.09 0.31 0.00 0.15 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.37 0.13 0.07 0.41 0.20 0.27 0.21
N9 0.01 0.01 0.04 0.15 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.18 0.15 0.03 0.25 0.16 0.33 0.09
O2' 0.03 0.09 0.01 0.03 0.09 0.23 0.22 0.04 0.17 0.39 0.06 0.11 0.24 0.37 0.18 0.00 0.10 0.16 0.40 0.49 0.67 0.49
O3' 0.31 0.51 0.05 0.01 0.29 0.03 0.14 0.20 0.21 0.16 0.39 0.51 0.14 0.13 0.15 0.10 0.00 0.22 0.19 0.80 0.70 0.49
O4' 0.01 0.16 0.03 0.01 0.07 0.00 0.04 0.03 0.07 0.10 0.13 0.15 0.06 0.07 0.03 0.16 0.22 0.00 0.17 0.26 0.34 0.10
O5' 0.14 0.32 0.44 0.17 0.31 0.03 0.38 0.01 0.41 0.33 0.37 0.28 0.45 0.41 0.25 0.40 0.19 0.17 0.00 0.02 0.04 0.00
OP1 0.22 0.18 0.43 0.41 0.17 0.36 0.18 0.32 0.19 0.17 0.18 0.17 0.22 0.20 0.16 0.49 0.80 0.26 0.02 0.00 0.04 0.00
OP2 0.39 0.28 0.59 0.52 0.28 0.34 0.26 0.19 0.26 0.30 0.27 0.30 0.28 0.27 0.33 0.67 0.70 0.34 0.04 0.04 0.00 0.00
P 0.15 0.14 0.45 0.26 0.11 0.12 0.17 0.02 0.20 0.16 0.17 0.11 0.25 0.21 0.09 0.49 0.49 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00