ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49156

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.006, 0.023, 0.041, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.009, 0.029, 0.048, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.023, 0.057, 0.092, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.057 std_dev=0.035
O4 A 0, 0.054, 0.128, 0.202, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.128 std_dev=0.074
C1' B 0, 0.188, 0.369, 0.550, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.369 std_dev=0.181
N9 B 0, 0.177, 0.361, 0.545, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.361 std_dev=0.184
O4' A 0, -0.011, 0.206, 0.423, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.206 std_dev=0.217
O4' B 0, 0.199, 0.423, 0.648, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.423 std_dev=0.224
C2' B 0, 0.166, 0.391, 0.617, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.391 std_dev=0.225
C4 B 0, 0.181, 0.429, 0.678, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.429 std_dev=0.249
O2' B 0, 0.203, 0.457, 0.710, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.457 std_dev=0.253
C2' A 0, -0.042, 0.223, 0.488, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.223 std_dev=0.265
C8 B 0, 0.152, 0.434, 0.716, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.434 std_dev=0.282
N3 B 0, 0.192, 0.521, 0.850, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.521 std_dev=0.329
C5 B 0, 0.145, 0.497, 0.849, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.497 std_dev=0.352
C4' B 0, 0.103, 0.476, 0.850, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.476 std_dev=0.374
C3' B 0, 0.130, 0.505, 0.880, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.505 std_dev=0.375
N7 B 0, 0.129, 0.515, 0.900, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.515 std_dev=0.385
O3' B 0, 0.210, 0.612, 1.014, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.612 std_dev=0.402
C2 B 0, 0.164, 0.624, 1.084, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.624 std_dev=0.460
O5' B 0, -0.002, 0.470, 0.942, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.470 std_dev=0.472
C3' A 0, -0.107, 0.370, 0.848, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.370 std_dev=0.477
C6 B 0, 0.121, 0.608, 1.096, 1.607 max_d=1.607 avg_d=0.608 std_dev=0.488
C4' A 0, -0.115, 0.377, 0.868, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.377 std_dev=0.492
C5' B 0, 0.028, 0.531, 1.035, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.531 std_dev=0.504
O2' A 0, -0.144, 0.361, 0.866, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.361 std_dev=0.505
N1 B 0, 0.125, 0.652, 1.180, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.652 std_dev=0.527
N6 B 0, 0.096, 0.723, 1.350, 2.089 max_d=2.089 avg_d=0.723 std_dev=0.627
O3' A 0, -0.158, 0.565, 1.288, 2.410 max_d=2.410 avg_d=0.565 std_dev=0.723
C5' A 0, -0.146, 0.588, 1.321, 2.450 max_d=2.450 avg_d=0.588 std_dev=0.733
P B 0, -0.278, 0.675, 1.628, 3.149 max_d=3.149 avg_d=0.675 std_dev=0.953
OP2 B 0, -0.119, 0.866, 1.852, 3.368 max_d=3.368 avg_d=0.866 std_dev=0.985
O5' A 0, -0.615, 0.837, 2.289, 4.656 max_d=4.656 avg_d=0.837 std_dev=1.452
OP1 B 0, -0.598, 1.171, 2.940, 5.799 max_d=5.799 avg_d=1.171 std_dev=1.769
P A 0, -0.694, 1.078, 2.851, 5.739 max_d=5.739 avg_d=1.078 std_dev=1.772
OP2 A 0, -0.840, 1.206, 3.251, 6.585 max_d=6.585 avg_d=1.206 std_dev=2.045
OP1 A 0, -0.951, 1.466, 3.882, 7.818 max_d=7.818 avg_d=1.466 std_dev=2.416

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.13 0.03 0.01 0.11 0.04 0.15 0.08
C2 0.02 0.00 0.10 0.15 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.08 0.04 0.07 0.22 0.05 0.49 0.17
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.03 0.02 0.10 0.05 0.12 0.02 0.07 0.18 0.01 0.02 0.04 0.03 0.17 0.23 0.02 0.07
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.28 0.00 0.31 0.01 0.27 0.17 0.22 0.10 0.02 0.01 0.29 0.01 0.26 0.42 0.09 0.21
C4 0.02 0.02 0.03 0.28 0.00 0.14 0.00 0.28 0.00 0.02 0.01 0.02 0.33 0.19 0.01 0.03 0.65 0.48 1.09 0.63
C4' 0.02 0.02 0.02 0.00 0.14 0.00 0.23 0.01 0.23 0.07 0.05 0.13 0.19 0.00 0.15 0.01 0.04 0.10 0.21 0.05
C5 0.02 0.01 0.10 0.31 0.00 0.23 0.00 0.38 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.27 0.01 0.09 0.84 0.73 1.21 0.82
C5' 0.01 0.05 0.05 0.01 0.28 0.01 0.38 0.00 0.34 0.13 0.14 0.09 0.12 0.08 0.30 0.01 0.02 0.21 0.35 0.03
C6 0.03 0.01 0.12 0.27 0.00 0.23 0.00 0.34 0.00 0.00 0.01 0.01 0.32 0.22 0.01 0.11 0.75 0.61 0.91 0.67
N1 0.01 0.01 0.02 0.17 0.02 0.07 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.04 0.03 0.01 0.36 0.20 0.51 0.28
N3 0.02 0.01 0.07 0.22 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.09 0.04 0.05 0.39 0.17 0.77 0.35
O2 0.04 0.00 0.18 0.10 0.02 0.13 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.21 0.04 0.13 0.06 0.29 0.27 0.12
O2' 0.01 0.15 0.01 0.02 0.33 0.19 0.36 0.12 0.32 0.18 0.23 0.11 0.00 0.04 0.36 0.13 0.23 0.34 0.04 0.16
O3' 0.13 0.08 0.02 0.01 0.19 0.00 0.27 0.08 0.22 0.04 0.09 0.21 0.04 0.00 0.21 0.05 0.25 0.58 0.19 0.31
O4 0.03 0.04 0.04 0.29 0.01 0.15 0.01 0.30 0.01 0.03 0.04 0.04 0.36 0.21 0.00 0.03 0.69 0.54 1.24 0.71
O4' 0.01 0.07 0.03 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.05 0.13 0.13 0.05 0.03 0.00 0.10 0.12 0.19 0.17
O5' 0.11 0.22 0.17 0.26 0.65 0.04 0.84 0.02 0.75 0.36 0.39 0.06 0.23 0.25 0.69 0.10 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.04 0.05 0.23 0.42 0.48 0.10 0.73 0.21 0.61 0.20 0.17 0.29 0.34 0.58 0.54 0.12 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.49 0.02 0.09 1.09 0.21 1.21 0.35 0.91 0.51 0.77 0.27 0.04 0.19 1.24 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.17 0.07 0.21 0.63 0.05 0.82 0.03 0.67 0.28 0.35 0.12 0.16 0.31 0.71 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.21 0.25 0.32 0.16 0.34 0.25 0.42 0.32 0.24 0.29 0.15 0.42 0.30 0.17 0.22 0.27 0.24 0.44 1.02 0.23 0.58
C2 0.22 0.22 0.24 0.26 0.19 0.29 0.24 0.35 0.27 0.31 0.27 0.18 0.32 0.32 0.23 0.22 0.23 0.25 0.38 1.16 0.23 0.58
C2' 0.16 0.19 0.17 0.22 0.16 0.27 0.21 0.34 0.25 0.20 0.24 0.16 0.31 0.23 0.15 0.17 0.19 0.20 0.36 1.06 0.25 0.56
C3' 0.66 0.31 0.72 0.83 0.37 0.86 0.20 0.89 0.11 0.39 0.17 0.41 0.14 0.17 0.50 0.63 0.80 0.74 0.90 1.11 0.05 0.87
C4 0.24 0.14 0.23 0.23 0.18 0.23 0.17 0.23 0.12 0.27 0.12 0.16 0.17 0.25 0.23 0.26 0.25 0.22 0.23 0.86 0.39 0.35
C4' 0.62 0.22 0.73 0.89 0.29 0.89 0.12 0.96 0.13 0.32 0.12 0.33 0.29 0.15 0.42 0.64 0.85 0.72 0.94 0.99 0.14 0.85
C5 0.21 0.18 0.23 0.23 0.14 0.22 0.14 0.22 0.15 0.23 0.18 0.16 0.18 0.20 0.20 0.25 0.23 0.20 0.20 0.66 0.49 0.25
C5' 0.83 0.45 0.97 1.16 0.49 1.12 0.26 1.15 0.17 0.42 0.27 0.57 0.17 0.20 0.60 0.90 1.14 0.92 1.05 0.70 0.22 0.74
C6 0.21 0.18 0.24 0.26 0.15 0.25 0.19 0.28 0.20 0.26 0.20 0.16 0.25 0.25 0.20 0.23 0.23 0.20 0.27 0.72 0.46 0.32
N1 0.21 0.19 0.25 0.28 0.16 0.30 0.22 0.36 0.26 0.29 0.24 0.15 0.33 0.29 0.21 0.22 0.24 0.23 0.38 1.00 0.30 0.51
N3 0.24 0.20 0.24 0.24 0.22 0.26 0.24 0.30 0.19 0.32 0.20 0.20 0.20 0.32 0.26 0.25 0.24 0.25 0.32 1.08 0.28 0.50
O2 0.22 0.27 0.25 0.27 0.21 0.31 0.26 0.39 0.32 0.31 0.34 0.21 0.40 0.32 0.23 0.22 0.23 0.26 0.44 1.31 0.14 0.68
O2' 0.42 0.71 0.31 0.20 0.66 0.18 0.75 0.14 0.79 0.59 0.76 0.65 0.82 0.76 0.55 0.37 0.24 0.32 0.14 1.04 0.19 0.50
O3' 0.81 0.25 0.90 1.12 0.37 1.17 0.13 1.28 0.11 0.41 0.09 0.41 0.33 0.10 0.56 0.78 1.09 0.96 1.29 1.52 0.73 1.40
O4 0.24 0.15 0.23 0.24 0.19 0.22 0.21 0.20 0.22 0.25 0.17 0.18 0.29 0.25 0.23 0.27 0.28 0.23 0.18 0.81 0.41 0.31
O4' 0.33 0.15 0.44 0.55 0.12 0.56 0.16 0.64 0.24 0.21 0.20 0.15 0.37 0.22 0.20 0.37 0.50 0.42 0.63 0.88 0.19 0.62
O5' 1.49 1.00 1.66 1.83 1.07 1.73 0.76 1.65 0.60 0.96 0.74 1.18 0.33 0.66 1.21 1.61 1.83 1.54 1.52 1.10 0.32 1.09
OP1 1.88 1.16 2.07 2.48 1.26 2.37 0.85 2.29 0.64 1.12 0.82 1.41 0.31 0.74 1.45 1.97 2.56 2.03 1.99 1.29 0.84 1.45
OP2 1.81 1.66 1.94 2.06 1.52 1.84 1.16 1.52 1.11 1.10 1.37 1.77 0.82 0.88 1.51 2.13 2.25 1.72 1.25 0.54 0.29 0.60
P 1.60 1.14 1.77 2.00 1.15 1.85 0.81 1.71 0.68 0.95 0.86 1.32 0.40 0.66 1.26 1.78 2.08 1.63 1.48 0.86 0.27 0.95

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.42 0.21 0.09
C2 0.02 0.00 0.13 0.08 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.22 0.11 0.08 0.10 0.79 0.30 0.21
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.03 0.06 0.07 0.10 0.12 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.16 0.37 0.10
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.06 0.07 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.26 0.17 0.13
C4 0.01 0.01 0.07 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.07 0.04 0.09 0.79 0.30 0.20
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.10 0.13 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.11 0.95 0.34 0.25
C5' 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.05 0.04 0.03 0.06 0.05 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.15 0.27 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.07 0.04 0.11 0.99 0.35 0.26
C8 0.02 0.02 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.04 0.06 0.10 0.90 0.32 0.24
N1 0.02 0.01 0.10 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.17 0.09 0.06 0.11 0.91 0.33 0.24
N3 0.02 0.01 0.12 0.07 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.21 0.10 0.08 0.09 0.70 0.28 0.18
N6 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.06 0.03 0.13 1.06 0.37 0.28
N7 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.05 0.04 0.11 1.02 0.36 0.27
N9 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.71 0.28 0.18
O2' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.11 0.01 0.08 0.04 0.11 0.09 0.17 0.21 0.08 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.15 0.49 0.13
O3' 0.04 0.11 0.01 0.01 0.07 0.02 0.06 0.03 0.07 0.04 0.09 0.10 0.06 0.05 0.04 0.02 0.00 0.03 0.06 0.28 0.14 0.12
O4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.06 0.08 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.09 0.45 0.13 0.16
O5' 0.06 0.10 0.07 0.07 0.09 0.02 0.11 0.01 0.11 0.10 0.11 0.09 0.13 0.11 0.08 0.07 0.06 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.42 0.79 0.16 0.26 0.79 0.10 0.95 0.15 0.99 0.90 0.91 0.70 1.06 1.02 0.71 0.15 0.28 0.45 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.30 0.37 0.17 0.30 0.13 0.34 0.27 0.35 0.32 0.33 0.28 0.37 0.36 0.28 0.49 0.14 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.21 0.10 0.13 0.20 0.04 0.25 0.02 0.26 0.24 0.24 0.18 0.28 0.27 0.18 0.13 0.12 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00