ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49157

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 2, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.010
O4 A 0, 0.023, 0.045, 0.067, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.045 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.012, 0.035, 0.058, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.050, 0.114, 0.178, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.114 std_dev=0.064
C2' A 0, 0.043, 0.113, 0.183, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.113 std_dev=0.070
O2' A 0, 0.047, 0.145, 0.244, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.145 std_dev=0.098
C4' A 0, 0.061, 0.162, 0.263, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.162 std_dev=0.101
C3' A 0, 0.067, 0.170, 0.273, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.170 std_dev=0.103
C6 B 0, 0.092, 0.228, 0.364, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.228 std_dev=0.136
OP1 A 0, 0.095, 0.254, 0.412, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.254 std_dev=0.158
N6 B 0, 0.113, 0.272, 0.431, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.272 std_dev=0.159
O3' A 0, 0.082, 0.241, 0.401, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.241 std_dev=0.159
P A 0, 0.067, 0.228, 0.389, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.228 std_dev=0.161
N1 B 0, 0.109, 0.277, 0.445, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.277 std_dev=0.168
OP2 B 0, 0.145, 0.314, 0.484, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.314 std_dev=0.169
C5' A 0, 0.096, 0.266, 0.437, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.266 std_dev=0.170
C5 B 0, 0.097, 0.268, 0.439, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.268 std_dev=0.171
O5' A 0, 0.078, 0.262, 0.447, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.262 std_dev=0.185
N7 B 0, 0.085, 0.294, 0.504, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.294 std_dev=0.209
OP2 A 0, 0.127, 0.337, 0.547, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.337 std_dev=0.210
C4 B 0, 0.107, 0.320, 0.534, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.320 std_dev=0.214
C2' B 0, 0.141, 0.362, 0.583, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.362 std_dev=0.221
C8 B 0, 0.104, 0.327, 0.551, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.327 std_dev=0.224
P B 0, 0.180, 0.406, 0.632, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.406 std_dev=0.226
N9 B 0, 0.116, 0.348, 0.581, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.348 std_dev=0.232
C2 B 0, 0.115, 0.354, 0.592, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.354 std_dev=0.238
N3 B 0, 0.125, 0.379, 0.633, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.379 std_dev=0.254
C3' B 0, 0.165, 0.420, 0.674, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.420 std_dev=0.255
C1' B 0, 0.158, 0.420, 0.683, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.420 std_dev=0.263
O5' B 0, 0.197, 0.461, 0.725, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.461 std_dev=0.264
C5' B 0, 0.147, 0.413, 0.678, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.413 std_dev=0.266
C4' B 0, 0.174, 0.454, 0.733, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.454 std_dev=0.280
OP1 B 0, 0.160, 0.451, 0.743, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.451 std_dev=0.291
O4' B 0, 0.168, 0.472, 0.776, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.472 std_dev=0.304
O2' B 0, 0.191, 0.501, 0.811, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.501 std_dev=0.310
O3' B 0, 0.207, 0.518, 0.830, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.518 std_dev=0.312

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.12 0.05 0.04
C2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.02 0.02 0.09 0.12 0.04 0.03
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.10 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.12 0.05 0.06
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.08 0.12 0.02 0.01 0.07 0.01 0.05 0.09 0.08 0.06
C4 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.03 0.14 0.09 0.05 0.04
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03 0.06 0.00 0.02 0.07 0.08 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03 0.13 0.10 0.05 0.05
C5' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.08 0.04 0.06 0.06 0.05 0.03 0.09 0.01 0.01 0.05 0.09 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.11 0.12 0.03 0.04
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.08 0.12 0.03 0.03
N3 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.09 0.01 0.03 0.12 0.11 0.05 0.03
O2 0.03 0.01 0.10 0.12 0.02 0.07 0.02 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.14 0.03 0.03 0.09 0.12 0.07 0.04
O2' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.06 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.09 0.10 0.03
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.07 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.09 0.14 0.03 0.00 0.08 0.02 0.06 0.07 0.12 0.06
O4 0.02 0.02 0.02 0.07 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.08 0.00 0.04 0.15 0.08 0.06 0.05
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.06 0.12 0.08 0.07
O5' 0.04 0.09 0.03 0.05 0.14 0.02 0.13 0.01 0.11 0.08 0.12 0.09 0.03 0.06 0.15 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.12 0.12 0.12 0.09 0.09 0.07 0.10 0.05 0.12 0.12 0.11 0.12 0.09 0.07 0.08 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.04 0.05 0.08 0.05 0.08 0.05 0.09 0.03 0.03 0.05 0.07 0.10 0.12 0.06 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.06 0.05 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.16 0.07 0.06 0.12 0.09 0.12 0.07 0.10 0.14 0.13 0.14 0.07 0.14 0.13 0.05 0.08 0.12 0.07 0.07 0.07 0.05
C2 0.10 0.10 0.08 0.08 0.10 0.09 0.13 0.07 0.11 0.16 0.10 0.08 0.11 0.17 0.12 0.08 0.10 0.12 0.08 0.10 0.11 0.08
C2' 0.10 0.16 0.07 0.07 0.13 0.09 0.13 0.07 0.12 0.15 0.14 0.14 0.12 0.15 0.13 0.07 0.11 0.12 0.06 0.08 0.08 0.05
C3' 0.09 0.14 0.05 0.05 0.11 0.07 0.11 0.05 0.09 0.13 0.10 0.13 0.09 0.14 0.12 0.04 0.09 0.10 0.04 0.05 0.05 0.03
C4 0.12 0.12 0.10 0.09 0.11 0.10 0.13 0.09 0.10 0.19 0.11 0.11 0.12 0.18 0.14 0.12 0.12 0.13 0.08 0.10 0.08 0.07
C4' 0.09 0.13 0.05 0.05 0.11 0.07 0.10 0.05 0.07 0.12 0.08 0.13 0.07 0.12 0.12 0.05 0.08 0.10 0.04 0.05 0.05 0.03
C5 0.12 0.14 0.08 0.08 0.14 0.10 0.15 0.09 0.11 0.19 0.11 0.13 0.10 0.18 0.17 0.06 0.11 0.13 0.07 0.08 0.06 0.06
C5' 0.08 0.14 0.04 0.05 0.11 0.07 0.09 0.06 0.06 0.11 0.08 0.15 0.06 0.10 0.11 0.07 0.09 0.10 0.04 0.05 0.06 0.05
C6 0.12 0.15 0.09 0.08 0.16 0.11 0.15 0.09 0.11 0.18 0.12 0.15 0.08 0.17 0.17 0.06 0.10 0.13 0.08 0.08 0.06 0.06
N1 0.10 0.13 0.07 0.07 0.12 0.09 0.14 0.07 0.11 0.16 0.11 0.12 0.08 0.16 0.13 0.05 0.08 0.12 0.07 0.08 0.08 0.06
N3 0.11 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.13 0.08 0.11 0.18 0.10 0.08 0.13 0.18 0.13 0.11 0.11 0.12 0.09 0.11 0.11 0.09
O2 0.11 0.08 0.09 0.09 0.10 0.11 0.13 0.09 0.11 0.18 0.09 0.06 0.12 0.19 0.13 0.10 0.10 0.13 0.12 0.13 0.15 0.12
O2' 0.10 0.17 0.07 0.07 0.13 0.10 0.14 0.08 0.14 0.15 0.16 0.15 0.13 0.16 0.13 0.06 0.08 0.13 0.09 0.10 0.11 0.08
O3' 0.08 0.12 0.04 0.04 0.11 0.06 0.12 0.05 0.10 0.13 0.10 0.12 0.11 0.14 0.12 0.03 0.09 0.09 0.04 0.04 0.05 0.03
O4 0.16 0.14 0.14 0.13 0.13 0.14 0.14 0.13 0.12 0.20 0.12 0.14 0.14 0.18 0.16 0.19 0.16 0.16 0.13 0.13 0.09 0.11
O4' 0.10 0.13 0.07 0.07 0.11 0.09 0.10 0.07 0.06 0.12 0.07 0.14 0.07 0.11 0.12 0.07 0.08 0.11 0.06 0.06 0.06 0.04
O5' 0.05 0.10 0.08 0.05 0.06 0.03 0.05 0.05 0.04 0.09 0.07 0.10 0.08 0.09 0.08 0.11 0.04 0.05 0.07 0.09 0.11 0.09
OP1 0.17 0.15 0.12 0.10 0.21 0.13 0.19 0.12 0.14 0.22 0.11 0.19 0.12 0.21 0.22 0.13 0.11 0.17 0.11 0.09 0.09 0.09
OP2 0.18 0.10 0.12 0.15 0.16 0.17 0.13 0.15 0.07 0.17 0.04 0.17 0.05 0.14 0.19 0.10 0.20 0.20 0.11 0.09 0.04 0.08
P 0.13 0.12 0.08 0.07 0.15 0.10 0.12 0.08 0.07 0.15 0.07 0.16 0.05 0.13 0.16 0.08 0.11 0.13 0.06 0.04 0.03 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.05 0.06 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.07 0.06 0.06
C2 0.06 0.00 0.08 0.07 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.13 0.07 0.04 0.07 0.08 0.04 0.06
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.06 0.06 0.08 0.05 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.05 0.09 0.10
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.08 0.07
C4 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.05
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.04 0.06 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.04 0.04
C5 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.06 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02
C5' 0.04 0.04 0.06 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.05 0.09 0.04 0.05 0.09 0.09 0.06 0.06 0.02 0.02 0.01 0.09 0.04 0.03
C6 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03 0.04 0.02 0.07 0.02
C8 0.03 0.02 0.06 0.06 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.07 0.08 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04
N1 0.05 0.01 0.06 0.06 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.10 0.06 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03
N3 0.06 0.01 0.08 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.11 0.05 0.04 0.08 0.10 0.06 0.08
N6 0.02 0.03 0.05 0.05 0.01 0.05 0.02 0.09 0.01 0.05 0.03 0.03 0.00 0.06 0.03 0.05 0.06 0.05 0.08 0.08 0.15 0.08
N7 0.03 0.01 0.06 0.06 0.01 0.06 0.01 0.09 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.02 0.06 0.08 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.07 0.07 0.07
O2' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.06 0.05 0.07 0.10 0.11 0.05 0.06 0.02 0.00 0.03 0.02 0.12 0.09 0.13 0.13
O3' 0.05 0.07 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.04 0.08 0.06 0.05 0.06 0.08 0.06 0.03 0.00 0.05 0.08 0.07 0.09 0.08
O4' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.01 0.02 0.05 0.00 0.07 0.10 0.05 0.05
O5' 0.05 0.07 0.10 0.08 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.08 0.08 0.04 0.05 0.12 0.08 0.07 0.00 0.03 0.02 0.02
OP1 0.07 0.08 0.05 0.06 0.06 0.08 0.02 0.09 0.02 0.03 0.04 0.10 0.08 0.03 0.07 0.09 0.07 0.10 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.06 0.04 0.09 0.08 0.05 0.04 0.05 0.04 0.07 0.04 0.04 0.06 0.15 0.05 0.07 0.13 0.09 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.06 0.10 0.07 0.05 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.08 0.08 0.03 0.07 0.13 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00