ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49159

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.006, 0.029, 0.051, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.029 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.002, 0.026, 0.049, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.026 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.003, 0.028, 0.053, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.028 std_dev=0.025
C6 A 0, -0.004, 0.025, 0.054, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.025 std_dev=0.029
C1' A 0, 0.006, 0.036, 0.066, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.036 std_dev=0.030
O2 A 0, 0.017, 0.062, 0.107, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.045
O4 A 0, 0.031, 0.109, 0.187, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.109 std_dev=0.078
O2' B 0, 0.260, 0.573, 0.887, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.573 std_dev=0.313
C2' B 0, 0.117, 0.493, 0.869, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.493 std_dev=0.376
C3' B 0, 0.380, 0.846, 1.312, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.846 std_dev=0.466
O3' B 0, 0.487, 1.044, 1.602, 1.474 max_d=1.474 avg_d=1.044 std_dev=0.557
C1' B 0, 0.368, 0.949, 1.529, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.949 std_dev=0.581
O4' A 0, 0.195, 0.863, 1.531, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.863 std_dev=0.668
C2' A 0, 0.153, 0.829, 1.504, 1.761 max_d=1.761 avg_d=0.829 std_dev=0.676
C4' B 0, 0.537, 1.219, 1.902, 1.918 max_d=1.918 avg_d=1.219 std_dev=0.683
N9 B 0, 0.467, 1.199, 1.931, 1.983 max_d=1.983 avg_d=1.199 std_dev=0.732
O4' B 0, 0.517, 1.283, 2.048, 2.199 max_d=2.199 avg_d=1.283 std_dev=0.765
C8 B 0, 0.420, 1.260, 2.099, 2.412 max_d=2.412 avg_d=1.260 std_dev=0.839
P A 0, 0.565, 1.530, 2.496, 2.396 max_d=2.396 avg_d=1.530 std_dev=0.966
N7 B 0, 0.545, 1.523, 2.500, 2.529 max_d=2.529 avg_d=1.523 std_dev=0.977
C5' B 0, 0.723, 1.750, 2.777, 2.818 max_d=2.818 avg_d=1.750 std_dev=1.027
O2' A 0, 0.292, 1.327, 2.361, 2.411 max_d=2.411 avg_d=1.327 std_dev=1.034
C3' A 0, 0.262, 1.305, 2.347, 2.523 max_d=2.523 avg_d=1.305 std_dev=1.043
C4' A 0, 0.318, 1.380, 2.443, 2.648 max_d=2.648 avg_d=1.380 std_dev=1.063
O5' A 0, 0.495, 1.585, 2.676, 2.680 max_d=2.680 avg_d=1.585 std_dev=1.091
C4 B 0, 0.628, 1.722, 2.817, 2.876 max_d=2.876 avg_d=1.722 std_dev=1.094
OP2 A 0, 0.610, 1.709, 2.809, 2.921 max_d=2.921 avg_d=1.709 std_dev=1.100
O5' B 0, 0.672, 1.779, 2.885, 3.224 max_d=3.224 avg_d=1.779 std_dev=1.106
C5 B 0, 0.660, 1.903, 3.146, 3.328 max_d=3.328 avg_d=1.903 std_dev=1.243
O3' A 0, 0.325, 1.625, 2.926, 2.789 max_d=2.789 avg_d=1.625 std_dev=1.300
OP1 A 0, 0.655, 1.962, 3.268, 3.146 max_d=3.146 avg_d=1.962 std_dev=1.307
N3 B 0, 0.746, 2.162, 3.578, 3.596 max_d=3.596 avg_d=2.162 std_dev=1.416
C5' A 0, 0.446, 1.895, 3.344, 3.777 max_d=3.777 avg_d=1.895 std_dev=1.449
P B 0, 0.812, 2.325, 3.837, 4.124 max_d=4.124 avg_d=2.325 std_dev=1.513
C6 B 0, 0.802, 2.569, 4.336, 4.607 max_d=4.607 avg_d=2.569 std_dev=1.767
OP2 B 0, 0.874, 2.690, 4.506, 4.841 max_d=4.841 avg_d=2.690 std_dev=1.816
C2 B 0, 0.912, 2.853, 4.795, 4.891 max_d=4.891 avg_d=2.853 std_dev=1.942
N6 B 0, 0.834, 2.800, 4.765, 5.180 max_d=5.180 avg_d=2.800 std_dev=1.966
N1 B 0, 0.940, 3.073, 5.206, 5.362 max_d=5.362 avg_d=3.073 std_dev=2.133
OP1 B 0, 1.139, 3.775, 6.410, 6.501 max_d=6.501 avg_d=3.775 std_dev=2.635

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.07 0.03 0.01 0.03 0.05 0.07 0.23 0.03 0.00 0.15 0.24 0.12 0.13
C2 0.03 0.00 0.28 0.38 0.01 0.14 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.19 0.02 0.05 0.23 0.26 0.28 0.25
C2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.09 0.02 0.11 0.20 0.15 0.05 0.22 0.46 0.01 0.03 0.13 0.02 0.47 0.36 0.70 0.46
C3' 0.02 0.38 0.01 0.00 0.42 0.01 0.35 0.01 0.29 0.26 0.44 0.40 0.02 0.01 0.47 0.03 0.15 0.08 0.30 0.13
C4 0.02 0.01 0.09 0.42 0.00 0.21 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.23 0.00 0.07 0.39 0.39 0.63 0.45
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.21 0.00 0.23 0.00 0.21 0.11 0.17 0.15 0.31 0.03 0.23 0.01 0.01 0.17 0.03 0.08
C5 0.03 0.00 0.11 0.35 0.01 0.23 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.33 0.22 0.02 0.14 0.37 0.39 0.57 0.44
C5' 0.07 0.14 0.20 0.01 0.22 0.00 0.23 0.00 0.18 0.08 0.19 0.17 0.11 0.22 0.27 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03
C6 0.03 0.01 0.15 0.29 0.01 0.21 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.16 0.02 0.16 0.24 0.28 0.30 0.29
N1 0.01 0.01 0.05 0.26 0.01 0.11 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.15 0.03 0.02 0.02 0.17 0.23 0.15 0.19
N3 0.03 0.01 0.22 0.44 0.01 0.17 0.00 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.24 0.23 0.01 0.02 0.33 0.32 0.48 0.36
O2 0.05 0.01 0.46 0.40 0.02 0.15 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.27 0.30 0.03 0.12 0.21 0.26 0.20 0.21
O2' 0.07 0.18 0.01 0.02 0.30 0.31 0.33 0.11 0.28 0.15 0.24 0.27 0.00 0.03 0.34 0.26 0.37 0.20 0.80 0.38
O3' 0.23 0.19 0.03 0.01 0.23 0.03 0.22 0.22 0.16 0.03 0.23 0.30 0.03 0.00 0.30 0.14 0.22 0.21 0.26 0.20
O4 0.03 0.02 0.13 0.47 0.00 0.23 0.02 0.27 0.02 0.02 0.01 0.03 0.34 0.30 0.00 0.07 0.45 0.46 0.76 0.52
O4' 0.00 0.05 0.02 0.03 0.07 0.01 0.14 0.03 0.16 0.02 0.02 0.12 0.26 0.14 0.07 0.00 0.17 0.39 0.19 0.30
O5' 0.15 0.23 0.47 0.15 0.39 0.01 0.37 0.01 0.24 0.17 0.33 0.21 0.37 0.22 0.45 0.17 0.00 0.04 0.05 0.01
OP1 0.24 0.26 0.36 0.08 0.39 0.17 0.39 0.04 0.28 0.23 0.32 0.26 0.20 0.21 0.46 0.39 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.28 0.70 0.30 0.63 0.03 0.57 0.04 0.30 0.15 0.48 0.20 0.80 0.26 0.76 0.19 0.05 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.25 0.46 0.13 0.45 0.08 0.44 0.03 0.29 0.19 0.36 0.21 0.38 0.20 0.52 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.30 0.12 0.32 0.08 0.56 0.10 0.84 0.10 0.42 0.25 0.19 0.08 0.30 0.26 0.16 0.22 0.50 0.83 1.74 0.77 1.04
C2 0.23 0.34 0.04 0.28 0.07 0.52 0.06 0.74 0.14 0.30 0.29 0.23 0.13 0.20 0.17 0.15 0.27 0.43 0.69 1.45 0.56 0.86
C2' 0.15 0.87 0.34 0.15 0.50 0.18 0.47 0.43 0.67 0.07 0.86 0.71 0.66 0.22 0.23 0.44 0.25 0.15 0.38 1.37 0.50 0.65
C3' 0.24 0.49 0.15 0.23 0.21 0.32 0.19 0.43 0.34 0.23 0.48 0.36 0.34 0.13 0.15 0.18 0.16 0.31 0.44 1.34 0.55 0.63
C4 0.23 0.43 0.12 0.27 0.22 0.45 0.19 0.57 0.27 0.22 0.40 0.34 0.25 0.16 0.18 0.17 0.35 0.35 0.50 0.96 0.39 0.60
C4' 0.29 0.26 0.20 0.32 0.11 0.36 0.11 0.52 0.10 0.37 0.22 0.19 0.07 0.27 0.24 0.18 0.22 0.36 0.61 1.58 0.66 0.82
C5 0.17 0.45 0.08 0.26 0.18 0.42 0.15 0.54 0.26 0.19 0.40 0.35 0.24 0.10 0.11 0.15 0.35 0.31 0.48 0.90 0.42 0.57
C5' 0.30 0.40 0.24 0.30 0.24 0.38 0.21 0.41 0.27 0.29 0.37 0.34 0.24 0.21 0.24 0.26 0.20 0.36 0.40 1.11 0.55 0.55
C6 0.18 0.41 0.05 0.26 0.12 0.47 0.08 0.64 0.21 0.25 0.37 0.31 0.19 0.14 0.10 0.16 0.28 0.35 0.59 1.15 0.52 0.71
N1 0.23 0.35 0.06 0.28 0.05 0.51 0.03 0.74 0.15 0.31 0.31 0.24 0.13 0.21 0.17 0.16 0.25 0.42 0.70 1.44 0.60 0.86
N3 0.23 0.38 0.09 0.27 0.16 0.49 0.14 0.66 0.22 0.25 0.35 0.29 0.20 0.17 0.17 0.16 0.31 0.39 0.60 1.22 0.45 0.73
O2 0.25 0.30 0.06 0.29 0.06 0.54 0.07 0.79 0.11 0.34 0.26 0.19 0.09 0.25 0.20 0.15 0.26 0.46 0.76 1.64 0.61 0.96
O2' 0.18 0.88 0.27 0.15 0.39 0.48 0.33 0.87 0.57 0.22 0.83 0.68 0.55 0.09 0.13 0.44 0.17 0.43 0.82 1.96 1.03 1.19
O3' 0.31 0.40 0.24 0.35 0.16 0.38 0.15 0.53 0.21 0.40 0.36 0.28 0.19 0.28 0.25 0.22 0.26 0.38 0.62 1.66 0.80 0.86
O4 0.30 0.49 0.19 0.28 0.32 0.44 0.29 0.52 0.36 0.27 0.46 0.42 0.34 0.24 0.27 0.22 0.38 0.38 0.45 0.81 0.36 0.52
O4' 0.42 0.12 0.28 0.48 0.24 0.59 0.30 0.85 0.18 0.57 0.09 0.13 0.21 0.48 0.41 0.15 0.40 0.54 0.91 1.82 0.81 1.10
O5' 0.07 0.53 0.05 0.08 0.27 0.12 0.26 0.14 0.40 0.07 0.52 0.41 0.40 0.08 0.06 0.11 0.03 0.10 0.12 0.64 0.32 0.23
OP1 0.08 0.42 0.23 0.07 0.24 0.31 0.25 0.51 0.35 0.08 0.43 0.33 0.36 0.14 0.10 0.33 0.04 0.18 0.39 0.15 0.06 0.34
OP2 0.23 0.65 0.29 0.13 0.42 0.09 0.49 0.20 0.65 0.29 0.72 0.49 0.70 0.38 0.26 0.55 0.04 0.15 0.29 0.24 0.10 0.29
P 0.06 0.51 0.15 0.01 0.29 0.10 0.31 0.20 0.44 0.09 0.53 0.40 0.46 0.17 0.09 0.30 0.00 0.04 0.17 0.11 0.13 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.08 0.32 0.06 0.06
C2 0.04 0.00 0.32 0.41 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.47 0.11 0.29 1.04 0.10 0.34
C2' 0.00 0.32 0.00 0.00 0.17 0.01 0.09 0.04 0.16 0.13 0.25 0.31 0.12 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.17 0.22 0.11
C3' 0.01 0.41 0.00 0.00 0.27 0.01 0.24 0.04 0.32 0.04 0.39 0.36 0.30 0.11 0.11 0.05 0.00 0.02 0.07 0.13 0.20 0.11
C4 0.02 0.00 0.17 0.27 0.00 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.28 0.07 0.24 0.92 0.10 0.29
C4' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.12 0.07 0.12 0.07 0.14 0.10 0.05 0.04 0.03 0.01 0.03 0.15 0.18 0.02
C5 0.02 0.01 0.09 0.24 0.01 0.10 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.26 0.05 0.31 1.20 0.15 0.39
C5' 0.03 0.14 0.04 0.04 0.12 0.01 0.18 0.00 0.21 0.15 0.19 0.10 0.24 0.19 0.09 0.04 0.06 0.03 0.01 0.32 0.29 0.03
C6 0.02 0.01 0.16 0.32 0.00 0.12 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.37 0.06 0.35 1.34 0.17 0.45
C8 0.02 0.01 0.13 0.04 0.01 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.12 0.04 0.03 0.20 0.91 0.13 0.28
N1 0.03 0.00 0.25 0.39 0.00 0.12 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.46 0.09 0.35 1.24 0.14 0.42
N3 0.04 0.00 0.31 0.36 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.39 0.12 0.23 0.84 0.08 0.26
N6 0.02 0.01 0.12 0.30 0.01 0.14 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.37 0.05 0.39 1.51 0.20 0.52
N7 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.10 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.12 0.01 0.28 1.23 0.18 0.40
N9 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.09 0.02 0.16 0.71 0.07 0.21
O2' 0.02 0.18 0.01 0.05 0.07 0.04 0.04 0.04 0.06 0.12 0.13 0.18 0.05 0.10 0.04 0.00 0.11 0.06 0.08 0.12 0.14 0.09
O3' 0.04 0.47 0.02 0.00 0.28 0.03 0.26 0.06 0.37 0.04 0.46 0.39 0.37 0.12 0.09 0.11 0.00 0.03 0.08 0.31 0.19 0.13
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.03 0.06 0.03 0.09 0.12 0.05 0.01 0.02 0.06 0.03 0.00 0.08 0.14 0.21 0.04
O5' 0.08 0.29 0.10 0.07 0.24 0.03 0.31 0.01 0.35 0.20 0.35 0.23 0.39 0.28 0.16 0.08 0.08 0.08 0.00 0.05 0.05 0.00
OP1 0.32 1.04 0.17 0.13 0.92 0.15 1.20 0.32 1.34 0.91 1.24 0.84 1.51 1.23 0.71 0.12 0.31 0.14 0.05 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.10 0.22 0.20 0.10 0.18 0.15 0.29 0.17 0.13 0.14 0.08 0.20 0.18 0.07 0.14 0.19 0.21 0.05 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.34 0.11 0.11 0.29 0.02 0.39 0.03 0.45 0.28 0.42 0.26 0.52 0.40 0.21 0.09 0.13 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00