ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49161

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.002, 0.025, 0.047, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.025 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.007, 0.031, 0.054, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.031 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.003, 0.033, 0.062, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.033 std_dev=0.029
O2 A 0, 0.001, 0.038, 0.074, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.038 std_dev=0.036
O4 A 0, 0.010, 0.049, 0.087, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.049 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.020, 0.075, 0.130, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.075 std_dev=0.055
C2' A 0, 0.020, 0.132, 0.245, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.132 std_dev=0.113
C4' A 0, 0.036, 0.165, 0.293, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.165 std_dev=0.129
C3' A 0, 0.037, 0.176, 0.315, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.176 std_dev=0.139
O2' A 0, 0.011, 0.154, 0.298, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.154 std_dev=0.143
O5' A 0, 0.043, 0.223, 0.402, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.223 std_dev=0.179
C5' A 0, 0.045, 0.249, 0.453, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.249 std_dev=0.204
P A 0, 0.090, 0.297, 0.504, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.297 std_dev=0.207
O3' A 0, 0.082, 0.318, 0.554, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.318 std_dev=0.236
C2' B 0, 0.152, 0.477, 0.802, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.477 std_dev=0.325
N7 B 0, 0.250, 0.941, 1.632, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.941 std_dev=0.691
O2' B 0, 0.125, 0.819, 1.513, 1.658 max_d=1.658 avg_d=0.819 std_dev=0.694
OP2 A 0, 0.177, 0.881, 1.585, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.881 std_dev=0.704
C5 B 0, 0.204, 1.064, 1.923, 2.248 max_d=2.248 avg_d=1.064 std_dev=0.860
N9 B 0, 0.214, 1.182, 2.149, 2.452 max_d=2.452 avg_d=1.182 std_dev=0.968
C8 B 0, 0.252, 1.236, 2.220, 2.303 max_d=2.303 avg_d=1.236 std_dev=0.984
N6 B 0, 0.278, 1.274, 2.270, 2.373 max_d=2.373 avg_d=1.274 std_dev=0.996
OP1 A 0, 0.071, 1.167, 2.262, 2.492 max_d=2.492 avg_d=1.167 std_dev=1.096
C1' B 0, 0.227, 1.542, 2.858, 3.100 max_d=3.100 avg_d=1.542 std_dev=1.315
C4 B 0, 0.223, 1.697, 3.171, 3.509 max_d=3.509 avg_d=1.697 std_dev=1.474
C6 B 0, 0.258, 1.736, 3.215, 3.469 max_d=3.469 avg_d=1.736 std_dev=1.479
C3' B 0, 0.280, 1.774, 3.268, 3.303 max_d=3.303 avg_d=1.774 std_dev=1.494
O3' B 0, 0.245, 2.113, 3.980, 4.066 max_d=4.066 avg_d=2.113 std_dev=1.868
O4' B 0, 0.281, 2.580, 4.880, 5.048 max_d=5.048 avg_d=2.580 std_dev=2.300
C4' B 0, 0.344, 2.756, 5.168, 5.206 max_d=5.206 avg_d=2.756 std_dev=2.412
N3 B 0, 0.237, 2.887, 5.537, 5.855 max_d=5.855 avg_d=2.887 std_dev=2.650
N1 B 0, 0.262, 2.996, 5.730, 5.994 max_d=5.994 avg_d=2.996 std_dev=2.734
C2 B 0, 0.249, 3.469, 6.690, 6.982 max_d=6.982 avg_d=3.469 std_dev=3.221
O5' B 0, 0.587, 3.860, 7.134, 7.116 max_d=7.116 avg_d=3.860 std_dev=3.274
C5' B 0, 0.579, 4.043, 7.507, 7.484 max_d=7.484 avg_d=4.043 std_dev=3.464
P B 0, 0.353, 4.570, 8.787, 8.841 max_d=8.841 avg_d=4.570 std_dev=4.217
OP1 B 0, 0.445, 5.044, 9.643, 9.638 max_d=9.638 avg_d=5.044 std_dev=4.599
OP2 B 0, 0.478, 5.293, 10.107, 10.224 max_d=10.224 avg_d=5.293 std_dev=4.815

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.06 0.20 0.22 0.06
C2 0.03 0.00 0.07 0.08 0.03 0.05 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.09 0.04 0.02 0.07 0.31 0.42 0.07
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.11 0.01 0.09 0.02 0.08 0.04 0.09 0.11 0.00 0.02 0.12 0.01 0.02 0.04 0.06 0.02
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.12 0.00 0.11 0.02 0.08 0.04 0.09 0.11 0.02 0.01 0.13 0.01 0.02 0.17 0.07 0.01
C4 0.05 0.03 0.11 0.12 0.00 0.09 0.01 0.10 0.03 0.04 0.02 0.04 0.09 0.14 0.01 0.05 0.09 0.43 0.58 0.11
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.07 0.04 0.07 0.07 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.03 0.12 0.02
C5 0.04 0.02 0.09 0.11 0.01 0.09 0.00 0.09 0.01 0.02 0.02 0.03 0.08 0.13 0.02 0.04 0.07 0.43 0.60 0.09
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.10 0.01 0.09 0.00 0.07 0.04 0.07 0.07 0.04 0.03 0.11 0.01 0.00 0.08 0.23 0.03
C6 0.03 0.02 0.08 0.08 0.03 0.07 0.01 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.10 0.03 0.03 0.05 0.37 0.48 0.06
N1 0.02 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.02 0.07 0.30 0.39 0.06
N3 0.04 0.02 0.09 0.09 0.02 0.07 0.02 0.07 0.02 0.02 0.00 0.03 0.07 0.12 0.02 0.03 0.07 0.37 0.51 0.08
O2 0.04 0.01 0.11 0.11 0.04 0.07 0.03 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.08 0.12 0.05 0.03 0.09 0.27 0.36 0.08
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.09 0.03 0.08 0.04 0.07 0.04 0.07 0.08 0.00 0.03 0.10 0.04 0.03 0.05 0.06 0.03
O3' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.14 0.01 0.13 0.03 0.10 0.05 0.12 0.12 0.03 0.00 0.16 0.01 0.05 0.36 0.27 0.04
O4 0.06 0.04 0.12 0.13 0.01 0.10 0.02 0.11 0.03 0.04 0.02 0.05 0.10 0.16 0.00 0.06 0.10 0.46 0.62 0.13
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.24 0.15 0.07
O5' 0.06 0.07 0.02 0.02 0.09 0.01 0.07 0.00 0.05 0.07 0.07 0.09 0.03 0.05 0.10 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.20 0.31 0.04 0.17 0.43 0.03 0.43 0.08 0.37 0.30 0.37 0.27 0.05 0.36 0.46 0.24 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.42 0.06 0.07 0.58 0.12 0.60 0.23 0.48 0.39 0.51 0.36 0.06 0.27 0.62 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.07 0.02 0.01 0.11 0.02 0.09 0.03 0.06 0.06 0.08 0.08 0.03 0.04 0.13 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 1.00 0.09 0.54 0.38 0.38 0.13 0.61 0.35 0.42 0.76 0.87 0.18 0.33 0.02 0.21 0.85 0.04 0.65 0.59 0.72 0.61
C2 0.24 0.63 0.03 0.10 0.29 0.24 0.11 0.20 0.22 0.18 0.47 0.59 0.09 0.16 0.11 0.12 0.28 0.42 0.20 0.29 0.22 0.23
C2' 0.23 1.22 0.12 0.65 0.48 0.36 0.17 0.65 0.42 0.48 0.92 1.07 0.21 0.40 0.07 0.26 1.03 0.15 0.75 0.67 0.90 0.74
C3' 0.20 1.40 0.15 0.86 0.53 0.60 0.18 0.96 0.48 0.60 1.06 1.23 0.25 0.49 0.05 0.31 1.30 0.03 1.14 1.00 1.36 1.13
C4 0.23 0.28 0.03 0.26 0.16 0.64 0.07 0.69 0.08 0.06 0.19 0.29 0.05 0.07 0.12 0.02 0.24 0.59 0.69 0.78 0.67 0.70
C4' 0.01 1.30 0.19 0.97 0.42 0.92 0.10 1.31 0.43 0.68 1.00 1.10 0.22 0.54 0.09 0.24 1.38 0.34 1.45 1.35 1.62 1.43
C5 0.14 0.46 0.03 0.04 0.20 0.20 0.07 0.18 0.15 0.19 0.34 0.43 0.08 0.15 0.05 0.07 0.12 0.28 0.12 0.32 0.13 0.15
C5' 0.12 1.36 0.23 1.15 0.39 1.23 0.07 1.68 0.44 0.79 1.05 1.12 0.23 0.61 0.18 0.24 1.59 0.60 1.86 1.70 2.04 1.81
C6 0.11 0.73 0.06 0.33 0.29 0.18 0.10 0.30 0.25 0.32 0.55 0.66 0.13 0.24 0.03 0.17 0.58 0.09 0.35 0.25 0.43 0.30
N1 0.17 0.79 0.06 0.32 0.33 0.10 0.12 0.24 0.28 0.30 0.60 0.71 0.14 0.23 0.06 0.17 0.56 0.19 0.26 0.22 0.32 0.22
N3 0.26 0.40 0.02 0.14 0.22 0.56 0.09 0.59 0.12 0.07 0.28 0.40 0.05 0.08 0.13 0.05 0.07 0.60 0.62 0.68 0.64 0.64
O2 0.26 0.69 0.03 0.13 0.32 0.25 0.12 0.20 0.23 0.18 0.51 0.64 0.10 0.17 0.13 0.13 0.31 0.46 0.22 0.28 0.26 0.25
O2' 0.19 1.27 0.13 0.71 0.48 0.46 0.16 0.79 0.43 0.53 0.97 1.10 0.22 0.44 0.05 0.25 1.08 0.07 0.88 0.85 1.03 0.87
O3' 0.23 1.61 0.19 0.98 0.60 0.68 0.19 1.10 0.54 0.69 1.22 1.40 0.27 0.58 0.06 0.33 1.44 0.05 1.36 1.21 1.66 1.38
O4 0.25 0.05 0.05 0.54 0.07 1.01 0.05 1.16 0.05 0.13 0.05 0.07 0.08 0.08 0.14 0.12 0.63 0.80 1.19 1.24 1.18 1.19
O4' 0.03 1.05 0.13 0.73 0.35 0.74 0.09 1.03 0.36 0.54 0.82 0.88 0.19 0.41 0.08 0.20 1.07 0.30 1.08 1.01 1.17 1.03
O5' 0.09 1.27 0.22 1.12 0.38 1.12 0.08 1.49 0.40 0.75 0.96 1.07 0.21 0.58 0.16 0.27 1.60 0.52 1.69 1.42 1.85 1.62
OP1 0.51 1.38 0.46 1.59 0.30 2.06 0.10 2.53 0.54 0.87 1.13 1.03 0.39 0.59 0.37 0.12 1.99 1.32 2.58 2.30 2.61 2.49
OP2 0.46 1.65 0.49 0.63 0.83 0.75 0.41 1.32 0.72 0.43 1.28 1.55 0.45 0.30 0.29 1.07 0.92 0.12 1.75 1.38 2.03 1.68
P 0.31 1.22 0.31 1.37 0.28 1.55 0.06 1.95 0.37 0.89 0.92 0.99 0.20 0.67 0.31 0.17 1.80 0.91 2.17 1.78 2.28 2.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.31 0.22 0.57 0.41
C2 0.04 0.00 0.36 0.20 0.01 0.22 0.01 0.35 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.35 0.26 0.41 0.84 0.45 1.60 1.27
C2' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.17 0.01 0.07 0.06 0.14 0.23 0.27 0.35 0.09 0.14 0.03 0.01 0.02 0.01 0.39 0.24 0.63 0.34
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.10 0.01 0.07 0.06 0.10 0.11 0.16 0.18 0.09 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.34 0.24 0.44 0.18
C4 0.02 0.01 0.17 0.10 0.00 0.11 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.14 0.11 0.23 0.69 0.14 1.30 0.96
C4' 0.01 0.22 0.01 0.01 0.11 0.00 0.07 0.00 0.12 0.17 0.18 0.21 0.11 0.11 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.22 0.12 0.04
C5 0.03 0.01 0.07 0.07 0.01 0.07 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.08 0.11 0.67 0.15 1.46 0.93
C5' 0.07 0.35 0.06 0.06 0.19 0.00 0.18 0.00 0.22 0.37 0.31 0.31 0.22 0.30 0.15 0.00 0.07 0.01 0.01 0.28 0.19 0.09
C6 0.03 0.01 0.14 0.10 0.01 0.12 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.13 0.21 0.77 0.15 1.68 1.13
C8 0.02 0.02 0.23 0.11 0.02 0.17 0.01 0.37 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.20 0.15 0.22 0.33 0.67 0.82 0.33
N1 0.03 0.00 0.27 0.16 0.01 0.18 0.01 0.31 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.26 0.21 0.33 0.85 0.37 1.73 1.28
N3 0.04 0.00 0.35 0.18 0.00 0.21 0.01 0.31 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.33 0.23 0.40 0.76 0.35 1.38 1.12
N6 0.05 0.03 0.09 0.09 0.03 0.11 0.03 0.22 0.01 0.05 0.04 0.02 0.00 0.05 0.05 0.09 0.12 0.16 0.75 0.12 1.74 1.08
N7 0.03 0.01 0.14 0.07 0.01 0.11 0.01 0.30 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.13 0.10 0.11 0.47 0.56 1.20 0.56
N9 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.48 0.27 0.91 0.60
O2' 0.03 0.35 0.01 0.02 0.14 0.03 0.06 0.00 0.13 0.20 0.26 0.33 0.09 0.13 0.03 0.00 0.04 0.04 0.24 0.20 0.45 0.25
O3' 0.01 0.26 0.02 0.00 0.11 0.03 0.08 0.07 0.13 0.15 0.21 0.23 0.12 0.10 0.02 0.04 0.00 0.03 0.17 0.26 0.24 0.09
O4' 0.01 0.41 0.01 0.01 0.23 0.01 0.11 0.01 0.21 0.22 0.33 0.40 0.16 0.11 0.01 0.04 0.03 0.00 0.09 0.16 0.22 0.24
O5' 0.31 0.84 0.39 0.34 0.69 0.02 0.67 0.01 0.77 0.33 0.85 0.76 0.75 0.47 0.48 0.24 0.17 0.09 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.22 0.45 0.24 0.24 0.14 0.22 0.15 0.28 0.15 0.67 0.37 0.35 0.12 0.56 0.27 0.20 0.26 0.16 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.57 1.60 0.63 0.44 1.30 0.12 1.46 0.19 1.68 0.82 1.73 1.38 1.74 1.20 0.91 0.45 0.24 0.22 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.41 1.27 0.34 0.18 0.96 0.04 0.93 0.09 1.13 0.33 1.28 1.12 1.08 0.56 0.60 0.25 0.09 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00