ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49163

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.007, 0.020, 0.032, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.001, 0.015, 0.030, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.015, 0.044, 0.074, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.044 std_dev=0.030
O4 A 0, 0.028, 0.069, 0.110, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.069 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.070, 0.197, 0.323, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.197 std_dev=0.127
C4' A 0, 0.123, 0.323, 0.523, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.323 std_dev=0.200
C2' A 0, 0.122, 0.324, 0.526, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.324 std_dev=0.202
C5' A 0, 0.114, 0.320, 0.525, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.320 std_dev=0.205
O5' A 0, 0.129, 0.366, 0.602, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.366 std_dev=0.236
C3' A 0, 0.203, 0.481, 0.760, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.481 std_dev=0.279
C2' B 0, 0.193, 0.524, 0.855, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.524 std_dev=0.331
O2' B 0, 0.186, 0.529, 0.871, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.529 std_dev=0.342
C3' B 0, 0.198, 0.624, 1.051, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.624 std_dev=0.426
OP2 A 0, 0.287, 0.767, 1.248, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.767 std_dev=0.480
O2' A 0, 0.348, 0.833, 1.318, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.833 std_dev=0.485
O3' B 0, 0.189, 0.744, 1.299, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.744 std_dev=0.555
O3' A 0, 0.409, 0.973, 1.537, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.973 std_dev=0.564
P A 0, 0.289, 0.863, 1.438, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.863 std_dev=0.575
O4' B 0, 0.219, 0.844, 1.469, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.844 std_dev=0.625
C4' B 0, 0.245, 0.871, 1.497, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.871 std_dev=0.626
C1' B 0, 0.215, 0.866, 1.517, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.866 std_dev=0.651
O5' B 0, 0.453, 1.186, 1.919, 1.887 max_d=1.887 avg_d=1.186 std_dev=0.733
P B 0, 0.330, 1.108, 1.887, 2.201 max_d=2.201 avg_d=1.108 std_dev=0.778
C5' B 0, 0.403, 1.282, 2.160, 2.283 max_d=2.283 avg_d=1.282 std_dev=0.879
OP1 A 0, 0.463, 1.342, 2.221, 2.433 max_d=2.433 avg_d=1.342 std_dev=0.879
N9 B 0, 0.220, 1.211, 2.201, 2.202 max_d=2.202 avg_d=1.211 std_dev=0.990
C8 B 0, 0.213, 1.404, 2.594, 2.663 max_d=2.663 avg_d=1.404 std_dev=1.190
OP2 B 0, 0.939, 2.262, 3.585, 3.354 max_d=3.354 avg_d=2.262 std_dev=1.323
OP1 B 0, 0.998, 2.366, 3.734, 3.252 max_d=3.252 avg_d=2.366 std_dev=1.368
C4 B 0, 0.357, 1.943, 3.530, 3.562 max_d=3.562 avg_d=1.943 std_dev=1.587
N7 B 0, 0.185, 2.039, 3.892, 3.985 max_d=3.985 avg_d=2.039 std_dev=1.854
N3 B 0, 0.566, 2.448, 4.330, 4.390 max_d=4.390 avg_d=2.448 std_dev=1.882
C5 B 0, 0.282, 2.296, 4.310, 4.394 max_d=4.394 avg_d=2.296 std_dev=2.014
C2 B 0, 0.704, 3.140, 5.576, 5.678 max_d=5.678 avg_d=3.140 std_dev=2.436
C6 B 0, 0.435, 3.062, 5.689, 5.812 max_d=5.812 avg_d=3.062 std_dev=2.627
N1 B 0, 0.656, 3.425, 6.194, 6.319 max_d=6.319 avg_d=3.425 std_dev=2.769
N6 B 0, 0.390, 3.558, 6.726, 6.903 max_d=6.903 avg_d=3.558 std_dev=3.168

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.11 0.03 0.00 0.03 0.07 0.18 0.08
C2 0.03 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.12 0.03 0.06 0.10 0.05 0.22 0.14
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.03 0.08 0.00 0.01 0.03 0.02 0.13 0.24 0.22 0.17
C3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.03 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.19 0.07 0.07
C4 0.03 0.02 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.12 0.06 0.00 0.04 0.11 0.14 0.24 0.19
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.08 0.06 0.03 0.04 0.00 0.00 0.08 0.08 0.02
C5 0.02 0.02 0.04 0.07 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.02 0.02 0.03 0.14 0.02 0.02 0.04 0.10 0.14 0.24 0.19
C5' 0.01 0.07 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.05 0.04 0.07 0.10 0.02 0.03 0.08 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01
C6 0.02 0.02 0.05 0.06 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.13 0.03 0.01 0.03 0.09 0.10 0.24 0.16
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.08 0.02 0.02 0.08 0.06 0.22 0.13
N3 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.07 0.02 0.00 0.00 0.01 0.10 0.10 0.02 0.05 0.10 0.09 0.22 0.16
O2 0.06 0.00 0.08 0.06 0.02 0.08 0.03 0.10 0.03 0.03 0.01 0.00 0.10 0.17 0.04 0.09 0.11 0.05 0.22 0.14
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.12 0.06 0.14 0.02 0.13 0.07 0.10 0.10 0.00 0.05 0.14 0.03 0.14 0.26 0.27 0.19
O3' 0.11 0.12 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.03 0.03 0.08 0.10 0.17 0.05 0.00 0.06 0.08 0.07 0.16 0.05 0.05
O4 0.03 0.03 0.03 0.05 0.00 0.04 0.02 0.08 0.01 0.02 0.02 0.04 0.14 0.06 0.00 0.04 0.12 0.16 0.24 0.21
O4' 0.00 0.06 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.09 0.03 0.08 0.04 0.00 0.10 0.05 0.18 0.11
O5' 0.03 0.10 0.13 0.08 0.11 0.00 0.10 0.00 0.09 0.08 0.10 0.11 0.14 0.07 0.12 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.07 0.05 0.24 0.19 0.14 0.08 0.14 0.02 0.10 0.06 0.09 0.05 0.26 0.16 0.16 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.18 0.22 0.22 0.07 0.24 0.08 0.24 0.05 0.24 0.22 0.22 0.22 0.27 0.05 0.24 0.18 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.14 0.17 0.07 0.19 0.02 0.19 0.01 0.16 0.13 0.16 0.14 0.19 0.05 0.21 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.50 1.61 0.35 0.10 1.16 0.17 1.19 0.32 1.42 0.71 1.61 1.39 1.44 0.93 0.80 0.34 0.09 0.07 0.16 0.34 0.42 0.22
C2 0.58 1.65 0.30 0.01 1.12 0.16 1.05 0.40 1.29 0.55 1.56 1.46 1.25 0.73 0.75 0.27 0.05 0.11 0.29 0.68 0.57 0.44
C2' 0.45 1.62 0.37 0.14 1.21 0.24 1.32 0.36 1.55 0.85 1.68 1.38 1.60 1.10 0.85 0.35 0.13 0.14 0.17 0.30 0.39 0.15
C3' 0.41 1.57 0.39 0.18 1.21 0.21 1.37 0.28 1.62 0.91 1.70 1.30 1.72 1.20 0.85 0.36 0.20 0.18 0.09 0.05 0.55 0.23
C4 0.59 1.27 0.24 0.06 0.86 0.10 0.70 0.32 0.86 0.30 1.12 1.20 0.77 0.39 0.58 0.19 0.15 0.27 0.29 0.74 0.64 0.47
C4' 0.41 1.44 0.38 0.22 1.08 0.12 1.19 0.17 1.42 0.76 1.53 1.21 1.49 1.00 0.76 0.38 0.25 0.11 0.06 0.18 0.44 0.18
C5 0.57 1.12 0.26 0.04 0.80 0.10 0.66 0.23 0.79 0.31 1.00 1.08 0.71 0.40 0.56 0.20 0.09 0.25 0.18 0.45 0.49 0.29
C5' 0.33 1.16 0.36 0.29 0.89 0.10 1.01 0.09 1.19 0.66 1.25 0.97 1.27 0.88 0.63 0.35 0.33 0.10 0.17 0.41 0.45 0.29
C6 0.55 1.26 0.31 0.07 0.92 0.10 0.84 0.24 0.99 0.46 1.18 1.17 0.95 0.59 0.65 0.27 0.04 0.13 0.14 0.33 0.42 0.22
N1 0.55 1.52 0.32 0.05 1.08 0.16 1.03 0.34 1.24 0.57 1.46 1.37 1.21 0.75 0.74 0.29 0.03 0.08 0.21 0.46 0.47 0.31
N3 0.61 1.53 0.28 0.04 1.03 0.12 0.91 0.38 1.12 0.44 1.40 1.39 1.05 0.58 0.69 0.24 0.11 0.20 0.32 0.80 0.65 0.51
O2 0.57 1.78 0.30 0.01 1.20 0.19 1.16 0.44 1.44 0.61 1.72 1.54 1.42 0.83 0.79 0.27 0.05 0.07 0.32 0.74 0.58 0.48
O2' 0.48 1.79 0.40 0.25 1.31 0.41 1.44 0.56 1.73 0.93 1.88 1.49 1.79 1.22 0.91 0.37 0.21 0.31 0.38 0.58 0.26 0.30
O3' 0.42 1.75 0.40 0.17 1.31 0.23 1.52 0.33 1.83 0.99 1.93 1.40 1.96 1.32 0.91 0.36 0.18 0.20 0.12 0.14 0.60 0.26
O4 0.55 1.14 0.18 0.12 0.73 0.12 0.53 0.32 0.68 0.17 0.96 1.08 0.56 0.22 0.48 0.14 0.24 0.33 0.35 0.91 0.77 0.58
O4' 0.46 1.45 0.36 0.18 1.05 0.12 1.08 0.20 1.30 0.64 1.46 1.26 1.32 0.85 0.73 0.36 0.20 0.09 0.07 0.18 0.38 0.14
O5' 0.32 0.99 0.36 0.30 0.81 0.12 0.91 0.12 1.04 0.63 1.07 0.85 1.10 0.81 0.60 0.34 0.32 0.11 0.22 0.47 0.47 0.34
OP1 0.09 0.61 0.19 0.27 0.53 0.16 0.74 0.17 0.85 0.54 0.78 0.46 1.00 0.75 0.37 0.16 0.37 0.19 0.29 0.65 0.56 0.45
OP2 0.10 0.30 0.15 0.25 0.32 0.19 0.52 0.18 0.56 0.46 0.45 0.21 0.68 0.60 0.24 0.18 0.31 0.22 0.30 0.69 0.59 0.48
P 0.10 0.57 0.20 0.28 0.48 0.16 0.64 0.17 0.73 0.47 0.69 0.45 0.83 0.63 0.34 0.16 0.35 0.16 0.28 0.65 0.52 0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.06 0.03 0.03 0.05 0.08 0.03 0.03 0.01 0.01 0.07 0.01 0.11 0.07 0.45 0.19
C2 0.08 0.00 0.11 0.18 0.03 0.23 0.02 0.54 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.37 0.13 0.23 0.75 0.81 0.78 0.87
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.07 0.08 0.11 0.04 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.27 0.27 0.11
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.20 0.00 0.28 0.01 0.28 0.33 0.22 0.15 0.31 0.35 0.21 0.03 0.00 0.01 0.06 0.31 0.18 0.06
C4 0.03 0.03 0.05 0.20 0.00 0.18 0.00 0.44 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.09 0.11 0.63 0.56 0.66 0.68
C4' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.18 0.00 0.22 0.01 0.24 0.17 0.24 0.19 0.26 0.21 0.13 0.17 0.02 0.01 0.01 0.15 0.25 0.08
C5 0.03 0.02 0.03 0.28 0.00 0.22 0.00 0.51 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.21 0.05 0.73 0.71 0.76 0.84
C5' 0.06 0.54 0.02 0.01 0.44 0.01 0.51 0.00 0.58 0.32 0.59 0.45 0.61 0.45 0.29 0.14 0.03 0.01 0.00 0.19 0.10 0.01
C6 0.03 0.01 0.05 0.28 0.01 0.24 0.01 0.58 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.33 0.18 0.09 0.83 0.90 0.88 1.00
C8 0.03 0.04 0.07 0.33 0.02 0.17 0.01 0.32 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.12 0.35 0.11 0.45 0.33 0.53 0.47
N1 0.05 0.01 0.08 0.22 0.01 0.24 0.02 0.59 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.37 0.10 0.17 0.84 0.93 0.87 1.00
N3 0.08 0.00 0.11 0.15 0.01 0.19 0.01 0.45 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.33 0.15 0.23 0.63 0.61 0.67 0.70
N6 0.03 0.01 0.04 0.31 0.01 0.26 0.01 0.61 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.33 0.25 0.06 0.86 0.98 0.94 1.07
N7 0.03 0.03 0.04 0.35 0.01 0.21 0.01 0.45 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.19 0.36 0.07 0.64 0.58 0.69 0.72
N9 0.01 0.05 0.01 0.21 0.02 0.13 0.02 0.29 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.14 0.13 0.01 0.42 0.29 0.53 0.43
O2' 0.01 0.37 0.00 0.03 0.27 0.17 0.27 0.14 0.33 0.12 0.37 0.33 0.33 0.19 0.14 0.00 0.06 0.19 0.08 0.23 0.26 0.07
O3' 0.07 0.13 0.03 0.00 0.09 0.02 0.21 0.03 0.18 0.35 0.10 0.15 0.25 0.36 0.13 0.06 0.00 0.03 0.09 0.41 0.31 0.13
O4' 0.01 0.23 0.01 0.01 0.11 0.01 0.05 0.01 0.09 0.11 0.17 0.23 0.06 0.07 0.01 0.19 0.03 0.00 0.07 0.09 0.53 0.25
O5' 0.11 0.75 0.06 0.06 0.63 0.01 0.73 0.00 0.83 0.45 0.84 0.63 0.86 0.64 0.42 0.08 0.09 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.07 0.81 0.27 0.31 0.56 0.15 0.71 0.19 0.90 0.33 0.93 0.61 0.98 0.58 0.29 0.23 0.41 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.45 0.78 0.27 0.18 0.66 0.25 0.76 0.10 0.88 0.53 0.87 0.67 0.94 0.69 0.53 0.26 0.31 0.53 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.19 0.87 0.11 0.06 0.68 0.08 0.84 0.01 1.00 0.47 1.00 0.70 1.07 0.72 0.43 0.07 0.13 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00