ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49165

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.002, 0.019, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.017
O4 A 0, 0.007, 0.025, 0.044, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.006, 0.025, 0.044, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.025 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.008, 0.028, 0.047, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.007, 0.033, 0.059, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.033 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.020, 0.068, 0.116, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.068 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.012, 0.078, 0.145, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.078 std_dev=0.066
C2' A 0, 0.031, 0.115, 0.198, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.115 std_dev=0.084
C3' A 0, 0.006, 0.108, 0.210, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.108 std_dev=0.102
O2' A 0, 0.048, 0.169, 0.290, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.169 std_dev=0.121
C4' A 0, 0.050, 0.189, 0.328, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.189 std_dev=0.139
O3' A 0, 0.040, 0.200, 0.361, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.200 std_dev=0.160
C5' A 0, 0.107, 0.381, 0.655, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.381 std_dev=0.274
O5' A 0, 0.116, 0.400, 0.684, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.400 std_dev=0.284
P A 0, 0.161, 0.553, 0.945, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.553 std_dev=0.392
C2' B 0, 0.238, 0.824, 1.409, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.824 std_dev=0.585
C1' B 0, 0.267, 0.922, 1.577, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.922 std_dev=0.655
O2' B 0, 0.284, 0.996, 1.708, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.996 std_dev=0.712
OP2 A 0, 0.345, 1.179, 2.013, 1.770 max_d=1.770 avg_d=1.179 std_dev=0.834
C3' B 0, 0.448, 1.540, 2.632, 2.416 max_d=2.416 avg_d=1.540 std_dev=1.092
C4' B 0, 0.457, 1.565, 2.673, 2.403 max_d=2.403 avg_d=1.565 std_dev=1.108
O4' B 0, 0.463, 1.583, 2.702, 2.394 max_d=2.394 avg_d=1.583 std_dev=1.119
C5' B 0, 0.563, 1.924, 3.284, 2.899 max_d=2.899 avg_d=1.924 std_dev=1.360
O5' B 0, 0.494, 1.863, 3.232, 3.251 max_d=3.251 avg_d=1.863 std_dev=1.369
OP1 A 0, 0.652, 2.232, 3.812, 3.437 max_d=3.437 avg_d=2.232 std_dev=1.580
N9 B 0, 0.655, 2.236, 3.817, 3.385 max_d=3.385 avg_d=2.236 std_dev=1.581
N3 B 0, 0.651, 2.238, 3.825, 3.498 max_d=3.498 avg_d=2.238 std_dev=1.587
OP1 B 0, 0.673, 2.300, 3.927, 3.498 max_d=3.498 avg_d=2.300 std_dev=1.627
C4 B 0, 0.790, 2.697, 4.605, 4.099 max_d=4.099 avg_d=2.697 std_dev=1.908
P B 0, 0.885, 3.039, 5.193, 4.745 max_d=4.745 avg_d=3.039 std_dev=2.154
C2 B 0, 0.895, 3.064, 5.233, 4.725 max_d=4.725 avg_d=3.064 std_dev=2.169
O3' B 0, 0.926, 3.168, 5.410, 4.874 max_d=4.874 avg_d=3.168 std_dev=2.242
C8 B 0, 1.000, 3.417, 5.834, 5.179 max_d=5.179 avg_d=3.417 std_dev=2.417
C5 B 0, 1.181, 4.031, 6.882, 6.071 max_d=6.071 avg_d=4.031 std_dev=2.851
N1 B 0, 1.229, 4.198, 7.166, 6.363 max_d=6.363 avg_d=4.198 std_dev=2.969
OP2 B 0, 1.255, 4.292, 7.328, 6.582 max_d=6.582 avg_d=4.292 std_dev=3.037
N7 B 0, 1.317, 4.500, 7.683, 6.838 max_d=6.838 avg_d=4.500 std_dev=3.183
C6 B 0, 1.390, 4.745, 8.101, 7.130 max_d=7.130 avg_d=4.745 std_dev=3.356
N6 B 0, 1.767, 6.034, 10.302, 9.139 max_d=9.139 avg_d=6.034 std_dev=4.268

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.09 0.02
C2 0.03 0.00 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.03 0.02 0.08 0.29 0.22 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.10 0.09 0.04
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.06 0.23 0.07 0.06
C4 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.00 0.03 0.13 0.58 0.29 0.16
C4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.01 0.21 0.10 0.02
C5 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.13 0.58 0.27 0.16
C5' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.10 0.05 0.07 0.01 0.06 0.03 0.11 0.00 0.00 0.24 0.23 0.00
C6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.10 0.40 0.21 0.11
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.07 0.25 0.18 0.07
N3 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02 0.02 0.11 0.44 0.27 0.12
O2 0.04 0.00 0.07 0.06 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.07 0.04 0.03 0.05 0.19 0.21 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.06 0.06 0.04 0.06 0.02 0.02 0.07 0.08 0.00 0.03 0.07 0.04 0.01 0.20 0.03 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.07 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.45 0.09 0.11
O4 0.03 0.03 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.03 0.02 0.04 0.07 0.03 0.00 0.03 0.14 0.67 0.32 0.18
O4' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.07 0.05
O5' 0.03 0.08 0.05 0.06 0.13 0.01 0.13 0.00 0.10 0.07 0.11 0.05 0.01 0.07 0.14 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.29 0.10 0.23 0.58 0.21 0.58 0.24 0.40 0.25 0.44 0.19 0.20 0.45 0.67 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.22 0.09 0.07 0.29 0.10 0.27 0.23 0.21 0.18 0.27 0.21 0.03 0.09 0.32 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.02 0.08 0.04 0.06 0.16 0.02 0.16 0.00 0.11 0.07 0.12 0.05 0.02 0.11 0.18 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.99 0.22 0.27 0.74 0.10 0.88 0.11 1.05 0.58 1.10 0.79 1.14 0.78 0.53 0.19 0.50 0.02 0.14 0.26 0.44 0.13
C2 0.31 1.13 0.15 0.15 0.91 0.09 1.14 0.05 1.34 0.83 1.34 0.87 1.48 1.08 0.69 0.11 0.25 0.13 0.30 0.37 0.71 0.36
C2' 0.24 1.03 0.22 0.22 0.79 0.16 0.97 0.18 1.16 0.65 1.20 0.80 1.29 0.88 0.56 0.20 0.38 0.05 0.14 0.21 0.49 0.13
C3' 0.18 0.91 0.24 0.23 0.68 0.24 0.84 0.29 1.01 0.54 1.05 0.71 1.12 0.75 0.47 0.25 0.40 0.16 0.12 0.18 0.37 0.04
C4 0.34 1.05 0.14 0.10 0.98 0.11 1.24 0.07 1.38 0.96 1.29 0.84 1.51 1.21 0.77 0.14 0.10 0.17 0.38 0.45 0.85 0.49
C4' 0.10 0.78 0.21 0.26 0.52 0.24 0.61 0.31 0.77 0.33 0.85 0.60 0.83 0.50 0.32 0.22 0.54 0.23 0.14 0.23 0.17 0.15
C5 0.29 0.88 0.18 0.15 0.82 0.13 0.99 0.07 1.09 0.77 1.04 0.74 1.18 0.96 0.65 0.14 0.22 0.06 0.27 0.36 0.67 0.34
C5' 0.08 0.57 0.16 0.21 0.33 0.36 0.39 0.46 0.53 0.17 0.61 0.43 0.57 0.29 0.16 0.20 0.51 0.40 0.31 0.33 0.16 0.35
C6 0.25 0.89 0.21 0.22 0.74 0.13 0.88 0.10 1.01 0.64 1.01 0.73 1.09 0.82 0.56 0.18 0.39 0.02 0.19 0.30 0.53 0.21
N1 0.28 1.02 0.19 0.21 0.81 0.09 0.98 0.07 1.15 0.69 1.17 0.81 1.25 0.91 0.60 0.16 0.38 0.05 0.22 0.31 0.57 0.24
N3 0.33 1.15 0.13 0.10 0.98 0.09 1.26 0.06 1.46 0.94 1.42 0.88 1.62 1.21 0.76 0.13 0.12 0.17 0.37 0.43 0.84 0.47
O2 0.32 1.17 0.14 0.14 0.93 0.07 1.17 0.04 1.40 0.84 1.41 0.89 1.56 1.10 0.69 0.11 0.25 0.15 0.31 0.37 0.73 0.38
O2' 0.25 1.07 0.23 0.25 0.79 0.14 0.96 0.17 1.17 0.63 1.22 0.83 1.29 0.86 0.55 0.21 0.46 0.04 0.12 0.22 0.45 0.10
O3' 0.17 0.92 0.26 0.23 0.68 0.27 0.84 0.34 1.03 0.54 1.07 0.71 1.15 0.76 0.46 0.27 0.38 0.20 0.16 0.17 0.35 0.08
O4 0.36 1.02 0.13 0.14 1.05 0.11 1.39 0.11 1.53 1.11 1.35 0.80 1.68 1.40 0.85 0.21 0.20 0.23 0.48 0.53 1.01 0.62
O4' 0.18 0.82 0.24 0.33 0.59 0.11 0.67 0.16 0.81 0.40 0.89 0.67 0.86 0.56 0.39 0.23 0.63 0.10 0.07 0.23 0.26 0.01
O5' 0.02 0.54 0.18 0.21 0.36 0.36 0.43 0.44 0.55 0.22 0.60 0.41 0.60 0.36 0.20 0.22 0.45 0.37 0.25 0.28 0.13 0.25
OP1 0.78 0.21 0.56 0.62 0.40 1.24 0.32 1.31 0.20 0.55 0.14 0.35 0.16 0.40 0.57 0.49 0.50 1.20 0.98 0.97 0.65 0.99
OP2 0.16 0.58 0.54 0.50 0.45 0.26 0.49 0.36 0.58 0.30 0.62 0.49 0.61 0.42 0.31 0.64 0.68 0.32 0.18 0.25 0.15 0.17
P 0.14 0.35 0.12 0.12 0.18 0.54 0.25 0.65 0.36 0.08 0.40 0.24 0.40 0.18 0.04 0.18 0.31 0.56 0.40 0.43 0.15 0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.06 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.22 0.01 0.11 0.22 0.17 0.10
C2 0.06 0.00 0.30 0.26 0.01 0.09 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.08 0.13 0.15 0.14 0.08 0.03
C2' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.15 0.00 0.07 0.14 0.14 0.15 0.23 0.30 0.10 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.32 0.42 0.50 0.38
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.20 0.00 0.22 0.01 0.26 0.13 0.28 0.22 0.26 0.17 0.14 0.01 0.01 0.01 0.14 0.27 0.15 0.10
C4 0.02 0.01 0.15 0.20 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.05 0.06 0.17 0.15 0.10 0.05
C4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.10 0.08 0.08 0.08 0.09 0.05 0.20 0.02 0.00 0.02 0.22 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.22 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.02 0.02 0.24 0.16 0.05 0.07
C5' 0.05 0.07 0.14 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.06 0.08 0.04 0.06 0.01 0.05 0.13 0.01 0.01 0.20 0.04 0.02
C6 0.03 0.01 0.14 0.26 0.02 0.07 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.12 0.06 0.05 0.25 0.16 0.04 0.08
C8 0.03 0.01 0.15 0.13 0.00 0.10 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.28 0.04 0.10 0.25 0.16 0.09 0.08
N1 0.06 0.01 0.23 0.28 0.03 0.08 0.00 0.06 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.07 0.10 0.20 0.15 0.05 0.05
N3 0.05 0.01 0.30 0.22 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.13 0.09 0.13 0.12 0.14 0.11 0.04
N6 0.02 0.02 0.10 0.26 0.02 0.08 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.17 0.08 0.02 0.30 0.19 0.08 0.13
N7 0.02 0.01 0.09 0.17 0.01 0.09 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.28 0.03 0.06 0.28 0.16 0.05 0.11
N9 0.01 0.02 0.02 0.14 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.08 0.01 0.16 0.16 0.13 0.06
O2' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.07 0.20 0.17 0.05 0.12 0.28 0.02 0.13 0.17 0.28 0.14 0.00 0.02 0.14 0.24 0.36 0.52 0.31
O3' 0.22 0.08 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.13 0.06 0.04 0.07 0.09 0.08 0.03 0.08 0.02 0.00 0.16 0.09 0.29 0.04 0.06
O4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.05 0.10 0.10 0.13 0.02 0.06 0.01 0.14 0.16 0.00 0.19 0.22 0.04 0.09
O5' 0.11 0.15 0.32 0.14 0.17 0.02 0.24 0.01 0.25 0.25 0.20 0.12 0.30 0.28 0.16 0.24 0.09 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.22 0.14 0.42 0.27 0.15 0.22 0.16 0.20 0.16 0.16 0.15 0.14 0.19 0.16 0.16 0.36 0.29 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.08 0.50 0.15 0.10 0.04 0.05 0.04 0.04 0.09 0.05 0.11 0.08 0.05 0.13 0.52 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.03 0.38 0.10 0.05 0.02 0.07 0.02 0.08 0.08 0.05 0.04 0.13 0.11 0.06 0.31 0.06 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00