ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49166

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.006, 0.023, 0.039, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.002, 0.022, 0.042, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.020
C6 A 0, 0.004, 0.025, 0.047, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.009, 0.033, 0.056, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.033 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.005, 0.029, 0.054, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.029 std_dev=0.025
O2 A 0, 0.010, 0.039, 0.069, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.039 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.012, 0.059, 0.106, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.059 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.036, 0.122, 0.208, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.122 std_dev=0.086
C2' A 0, 0.046, 0.159, 0.271, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.159 std_dev=0.113
C4' A 0, 0.060, 0.204, 0.349, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.204 std_dev=0.145
O2' A 0, 0.065, 0.222, 0.380, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.222 std_dev=0.158
C3' A 0, 0.073, 0.249, 0.426, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.249 std_dev=0.176
O3' A 0, 0.100, 0.341, 0.582, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.341 std_dev=0.241
C5' A 0, 0.114, 0.394, 0.673, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.394 std_dev=0.279
N6 B 0, 0.113, 0.408, 0.703, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.408 std_dev=0.295
C6 B 0, 0.121, 0.425, 0.728, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.425 std_dev=0.303
O2' B 0, 0.122, 0.437, 0.752, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.437 std_dev=0.315
N1 B 0, 0.128, 0.445, 0.761, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.445 std_dev=0.317
C5 B 0, 0.138, 0.475, 0.812, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.475 std_dev=0.337
C2 B 0, 0.139, 0.479, 0.820, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.479 std_dev=0.341
N7 B 0, 0.141, 0.484, 0.827, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.484 std_dev=0.343
C4 B 0, 0.150, 0.517, 0.883, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.517 std_dev=0.367
N3 B 0, 0.151, 0.520, 0.890, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.520 std_dev=0.370
C8 B 0, 0.159, 0.544, 0.929, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.544 std_dev=0.385
N9 B 0, 0.159, 0.549, 0.938, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.549 std_dev=0.390
O3' B 0, 0.146, 0.564, 0.982, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.564 std_dev=0.418
C2' B 0, 0.168, 0.588, 1.008, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.588 std_dev=0.420
C1' B 0, 0.170, 0.593, 1.016, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.593 std_dev=0.423
C3' B 0, 0.198, 0.699, 1.200, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.699 std_dev=0.501
O4' B 0, 0.223, 0.768, 1.312, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.768 std_dev=0.544
C4' B 0, 0.241, 0.835, 1.428, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.835 std_dev=0.593
O5' A 0, 0.245, 0.840, 1.435, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.840 std_dev=0.595
P A 0, 0.278, 0.960, 1.641, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.960 std_dev=0.681
C5' B 0, 0.292, 0.999, 1.705, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.999 std_dev=0.706
OP1 A 0, 0.288, 0.997, 1.705, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.997 std_dev=0.709
OP2 A 0, 0.317, 1.104, 1.891, 1.780 max_d=1.780 avg_d=1.104 std_dev=0.787
O5' B 0, 0.372, 1.274, 2.177, 1.977 max_d=1.977 avg_d=1.274 std_dev=0.903
P B 0, 0.357, 1.267, 2.177, 2.093 max_d=2.093 avg_d=1.267 std_dev=0.910
OP2 B 0, 0.349, 1.300, 2.250, 2.247 max_d=2.247 avg_d=1.300 std_dev=0.951
OP1 B 0, 0.358, 1.325, 2.292, 2.281 max_d=2.281 avg_d=1.325 std_dev=0.967

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.11 0.11 0.07
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.10 0.10 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.07 0.05 0.02
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.04 0.02 0.07 0.07 0.04 0.01
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.06 0.18 0.18 0.12
C4' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.02 0.08 0.05 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.02 0.03 0.08 0.21 0.22 0.15
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.04 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.01 0.02
C6 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.10 0.20 0.20 0.15
N1 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.13 0.13 0.09
N3 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.13 0.13 0.07
O2 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.01 0.05 0.06 0.06 0.02
O2' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.08 0.06 0.03
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.02 0.05 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.07 0.05 0.05
O4 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.05 0.06 0.19 0.19 0.13
O4' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.09 0.14 0.14 0.10
O5' 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.02 0.08 0.01 0.10 0.07 0.04 0.05 0.02 0.08 0.06 0.09 0.00 0.04 0.01 0.01
OP1 0.11 0.10 0.07 0.07 0.18 0.08 0.21 0.08 0.20 0.13 0.13 0.06 0.08 0.07 0.19 0.14 0.04 0.00 0.04 0.03
OP2 0.11 0.10 0.05 0.04 0.18 0.05 0.22 0.01 0.20 0.13 0.13 0.06 0.06 0.05 0.19 0.14 0.01 0.04 0.00 0.01
P 0.07 0.06 0.02 0.01 0.12 0.02 0.15 0.02 0.15 0.09 0.07 0.02 0.03 0.05 0.13 0.10 0.01 0.03 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.36 0.30 0.18 0.28
C2 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.08 0.05 0.02 0.07 0.08 0.08 0.09 0.41 0.33 0.24 0.32
C2' 0.05 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.06 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.37 0.29 0.17 0.28
C3' 0.06 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.06 0.35 0.29 0.14 0.26
C4 0.08 0.05 0.09 0.08 0.07 0.08 0.09 0.05 0.10 0.05 0.07 0.07 0.12 0.08 0.07 0.10 0.09 0.10 0.42 0.32 0.21 0.31
C4' 0.07 0.04 0.04 0.02 0.06 0.04 0.06 0.04 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.03 0.03 0.07 0.30 0.26 0.11 0.23
C5 0.06 0.08 0.06 0.06 0.09 0.06 0.12 0.05 0.13 0.07 0.11 0.08 0.14 0.11 0.06 0.09 0.07 0.07 0.36 0.28 0.13 0.25
C5' 0.06 0.04 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.06 0.06 0.03 0.06 0.24 0.21 0.05 0.16
C6 0.04 0.08 0.05 0.06 0.06 0.06 0.09 0.04 0.11 0.05 0.11 0.06 0.12 0.08 0.03 0.08 0.07 0.05 0.34 0.27 0.13 0.24
N1 0.06 0.04 0.06 0.06 0.04 0.07 0.03 0.03 0.06 0.01 0.06 0.06 0.07 0.03 0.04 0.07 0.07 0.07 0.37 0.30 0.18 0.28
N3 0.09 0.06 0.08 0.08 0.07 0.09 0.06 0.05 0.07 0.05 0.05 0.08 0.07 0.04 0.08 0.09 0.08 0.10 0.44 0.35 0.26 0.34
O2 0.08 0.09 0.06 0.06 0.07 0.07 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.09 0.03 0.03 0.07 0.06 0.07 0.09 0.42 0.34 0.26 0.34
O2' 0.07 0.06 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.08 0.04 0.03 0.06 0.03 0.05 0.07 0.37 0.30 0.19 0.29
O3' 0.07 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.05 0.03 0.06 0.06 0.35 0.29 0.14 0.26
O4 0.10 0.05 0.11 0.10 0.08 0.10 0.10 0.06 0.09 0.07 0.06 0.07 0.12 0.10 0.09 0.12 0.10 0.12 0.45 0.34 0.23 0.33
O4' 0.07 0.02 0.04 0.03 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.06 0.07 0.07 0.03 0.03 0.07 0.34 0.30 0.16 0.26
O5' 0.18 0.10 0.11 0.12 0.13 0.15 0.08 0.09 0.05 0.12 0.06 0.14 0.03 0.09 0.15 0.11 0.18 0.18 0.38 0.32 0.14 0.28
OP1 0.24 0.14 0.20 0.21 0.18 0.22 0.15 0.17 0.12 0.20 0.11 0.18 0.10 0.17 0.22 0.22 0.26 0.24 0.46 0.39 0.22 0.36
OP2 0.26 0.16 0.23 0.23 0.20 0.23 0.17 0.17 0.14 0.21 0.14 0.20 0.12 0.19 0.24 0.26 0.29 0.25 0.48 0.38 0.19 0.35
P 0.21 0.11 0.16 0.17 0.14 0.18 0.11 0.12 0.08 0.16 0.08 0.15 0.06 0.13 0.18 0.18 0.23 0.20 0.41 0.34 0.16 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.20 0.17 0.06 0.15
C2 0.03 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.08 0.10 0.03 0.25 0.22 0.16 0.22
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.22 0.01 0.17
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.06 0.07 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.18 0.07 0.09
C4 0.03 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.03 0.27 0.22 0.15 0.22
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.15 0.05
C5 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.05 0.32 0.27 0.22 0.28
C5' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.11 0.20 0.01
C6 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.06 0.05 0.33 0.29 0.24 0.29
C8 0.04 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.35 0.27 0.18 0.27
N1 0.04 0.01 0.05 0.06 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.07 0.09 0.05 0.29 0.26 0.21 0.26
N3 0.03 0.01 0.05 0.07 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.08 0.09 0.02 0.23 0.19 0.12 0.19
N6 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.04 0.35 0.30 0.27 0.30
N7 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.07 0.36 0.31 0.25 0.31
N9 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.27 0.21 0.11 0.21
O2' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.07 0.08 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.27 0.24 0.04 0.18
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.09 0.09 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.14 0.08 0.05
O4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05 0.02 0.04 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.11 0.13 0.11
O5' 0.20 0.25 0.27 0.14 0.27 0.01 0.32 0.01 0.33 0.35 0.29 0.23 0.35 0.36 0.27 0.27 0.05 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.17 0.22 0.22 0.18 0.22 0.09 0.27 0.11 0.29 0.27 0.26 0.19 0.30 0.31 0.21 0.24 0.14 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02
OP2 0.06 0.16 0.01 0.07 0.15 0.15 0.22 0.20 0.24 0.18 0.21 0.12 0.27 0.25 0.11 0.04 0.08 0.13 0.02 0.02 0.00 0.02
P 0.15 0.22 0.17 0.09 0.22 0.05 0.28 0.01 0.29 0.27 0.26 0.19 0.30 0.31 0.21 0.18 0.05 0.11 0.00 0.02 0.02 0.00