Doublet Group distance statistics: 49168

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.003 std_dev=0.004
N3	A	0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N1	A	0, 0.003, 0.016, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C2	A	0, 0.003, 0.020, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C6	A	0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C4	A	0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C1'	A	0, 0.003, 0.021, 0.040, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.021 std_dev=0.018
O2	A	0, 0.011, 0.051, 0.091, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.051 std_dev=0.040
C4'	A	0, 0.024, 0.111, 0.198, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.111 std_dev=0.087
O4	A	0, -0.028, 0.084, 0.197, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.084 std_dev=0.113
O4'	A	0, -0.031, 0.105, 0.242, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.105 std_dev=0.137
C3'	A	0, 0.032, 0.198, 0.365, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.198 std_dev=0.167
O3'	B	0, 0.065, 0.236, 0.406, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.236 std_dev=0.170
C2'	A	0, 0.006, 0.193, 0.381, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.193 std_dev=0.187
O3'	A	0, 0.064, 0.269, 0.473, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.269 std_dev=0.204
C3'	B	0, 0.089, 0.306, 0.524, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.306 std_dev=0.217
C5'	A	0, 0.002, 0.223, 0.443, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.223 std_dev=0.220
C2'	B	0, 0.068, 0.299, 0.529, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.299 std_dev=0.230
P	A	0, 0.092, 0.326, 0.560, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.326 std_dev=0.234
O2'	A	0, 0.014, 0.323, 0.633, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.323 std_dev=0.310
O2'	B	0, 0.103, 0.421, 0.738, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.421 std_dev=0.318
C1'	B	0, 0.025, 0.367, 0.709, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.367 std_dev=0.342
O4'	B	0, 0.127, 0.504, 0.881, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.504 std_dev=0.377
C4'	B	0, 0.155, 0.556, 0.957, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.556 std_dev=0.401
OP1	A	0, 0.169, 0.590, 1.011, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.590 std_dev=0.421
N9	B	0, 0.073, 0.504, 0.936, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.504 std_dev=0.432
C4	B	0, 0.177, 0.624, 1.070, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.624 std_dev=0.447
N3	B	0, 0.163, 0.656, 1.148, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.656 std_dev=0.493
C5	B	0, 0.168, 0.708, 1.249, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.708 std_dev=0.541
C8	B	0, -0.003, 0.573, 1.150, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.573 std_dev=0.577
C6	B	0, 0.231, 0.811, 1.392, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.811 std_dev=0.581
C2	B	0, 0.163, 0.759, 1.355, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.759 std_dev=0.596
N1	B	0, 0.226, 0.833, 1.441, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.833 std_dev=0.608
O5'	A	0, -0.160, 0.468, 1.097, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.468 std_dev=0.629
N7	B	0, 0.063, 0.696, 1.329, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.696 std_dev=0.633
OP2	A	0, 0.205, 0.845, 1.485, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.845 std_dev=0.640
N6	B	0, 0.236, 0.901, 1.565, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.901 std_dev=0.665
C5'	B	0, 0.186, 0.879, 1.573, 1.695 max_d=1.695 avg_d=0.879 std_dev=0.694
O5'	B	0, -0.046, 1.723, 3.491, 4.155 max_d=4.155 avg_d=1.723 std_dev=1.769
OP2	B	0, -0.012, 2.082, 4.175, 4.946 max_d=4.946 avg_d=2.082 std_dev=2.093
P	B	0, -0.142, 2.152, 4.446, 5.331 max_d=5.331 avg_d=2.152 std_dev=2.294
OP1	B	0, -0.408, 2.611, 5.630, 6.842 max_d=6.842 avg_d=2.611 std_dev=3.019

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.00	0.05	0.12	0.41	0.11
C2	0.01	0.00	0.07	0.06	0.00	0.02	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.06	0.07	0.00	0.00	0.06	0.15	0.39	0.13
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.01	0.00	0.03	0.01	0.04	0.01	0.05	0.13	0.01	0.03	0.01	0.00	0.30	0.19	0.26	0.19
C3'	0.01	0.06	0.00	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.02	0.04	0.10	0.02	0.00	0.01	0.00	0.36	0.20	0.22	0.20
C4	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.09	0.19	0.31	0.15
C4'	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.04	0.02	0.00	0.00	0.08	0.38	0.05
C5	0.01	0.00	0.03	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.02	0.00	0.03	0.11	0.19	0.30	0.16
C5'	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.00	0.02	0.02	0.02	0.03	0.02	0.06	0.02	0.01	0.00	0.10	0.34	0.01
C6	0.01	0.00	0.04	0.03	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.02	0.01	0.03	0.11	0.18	0.36	0.15
N1	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.08	0.15	0.40	0.13
N3	0.01	0.00	0.05	0.04	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.05	0.06	0.00	0.00	0.07	0.17	0.36	0.15
O2	0.02	0.01	0.13	0.10	0.01	0.03	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.00	0.13	0.12	0.01	0.01	0.04	0.13	0.41	0.12
O2'	0.01	0.06	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.01	0.05	0.13	0.00	0.02	0.02	0.01	0.19	0.16	0.29	0.15
O3'	0.00	0.07	0.03	0.00	0.02	0.04	0.02	0.06	0.02	0.02	0.06	0.12	0.02	0.00	0.02	0.03	0.29	0.22	0.19	0.18
O4	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.03	0.07	0.19	0.28	0.15
O4'	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.03	0.01	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.03	0.00	0.11	0.08	0.49	0.12
O5'	0.05	0.06	0.30	0.36	0.09	0.00	0.11	0.00	0.11	0.08	0.07	0.04	0.19	0.29	0.07	0.11	0.00	0.03	0.01	0.00
OP1	0.12	0.15	0.19	0.20	0.19	0.08	0.19	0.10	0.18	0.15	0.17	0.13	0.16	0.22	0.19	0.08	0.03	0.00	0.01	0.00
OP2	0.41	0.39	0.26	0.22	0.31	0.38	0.30	0.34	0.36	0.40	0.36	0.41	0.29	0.19	0.28	0.49	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.11	0.13	0.19	0.20	0.15	0.05	0.16	0.01	0.15	0.13	0.15	0.12	0.15	0.18	0.15	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.18	0.56	0.18	0.08	0.39	0.19	0.38	0.25	0.43	0.26	0.52	0.49	0.41	0.31	0.27	0.16	0.09	0.13	0.43	0.30	0.42	0.47
C2	0.03	0.31	0.09	0.10	0.16	0.29	0.16	0.44	0.22	0.05	0.29	0.24	0.21	0.10	0.07	0.19	0.07	0.15	0.91	0.91	0.92	1.00
C2'	0.16	0.54	0.11	0.14	0.33	0.24	0.32	0.27	0.39	0.21	0.50	0.44	0.37	0.25	0.22	0.08	0.17	0.19	0.41	0.32	0.41	0.49
C3'	0.26	0.82	0.17	0.14	0.57	0.20	0.57	0.20	0.67	0.39	0.79	0.69	0.63	0.47	0.40	0.11	0.17	0.25	0.21	0.26	0.21	0.23
C4	0.10	0.13	0.02	0.16	0.09	0.39	0.09	0.58	0.10	0.12	0.12	0.11	0.10	0.10	0.10	0.21	0.05	0.25	1.14	1.05	1.15	1.15
C4'	0.34	0.87	0.28	0.15	0.68	0.15	0.69	0.16	0.77	0.52	0.85	0.77	0.73	0.60	0.52	0.15	0.11	0.26	0.17	0.36	0.20	0.19
C5	0.01	0.21	0.07	0.11	0.11	0.30	0.09	0.41	0.12	0.02	0.18	0.19	0.10	0.03	0.04	0.23	0.08	0.14	0.71	0.50	0.76	0.68
C5'	0.45	1.00	0.36	0.21	0.84	0.19	0.87	0.21	0.94	0.68	1.01	0.90	0.91	0.78	0.67	0.16	0.13	0.37	0.39	0.74	0.48	0.45
C6	0.11	0.37	0.14	0.08	0.25	0.22	0.22	0.29	0.25	0.12	0.32	0.35	0.22	0.15	0.16	0.21	0.09	0.09	0.48	0.28	0.51	0.48
N1	0.10	0.41	0.14	0.08	0.27	0.23	0.25	0.32	0.30	0.14	0.38	0.37	0.27	0.19	0.17	0.19	0.09	0.11	0.61	0.49	0.62	0.65
N3	0.07	0.17	0.03	0.14	0.07	0.36	0.07	0.55	0.11	0.06	0.16	0.12	0.11	0.05	0.05	0.20	0.06	0.22	1.15	1.18	1.16	1.23
O2	0.03	0.33	0.09	0.10	0.18	0.30	0.19	0.45	0.25	0.07	0.32	0.25	0.25	0.13	0.08	0.18	0.08	0.15	0.97	1.04	0.98	1.10
O2'	0.15	0.39	0.10	0.14	0.23	0.28	0.23	0.33	0.29	0.16	0.37	0.30	0.28	0.19	0.16	0.07	0.14	0.20	0.57	0.53	0.58	0.68
O3'	0.26	0.83	0.17	0.14	0.57	0.20	0.60	0.21	0.71	0.41	0.84	0.67	0.70	0.50	0.41	0.11	0.17	0.25	0.22	0.25	0.22	0.24
O4	0.22	0.16	0.08	0.22	0.22	0.49	0.22	0.76	0.21	0.26	0.18	0.18	0.21	0.25	0.24	0.20	0.03	0.40	1.48	1.44	1.48	1.49
O4'	0.32	0.76	0.31	0.14	0.61	0.12	0.59	0.15	0.65	0.45	0.73	0.70	0.61	0.51	0.47	0.24	0.07	0.21	0.18	0.21	0.16	0.17
O5'	0.22	0.21	0.16	0.16	0.21	0.27	0.22	0.24	0.20	0.27	0.19	0.20	0.20	0.26	0.22	0.24	0.22	0.24	0.17	0.59	0.20	0.22
OP1	0.31	0.69	0.27	0.20	0.63	0.14	0.66	0.22	0.68	0.55	0.70	0.65	0.65	0.63	0.52	0.12	0.20	0.26	0.70	1.34	0.82	0.88
OP2	0.28	0.58	0.18	0.10	0.48	0.10	0.41	0.16	0.40	0.36	0.49	0.58	0.32	0.36	0.39	0.05	0.12	0.23	0.58	1.08	0.51	0.66
P	0.15	0.46	0.12	0.03	0.39	0.06	0.38	0.02	0.39	0.32	0.43	0.43	0.35	0.36	0.31	0.12	0.19	0.08	0.40	0.98	0.44	0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.04	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.00	0.02	0.02	0.00	0.24	0.40	0.12	0.10
C2	0.02	0.00	0.06	0.02	0.00	0.05	0.01	0.07	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.10	0.07	0.06	0.07	0.12	0.28	0.30
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.02	0.01	0.06	0.03	0.06	0.11	0.03	0.08	0.10	0.11	0.03	0.01	0.00	0.01	0.38	0.75	0.03	0.35
C3'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.01	0.02	0.03	0.01	0.02	0.04	0.03	0.01	0.01	0.00	0.02	0.36	0.77	0.05	0.38
C4	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.02	0.00	0.07	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.03	0.02	0.03	0.31	0.32	0.03	0.08
C4'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.04	0.08	0.03	0.06	0.05	0.08	0.02	0.03	0.02	0.00	0.00	0.22	0.34	0.01
C5	0.00	0.01	0.06	0.02	0.00	0.04	0.00	0.16	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.10	0.02	0.04	0.57	0.59	0.30	0.36
C5'	0.04	0.07	0.03	0.01	0.07	0.00	0.16	0.00	0.14	0.23	0.08	0.07	0.20	0.24	0.11	0.02	0.03	0.02	0.01	0.11	0.40	0.01
C6	0.01	0.00	0.06	0.02	0.01	0.04	0.01	0.14	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.10	0.02	0.04	0.48	0.45	0.25	0.24
C8	0.01	0.01	0.11	0.03	0.00	0.08	0.01	0.23	0.02	0.00	0.01	0.00	0.03	0.00	0.00	0.16	0.06	0.07	0.87	1.00	0.56	0.72
N1	0.01	0.00	0.03	0.01	0.00	0.03	0.01	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.05	0.03	0.04	0.23	0.15	0.06	0.09
N3	0.02	0.00	0.08	0.02	0.00	0.06	0.00	0.07	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.12	0.08	0.07	0.07	0.09	0.33	0.30
N6	0.02	0.00	0.10	0.04	0.01	0.05	0.02	0.20	0.00	0.03	0.00	0.01	0.00	0.03	0.02	0.16	0.06	0.05	0.63	0.63	0.46	0.43
N7	0.01	0.01	0.11	0.03	0.00	0.08	0.00	0.24	0.02	0.00	0.01	0.00	0.03	0.00	0.00	0.17	0.06	0.07	0.87	0.98	0.65	0.73
N9	0.00	0.00	0.03	0.01	0.00	0.02	0.00	0.11	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.06	0.00	0.01	0.48	0.57	0.12	0.29
O2'	0.02	0.10	0.01	0.01	0.03	0.03	0.10	0.02	0.10	0.16	0.05	0.12	0.16	0.17	0.06	0.00	0.03	0.02	0.19	0.61	0.06	0.21
O3'	0.02	0.07	0.00	0.00	0.02	0.02	0.02	0.03	0.02	0.06	0.03	0.08	0.06	0.06	0.00	0.03	0.00	0.03	0.16	0.68	0.13	0.29
O4'	0.00	0.06	0.01	0.02	0.03	0.00	0.04	0.02	0.04	0.07	0.04	0.07	0.05	0.07	0.01	0.02	0.03	0.00	0.04	0.09	0.37	0.13
O5'	0.24	0.07	0.38	0.36	0.31	0.00	0.57	0.01	0.48	0.87	0.23	0.07	0.63	0.87	0.48	0.19	0.16	0.04	0.00	0.01	0.00	0.00
OP1	0.40	0.12	0.75	0.77	0.32	0.22	0.59	0.11	0.45	1.00	0.15	0.09	0.63	0.98	0.57	0.61	0.68	0.09	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.12	0.28	0.03	0.05	0.03	0.34	0.30	0.40	0.25	0.56	0.06	0.33	0.46	0.65	0.12	0.06	0.13	0.37	0.00	0.01	0.00	0.00
P	0.10	0.30	0.35	0.38	0.08	0.01	0.36	0.01	0.24	0.72	0.09	0.30	0.43	0.73	0.29	0.21	0.29	0.13	0.00	0.00	0.00	0.00