ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49171

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
O4 A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O3' A 0, 0.000, 0.162, 0.324, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.162 std_dev=0.162
C3' A 0, 0.000, 0.163, 0.327, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.163 std_dev=0.163
O3' B 0, 0.000, 0.208, 0.415, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.208 std_dev=0.208
C2' A 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
O4' A 0, 0.000, 0.252, 0.505, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.252 std_dev=0.252
C4' A 0, 0.000, 0.273, 0.546, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.273 std_dev=0.273
O2' A 0, 0.000, 0.418, 0.837, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.418 std_dev=0.418
C3' B 0, 0.000, 0.461, 0.922, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.461 std_dev=0.461
C4' B 0, 0.000, 0.508, 1.017, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.508 std_dev=0.508
C5' A 0, 0.000, 0.536, 1.073, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.536 std_dev=0.536
O2' B 0, 0.000, 0.576, 1.151, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.576 std_dev=0.576
C2' B 0, 0.000, 0.652, 1.304, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.652 std_dev=0.652
OP1 B 0, 0.000, 0.666, 1.333, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.666 std_dev=0.666
O4' B 0, 0.000, 0.711, 1.422, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.711 std_dev=0.711
O5' A 0, 0.000, 0.717, 1.434, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.717 std_dev=0.717
C1' B 0, 0.000, 0.760, 1.519, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.760 std_dev=0.760
P B 0, 0.000, 0.794, 1.588, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.794 std_dev=0.794
C5' B 0, 0.000, 0.847, 1.694, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.847 std_dev=0.847
O5' B 0, 0.000, 0.958, 1.916, 1.916 max_d=1.916 avg_d=0.958 std_dev=0.958
P A 0, 0.000, 0.999, 1.999, 1.999 max_d=1.999 avg_d=0.999 std_dev=0.999
OP1 A 0, 0.000, 1.017, 2.035, 2.035 max_d=2.035 avg_d=1.017 std_dev=1.017
N9 B 0, 0.000, 1.181, 2.362, 2.362 max_d=2.362 avg_d=1.181 std_dev=1.181
OP2 A 0, 0.000, 1.199, 2.397, 2.397 max_d=2.397 avg_d=1.199 std_dev=1.199
N3 B 0, 0.000, 1.246, 2.493, 2.493 max_d=2.493 avg_d=1.246 std_dev=1.246
OP2 B 0, 0.000, 1.274, 2.548, 2.548 max_d=2.548 avg_d=1.274 std_dev=1.274
C4 B 0, 0.000, 1.386, 2.773, 2.773 max_d=2.773 avg_d=1.386 std_dev=1.386
C8 B 0, 0.000, 1.480, 2.959, 2.959 max_d=2.959 avg_d=1.480 std_dev=1.480
C2 B 0, 0.000, 1.561, 3.121, 3.121 max_d=3.121 avg_d=1.561 std_dev=1.561
C5 B 0, 0.000, 1.798, 3.597, 3.597 max_d=3.597 avg_d=1.798 std_dev=1.798
N7 B 0, 0.000, 1.851, 3.702, 3.702 max_d=3.702 avg_d=1.851 std_dev=1.851
N1 B 0, 0.000, 1.961, 3.921, 3.921 max_d=3.921 avg_d=1.961 std_dev=1.961
C6 B 0, 0.000, 2.097, 4.195, 4.195 max_d=4.195 avg_d=2.097 std_dev=2.097
N6 B 0, 0.000, 2.520, 5.039, 5.039 max_d=5.039 avg_d=2.520 std_dev=2.520

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C2 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.03 0.00 0.06 0.08 0.07 0.11 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.02 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C5 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.00 0.06 0.10 0.07 0.12 0.11
C5' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.02 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.00 0.07 0.10 0.07 0.12 0.10
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
N3 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.00 0.03 0.05 0.05 0.08 0.06
O2 0.00 0.00 0.09 0.03 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.06 0.00 0.11 0.16 0.12 0.20 0.17
O2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
O3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
O4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.03 0.11 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
O5' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.10 0.00 0.05 0.16 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.05 0.12 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.11 0.00 0.00 0.02 0.00 0.12 0.00 0.12 0.01 0.08 0.20 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.10 0.00 0.06 0.17 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.22 0.06 0.08 0.16 0.10 0.17 0.12 0.20 0.12 0.22 0.19 0.20 0.14 0.12 0.03 0.07 0.11 0.42 0.03 0.35 0.03
C2 0.02 0.07 0.06 0.02 0.01 0.10 0.00 0.17 0.01 0.04 0.05 0.05 0.00 0.03 0.02 0.10 0.03 0.07 0.34 0.05 0.35 0.02
C2' 0.11 0.29 0.07 0.08 0.21 0.09 0.24 0.12 0.28 0.16 0.31 0.24 0.29 0.21 0.16 0.03 0.06 0.12 0.47 0.06 0.26 0.01
C3' 0.12 0.31 0.09 0.09 0.23 0.10 0.25 0.11 0.30 0.18 0.33 0.25 0.32 0.23 0.17 0.06 0.07 0.12 0.49 0.04 0.23 0.03
C4 0.03 0.09 0.01 0.05 0.06 0.12 0.05 0.16 0.06 0.02 0.08 0.08 0.06 0.03 0.03 0.06 0.05 0.09 0.22 0.03 0.49 0.12
C4' 0.13 0.27 0.11 0.11 0.21 0.11 0.23 0.11 0.26 0.17 0.28 0.23 0.27 0.21 0.17 0.09 0.10 0.12 0.49 0.01 0.27 0.03
C5 0.16 0.21 0.12 0.11 0.20 0.11 0.20 0.09 0.21 0.17 0.21 0.21 0.21 0.19 0.18 0.09 0.08 0.14 0.28 0.05 0.58 0.16
C5' 0.14 0.29 0.13 0.12 0.24 0.10 0.27 0.09 0.30 0.21 0.31 0.24 0.31 0.25 0.19 0.12 0.12 0.11 0.52 0.06 0.23 0.07
C6 0.15 0.26 0.12 0.10 0.23 0.10 0.23 0.09 0.25 0.19 0.26 0.25 0.25 0.21 0.19 0.09 0.08 0.13 0.35 0.06 0.50 0.11
N1 0.07 0.17 0.04 0.07 0.13 0.10 0.12 0.13 0.14 0.08 0.17 0.16 0.14 0.10 0.09 0.01 0.06 0.10 0.38 0.01 0.40 0.05
N3 0.04 0.04 0.08 0.01 0.01 0.11 0.03 0.18 0.01 0.07 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.14 0.02 0.07 0.27 0.06 0.39 0.05
O2 0.06 0.02 0.11 0.00 0.05 0.10 0.07 0.19 0.05 0.11 0.01 0.01 0.07 0.11 0.08 0.15 0.01 0.06 0.36 0.08 0.29 0.03
O2' 0.10 0.30 0.04 0.06 0.21 0.09 0.23 0.13 0.28 0.15 0.31 0.24 0.30 0.20 0.15 0.00 0.03 0.12 0.44 0.11 0.23 0.01
O3' 0.11 0.30 0.08 0.08 0.21 0.10 0.23 0.12 0.28 0.16 0.31 0.24 0.29 0.20 0.16 0.05 0.07 0.12 0.46 0.08 0.24 0.00
O4 0.01 0.06 0.03 0.05 0.04 0.13 0.03 0.18 0.04 0.00 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.10 0.04 0.09 0.09 0.05 0.50 0.15
O4' 0.11 0.21 0.09 0.10 0.17 0.11 0.17 0.12 0.19 0.13 0.21 0.19 0.19 0.15 0.14 0.08 0.10 0.11 0.45 0.02 0.33 0.00
O5' 0.13 0.20 0.14 0.13 0.19 0.10 0.21 0.08 0.22 0.19 0.22 0.18 0.23 0.21 0.17 0.14 0.13 0.10 0.49 0.10 0.27 0.06
OP1 0.13 0.22 0.14 0.11 0.21 0.06 0.27 0.03 0.30 0.23 0.28 0.17 0.33 0.27 0.19 0.14 0.12 0.07 0.51 0.10 0.19 0.10
OP2 0.14 0.09 0.17 0.14 0.17 0.09 0.20 0.05 0.19 0.21 0.13 0.10 0.20 0.23 0.17 0.18 0.16 0.08 0.48 0.19 0.24 0.10
P 0.14 0.17 0.16 0.14 0.19 0.09 0.23 0.06 0.23 0.21 0.21 0.15 0.25 0.24 0.18 0.17 0.15 0.09 0.50 0.14 0.23 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.20 0.23 0.38 0.00
C2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.50 0.31 0.05 0.23
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.45 0.11
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.20 0.43 0.12
C4 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.39 0.35 0.14 0.18
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.46 0.11
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.39 0.44 0.03 0.24
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.23 0.31 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.45 0.46 0.05 0.30
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.22 0.43 0.15 0.15
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.50 0.39 0.04 0.29
N3 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.45 0.27 0.16 0.16
N6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.45 0.52 0.13 0.35
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.29 0.49 0.05 0.23
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.28 0.34 0.23 0.11
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.55 0.19
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.09 0.51 0.24
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.28 0.22 0.36 0.02
O5' 0.20 0.50 0.00 0.13 0.39 0.01 0.39 0.00 0.45 0.22 0.50 0.45 0.45 0.29 0.28 0.03 0.32 0.28 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.23 0.31 0.19 0.20 0.35 0.15 0.44 0.23 0.46 0.43 0.39 0.27 0.52 0.49 0.34 0.09 0.09 0.22 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.38 0.05 0.45 0.43 0.14 0.46 0.03 0.31 0.05 0.15 0.04 0.16 0.13 0.05 0.23 0.55 0.51 0.36 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.23 0.11 0.12 0.18 0.11 0.24 0.00 0.30 0.15 0.29 0.16 0.35 0.23 0.11 0.19 0.24 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00