ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49172

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.000, 0.067, 0.135, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.067 std_dev=0.067
C4' A 0, 0.000, 0.091, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.091 std_dev=0.091
C2' A 0, 0.000, 0.093, 0.185, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.093 std_dev=0.093
O2' A 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
C3' A 0, 0.000, 0.120, 0.241, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.120 std_dev=0.120
O3' A 0, 0.000, 0.140, 0.281, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.140 std_dev=0.140
C5' A 0, 0.000, 0.173, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.173 std_dev=0.173
N1 B 0, 0.000, 0.291, 0.583, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.291 std_dev=0.291
C6 B 0, 0.000, 0.292, 0.585, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.292 std_dev=0.292
C5 B 0, 0.000, 0.314, 0.629, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.314 std_dev=0.314
O5' A 0, 0.000, 0.316, 0.633, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.316 std_dev=0.316
N7 B 0, 0.000, 0.335, 0.670, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.335 std_dev=0.335
C8 B 0, 0.000, 0.356, 0.713, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.356 std_dev=0.356
N6 B 0, 0.000, 0.359, 0.718, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.359 std_dev=0.359
C4 B 0, 0.000, 0.393, 0.786, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.393 std_dev=0.393
OP2 B 0, 0.000, 0.401, 0.802, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.401 std_dev=0.401
C2 B 0, 0.000, 0.401, 0.803, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.401 std_dev=0.401
N9 B 0, 0.000, 0.433, 0.865, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.433 std_dev=0.433
N3 B 0, 0.000, 0.475, 0.950, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.475 std_dev=0.475
C2' B 0, 0.000, 0.487, 0.974, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.487 std_dev=0.487
P B 0, 0.000, 0.525, 1.051, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.525 std_dev=0.525
OP1 A 0, 0.000, 0.529, 1.058, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.529 std_dev=0.529
P A 0, 0.000, 0.532, 1.064, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.532 std_dev=0.532
OP1 B 0, 0.000, 0.563, 1.126, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.563 std_dev=0.563
O5' B 0, 0.000, 0.566, 1.131, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.566 std_dev=0.566
C1' B 0, 0.000, 0.578, 1.155, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.578 std_dev=0.578
O2' B 0, 0.000, 0.614, 1.227, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.614 std_dev=0.614
C3' B 0, 0.000, 0.620, 1.240, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.620 std_dev=0.620
C5' B 0, 0.000, 0.683, 1.367, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.683 std_dev=0.683
O4' B 0, 0.000, 0.713, 1.426, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.713 std_dev=0.713
C4' B 0, 0.000, 0.719, 1.438, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.719 std_dev=0.719
OP2 A 0, 0.000, 0.743, 1.486, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.743 std_dev=0.743
O3' B 0, 0.000, 0.797, 1.594, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.797 std_dev=0.797

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.11 0.09 0.07
C2 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.12 0.05 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.12 0.06 0.06
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.05 0.14 0.10 0.09
C5' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.14 0.11 0.10
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.12 0.08 0.07
N3 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.04 0.04
O2 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.00 0.02 0.11 0.03 0.02
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.03
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05
O4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.12 0.05 0.05
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.12 0.08
O5' 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.11 0.12 0.07 0.02 0.12 0.02 0.14 0.04 0.14 0.12 0.12 0.11 0.07 0.02 0.12 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.05 0.03 0.00 0.06 0.06 0.10 0.06 0.11 0.08 0.04 0.03 0.04 0.06 0.05 0.12 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.04 0.03 0.00 0.06 0.03 0.09 0.01 0.10 0.07 0.04 0.02 0.03 0.05 0.05 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.10 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.06 0.05 0.07 0.08 0.08 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.09 0.11 0.09
C2 0.03 0.05 0.05 0.06 0.03 0.07 0.08 0.04 0.05 0.11 0.03 0.03 0.09 0.14 0.05 0.02 0.04 0.05 0.01 0.04 0.06 0.03
C2' 0.03 0.09 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.04 0.07 0.04 0.08 0.10 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.08 0.09 0.07
C3' 0.06 0.11 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.06 0.02 0.04 0.05 0.11 0.09 0.07 0.02 0.01 0.05 0.07 0.08 0.11 0.11 0.09
C4 0.05 0.12 0.01 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.10 0.11 0.05 0.01 0.05 0.09 0.01 0.01 0.04 0.09 0.10 0.08
C4' 0.07 0.11 0.00 0.03 0.04 0.07 0.02 0.09 0.02 0.02 0.05 0.11 0.08 0.06 0.03 0.03 0.05 0.09 0.11 0.13 0.13 0.12
C5 0.12 0.18 0.04 0.03 0.15 0.06 0.10 0.09 0.11 0.05 0.14 0.18 0.07 0.04 0.12 0.07 0.05 0.10 0.12 0.14 0.15 0.14
C5' 0.11 0.13 0.02 0.07 0.07 0.11 0.01 0.13 0.00 0.01 0.06 0.14 0.06 0.03 0.06 0.02 0.09 0.15 0.14 0.16 0.15 0.15
C6 0.10 0.19 0.01 0.02 0.12 0.06 0.06 0.08 0.08 0.02 0.14 0.18 0.03 0.00 0.08 0.01 0.04 0.10 0.11 0.13 0.14 0.13
N1 0.02 0.11 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.08 0.09 0.04 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.09 0.11 0.08
N3 0.01 0.07 0.04 0.05 0.00 0.07 0.04 0.04 0.00 0.09 0.06 0.05 0.02 0.11 0.03 0.06 0.03 0.05 0.02 0.04 0.06 0.02
O2 0.07 0.01 0.08 0.09 0.08 0.11 0.14 0.09 0.12 0.15 0.04 0.03 0.18 0.19 0.10 0.00 0.07 0.11 0.06 0.00 0.03 0.02
O2' 0.01 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.07 0.01 0.06 0.08 0.02 0.05 0.13 0.11 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.09 0.06
O3' 0.06 0.09 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.02 0.09 0.12 0.09 0.01 0.02 0.06 0.07 0.07 0.10 0.10 0.09
O4 0.05 0.11 0.03 0.01 0.08 0.02 0.06 0.00 0.08 0.01 0.10 0.10 0.07 0.01 0.05 0.14 0.01 0.00 0.02 0.08 0.08 0.06
O4' 0.05 0.12 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.07 0.01 0.03 0.06 0.10 0.06 0.05 0.02 0.05 0.02 0.07 0.10 0.12 0.14 0.12
O5' 0.07 0.08 0.01 0.03 0.03 0.07 0.03 0.07 0.04 0.03 0.02 0.09 0.08 0.07 0.02 0.03 0.06 0.10 0.09 0.12 0.11 0.10
OP1 0.03 0.05 0.12 0.05 0.09 0.01 0.14 0.00 0.14 0.14 0.10 0.03 0.17 0.17 0.09 0.18 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01
OP2 0.03 0.08 0.09 0.04 0.09 0.01 0.13 0.00 0.14 0.12 0.12 0.06 0.17 0.14 0.08 0.14 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.04
P 0.02 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.09 0.03 0.09 0.08 0.06 0.01 0.13 0.11 0.04 0.10 0.02 0.05 0.05 0.08 0.06 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.09 0.11 0.13 0.11
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.02 0.11 0.13 0.18 0.14
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.11 0.16 0.14 0.14
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.09 0.05 0.07
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.12 0.14 0.18 0.15
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.12 0.15 0.20 0.16
C5' 0.04 0.06 0.06 0.03 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.11 0.15 0.21 0.16
C8 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.11 0.16 0.19 0.16
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.11 0.14 0.20 0.15
N3 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.03 0.03 0.11 0.12 0.17 0.13
N6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.12 0.17 0.22 0.17
N7 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.11 0.16 0.21 0.17
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.11 0.14 0.17 0.14
O2' 0.03 0.07 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.03 0.13 0.20 0.21 0.18
O3' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.07 0.00 0.00 0.04 0.08 0.05 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04
O5' 0.09 0.11 0.11 0.05 0.12 0.01 0.12 0.00 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.13 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.11 0.13 0.16 0.09 0.14 0.03 0.15 0.01 0.15 0.16 0.14 0.12 0.17 0.16 0.14 0.20 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.18 0.14 0.05 0.18 0.01 0.20 0.00 0.21 0.19 0.20 0.17 0.22 0.21 0.17 0.21 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.14 0.14 0.07 0.15 0.01 0.16 0.00 0.16 0.16 0.15 0.13 0.17 0.17 0.14 0.18 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00