ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49173

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N1 A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O4 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O2 A 0, 0.000, 0.036, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C3' A 0, 0.000, 0.090, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.090 std_dev=0.090
O2' A 0, 0.000, 0.099, 0.198, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.099 std_dev=0.099
O4' A 0, 0.000, 0.106, 0.212, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.106 std_dev=0.106
C4' A 0, 0.000, 0.153, 0.306, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.153 std_dev=0.153
O3' A 0, 0.000, 0.205, 0.411, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.205 std_dev=0.205
C5' A 0, 0.000, 0.225, 0.450, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.225 std_dev=0.225
O5' A 0, 0.000, 0.324, 0.648, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.324 std_dev=0.324
P A 0, 0.000, 0.440, 0.879, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.440 std_dev=0.440
OP1 A 0, 0.000, 0.448, 0.895, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.448 std_dev=0.448
O4' B 0, 0.000, 0.494, 0.989, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.494 std_dev=0.494
C1' B 0, 0.000, 0.537, 1.074, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.537 std_dev=0.537
OP2 A 0, 0.000, 0.559, 1.118, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.559 std_dev=0.559
C4' B 0, 0.000, 0.571, 1.142, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.571 std_dev=0.571
C5' B 0, 0.000, 0.587, 1.175, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.587 std_dev=0.587
O2' B 0, 0.000, 0.595, 1.189, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.595 std_dev=0.595
O5' B 0, 0.000, 0.622, 1.244, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.622 std_dev=0.622
C2' B 0, 0.000, 0.641, 1.281, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.641 std_dev=0.641
C3' B 0, 0.000, 0.685, 1.371, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.685 std_dev=0.685
N9 B 0, 0.000, 0.712, 1.423, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.712 std_dev=0.712
O3' B 0, 0.000, 0.763, 1.526, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.763 std_dev=0.763
N3 B 0, 0.000, 0.769, 1.538, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.769 std_dev=0.769
C4 B 0, 0.000, 0.817, 1.634, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.817 std_dev=0.817
P B 0, 0.000, 0.826, 1.652, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.826 std_dev=0.826
C8 B 0, 0.000, 0.835, 1.671, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.835 std_dev=0.835
C2 B 0, 0.000, 0.924, 1.848, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.924 std_dev=0.924
OP1 B 0, 0.000, 0.925, 1.850, 1.850 max_d=1.850 avg_d=0.925 std_dev=0.925
C5 B 0, 0.000, 0.997, 1.995, 1.995 max_d=1.995 avg_d=0.997 std_dev=0.997
N7 B 0, 0.000, 1.004, 2.008, 2.008 max_d=2.008 avg_d=1.004 std_dev=1.004
OP2 B 0, 0.000, 1.097, 2.193, 2.193 max_d=2.193 avg_d=1.097 std_dev=1.097
N1 B 0, 0.000, 1.113, 2.225, 2.225 max_d=2.225 avg_d=1.113 std_dev=1.113
C6 B 0, 0.000, 1.150, 2.299, 2.299 max_d=2.299 avg_d=1.150 std_dev=1.150
N6 B 0, 0.000, 1.336, 2.672, 2.672 max_d=2.672 avg_d=1.336 std_dev=1.336

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.11 0.08 0.10 0.08
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.07 0.12 0.08
C4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.10 0.05 0.07
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02
C5 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.07 0.03 0.12 0.09 0.10
C5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.09 0.04 0.06 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.05 0.07
N1 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.02
O2 0.03 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.11 0.03 0.11 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.06 0.00 0.13 0.09 0.13 0.11
O3' 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.01 0.06 0.03 0.00 0.00 0.03 0.06 0.03 0.13 0.07
O4 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.12 0.07 0.09
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03
O5' 0.06 0.07 0.11 0.10 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.04 0.11 0.13 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.01 0.08 0.07 0.10 0.01 0.12 0.05 0.08 0.01 0.05 0.03 0.09 0.03 0.12 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.05 0.10 0.12 0.05 0.03 0.09 0.01 0.05 0.02 0.01 0.11 0.13 0.13 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.01 0.08 0.08 0.07 0.02 0.10 0.01 0.07 0.00 0.02 0.06 0.11 0.07 0.09 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.03 0.09 0.10 0.03 0.11 0.03 0.12 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.13 0.12 0.09 0.14 0.00 0.17 0.06
C2 0.01 0.05 0.05 0.06 0.04 0.07 0.07 0.07 0.08 0.04 0.07 0.03 0.10 0.07 0.03 0.09 0.08 0.06 0.10 0.02 0.18 0.09
C2' 0.14 0.10 0.18 0.20 0.12 0.20 0.11 0.21 0.10 0.14 0.10 0.11 0.10 0.13 0.13 0.21 0.22 0.18 0.23 0.12 0.03 0.06
C3' 0.11 0.08 0.14 0.17 0.09 0.17 0.09 0.18 0.08 0.11 0.08 0.09 0.08 0.10 0.10 0.18 0.19 0.14 0.20 0.06 0.09 0.01
C4 0.04 0.05 0.02 0.03 0.07 0.03 0.09 0.04 0.09 0.10 0.07 0.05 0.10 0.11 0.08 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.24 0.17
C4' 0.03 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.04 0.08 0.07 0.05 0.10 0.10 0.21 0.11
C5 0.03 0.06 0.04 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.05 0.05 0.02 0.01 0.02 0.08 0.01 0.04 0.03 0.07 0.22 0.16
C5' 0.04 0.10 0.05 0.05 0.10 0.04 0.14 0.06 0.15 0.13 0.13 0.08 0.17 0.16 0.08 0.06 0.04 0.05 0.11 0.10 0.14 0.07
C6 0.08 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.13 0.08 0.10 0.11 0.03 0.17 0.10
N1 0.06 0.03 0.09 0.10 0.04 0.10 0.03 0.10 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.12 0.10 0.10 0.13 0.01 0.16 0.07
N3 0.03 0.09 0.00 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.13 0.10 0.11 0.07 0.15 0.12 0.08 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.22 0.13
O2 0.00 0.09 0.04 0.06 0.07 0.08 0.10 0.09 0.12 0.06 0.12 0.07 0.15 0.10 0.05 0.08 0.09 0.06 0.11 0.04 0.17 0.07
O2' 0.17 0.10 0.22 0.25 0.12 0.25 0.11 0.26 0.09 0.15 0.09 0.12 0.08 0.12 0.14 0.26 0.28 0.22 0.27 0.20 0.02 0.10
O3' 0.05 0.00 0.10 0.12 0.01 0.13 0.01 0.14 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.15 0.16 0.09 0.15 0.01 0.18 0.05
O4 0.11 0.12 0.09 0.10 0.15 0.10 0.16 0.10 0.16 0.17 0.14 0.12 0.17 0.18 0.15 0.05 0.09 0.08 0.07 0.08 0.27 0.21
O4' 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.04 0.03 0.08 0.11 0.25 0.15
O5' 0.11 0.13 0.14 0.15 0.13 0.15 0.14 0.16 0.15 0.14 0.14 0.12 0.15 0.15 0.12 0.18 0.17 0.12 0.16 0.04 0.12 0.02
OP1 0.01 0.07 0.02 0.03 0.07 0.02 0.10 0.03 0.12 0.08 0.10 0.05 0.15 0.12 0.05 0.05 0.04 0.00 0.05 0.20 0.20 0.11
OP2 0.02 0.07 0.04 0.04 0.07 0.04 0.10 0.04 0.12 0.09 0.10 0.06 0.14 0.12 0.06 0.07 0.05 0.02 0.04 0.18 0.17 0.10
P 0.04 0.08 0.06 0.07 0.08 0.06 0.11 0.07 0.12 0.10 0.11 0.07 0.14 0.13 0.07 0.08 0.08 0.03 0.08 0.13 0.14 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.10 0.03 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.02 0.11 0.16 0.08 0.09
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.16 0.05 0.04
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.04 0.01 0.07 0.08 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.19 0.09 0.07
C4 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.13 0.15 0.05 0.07
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.03 0.01 0.06 0.07 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.13 0.00 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.18 0.16 0.07 0.11
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.11 0.13 0.08 0.04 0.13 0.14 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.10 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.18 0.17 0.10 0.13
C8 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.20 0.13 0.00 0.08
N1 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.02 0.15 0.17 0.11 0.11
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.02 0.10 0.15 0.06 0.06
N6 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.21 0.18 0.12 0.15
N7 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 0.22 0.15 0.05 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.12 0.12 0.00 0.04
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.07 0.07 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.20 0.07 0.06
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.08 0.02 0.01 0.07 0.09 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.25 0.17 0.12
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.05 0.11 0.07
O5' 0.05 0.11 0.02 0.00 0.13 0.00 0.18 0.00 0.18 0.20 0.15 0.10 0.21 0.22 0.12 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.10 0.16 0.16 0.19 0.15 0.13 0.16 0.10 0.17 0.13 0.17 0.15 0.18 0.15 0.12 0.20 0.25 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.08 0.05 0.09 0.05 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.11 0.06 0.12 0.05 0.00 0.07 0.17 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.09 0.04 0.07 0.07 0.01 0.11 0.01 0.13 0.08 0.11 0.06 0.15 0.12 0.04 0.06 0.12 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00