ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49175

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O2' A 0, 0.000, 0.048, 0.097, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.048 std_dev=0.048
O4 A 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.000, 0.052, 0.104, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.052 std_dev=0.052
C3' A 0, 0.000, 0.075, 0.151, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.075 std_dev=0.075
C4' A 0, 0.000, 0.115, 0.229, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.115 std_dev=0.115
O3' A 0, 0.000, 0.120, 0.240, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.120 std_dev=0.120
N3 B 0, 0.000, 0.184, 0.368, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.184 std_dev=0.184
C2 B 0, 0.000, 0.187, 0.375, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.187 std_dev=0.187
C5' A 0, 0.000, 0.202, 0.404, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.202 std_dev=0.202
O5' A 0, 0.000, 0.206, 0.411, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.206 std_dev=0.206
C4 B 0, 0.000, 0.214, 0.429, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.214 std_dev=0.214
C1' B 0, 0.000, 0.241, 0.482, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.241 std_dev=0.241
N9 B 0, 0.000, 0.242, 0.485, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.242 std_dev=0.242
N1 B 0, 0.000, 0.249, 0.499, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.249 std_dev=0.249
C5 B 0, 0.000, 0.253, 0.507, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.253 std_dev=0.253
C8 B 0, 0.000, 0.272, 0.544, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.272 std_dev=0.272
OP1 A 0, 0.000, 0.277, 0.554, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.277 std_dev=0.277
O4' B 0, 0.000, 0.278, 0.557, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.278 std_dev=0.278
N7 B 0, 0.000, 0.281, 0.562, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.281 std_dev=0.281
C6 B 0, 0.000, 0.284, 0.568, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.284 std_dev=0.284
P A 0, 0.000, 0.288, 0.576, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.288 std_dev=0.288
O3' B 0, 0.000, 0.307, 0.614, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.307 std_dev=0.307
C4' B 0, 0.000, 0.318, 0.636, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.318 std_dev=0.318
OP2 A 0, 0.000, 0.344, 0.688, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.344 std_dev=0.344
C2' B 0, 0.000, 0.354, 0.707, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.354 std_dev=0.354
C3' B 0, 0.000, 0.360, 0.721, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.360 std_dev=0.360
O5' B 0, 0.000, 0.390, 0.780, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.390 std_dev=0.390
N6 B 0, 0.000, 0.396, 0.792, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.396 std_dev=0.396
O2' B 0, 0.000, 0.398, 0.796, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.398 std_dev=0.398
OP2 B 0, 0.000, 0.407, 0.814, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.407 std_dev=0.407
C5' B 0, 0.000, 0.442, 0.884, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.442 std_dev=0.442
P B 0, 0.000, 0.526, 1.052, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.526 std_dev=0.526
OP1 B 0, 0.000, 0.640, 1.281, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.640 std_dev=0.640

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.03 0.08 0.07 0.01 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.09 0.05 0.05
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.02 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.01 0.12 0.10 0.05 0.09
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.00 0.12 0.10 0.05 0.10
C5' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.10 0.00 0.11 0.00 0.09 0.06 0.08 0.05 0.02 0.02 0.10 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00
C6 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.00 0.11 0.09 0.03 0.08
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.01 0.07 0.07 0.01 0.04
N3 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.02 0.10 0.09 0.03 0.07
O2 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.04 0.06 0.07 0.01 0.03
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.10 0.07 0.06
O3' 0.06 0.07 0.02 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.07 0.07 0.07 0.08 0.02 0.00 0.07 0.07 0.00 0.05 0.02 0.01
O4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.01 0.12 0.10 0.06 0.10
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.02 0.10 0.07
O5' 0.01 0.08 0.04 0.00 0.12 0.00 0.12 0.00 0.11 0.07 0.10 0.06 0.04 0.00 0.12 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.03 0.07 0.09 0.07 0.10 0.05 0.10 0.04 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.05 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.06 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.04 0.05 0.02 0.09 0.00 0.10 0.00 0.08 0.04 0.07 0.03 0.06 0.01 0.10 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.03 0.07 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.03 0.01 0.10 0.07 0.05 0.03 0.00 0.01 0.02
C2 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.03 0.07
C2' 0.06 0.04 0.03 0.03 0.06 0.10 0.08 0.12 0.09 0.07 0.07 0.04 0.11 0.08 0.06 0.02 0.00 0.11 0.08 0.03 0.03 0.06
C3' 0.06 0.05 0.01 0.01 0.06 0.09 0.10 0.10 0.11 0.08 0.09 0.04 0.15 0.10 0.06 0.04 0.01 0.10 0.06 0.01 0.01 0.03
C4 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.06 0.04 0.09 0.05 0.03 0.06 0.03 0.06 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.11 0.03 0.08
C4' 0.04 0.04 0.01 0.00 0.05 0.08 0.08 0.09 0.10 0.06 0.07 0.02 0.14 0.09 0.05 0.06 0.02 0.09 0.05 0.02 0.01 0.03
C5 0.03 0.07 0.03 0.02 0.06 0.04 0.05 0.06 0.06 0.04 0.07 0.06 0.06 0.05 0.04 0.06 0.04 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03
C5' 0.07 0.03 0.02 0.03 0.06 0.11 0.09 0.10 0.10 0.07 0.07 0.03 0.14 0.09 0.06 0.04 0.04 0.11 0.08 0.01 0.03 0.04
C6 0.02 0.05 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02 0.02 0.08 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02
N1 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.06 0.05 0.04 0.04 0.01 0.04
N3 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.04 0.05 0.07 0.11 0.04 0.09
O2 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.08 0.04 0.12 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.06 0.06 0.07 0.08 0.09 0.05 0.09
O2' 0.09 0.09 0.06 0.05 0.10 0.13 0.11 0.15 0.12 0.10 0.11 0.08 0.13 0.11 0.10 0.01 0.01 0.13 0.11 0.06 0.06 0.10
O3' 0.07 0.07 0.02 0.03 0.07 0.11 0.10 0.12 0.12 0.08 0.10 0.05 0.15 0.10 0.07 0.03 0.01 0.12 0.08 0.00 0.02 0.05
O4 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.11 0.05 0.02 0.05 0.02 0.07 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.16 0.06 0.11
O4' 0.05 0.02 0.10 0.09 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.04 0.16 0.11 0.00 0.02 0.07 0.06 0.04
O5' 0.07 0.03 0.02 0.04 0.05 0.12 0.08 0.11 0.09 0.07 0.06 0.03 0.12 0.08 0.06 0.05 0.05 0.12 0.08 0.01 0.03 0.04
OP1 0.09 0.09 0.03 0.03 0.11 0.09 0.15 0.07 0.18 0.12 0.14 0.08 0.23 0.16 0.10 0.02 0.05 0.11 0.07 0.08 0.04 0.01
OP2 0.11 0.08 0.04 0.03 0.11 0.09 0.14 0.08 0.15 0.14 0.11 0.07 0.19 0.15 0.12 0.02 0.03 0.11 0.09 0.02 0.09 0.05
P 0.10 0.06 0.04 0.05 0.09 0.11 0.12 0.10 0.14 0.11 0.10 0.06 0.18 0.13 0.10 0.02 0.06 0.12 0.09 0.02 0.07 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.00 0.05 0.06 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.06 0.02
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.05 0.10 0.07
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.08 0.07 0.04
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.06 0.13 0.12 0.09
C5' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.12 0.13 0.09
C8 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.08 0.01 0.02 0.08 0.16 0.11 0.11
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.08 0.09 0.05
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.03 0.00
N6 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.08 0.02 0.01 0.09 0.16 0.17 0.12
N7 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.08 0.01 0.02 0.09 0.18 0.16 0.14
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.10 0.06 0.05
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.01 0.03 0.08 0.08 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.09 0.03
O3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.08 0.10 0.07
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
O5' 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.01 0.06 0.00 0.06 0.08 0.03 0.02 0.09 0.09 0.03 0.05 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.05 0.05 0.05 0.05 0.08 0.03 0.13 0.03 0.12 0.16 0.08 0.03 0.16 0.18 0.10 0.05 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.06 0.06 0.10 0.07 0.02 0.12 0.00 0.13 0.11 0.09 0.03 0.17 0.16 0.06 0.09 0.10 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.02 0.07 0.04 0.02 0.09 0.01 0.09 0.11 0.05 0.00 0.12 0.14 0.05 0.03 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00