ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49176

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O2 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C5 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C4' A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N3 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.000, 0.037, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C3' A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
O4 A 0, 0.000, 0.038, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.038
O3' A 0, 0.000, 0.039, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C5' A 0, 0.000, 0.047, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.047 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.000, 0.053, 0.105, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C2' B 0, 0.000, 0.056, 0.113, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.056 std_dev=0.056
O2' B 0, 0.000, 0.058, 0.116, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.058 std_dev=0.058
O3' B 0, 0.000, 0.063, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.063 std_dev=0.063
C3' B 0, 0.000, 0.063, 0.126, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.063 std_dev=0.063
OP1 A 0, 0.000, 0.064, 0.128, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.064 std_dev=0.064
C5' B 0, 0.000, 0.071, 0.142, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C4' B 0, 0.000, 0.079, 0.158, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.079 std_dev=0.079
C1' B 0, 0.000, 0.083, 0.166, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.083 std_dev=0.083
P A 0, 0.000, 0.084, 0.169, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.084 std_dev=0.084
OP2 A 0, 0.000, 0.091, 0.183, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.091 std_dev=0.091
O5' B 0, 0.000, 0.096, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.096 std_dev=0.096
O5' A 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
O2' A 0, 0.000, 0.101, 0.202, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.101 std_dev=0.101
O4' B 0, 0.000, 0.102, 0.203, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.102 std_dev=0.102
N9 B 0, 0.000, 0.104, 0.209, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.104 std_dev=0.104
P B 0, 0.000, 0.106, 0.213, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.106 std_dev=0.106
OP1 B 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
OP2 B 0, 0.000, 0.135, 0.270, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.135 std_dev=0.135
C4 B 0, 0.000, 0.157, 0.314, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.157 std_dev=0.157
C5 B 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
C8 B 0, 0.000, 0.198, 0.397, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.198 std_dev=0.198
C6 B 0, 0.000, 0.232, 0.464, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.232 std_dev=0.232
N7 B 0, 0.000, 0.237, 0.474, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.237 std_dev=0.237
N3 B 0, 0.000, 0.266, 0.532, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.266 std_dev=0.266
N6 B 0, 0.000, 0.280, 0.560, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.280 std_dev=0.280
N1 B 0, 0.000, 0.297, 0.594, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.297 std_dev=0.297
C2 B 0, 0.000, 0.329, 0.657, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.329 std_dev=0.329

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01
C4 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
C5 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02
C5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00
C6 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03
N3 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.05 0.04
O2 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02
O3' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02
O4 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.05 0.02 0.04 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00
O5' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.03 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.02 0.09 0.08 0.07 0.04 0.10 0.10 0.05 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00
C2 0.05 0.08 0.03 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.12 0.10 0.11 0.07 0.13 0.12 0.07 0.01 0.00 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04
C2' 0.04 0.06 0.01 0.01 0.07 0.01 0.10 0.03 0.11 0.10 0.09 0.05 0.12 0.12 0.06 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00
C3' 0.04 0.07 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.02 0.10 0.08 0.09 0.06 0.12 0.10 0.06 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00
C4 0.05 0.08 0.03 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.12 0.11 0.11 0.06 0.14 0.13 0.08 0.02 0.02 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05
C4' 0.04 0.08 0.01 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.05 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00
C5 0.06 0.05 0.03 0.00 0.08 0.01 0.11 0.00 0.11 0.12 0.08 0.04 0.12 0.14 0.09 0.02 0.01 0.07 0.07 0.07 0.05 0.05
C5' 0.04 0.10 0.02 0.01 0.07 0.02 0.08 0.00 0.10 0.06 0.11 0.08 0.10 0.08 0.05 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01
C6 0.06 0.06 0.03 0.00 0.08 0.01 0.11 0.00 0.11 0.12 0.09 0.05 0.12 0.13 0.08 0.02 0.01 0.07 0.05 0.05 0.04 0.03
N1 0.05 0.06 0.03 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.10 0.10 0.09 0.05 0.12 0.12 0.07 0.01 0.00 0.06 0.05 0.05 0.03 0.03
N3 0.05 0.08 0.03 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.12 0.10 0.11 0.07 0.13 0.12 0.07 0.02 0.00 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05
O2 0.05 0.10 0.03 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.13 0.10 0.12 0.08 0.14 0.12 0.07 0.02 0.00 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04
O2' 0.03 0.05 0.00 0.03 0.06 0.02 0.10 0.05 0.11 0.10 0.09 0.04 0.13 0.12 0.06 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02
O3' 0.03 0.06 0.01 0.01 0.06 0.01 0.09 0.03 0.10 0.08 0.09 0.05 0.11 0.10 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
O4 0.03 0.09 0.01 0.03 0.08 0.04 0.12 0.03 0.13 0.09 0.12 0.06 0.14 0.12 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.03
O4' 0.04 0.07 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.07 0.08 0.06 0.09 0.08 0.05 0.01 0.00 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01
O5' 0.12 0.19 0.09 0.08 0.15 0.09 0.16 0.06 0.17 0.12 0.19 0.18 0.17 0.14 0.13 0.07 0.08 0.13 0.07 0.06 0.08 0.05
OP1 0.08 0.19 0.06 0.06 0.12 0.07 0.11 0.04 0.14 0.07 0.17 0.17 0.13 0.08 0.09 0.04 0.06 0.10 0.03 0.02 0.06 0.02
OP2 0.11 0.22 0.08 0.08 0.15 0.08 0.15 0.06 0.18 0.11 0.21 0.19 0.18 0.13 0.12 0.07 0.08 0.12 0.06 0.05 0.08 0.05
P 0.10 0.20 0.07 0.07 0.14 0.07 0.14 0.05 0.16 0.09 0.19 0.18 0.16 0.11 0.11 0.06 0.07 0.11 0.05 0.04 0.07 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02
C2 0.03 0.00 0.08 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.06 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02
C4 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C5 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03
C5' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00
C6 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02
C8 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.05 0.05 0.04 0.06
N1 0.03 0.00 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01
N3 0.03 0.00 0.08 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.07 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01
N6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01
N7 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.05
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04
O2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.07 0.01 0.03 0.00 0.06 0.05 0.11 0.13 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01
O3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01
O5' 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00