ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49177

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4' A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2' A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O4' A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O2' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O5' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C5' A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C3' A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.000, 0.058, 0.116, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.058 std_dev=0.058
O3' A 0, 0.000, 0.069, 0.138, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.069 std_dev=0.069
P A 0, 0.000, 0.091, 0.182, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.091 std_dev=0.091
OP2 A 0, 0.000, 0.120, 0.240, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.120 std_dev=0.120
O5' B 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
O3' B 0, 0.000, 0.153, 0.306, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.153 std_dev=0.153
OP1 A 0, 0.000, 0.167, 0.333, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.167 std_dev=0.167
C4' B 0, 0.000, 0.187, 0.373, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.187 std_dev=0.187
C5' B 0, 0.000, 0.194, 0.388, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.194 std_dev=0.194
C3' B 0, 0.000, 0.199, 0.397, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.199 std_dev=0.199
P B 0, 0.000, 0.203, 0.406, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.203 std_dev=0.203
OP2 B 0, 0.000, 0.205, 0.409, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.205 std_dev=0.205
O4' B 0, 0.000, 0.221, 0.442, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.221 std_dev=0.221
OP1 B 0, 0.000, 0.255, 0.510, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.255 std_dev=0.255
C2' B 0, 0.000, 0.269, 0.537, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.269 std_dev=0.269
C1' B 0, 0.000, 0.272, 0.544, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.272 std_dev=0.272
O2' B 0, 0.000, 0.284, 0.568, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.284 std_dev=0.284
N9 B 0, 0.000, 0.338, 0.676, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.338 std_dev=0.338
N3 B 0, 0.000, 0.350, 0.700, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.350 std_dev=0.350
C4 B 0, 0.000, 0.370, 0.740, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.370 std_dev=0.370
C8 B 0, 0.000, 0.384, 0.769, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.384 std_dev=0.384
C2 B 0, 0.000, 0.405, 0.810, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.405 std_dev=0.405
C5 B 0, 0.000, 0.441, 0.882, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.441 std_dev=0.441
N7 B 0, 0.000, 0.447, 0.893, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.447 std_dev=0.447
N1 B 0, 0.000, 0.476, 0.952, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.476 std_dev=0.476
C6 B 0, 0.000, 0.501, 1.002, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.501 std_dev=0.501
N6 B 0, 0.000, 0.590, 1.180, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.590 std_dev=0.590

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.04
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.04
O2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00
O4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.05
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02
O5' 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.04 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.09 0.08 0.07 0.10 0.09 0.11 0.12 0.10 0.11 0.10 0.09 0.11 0.11 0.10 0.08 0.05 0.09 0.10 0.15 0.11 0.13
C2 0.14 0.14 0.12 0.10 0.16 0.12 0.17 0.14 0.17 0.17 0.16 0.14 0.18 0.17 0.16 0.12 0.07 0.13 0.09 0.13 0.09 0.11
C2' 0.09 0.08 0.08 0.06 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.07 0.05 0.08 0.10 0.15 0.10 0.12
C3' 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04 0.09 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.09 0.15 0.09 0.11
C4 0.17 0.13 0.15 0.12 0.18 0.13 0.19 0.13 0.17 0.19 0.15 0.14 0.18 0.20 0.18 0.14 0.07 0.15 0.08 0.10 0.06 0.08
C4' 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.09 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.10 0.17 0.12 0.13
C5 0.14 0.06 0.13 0.11 0.11 0.13 0.12 0.14 0.10 0.15 0.07 0.08 0.11 0.14 0.14 0.11 0.07 0.13 0.09 0.11 0.08 0.10
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.17 0.12 0.13
C6 0.10 0.05 0.10 0.09 0.09 0.11 0.10 0.13 0.09 0.12 0.06 0.06 0.09 0.11 0.11 0.09 0.06 0.10 0.10 0.13 0.09 0.11
N1 0.11 0.10 0.10 0.08 0.12 0.11 0.13 0.13 0.12 0.13 0.11 0.10 0.13 0.13 0.12 0.10 0.06 0.11 0.10 0.14 0.10 0.12
N3 0.16 0.16 0.14 0.11 0.18 0.12 0.19 0.14 0.19 0.19 0.18 0.16 0.20 0.20 0.18 0.13 0.07 0.14 0.08 0.11 0.07 0.09
O2 0.14 0.16 0.12 0.10 0.17 0.12 0.18 0.14 0.19 0.17 0.18 0.16 0.20 0.18 0.16 0.12 0.07 0.13 0.10 0.13 0.09 0.11
O2' 0.08 0.09 0.07 0.06 0.09 0.08 0.10 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.07 0.05 0.08 0.10 0.16 0.11 0.13
O3' 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.08 0.14 0.08 0.11
O4 0.19 0.18 0.17 0.12 0.22 0.12 0.23 0.11 0.22 0.23 0.19 0.19 0.23 0.24 0.22 0.17 0.08 0.15 0.06 0.06 0.03 0.05
O4' 0.07 0.05 0.05 0.05 0.07 0.07 0.07 0.11 0.07 0.08 0.06 0.06 0.08 0.08 0.07 0.05 0.03 0.07 0.11 0.17 0.12 0.14
O5' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.17 0.12 0.14
OP1 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.13 0.11 0.11
OP2 0.03 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.06 0.04 0.06 0.04 0.08 0.05 0.04 0.04 0.00 0.01 0.05 0.09 0.05 0.07
P 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.08 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.08 0.08 0.07
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.12 0.13 0.18 0.14
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.04 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.11 0.13 0.16 0.13
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.11 0.15 0.17 0.13
C5' 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.11 0.16 0.19 0.14
C8 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.09 0.15 0.14 0.12
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.12 0.15 0.19 0.14
N3 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.11 0.12 0.16 0.13
N6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.10 0.16 0.18 0.14
N7 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.09 0.16 0.16 0.13
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.10 0.13 0.14 0.11
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03
O3' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.07 0.07 0.06
O5' 0.07 0.12 0.03 0.02 0.11 0.01 0.11 0.00 0.11 0.09 0.12 0.11 0.10 0.09 0.10 0.02 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.08 0.13 0.07 0.00 0.13 0.02 0.15 0.03 0.16 0.15 0.15 0.12 0.16 0.16 0.13 0.05 0.03 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.18 0.04 0.02 0.16 0.01 0.17 0.01 0.19 0.14 0.19 0.16 0.18 0.16 0.14 0.04 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.14 0.04 0.02 0.13 0.01 0.13 0.00 0.14 0.12 0.14 0.13 0.14 0.13 0.11 0.03 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00