ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49185

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 9, 8, 9, 10, 3, 3, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.009 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.009, 0.025, 0.042, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.025 std_dev=0.017
O4 A 0, 0.003, 0.047, 0.091, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.047 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.029, 0.104, 0.180, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.104 std_dev=0.075
O4' A 0, 0.028, 0.113, 0.197, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.113 std_dev=0.085
C4' A 0, 0.050, 0.150, 0.250, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.150 std_dev=0.100
O2' A 0, 0.052, 0.157, 0.261, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.157 std_dev=0.105
C3' A 0, 0.046, 0.158, 0.271, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.158 std_dev=0.113
O3' A 0, 0.097, 0.241, 0.385, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.241 std_dev=0.144
O2' B 0, 0.155, 0.324, 0.493, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.324 std_dev=0.169
O5' A 0, 0.079, 0.251, 0.424, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.251 std_dev=0.172
C5' A 0, 0.084, 0.259, 0.434, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.259 std_dev=0.175
OP2 A 0, 0.115, 0.298, 0.481, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.298 std_dev=0.183
O3' B 0, 0.176, 0.375, 0.573, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.375 std_dev=0.199
P A 0, 0.066, 0.270, 0.475, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.270 std_dev=0.205
C2' B 0, 0.177, 0.390, 0.602, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.390 std_dev=0.212
C4' B 0, 0.174, 0.393, 0.612, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.393 std_dev=0.219
C3' B 0, 0.188, 0.409, 0.629, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.409 std_dev=0.220
OP1 A 0, 0.065, 0.287, 0.509, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.287 std_dev=0.222
O4' B 0, 0.190, 0.426, 0.661, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.426 std_dev=0.235
C1' B 0, 0.181, 0.423, 0.664, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.423 std_dev=0.241
C5' B 0, 0.206, 0.455, 0.705, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.455 std_dev=0.249
N1 B 0, 0.232, 0.520, 0.808, 1.659 max_d=1.659 avg_d=0.520 std_dev=0.288
O5' B 0, 0.249, 0.541, 0.834, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.541 std_dev=0.293
O2 B 0, 0.208, 0.520, 0.832, 1.828 max_d=1.828 avg_d=0.520 std_dev=0.312
C2 B 0, 0.233, 0.549, 0.866, 1.910 max_d=1.910 avg_d=0.549 std_dev=0.317
C6 B 0, 0.269, 0.592, 0.914, 1.772 max_d=1.772 avg_d=0.592 std_dev=0.323
P B 0, 0.222, 0.564, 0.905, 2.022 max_d=2.022 avg_d=0.564 std_dev=0.341
OP1 B 0, 0.229, 0.572, 0.916, 1.956 max_d=1.956 avg_d=0.572 std_dev=0.344
N3 B 0, 0.262, 0.623, 0.984, 2.249 max_d=2.249 avg_d=0.623 std_dev=0.361
C5 B 0, 0.301, 0.668, 1.034, 2.098 max_d=2.098 avg_d=0.668 std_dev=0.366
C4 B 0, 0.296, 0.674, 1.052, 2.332 max_d=2.332 avg_d=0.674 std_dev=0.378
OP2 B 0, 0.214, 0.602, 0.990, 2.362 max_d=2.362 avg_d=0.602 std_dev=0.388
N4 B 0, 0.328, 0.751, 1.174, 2.679 max_d=2.679 avg_d=0.751 std_dev=0.423

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.13 0.06
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.01 0.05 0.10 0.11 0.06
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.08 0.12 0.05
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.08 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.09 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.00 0.01 0.07 0.13 0.11 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.09 0.04
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.08 0.14 0.11 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.08 0.12 0.12 0.08
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.09 0.12 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.01 0.06 0.11 0.11 0.06
O2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.09 0.01 0.02 0.06 0.10 0.12 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.06 0.09 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03 0.06 0.12 0.05
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.09 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.08 0.05
O4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.07 0.14 0.10 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.09 0.14 0.09
O5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.04 0.06 0.06 0.03 0.05 0.07 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.10 0.08 0.07 0.13 0.04 0.14 0.02 0.12 0.09 0.11 0.10 0.06 0.08 0.14 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.11 0.12 0.09 0.11 0.09 0.11 0.04 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.08 0.10 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.06 0.05 0.05 0.08 0.04 0.09 0.01 0.08 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.08 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.08 0.10 0.09 0.13 0.10 0.09
C2 0.09 0.09 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.06 0.09 0.08 0.11 0.09 0.08
C2' 0.09 0.09 0.08 0.07 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.07 0.09 0.08 0.11 0.09 0.08
C3' 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.07 0.08 0.08 0.11 0.09 0.08
C4 0.09 0.10 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08
C4' 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08 0.11 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.13 0.09 0.09
C5 0.09 0.09 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08
C5' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.13 0.09 0.09
C6 0.09 0.09 0.09 0.07 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.11 0.07 0.09 0.08 0.10 0.09 0.08
N1 0.09 0.09 0.09 0.07 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.07 0.09 0.08 0.11 0.09 0.08
N3 0.09 0.10 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.06 0.09 0.07 0.10 0.09 0.07
O2 0.09 0.10 0.08 0.07 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.07 0.09 0.08 0.13 0.10 0.09
O2' 0.10 0.10 0.09 0.08 0.10 0.08 0.11 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.07 0.10 0.09 0.12 0.09 0.09
O3' 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.08 0.10 0.08 0.09 0.07 0.08 0.09 0.12 0.10 0.09
O4 0.10 0.11 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08
O4' 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.12 0.10 0.09 0.10 0.10 0.12 0.11 0.10 0.11 0.15 0.12 0.11
O5' 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.08 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.09 0.08 0.12 0.09 0.08
OP1 0.10 0.10 0.09 0.08 0.11 0.09 0.11 0.08 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.07 0.10 0.07 0.14 0.10 0.09
OP2 0.09 0.10 0.09 0.12 0.12 0.12 0.14 0.15 0.13 0.11 0.11 0.13 0.08 0.10 0.12 0.11 0.15 0.19 0.15 0.15
P 0.06 0.07 0.06 0.06 0.09 0.06 0.10 0.07 0.09 0.07 0.08 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.14 0.09 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.05 0.08 0.09 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.07 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.07 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.07 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.06 0.08 0.10 0.08
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.07 0.08 0.11 0.08
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.06 0.07 0.10 0.07
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.07 0.05
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.08 0.10 0.08
N4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.07 0.09 0.11 0.09
O2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.02 0.05 0.09 0.10 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.00 0.03 0.02 0.02 0.07 0.06 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.06 0.08 0.03 0.00 0.01 0.03 0.09 0.08 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03
O5' 0.03 0.05 0.03 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.04 0.06 0.07 0.05 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.08 0.07 0.07 0.08 0.05 0.08 0.04 0.07 0.05 0.08 0.09 0.09 0.07 0.09 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.09 0.07 0.07 0.10 0.03 0.11 0.01 0.10 0.07 0.10 0.11 0.10 0.06 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.04 0.04 0.08 0.02 0.08 0.01 0.07 0.05 0.08 0.09 0.07 0.04 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00