ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49186

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 4, 4, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.014, 0.026, 0.038, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.030 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.009, 0.024, 0.038, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.024 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.043, 0.068, 0.093, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.068 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.040, 0.085, 0.130, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.085 std_dev=0.045
C2' A 0, 0.232, 0.404, 0.575, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.404 std_dev=0.172
O4' A 0, 0.380, 0.552, 0.725, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.552 std_dev=0.172
C1' B 0, 0.247, 0.450, 0.654, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.450 std_dev=0.203
N1 B 0, 0.698, 0.940, 1.181, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.940 std_dev=0.242
O2' B 0, 0.363, 0.607, 0.851, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.607 std_dev=0.244
C4' A 0, 0.514, 0.797, 1.080, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.797 std_dev=0.283
C5' A 0, 0.811, 1.094, 1.377, 1.441 max_d=1.441 avg_d=1.094 std_dev=0.283
O5' A 0, 0.775, 1.091, 1.408, 1.509 max_d=1.509 avg_d=1.091 std_dev=0.317
C2' B 0, 0.677, 1.008, 1.339, 1.517 max_d=1.517 avg_d=1.008 std_dev=0.331
P A 0, 0.764, 1.110, 1.456, 1.606 max_d=1.606 avg_d=1.110 std_dev=0.346
P B 0, 0.676, 1.037, 1.398, 1.693 max_d=1.693 avg_d=1.037 std_dev=0.361
O2' A 0, 0.276, 0.641, 1.006, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.641 std_dev=0.365
C6 B 0, 1.080, 1.450, 1.820, 1.830 max_d=1.830 avg_d=1.450 std_dev=0.370
O4' B 0, 0.897, 1.305, 1.714, 2.123 max_d=2.123 avg_d=1.305 std_dev=0.409
C3' A 0, 0.110, 0.564, 1.018, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.564 std_dev=0.454
O5' B 0, 0.457, 0.916, 1.374, 2.303 max_d=2.303 avg_d=0.916 std_dev=0.458
OP2 B 0, 1.270, 1.793, 2.317, 2.620 max_d=2.620 avg_d=1.793 std_dev=0.523
C5 B 0, 1.692, 2.233, 2.774, 2.822 max_d=2.822 avg_d=2.233 std_dev=0.541
C2 B 0, 0.782, 1.345, 1.908, 3.390 max_d=3.390 avg_d=1.345 std_dev=0.563
C4' B 0, 1.390, 1.965, 2.540, 3.098 max_d=3.098 avg_d=1.965 std_dev=0.575
C3' B 0, 1.636, 2.239, 2.843, 3.307 max_d=3.307 avg_d=2.239 std_dev=0.604
C4 B 0, 1.954, 2.570, 3.186, 3.266 max_d=3.266 avg_d=2.570 std_dev=0.616
OP1 B 0, 0.350, 0.982, 1.613, 2.882 max_d=2.882 avg_d=0.982 std_dev=0.631
C5' B 0, 1.324, 1.963, 2.603, 3.237 max_d=3.237 avg_d=1.963 std_dev=0.639
OP2 A 0, 2.136, 2.776, 3.415, 3.292 max_d=3.292 avg_d=2.776 std_dev=0.640
N3 B 0, 1.496, 2.161, 2.827, 4.029 max_d=4.029 avg_d=2.161 std_dev=0.666
OP1 A 0, 0.575, 1.314, 2.053, 3.141 max_d=3.141 avg_d=1.314 std_dev=0.739
N4 B 0, 2.600, 3.419, 4.238, 4.309 max_d=4.309 avg_d=3.419 std_dev=0.819
O3' B 0, 2.957, 3.870, 4.783, 5.026 max_d=5.026 avg_d=3.870 std_dev=0.913
O3' A 0, -0.362, 0.617, 1.595, 3.274 max_d=3.274 avg_d=0.617 std_dev=0.979
O2 B 0, 0.008, 0.997, 1.987, 5.295 max_d=5.295 avg_d=0.997 std_dev=0.990

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.10 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.23 0.04 0.01 0.24 0.11 0.27 0.12
C2 0.02 0.00 0.17 0.24 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.15 0.02 0.09 0.11 0.40 0.50 0.17
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.08 0.03 0.10 0.19 0.12 0.04 0.14 0.27 0.01 0.04 0.09 0.01 0.43 0.33 0.54 0.50
C3' 0.02 0.24 0.01 0.00 0.34 0.00 0.31 0.05 0.25 0.20 0.31 0.18 0.02 0.01 0.36 0.02 0.11 0.10 0.43 0.19
C4 0.03 0.02 0.08 0.34 0.00 0.13 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.29 0.23 0.01 0.04 0.11 0.72 0.76 0.36
C4' 0.01 0.05 0.03 0.00 0.13 0.00 0.16 0.01 0.15 0.07 0.08 0.07 0.24 0.04 0.14 0.01 0.03 0.15 0.20 0.06
C5 0.03 0.01 0.10 0.31 0.01 0.16 0.00 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.31 0.23 0.02 0.09 0.11 0.69 0.82 0.38
C5' 0.10 0.07 0.19 0.05 0.12 0.01 0.14 0.00 0.11 0.07 0.08 0.10 0.08 0.15 0.13 0.02 0.01 0.29 0.11 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.25 0.01 0.15 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.15 0.02 0.11 0.09 0.46 0.69 0.26
N1 0.01 0.01 0.04 0.20 0.02 0.07 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.10 0.03 0.02 0.14 0.31 0.49 0.14
N3 0.03 0.01 0.14 0.31 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.22 0.18 0.01 0.07 0.08 0.58 0.63 0.26
O2 0.04 0.01 0.27 0.18 0.02 0.07 0.02 0.10 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.22 0.03 0.16 0.15 0.31 0.40 0.12
O2' 0.03 0.15 0.01 0.02 0.29 0.24 0.31 0.08 0.27 0.17 0.22 0.10 0.00 0.09 0.31 0.15 0.31 0.30 0.55 0.45
O3' 0.23 0.15 0.04 0.01 0.23 0.04 0.23 0.15 0.15 0.10 0.18 0.22 0.09 0.00 0.28 0.17 0.20 0.17 0.41 0.09
O4 0.04 0.02 0.09 0.36 0.01 0.14 0.02 0.13 0.02 0.03 0.01 0.03 0.31 0.28 0.00 0.05 0.13 0.83 0.82 0.41
O4' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.04 0.01 0.09 0.02 0.11 0.02 0.07 0.16 0.15 0.17 0.05 0.00 0.09 0.12 0.54 0.19
O5' 0.24 0.11 0.43 0.11 0.11 0.03 0.11 0.01 0.09 0.14 0.08 0.15 0.31 0.20 0.13 0.09 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.11 0.40 0.33 0.10 0.72 0.15 0.69 0.29 0.46 0.31 0.58 0.31 0.30 0.17 0.83 0.12 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.50 0.54 0.43 0.76 0.20 0.82 0.11 0.69 0.49 0.63 0.40 0.55 0.41 0.82 0.54 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.17 0.50 0.19 0.36 0.06 0.38 0.02 0.26 0.14 0.26 0.12 0.45 0.09 0.41 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.40 0.21 0.28 0.25 0.40 0.29 0.50 0.28 0.22 0.37 0.27 0.63 0.22 0.33 0.34 0.41 0.48 0.39 0.41
C2 0.24 0.53 0.22 0.24 0.29 0.32 0.36 0.36 0.35 0.24 0.51 0.32 0.87 0.23 0.26 0.32 0.32 0.37 0.35 0.33
C2' 0.43 0.48 0.41 0.52 0.35 0.64 0.38 0.75 0.39 0.39 0.44 0.35 0.67 0.39 0.57 0.56 0.71 0.80 0.68 0.72
C3' 0.13 0.29 0.09 0.16 0.28 0.34 0.31 0.55 0.28 0.19 0.31 0.31 0.43 0.18 0.23 0.28 0.46 0.56 0.50 0.51
C4 0.22 0.57 0.23 0.23 0.27 0.24 0.35 0.25 0.37 0.23 0.54 0.29 0.96 0.25 0.24 0.26 0.24 0.27 0.31 0.24
C4' 0.18 0.34 0.12 0.20 0.39 0.32 0.37 0.51 0.32 0.26 0.39 0.43 0.41 0.17 0.26 0.28 0.44 0.49 0.48 0.46
C5 0.22 0.49 0.22 0.23 0.22 0.26 0.30 0.27 0.32 0.21 0.44 0.24 0.83 0.24 0.24 0.26 0.25 0.29 0.31 0.25
C5' 0.23 0.35 0.14 0.22 0.46 0.33 0.47 0.54 0.41 0.34 0.41 0.50 0.33 0.17 0.26 0.32 0.51 0.54 0.56 0.54
C6 0.22 0.43 0.21 0.24 0.22 0.33 0.28 0.36 0.29 0.21 0.38 0.23 0.71 0.22 0.28 0.30 0.32 0.36 0.34 0.31
N1 0.23 0.45 0.21 0.25 0.25 0.35 0.32 0.41 0.31 0.22 0.42 0.27 0.74 0.22 0.29 0.32 0.35 0.40 0.36 0.35
N3 0.24 0.59 0.23 0.23 0.29 0.27 0.37 0.29 0.37 0.25 0.56 0.33 0.96 0.24 0.24 0.29 0.27 0.31 0.33 0.28
O2 0.24 0.54 0.22 0.24 0.31 0.34 0.38 0.39 0.36 0.25 0.53 0.35 0.87 0.23 0.27 0.33 0.35 0.40 0.37 0.35
O2' 0.41 0.46 0.48 0.56 0.27 0.61 0.30 0.69 0.32 0.34 0.40 0.27 0.67 0.54 0.66 0.49 0.60 0.69 0.53 0.58
O3' 0.10 0.32 0.13 0.15 0.36 0.29 0.34 0.50 0.28 0.20 0.38 0.42 0.43 0.26 0.28 0.22 0.36 0.42 0.42 0.39
O4 0.21 0.59 0.24 0.24 0.27 0.20 0.36 0.21 0.39 0.22 0.57 0.31 1.00 0.25 0.25 0.22 0.21 0.23 0.30 0.21
O4' 0.16 0.35 0.14 0.20 0.31 0.33 0.29 0.45 0.25 0.21 0.37 0.34 0.50 0.16 0.26 0.28 0.33 0.37 0.33 0.32
O5' 0.25 0.34 0.14 0.24 0.42 0.40 0.43 0.59 0.40 0.33 0.38 0.44 0.33 0.15 0.27 0.39 0.49 0.54 0.55 0.53
OP1 0.38 0.35 0.60 0.41 0.25 0.26 0.24 0.61 0.22 0.28 0.31 0.26 0.47 0.91 0.56 0.15 0.50 0.67 0.60 0.64
OP2 1.09 1.23 0.93 0.69 1.20 0.60 1.12 0.59 1.09 1.16 1.24 1.21 1.22 0.85 0.51 0.87 0.45 0.21 0.45 0.30
P 0.37 0.38 0.39 0.27 0.32 0.26 0.28 0.47 0.27 0.34 0.36 0.32 0.43 0.47 0.31 0.20 0.23 0.34 0.21 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.05 0.00 0.11 0.12 0.18 0.06
C2 0.03 0.00 0.10 0.12 0.02 0.18 0.02 0.33 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.19 0.10 0.18 0.45 0.43 0.47 0.45
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.03 0.05 0.08 0.06 0.03 0.10 0.07 0.17 0.01 0.06 0.01 0.22 0.21 0.15 0.16
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.08 0.01 0.15 0.05 0.18 0.05 0.10 0.09 0.23 0.03 0.01 0.02 0.32 0.27 0.15 0.24
C4 0.02 0.02 0.06 0.08 0.00 0.10 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.08 0.03 0.23 0.15 0.21 0.15
C4' 0.01 0.18 0.03 0.01 0.10 0.00 0.20 0.01 0.24 0.05 0.15 0.11 0.36 0.12 0.04 0.00 0.03 0.13 0.24 0.04
C5 0.02 0.02 0.05 0.15 0.01 0.20 0.00 0.43 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.11 0.14 0.15 0.39 0.41 0.53 0.43
C5' 0.08 0.33 0.08 0.05 0.29 0.01 0.43 0.00 0.44 0.19 0.32 0.32 0.59 0.07 0.08 0.03 0.01 0.14 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.18 0.01 0.24 0.00 0.44 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.15 0.21 0.44 0.44 0.56 0.47
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.02 0.16 0.10 0.18 0.07
N3 0.03 0.01 0.10 0.10 0.01 0.15 0.01 0.32 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.17 0.09 0.13 0.42 0.41 0.47 0.43
N4 0.02 0.03 0.07 0.09 0.01 0.11 0.02 0.32 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.10 0.09 0.04 0.25 0.20 0.25 0.19
O2 0.06 0.01 0.17 0.23 0.03 0.36 0.03 0.59 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.34 0.19 0.34 0.81 0.82 0.89 0.87
O2' 0.03 0.19 0.01 0.03 0.09 0.12 0.11 0.07 0.13 0.05 0.17 0.10 0.34 0.00 0.08 0.07 0.18 0.22 0.16 0.15
O3' 0.05 0.10 0.06 0.01 0.08 0.04 0.14 0.08 0.15 0.05 0.09 0.09 0.19 0.08 0.00 0.04 0.28 0.31 0.17 0.24
O4' 0.00 0.18 0.01 0.02 0.03 0.00 0.15 0.03 0.21 0.02 0.13 0.04 0.34 0.07 0.04 0.00 0.12 0.14 0.24 0.10
O5' 0.11 0.45 0.22 0.32 0.23 0.03 0.39 0.01 0.44 0.16 0.42 0.25 0.81 0.18 0.28 0.12 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.12 0.43 0.21 0.27 0.15 0.13 0.41 0.14 0.44 0.10 0.41 0.20 0.82 0.22 0.31 0.14 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.47 0.15 0.15 0.21 0.24 0.53 0.34 0.56 0.18 0.47 0.25 0.89 0.16 0.17 0.24 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.45 0.16 0.24 0.15 0.04 0.43 0.02 0.47 0.07 0.43 0.19 0.87 0.15 0.24 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00