ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49187

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 13, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.005, 0.008, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.008, 0.012, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.008, 0.012, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.006, 0.011, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.004
O2 A 0, 0.020, 0.031, 0.041, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.031 std_dev=0.010
O4 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.021 std_dev=0.012
O4' A 0, 0.034, 0.075, 0.116, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.075 std_dev=0.041
C2' A 0, 0.028, 0.073, 0.118, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.073 std_dev=0.045
C4' A 0, 0.045, 0.103, 0.161, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.103 std_dev=0.058
O2' A 0, 0.042, 0.107, 0.172, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.107 std_dev=0.065
C3' A 0, 0.046, 0.118, 0.190, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.118 std_dev=0.072
C2' B 0, 0.167, 0.242, 0.317, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.242 std_dev=0.075
O2' B 0, 0.114, 0.190, 0.267, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.190 std_dev=0.076
C3' B 0, 0.143, 0.229, 0.315, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.229 std_dev=0.086
O3' B 0, 0.116, 0.204, 0.292, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.204 std_dev=0.088
O4' B 0, 0.171, 0.269, 0.367, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.269 std_dev=0.098
O5' B 0, 0.220, 0.319, 0.419, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.319 std_dev=0.100
C4' B 0, 0.171, 0.271, 0.371, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.271 std_dev=0.100
C1' B 0, 0.200, 0.308, 0.415, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.308 std_dev=0.108
O3' A 0, 0.089, 0.198, 0.307, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.198 std_dev=0.109
C5' A 0, 0.074, 0.184, 0.293, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.184 std_dev=0.109
C5' B 0, 0.199, 0.313, 0.428, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.313 std_dev=0.114
P B 0, 0.229, 0.344, 0.458, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.344 std_dev=0.115
OP1 B 0, 0.282, 0.406, 0.529, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.406 std_dev=0.123
O5' A 0, 0.074, 0.209, 0.343, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.209 std_dev=0.134
OP2 B 0, 0.187, 0.322, 0.456, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.322 std_dev=0.135
N1 B 0, 0.354, 0.494, 0.634, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.494 std_dev=0.140
OP1 A 0, 0.103, 0.292, 0.481, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.292 std_dev=0.189
P A 0, 0.097, 0.300, 0.502, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.300 std_dev=0.203
C4 B 0, 0.576, 0.811, 1.045, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.811 std_dev=0.234
OP2 A 0, 0.136, 0.380, 0.623, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.380 std_dev=0.244
N4 B 0, 0.673, 0.959, 1.245, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.959 std_dev=0.286
N3 B 0, 1.084, 1.515, 1.945, 1.965 max_d=1.965 avg_d=1.515 std_dev=0.430
C2 B 0, 1.220, 1.728, 2.236, 2.144 max_d=2.144 avg_d=1.728 std_dev=0.508
C6 B 0, 1.919, 2.693, 3.467, 3.118 max_d=3.118 avg_d=2.693 std_dev=0.774
C5 B 0, 2.105, 2.941, 3.777, 3.378 max_d=3.378 avg_d=2.941 std_dev=0.836
O2 B 0, 2.587, 3.734, 4.881, 4.322 max_d=4.322 avg_d=3.734 std_dev=1.147

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.06 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.06 0.06 0.07 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.07 0.07 0.08 0.07
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.06 0.06 0.07 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.05 0.03
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.04 0.05 0.07 0.05
O2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.03 0.03 0.06 0.03
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.05 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.08 0.05
O4 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.06 0.07 0.08 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
O5' 0.02 0.03 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.07 0.03 0.06 0.04 0.05 0.03 0.06 0.07 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.06 0.05 0.05 0.07 0.02 0.08 0.01 0.07 0.05 0.07 0.06 0.05 0.08 0.08 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.03 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.30 0.06 0.05 0.26 0.06 0.63 0.05 0.59 0.15 0.22 0.30 0.72 0.06 0.04 0.09 0.07 0.07 0.09 0.06
C2 0.08 0.31 0.06 0.06 0.27 0.06 0.65 0.07 0.60 0.15 0.22 0.31 0.73 0.06 0.05 0.09 0.08 0.08 0.10 0.07
C2' 0.08 0.30 0.06 0.05 0.25 0.05 0.62 0.05 0.57 0.14 0.22 0.30 0.71 0.06 0.04 0.08 0.06 0.07 0.09 0.06
C3' 0.09 0.26 0.06 0.06 0.24 0.06 0.57 0.06 0.53 0.14 0.19 0.28 0.64 0.07 0.05 0.09 0.07 0.08 0.09 0.07
C4 0.07 0.25 0.06 0.05 0.20 0.05 0.48 0.06 0.47 0.12 0.17 0.22 0.58 0.06 0.05 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07
C4' 0.09 0.27 0.07 0.06 0.24 0.07 0.58 0.06 0.54 0.15 0.19 0.28 0.64 0.07 0.05 0.10 0.07 0.07 0.09 0.07
C5 0.07 0.23 0.06 0.04 0.18 0.05 0.43 0.05 0.43 0.12 0.16 0.20 0.54 0.06 0.03 0.08 0.06 0.06 0.09 0.06
C5' 0.10 0.22 0.07 0.06 0.23 0.07 0.53 0.07 0.50 0.15 0.16 0.26 0.55 0.07 0.06 0.11 0.07 0.08 0.09 0.07
C6 0.08 0.26 0.06 0.05 0.21 0.05 0.50 0.05 0.49 0.13 0.18 0.23 0.61 0.06 0.04 0.08 0.06 0.06 0.09 0.06
N1 0.08 0.29 0.06 0.05 0.25 0.05 0.60 0.05 0.57 0.14 0.21 0.28 0.70 0.06 0.04 0.09 0.07 0.07 0.09 0.06
N3 0.09 0.29 0.07 0.06 0.25 0.07 0.60 0.07 0.56 0.15 0.21 0.29 0.68 0.07 0.06 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08
O2 0.09 0.33 0.07 0.06 0.30 0.07 0.70 0.08 0.63 0.16 0.25 0.35 0.76 0.07 0.05 0.10 0.09 0.09 0.11 0.08
O2' 0.08 0.33 0.06 0.05 0.27 0.06 0.66 0.06 0.60 0.15 0.25 0.32 0.76 0.06 0.04 0.09 0.07 0.07 0.10 0.07
O3' 0.08 0.27 0.06 0.06 0.24 0.06 0.57 0.06 0.53 0.14 0.20 0.28 0.64 0.07 0.05 0.09 0.07 0.08 0.08 0.06
O4 0.06 0.20 0.06 0.07 0.17 0.06 0.38 0.07 0.38 0.11 0.13 0.19 0.45 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.10 0.07
O4' 0.09 0.28 0.07 0.06 0.25 0.06 0.60 0.06 0.56 0.15 0.20 0.29 0.67 0.07 0.06 0.10 0.07 0.07 0.09 0.07
O5' 0.11 0.18 0.07 0.07 0.22 0.09 0.48 0.08 0.46 0.16 0.13 0.25 0.47 0.07 0.07 0.12 0.09 0.10 0.09 0.09
OP1 0.11 0.14 0.06 0.07 0.20 0.09 0.42 0.08 0.40 0.15 0.10 0.23 0.37 0.06 0.07 0.12 0.08 0.10 0.09 0.08
OP2 0.13 0.10 0.08 0.09 0.19 0.12 0.35 0.11 0.34 0.15 0.08 0.21 0.28 0.07 0.10 0.14 0.11 0.13 0.12 0.11
P 0.11 0.13 0.06 0.07 0.20 0.10 0.41 0.08 0.39 0.15 0.09 0.22 0.36 0.06 0.07 0.12 0.08 0.11 0.09 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.08 0.04
C2 0.01 0.00 0.15 0.12 0.00 0.10 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.04 0.06 0.27 0.30 0.35 0.30
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.03 0.00 0.11 0.02 0.15 0.02 0.11 0.04 0.26 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.06 0.04
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.09 0.03 0.23 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.02 0.13 0.18 0.26 0.18
C4' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.13 0.02 0.07 0.03 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.11 0.10 0.00 0.11 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.06 0.40 0.51 0.65 0.53
C5' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.08 0.00 0.26 0.00 0.28 0.05 0.13 0.09 0.42 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.15 0.13 0.00 0.13 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.07 0.44 0.50 0.63 0.53
N1 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.09 0.10 0.16 0.11
N3 0.01 0.00 0.11 0.09 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.05 0.04 0.19 0.22 0.27 0.22
N4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.06 0.02 0.13 0.20 0.28 0.20
O2 0.02 0.00 0.26 0.23 0.01 0.21 0.01 0.42 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.04 0.12 0.61 0.68 0.80 0.71
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.10 0.09 0.13 0.00 0.03 0.01 0.05 0.07 0.08 0.05
O3' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.03 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03
O4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.04 0.02 0.12 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.07 0.05
O5' 0.04 0.27 0.04 0.03 0.13 0.01 0.40 0.00 0.44 0.09 0.19 0.13 0.61 0.05 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.30 0.05 0.05 0.18 0.04 0.51 0.05 0.50 0.10 0.22 0.20 0.68 0.07 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.35 0.06 0.04 0.26 0.03 0.65 0.02 0.63 0.16 0.27 0.28 0.80 0.08 0.04 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.30 0.04 0.03 0.18 0.01 0.53 0.01 0.53 0.11 0.22 0.20 0.71 0.05 0.03 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00