ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49189

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.013, 0.021, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.021 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.013, 0.021, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.012, 0.020, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.012, 0.020, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.020 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.030, 0.049, 0.067, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.049 std_dev=0.019
O4 A 0, 0.014, 0.040, 0.066, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.040 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.012, 0.086, 0.160, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.086 std_dev=0.074
O4' A 0, 0.016, 0.097, 0.177, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.097 std_dev=0.080
C4' A 0, -0.002, 0.106, 0.214, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.106 std_dev=0.108
O2' A 0, 0.030, 0.144, 0.258, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.144 std_dev=0.114
O2 B 0, 0.140, 0.271, 0.401, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.271 std_dev=0.131
C3' A 0, -0.007, 0.129, 0.265, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.129 std_dev=0.136
O5' A 0, 0.106, 0.257, 0.408, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.257 std_dev=0.151
O2' B 0, 0.070, 0.234, 0.397, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.234 std_dev=0.163
O3' A 0, 0.018, 0.193, 0.369, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.193 std_dev=0.175
P A 0, 0.203, 0.410, 0.616, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.410 std_dev=0.207
C2' B 0, 0.063, 0.271, 0.479, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.271 std_dev=0.208
O3' B 0, 0.094, 0.303, 0.512, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.303 std_dev=0.209
C5' A 0, 0.012, 0.223, 0.434, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.223 std_dev=0.211
C2 B 0, 0.094, 0.310, 0.525, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.310 std_dev=0.215
C1' B 0, 0.049, 0.267, 0.485, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.267 std_dev=0.218
C3' B 0, 0.089, 0.325, 0.562, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.325 std_dev=0.236
OP2 A 0, 0.259, 0.502, 0.745, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.502 std_dev=0.243
OP1 A 0, 0.198, 0.457, 0.715, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.457 std_dev=0.259
C4' B 0, 0.108, 0.388, 0.668, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.388 std_dev=0.280
N1 B 0, 0.042, 0.323, 0.605, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.323 std_dev=0.281
O4' B 0, 0.078, 0.361, 0.644, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.361 std_dev=0.283
OP1 B 0, 0.234, 0.524, 0.814, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.524 std_dev=0.290
C5' B 0, 0.208, 0.522, 0.837, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.522 std_dev=0.314
O5' B 0, 0.267, 0.596, 0.925, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.596 std_dev=0.329
N3 B 0, 0.100, 0.436, 0.772, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.436 std_dev=0.336
P B 0, 0.162, 0.544, 0.926, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.544 std_dev=0.382
C6 B 0, 0.040, 0.471, 0.901, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.471 std_dev=0.431
OP2 B 0, 0.073, 0.542, 1.010, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.542 std_dev=0.468
C4 B 0, 0.063, 0.559, 1.056, 1.909 max_d=1.909 avg_d=0.559 std_dev=0.497
C5 B 0, 0.046, 0.582, 1.118, 2.128 max_d=2.128 avg_d=0.582 std_dev=0.536
N4 B 0, 0.092, 0.715, 1.337, 2.415 max_d=2.415 avg_d=0.715 std_dev=0.623

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.05 0.07 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.07 0.08 0.14 0.09
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.14 0.09 0.08
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.20 0.13 0.13
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.11 0.11 0.21 0.14
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.10 0.03 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.11 0.12 0.21 0.14
C5' 0.05 0.12 0.05 0.02 0.17 0.00 0.16 0.00 0.14 0.11 0.15 0.10 0.04 0.03 0.18 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.05 0.09 0.09 0.17 0.11
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.07 0.08 0.13 0.09
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.09 0.09 0.18 0.12
O2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.11 0.01 0.08 0.06 0.08 0.12 0.08
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.03 0.06 0.10 0.00 0.04 0.05 0.01 0.08 0.17 0.13 0.11
O3' 0.04 0.08 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.07 0.11 0.04 0.00 0.05 0.05 0.07 0.25 0.16 0.15
O4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.11 0.13 0.23 0.15
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.08 0.01 0.05 0.02 0.00 0.10 0.04 0.15 0.11
O5' 0.05 0.07 0.06 0.07 0.11 0.01 0.11 0.00 0.09 0.07 0.09 0.06 0.08 0.07 0.11 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.08 0.14 0.20 0.11 0.10 0.12 0.03 0.09 0.08 0.09 0.08 0.17 0.25 0.13 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.14 0.09 0.13 0.21 0.03 0.21 0.01 0.17 0.13 0.18 0.12 0.13 0.16 0.23 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.08 0.13 0.14 0.03 0.14 0.01 0.11 0.09 0.12 0.08 0.11 0.15 0.15 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.20 0.05 0.05 0.32 0.08 0.31 0.07 0.26 0.19 0.27 0.36 0.14 0.04 0.07 0.11 0.08 0.15 0.14 0.11
C2 0.08 0.14 0.06 0.08 0.22 0.08 0.19 0.08 0.15 0.12 0.20 0.25 0.12 0.09 0.09 0.09 0.08 0.13 0.11 0.09
C2' 0.17 0.20 0.12 0.12 0.32 0.14 0.35 0.14 0.31 0.23 0.26 0.34 0.16 0.09 0.13 0.17 0.14 0.20 0.18 0.16
C3' 0.18 0.20 0.15 0.13 0.36 0.15 0.40 0.16 0.34 0.24 0.28 0.40 0.16 0.12 0.14 0.18 0.17 0.23 0.24 0.21
C4 0.14 0.10 0.15 0.16 0.10 0.16 0.11 0.16 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.15 0.15 0.17 0.16 0.14 0.17 0.15
C4' 0.12 0.17 0.07 0.07 0.31 0.08 0.32 0.08 0.27 0.18 0.24 0.36 0.16 0.06 0.09 0.11 0.10 0.17 0.20 0.15
C5 0.14 0.11 0.15 0.14 0.11 0.13 0.11 0.14 0.12 0.12 0.11 0.11 0.13 0.16 0.12 0.15 0.15 0.14 0.16 0.14
C5' 0.13 0.14 0.09 0.10 0.23 0.10 0.25 0.08 0.22 0.15 0.19 0.27 0.13 0.10 0.15 0.12 0.09 0.18 0.20 0.15
C6 0.08 0.12 0.08 0.08 0.15 0.07 0.14 0.07 0.12 0.10 0.14 0.16 0.14 0.10 0.07 0.08 0.10 0.13 0.14 0.10
N1 0.08 0.15 0.05 0.06 0.22 0.07 0.21 0.06 0.17 0.13 0.20 0.25 0.13 0.07 0.07 0.08 0.07 0.13 0.12 0.09
N3 0.10 0.11 0.11 0.12 0.14 0.12 0.12 0.12 0.10 0.09 0.14 0.17 0.10 0.12 0.13 0.12 0.12 0.13 0.14 0.12
O2 0.08 0.17 0.05 0.07 0.28 0.08 0.25 0.08 0.19 0.15 0.25 0.33 0.12 0.07 0.09 0.10 0.07 0.13 0.10 0.08
O2' 0.23 0.26 0.18 0.17 0.41 0.21 0.44 0.22 0.39 0.31 0.34 0.42 0.14 0.13 0.15 0.24 0.22 0.25 0.20 0.21
O3' 0.20 0.24 0.17 0.14 0.48 0.17 0.50 0.19 0.42 0.29 0.35 0.55 0.14 0.13 0.13 0.21 0.22 0.26 0.28 0.25
O4 0.18 0.12 0.18 0.20 0.12 0.21 0.15 0.21 0.16 0.15 0.11 0.12 0.11 0.17 0.19 0.22 0.20 0.16 0.21 0.19
O4' 0.09 0.17 0.08 0.10 0.29 0.08 0.28 0.08 0.21 0.15 0.25 0.35 0.16 0.10 0.10 0.08 0.11 0.12 0.17 0.12
O5' 0.10 0.11 0.07 0.08 0.20 0.08 0.23 0.07 0.20 0.12 0.16 0.23 0.14 0.08 0.11 0.09 0.09 0.17 0.21 0.15
OP1 0.07 0.09 0.09 0.13 0.19 0.12 0.21 0.14 0.16 0.07 0.13 0.24 0.14 0.08 0.12 0.08 0.13 0.15 0.20 0.12
OP2 0.08 0.13 0.10 0.14 0.13 0.13 0.14 0.12 0.10 0.06 0.13 0.16 0.20 0.09 0.15 0.10 0.11 0.15 0.26 0.14
P 0.06 0.10 0.07 0.10 0.16 0.09 0.19 0.10 0.14 0.06 0.13 0.20 0.17 0.07 0.10 0.06 0.10 0.15 0.24 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.10 0.06
C2 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.05 0.08 0.10 0.26 0.16
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.04 0.03 0.08 0.00 0.01 0.01 0.04 0.12 0.09 0.07
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.18 0.12 0.10
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03 0.13 0.24 0.39 0.27
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.02 0.05 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.03 0.05 0.15 0.27 0.39 0.29
C5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.10 0.00 0.13 0.00 0.12 0.05 0.06 0.11 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.03 0.06 0.14 0.19 0.29 0.23
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.08 0.10 0.22 0.15
N3 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.03 0.10 0.17 0.34 0.22
N4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.04 0.15 0.29 0.43 0.30
O2 0.02 0.01 0.08 0.03 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.05 0.09 0.05 0.06 0.22 0.12
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.10 0.03 0.07 0.07 0.15 0.00 0.03 0.01 0.05 0.16 0.14 0.10
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.03 0.21 0.12 0.10
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.04 0.09 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.11 0.07
O5' 0.03 0.08 0.04 0.04 0.13 0.01 0.15 0.01 0.14 0.08 0.10 0.15 0.05 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.10 0.12 0.18 0.24 0.11 0.27 0.07 0.19 0.10 0.17 0.29 0.06 0.16 0.21 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.26 0.09 0.12 0.39 0.03 0.39 0.02 0.29 0.22 0.34 0.43 0.22 0.14 0.12 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.16 0.07 0.10 0.27 0.02 0.29 0.01 0.23 0.15 0.22 0.30 0.12 0.10 0.10 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00