ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49193

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.011, 0.024, 0.038, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.026 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.013, 0.031, 0.050, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.031 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.013, 0.046, 0.078, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.046 std_dev=0.032
O2 A 0, 0.016, 0.053, 0.090, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.053 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.044, 0.118, 0.193, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.118 std_dev=0.075
C2' A 0, 0.005, 0.097, 0.189, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.097 std_dev=0.092
C3' A 0, 0.034, 0.284, 0.534, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.284 std_dev=0.250
O2' A 0, 0.034, 0.286, 0.537, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.286 std_dev=0.251
C4' A 0, 0.024, 0.314, 0.604, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.314 std_dev=0.290
C2' B 0, 0.145, 0.449, 0.752, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.449 std_dev=0.304
C3' B 0, 0.154, 0.489, 0.825, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.489 std_dev=0.336
O4' B 0, 0.149, 0.486, 0.824, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.486 std_dev=0.337
O3' A 0, 0.078, 0.445, 0.811, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.445 std_dev=0.367
O3' B 0, 0.157, 0.576, 0.995, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.576 std_dev=0.419
C4' B 0, 0.154, 0.575, 0.995, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.575 std_dev=0.421
O5' A 0, 0.107, 0.569, 1.031, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.569 std_dev=0.462
C5' A 0, 0.057, 0.540, 1.022, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.540 std_dev=0.483
P A 0, 0.185, 0.700, 1.214, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.700 std_dev=0.515
OP1 A 0, 0.186, 0.734, 1.281, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.734 std_dev=0.547
C1' B 0, 0.145, 0.733, 1.321, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.733 std_dev=0.588
O2' B 0, 0.155, 0.821, 1.487, 1.727 max_d=1.727 avg_d=0.821 std_dev=0.666
OP2 A 0, 0.244, 1.014, 1.783, 1.803 max_d=1.803 avg_d=1.014 std_dev=0.770
C5' B 0, 0.117, 1.035, 1.953, 2.156 max_d=2.156 avg_d=1.035 std_dev=0.918
C2 B 0, 0.289, 1.403, 2.516, 2.812 max_d=2.812 avg_d=1.403 std_dev=1.114
OP1 B 0, 0.123, 1.508, 2.894, 3.249 max_d=3.249 avg_d=1.508 std_dev=1.386
O2 B 0, -0.165, 1.222, 2.610, 3.865 max_d=3.865 avg_d=1.222 std_dev=1.388
N1 B 0, 0.035, 1.522, 3.009, 3.541 max_d=3.541 avg_d=1.522 std_dev=1.487
O5' B 0, 0.045, 1.658, 3.271, 3.642 max_d=3.642 avg_d=1.658 std_dev=1.613
N3 B 0, 0.243, 2.129, 4.014, 4.647 max_d=4.647 avg_d=2.129 std_dev=1.885
P B 0, -0.028, 2.000, 4.027, 4.501 max_d=4.501 avg_d=2.000 std_dev=2.027
C6 B 0, 0.419, 3.028, 5.638, 6.140 max_d=6.140 avg_d=3.028 std_dev=2.610
OP2 B 0, -0.273, 2.739, 5.751, 6.545 max_d=6.545 avg_d=2.739 std_dev=3.012
C4 B 0, -0.317, 2.911, 6.139, 7.196 max_d=7.196 avg_d=2.911 std_dev=3.228
C5 B 0, 0.320, 3.761, 7.202, 8.023 max_d=8.023 avg_d=3.761 std_dev=3.441
N4 B 0, -0.525, 3.584, 7.694, 9.027 max_d=9.027 avg_d=3.584 std_dev=4.110

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.21 0.21 0.13
C2 0.01 0.00 0.02 0.09 0.01 0.05 0.02 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.08 0.02 0.02 0.10 0.19 0.12 0.10
C2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.09 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.12 0.19 0.06
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.19 0.01 0.21 0.01 0.19 0.11 0.15 0.05 0.01 0.00 0.19 0.01 0.09 0.11 0.19 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.19 0.00 0.14 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.22 0.01 0.03 0.16 0.20 0.27 0.22
C4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.14 0.00 0.18 0.01 0.16 0.08 0.10 0.06 0.06 0.01 0.15 0.00 0.02 0.13 0.20 0.03
C5 0.01 0.02 0.05 0.21 0.01 0.18 0.00 0.33 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.25 0.02 0.03 0.19 0.20 0.27 0.23
C5' 0.03 0.14 0.01 0.01 0.29 0.01 0.33 0.00 0.28 0.16 0.22 0.08 0.06 0.04 0.31 0.00 0.00 0.15 0.25 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.19 0.01 0.16 0.00 0.28 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.21 0.02 0.03 0.18 0.20 0.19 0.17
N1 0.00 0.00 0.01 0.11 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.11 0.01 0.01 0.13 0.20 0.14 0.11
N3 0.01 0.01 0.02 0.15 0.01 0.10 0.02 0.22 0.02 0.01 0.00 0.04 0.11 0.15 0.01 0.02 0.12 0.20 0.20 0.17
O2 0.06 0.01 0.09 0.05 0.03 0.06 0.02 0.08 0.02 0.02 0.04 0.00 0.22 0.07 0.05 0.06 0.10 0.17 0.13 0.06
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.07 0.06 0.02 0.06 0.03 0.03 0.11 0.22 0.00 0.03 0.08 0.08 0.07 0.15 0.17 0.06
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.22 0.01 0.25 0.04 0.21 0.11 0.15 0.07 0.03 0.00 0.23 0.01 0.24 0.21 0.21 0.17
O4 0.01 0.02 0.03 0.19 0.01 0.15 0.02 0.31 0.02 0.01 0.01 0.05 0.08 0.23 0.00 0.03 0.18 0.19 0.32 0.24
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.08 0.01 0.03 0.00 0.23 0.25 0.29 0.21
O5' 0.15 0.10 0.04 0.09 0.16 0.02 0.19 0.00 0.18 0.13 0.12 0.10 0.07 0.24 0.18 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.21 0.19 0.12 0.11 0.20 0.13 0.20 0.15 0.20 0.20 0.20 0.17 0.15 0.21 0.19 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.12 0.19 0.19 0.27 0.20 0.27 0.25 0.19 0.14 0.20 0.13 0.17 0.21 0.32 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.10 0.06 0.06 0.22 0.03 0.23 0.01 0.17 0.11 0.17 0.06 0.06 0.17 0.24 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.50 0.22 0.24 0.26 0.49 0.40 0.96 0.42 0.25 0.45 0.24 0.82 0.58 0.09 0.23 1.32 1.03 1.73 1.46
C2 0.31 0.77 0.15 0.14 0.77 0.38 0.75 0.75 0.67 0.53 0.85 0.83 0.97 0.61 0.20 0.14 1.26 0.99 1.74 1.35
C2' 0.30 0.69 0.17 0.19 0.47 0.45 0.52 0.88 0.53 0.40 0.68 0.47 1.05 0.52 0.07 0.17 1.10 0.86 1.41 1.22
C3' 0.44 0.74 0.06 0.07 0.44 0.32 0.47 0.73 0.50 0.45 0.69 0.41 1.11 0.33 0.10 0.17 0.80 0.63 0.98 0.93
C4 0.34 0.83 0.10 0.10 0.98 0.20 0.94 0.45 0.80 0.66 0.96 1.06 0.88 0.56 0.36 0.09 1.00 0.81 1.43 1.02
C4' 0.35 0.47 0.07 0.11 0.20 0.36 0.49 0.83 0.47 0.26 0.34 0.22 0.86 0.27 0.07 0.22 0.94 0.74 1.19 1.11
C5 0.26 0.60 0.12 0.10 0.56 0.26 0.49 0.55 0.43 0.42 0.63 0.58 0.72 0.56 0.36 0.10 1.05 0.81 1.36 1.04
C5' 0.44 0.46 0.14 0.16 0.33 0.30 0.63 0.68 0.53 0.29 0.29 0.42 0.86 0.07 0.14 0.32 0.66 0.53 0.79 0.83
C6 0.20 0.48 0.18 0.16 0.31 0.41 0.31 0.79 0.32 0.27 0.45 0.30 0.72 0.59 0.25 0.19 1.21 0.92 1.50 1.24
N1 0.24 0.58 0.19 0.19 0.45 0.44 0.45 0.85 0.45 0.35 0.58 0.45 0.84 0.61 0.16 0.19 1.28 0.99 1.68 1.37
N3 0.35 0.87 0.11 0.10 1.02 0.27 0.99 0.58 0.84 0.67 1.01 1.11 0.99 0.58 0.30 0.09 1.13 0.90 1.62 1.19
O2 0.33 0.82 0.16 0.16 0.84 0.40 0.82 0.80 0.73 0.57 0.92 0.92 1.04 0.61 0.14 0.15 1.30 1.04 1.84 1.42
O2' 0.32 0.68 0.13 0.13 0.42 0.42 0.49 0.87 0.51 0.38 0.66 0.41 1.05 0.46 0.08 0.18 1.13 0.87 1.52 1.30
O3' 0.56 0.91 0.15 0.06 0.57 0.22 0.52 0.62 0.56 0.58 0.86 0.54 1.31 0.25 0.16 0.21 0.60 0.47 0.73 0.74
O4 0.35 0.91 0.10 0.12 1.25 0.14 1.23 0.29 1.01 0.78 1.13 1.38 0.84 0.52 0.39 0.12 0.84 0.73 1.28 0.84
O4' 0.18 0.28 0.26 0.27 0.24 0.51 0.56 1.02 0.52 0.16 0.16 0.30 0.64 0.54 0.12 0.28 1.31 1.03 1.67 1.47
O5' 0.25 0.31 0.06 0.16 0.29 0.40 0.60 0.83 0.53 0.16 0.18 0.38 0.70 0.15 0.01 0.16 0.69 0.63 0.72 0.82
OP1 0.06 0.26 0.07 0.07 1.02 0.17 1.38 0.59 1.16 0.49 0.54 1.20 0.43 0.10 0.01 0.12 0.35 0.42 0.34 0.53
OP2 0.45 0.43 0.28 0.16 0.17 0.05 0.47 0.32 0.35 0.19 0.23 0.29 0.82 0.52 0.00 0.20 0.17 0.15 0.38 0.11
P 0.26 0.22 0.07 0.02 0.42 0.14 0.73 0.49 0.60 0.12 0.09 0.55 0.63 0.15 0.01 0.06 0.18 0.28 0.11 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.04 0.09 0.02 0.37 0.01 0.12 0.46 0.16 0.06
C2 0.06 0.00 0.24 0.18 0.04 0.30 0.03 0.47 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.41 0.36 0.29 0.52 0.93 0.73 0.58
C2' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.05 0.02 0.13 0.20 0.19 0.01 0.19 0.06 0.43 0.01 0.03 0.02 0.65 0.18 0.89 0.57
C3' 0.03 0.18 0.00 0.00 0.40 0.00 0.66 0.01 0.66 0.24 0.19 0.45 0.52 0.03 0.01 0.00 0.37 0.05 0.47 0.25
C4 0.04 0.04 0.05 0.40 0.00 0.27 0.01 0.47 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.47 0.13 0.04 0.32 1.74 0.20 0.65
C4' 0.01 0.30 0.02 0.00 0.27 0.00 0.54 0.00 0.57 0.15 0.23 0.30 0.71 0.27 0.03 0.00 0.01 0.11 0.02 0.02
C5 0.01 0.03 0.13 0.66 0.01 0.54 0.00 0.90 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.38 0.36 0.19 0.85 2.15 0.85 1.19
C5' 0.01 0.47 0.20 0.01 0.47 0.00 0.90 0.00 0.89 0.23 0.38 0.54 1.09 0.04 0.15 0.01 0.00 0.09 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.19 0.66 0.02 0.57 0.01 0.89 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.28 0.31 0.26 0.87 1.81 0.85 1.10
N1 0.01 0.01 0.01 0.24 0.02 0.15 0.03 0.23 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.26 0.15 0.01 0.16 1.00 0.09 0.29
N3 0.05 0.02 0.19 0.19 0.02 0.23 0.01 0.38 0.02 0.02 0.00 0.07 0.03 0.49 0.21 0.21 0.37 1.24 0.62 0.53
N4 0.04 0.07 0.06 0.45 0.01 0.30 0.04 0.54 0.04 0.03 0.07 0.00 0.09 0.52 0.19 0.06 0.38 1.95 0.28 0.76
O2 0.09 0.00 0.43 0.52 0.05 0.71 0.04 1.09 0.02 0.02 0.03 0.09 0.00 0.41 0.67 0.54 1.26 1.17 1.53 1.37
O2' 0.02 0.41 0.01 0.03 0.47 0.27 0.38 0.04 0.28 0.26 0.49 0.52 0.41 0.00 0.04 0.25 0.45 0.21 0.84 0.48
O3' 0.37 0.36 0.03 0.01 0.13 0.03 0.36 0.15 0.31 0.15 0.21 0.19 0.67 0.04 0.00 0.23 0.17 0.07 0.28 0.07
O4' 0.01 0.29 0.02 0.00 0.04 0.00 0.19 0.01 0.26 0.01 0.21 0.06 0.54 0.25 0.23 0.00 0.18 0.45 0.17 0.18
O5' 0.12 0.52 0.65 0.37 0.32 0.01 0.85 0.00 0.87 0.16 0.37 0.38 1.26 0.45 0.17 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.46 0.93 0.18 0.05 1.74 0.11 2.15 0.09 1.81 1.00 1.24 1.95 1.17 0.21 0.07 0.45 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.73 0.89 0.47 0.20 0.02 0.85 0.02 0.85 0.09 0.62 0.28 1.53 0.84 0.28 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.58 0.57 0.25 0.65 0.02 1.19 0.01 1.10 0.29 0.53 0.76 1.37 0.48 0.07 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00