ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49196

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.005, 0.022, 0.038, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.008, 0.026, 0.044, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.026 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.006, 0.029, 0.051, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.029 std_dev=0.023
C6 A 0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.037 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.011, 0.039, 0.067, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.039 std_dev=0.028
N1 A 0, 0.012, 0.046, 0.080, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.046 std_dev=0.034
O2 A 0, 0.013, 0.047, 0.081, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.047 std_dev=0.034
O4 A 0, 0.023, 0.084, 0.145, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.084 std_dev=0.061
O2' B 0, 0.092, 0.422, 0.753, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.422 std_dev=0.330
C2' A 0, 0.263, 0.922, 1.582, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.922 std_dev=0.660
O4' A 0, 0.270, 0.939, 1.608, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.939 std_dev=0.669
C2' B 0, 0.219, 0.896, 1.572, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.896 std_dev=0.677
C3' A 0, 0.375, 1.285, 2.194, 1.981 max_d=1.981 avg_d=1.285 std_dev=0.910
C4' A 0, 0.407, 1.396, 2.384, 2.156 max_d=2.156 avg_d=1.396 std_dev=0.988
O2' A 0, 0.439, 1.517, 2.596, 2.412 max_d=2.412 avg_d=1.517 std_dev=1.079
O3' A 0, 0.477, 1.634, 2.790, 2.519 max_d=2.519 avg_d=1.634 std_dev=1.157
OP1 A 0, 0.515, 1.767, 3.019, 2.742 max_d=2.742 avg_d=1.767 std_dev=1.252
O5' A 0, 0.535, 1.825, 3.116, 2.753 max_d=2.753 avg_d=1.825 std_dev=1.291
C5' A 0, 0.566, 1.954, 3.342, 3.092 max_d=3.092 avg_d=1.954 std_dev=1.388
P A 0, 0.612, 2.097, 3.582, 3.236 max_d=3.236 avg_d=2.097 std_dev=1.485
C1' B 0, 0.693, 2.369, 4.046, 3.640 max_d=3.640 avg_d=2.369 std_dev=1.677
C3' B 0, 0.705, 2.458, 4.210, 3.963 max_d=3.963 avg_d=2.458 std_dev=1.752
O3' B 0, 0.881, 3.026, 5.172, 4.725 max_d=4.725 avg_d=3.026 std_dev=2.145
C4' B 0, 0.900, 3.091, 5.282, 4.823 max_d=4.823 avg_d=3.091 std_dev=2.191
N1 B 0, 0.949, 3.246, 5.543, 4.988 max_d=4.988 avg_d=3.246 std_dev=2.297
O4' B 0, 0.973, 3.331, 5.688, 5.118 max_d=5.118 avg_d=3.331 std_dev=2.357
O2 B 0, 1.001, 3.416, 5.832, 5.127 max_d=5.127 avg_d=3.416 std_dev=2.416
C2 B 0, 1.008, 3.447, 5.886, 5.268 max_d=5.268 avg_d=3.447 std_dev=2.439
OP2 A 0, 1.133, 3.873, 6.613, 5.928 max_d=5.928 avg_d=3.873 std_dev=2.740
N3 B 0, 1.235, 4.227, 7.219, 6.515 max_d=6.515 avg_d=4.227 std_dev=2.992
C6 B 0, 1.260, 4.314, 7.369, 6.658 max_d=6.658 avg_d=4.314 std_dev=3.054
C5' B 0, 1.407, 4.812, 8.217, 7.374 max_d=7.374 avg_d=4.812 std_dev=3.405
C4 B 0, 1.404, 4.816, 8.229, 7.490 max_d=7.490 avg_d=4.816 std_dev=3.412
C5 B 0, 1.476, 5.059, 8.643, 7.846 max_d=7.846 avg_d=5.059 std_dev=3.584
N4 B 0, 1.631, 5.606, 9.582, 8.775 max_d=8.775 avg_d=5.606 std_dev=3.975
O5' B 0, 1.657, 5.678, 9.699, 8.788 max_d=8.788 avg_d=5.678 std_dev=4.021
P B 0, 2.228, 7.621, 13.014, 11.676 max_d=11.676 avg_d=7.621 std_dev=5.393
OP2 B 0, 2.395, 8.189, 13.982, 12.524 max_d=12.524 avg_d=8.189 std_dev=5.794
OP1 B 0, 2.452, 8.388, 14.323, 12.867 max_d=12.867 avg_d=8.388 std_dev=5.936

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.18 0.02 0.01 0.13 0.24 0.07 0.09
C2 0.01 0.00 0.13 0.17 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.01 0.06 0.10 0.25 0.40 0.15
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.02 0.01 0.11 0.13 0.13 0.00 0.08 0.24 0.00 0.01 0.02 0.00 0.25 0.42 0.11 0.27
C3' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.20 0.01 0.17 0.03 0.13 0.12 0.20 0.17 0.01 0.00 0.22 0.01 0.04 0.04 0.07 0.03
C4 0.02 0.01 0.02 0.20 0.00 0.12 0.00 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01 0.21 0.08 0.00 0.05 0.11 0.30 0.61 0.27
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.12 0.00 0.14 0.02 0.13 0.05 0.06 0.03 0.16 0.01 0.13 0.01 0.04 0.16 0.12 0.06
C5 0.02 0.02 0.11 0.17 0.00 0.14 0.00 0.17 0.00 0.01 0.02 0.01 0.25 0.10 0.03 0.10 0.06 0.34 0.50 0.22
C5' 0.04 0.02 0.13 0.03 0.14 0.02 0.17 0.00 0.13 0.03 0.07 0.03 0.03 0.13 0.17 0.03 0.02 0.24 0.26 0.04
C6 0.02 0.01 0.13 0.13 0.02 0.13 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.21 0.08 0.03 0.12 0.04 0.34 0.30 0.10
N1 0.00 0.00 0.00 0.12 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.06 0.02 0.01 0.08 0.28 0.27 0.09
N3 0.01 0.01 0.08 0.20 0.00 0.06 0.02 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.01 0.01 0.03 0.11 0.25 0.55 0.23
O2 0.03 0.01 0.24 0.17 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.12 0.01 0.12 0.10 0.22 0.36 0.13
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.21 0.16 0.25 0.03 0.21 0.11 0.14 0.09 0.00 0.01 0.22 0.13 0.19 0.42 0.12 0.27
O3' 0.18 0.05 0.01 0.00 0.08 0.01 0.10 0.13 0.08 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.10 0.13 0.19 0.25 0.18 0.14
O4 0.02 0.01 0.02 0.22 0.00 0.13 0.03 0.17 0.03 0.02 0.01 0.01 0.22 0.10 0.00 0.05 0.14 0.30 0.71 0.33
O4' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.05 0.01 0.10 0.03 0.12 0.01 0.03 0.12 0.13 0.13 0.05 0.00 0.16 0.19 0.12 0.18
O5' 0.13 0.10 0.25 0.04 0.11 0.04 0.06 0.02 0.04 0.08 0.11 0.10 0.19 0.19 0.14 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.24 0.25 0.42 0.04 0.30 0.16 0.34 0.24 0.34 0.28 0.25 0.22 0.42 0.25 0.30 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.40 0.11 0.07 0.61 0.12 0.50 0.26 0.30 0.27 0.55 0.36 0.12 0.18 0.71 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.15 0.27 0.03 0.27 0.06 0.22 0.04 0.10 0.09 0.23 0.13 0.27 0.14 0.33 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.61 0.15 0.61 0.40 0.48 0.15 0.74 0.12 0.30 0.63 0.44 0.86 0.16 1.01 0.08 0.72 1.10 0.75 0.80
C2 0.53 0.91 0.07 0.35 0.82 0.09 0.60 0.21 0.51 0.66 0.98 0.89 1.06 0.11 0.83 0.41 0.18 0.40 0.11 0.14
C2' 0.45 0.86 0.18 0.39 0.60 0.29 0.29 0.62 0.22 0.51 0.88 0.64 1.16 0.38 0.79 0.16 0.61 1.10 0.71 0.75
C3' 0.02 0.35 0.22 0.78 0.06 0.67 0.30 1.03 0.32 0.04 0.32 0.07 0.67 0.11 1.11 0.27 1.07 1.58 1.25 1.25
C4 0.69 1.01 0.12 0.14 1.00 0.22 0.87 0.21 0.78 0.85 1.06 1.04 1.04 0.06 0.62 0.68 0.29 0.17 0.41 0.38
C4' 0.14 0.14 0.33 0.89 0.20 0.79 0.49 1.15 0.50 0.18 0.09 0.21 0.45 0.07 1.17 0.41 1.21 1.67 1.38 1.38
C5 0.56 0.83 0.08 0.24 0.74 0.06 0.59 0.07 0.53 0.66 0.85 0.76 0.94 0.08 0.68 0.47 0.06 0.13 0.11 0.09
C5' 0.27 0.13 0.37 0.93 0.45 0.84 0.71 1.21 0.69 0.36 0.18 0.47 0.29 0.04 1.14 0.53 1.31 1.72 1.51 1.48
C6 0.40 0.71 0.07 0.41 0.55 0.21 0.35 0.36 0.29 0.47 0.72 0.58 0.89 0.14 0.84 0.23 0.31 0.54 0.28 0.31
N1 0.41 0.77 0.09 0.45 0.61 0.24 0.38 0.42 0.31 0.50 0.79 0.65 0.96 0.15 0.89 0.23 0.38 0.66 0.36 0.40
N3 0.65 1.01 0.09 0.21 0.99 0.11 0.82 0.06 0.71 0.81 1.09 1.06 1.09 0.08 0.71 0.60 0.17 0.04 0.26 0.23
O2 0.52 0.93 0.07 0.38 0.85 0.11 0.61 0.26 0.50 0.66 1.01 0.92 1.09 0.11 0.86 0.39 0.22 0.49 0.16 0.19
O2' 0.52 1.07 0.25 0.37 0.82 0.33 0.44 0.71 0.33 0.64 1.13 0.90 1.38 0.42 0.79 0.16 0.66 1.26 0.76 0.85
O3' 0.07 0.30 0.30 0.90 0.14 0.77 0.44 1.19 0.46 0.12 0.27 0.15 0.65 0.06 1.22 0.36 1.27 1.86 1.52 1.49
O4 0.80 1.08 0.19 0.14 1.17 0.42 1.10 0.48 1.00 0.99 1.17 1.22 1.01 0.10 0.49 0.88 0.59 0.53 0.76 0.74
O4' 0.13 0.24 0.35 0.84 0.10 0.71 0.31 0.99 0.35 0.12 0.23 0.09 0.49 0.17 1.18 0.31 1.01 1.36 1.08 1.10
O5' 0.08 0.09 0.24 0.76 0.26 0.59 0.50 0.90 0.48 0.17 0.03 0.29 0.40 0.23 1.03 0.29 1.01 1.34 1.18 1.14
OP1 0.09 0.18 0.10 0.49 0.34 0.41 0.58 0.79 0.51 0.15 0.13 0.40 0.50 0.63 0.51 0.21 1.01 1.34 1.29 1.19
OP2 0.42 0.54 0.52 0.71 0.83 0.44 0.91 0.56 0.82 0.62 0.66 0.89 0.32 0.22 0.70 0.40 0.80 0.83 1.00 0.84
P 0.33 0.26 0.41 0.87 0.60 0.69 0.80 0.94 0.76 0.47 0.36 0.63 0.07 0.14 1.00 0.50 1.11 1.29 1.28 1.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.04 0.00
C2 0.03 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.07 0.02 0.08 0.06 0.10 0.04
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.05 0.11 0.00 0.01 0.00 0.07 0.04 0.10 0.07
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.06 0.10 0.01 0.01 0.00 0.11 0.06 0.10 0.10
C4 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.03 0.09 0.10 0.16 0.09
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.04 0.10 0.11 0.15 0.10
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.07 0.04 0.05 0.09 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01
C6 0.03 0.01 0.06 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.09 0.08 0.10 0.06
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.06 0.08 0.03
N3 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.07 0.02 0.08 0.07 0.13 0.06
N4 0.03 0.02 0.05 0.06 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.07 0.03 0.10 0.14 0.20 0.13
O2 0.05 0.00 0.11 0.10 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.10 0.04 0.09 0.07 0.09 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.10 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.07 0.05
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03 0.07 0.07 0.10 0.04 0.00 0.01 0.15 0.10 0.11 0.13
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.02 0.04
O5' 0.04 0.08 0.07 0.11 0.09 0.02 0.10 0.01 0.09 0.07 0.08 0.10 0.09 0.05 0.15 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.04 0.06 0.10 0.04 0.11 0.07 0.08 0.06 0.07 0.14 0.07 0.02 0.10 0.09 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.04 0.10 0.10 0.10 0.16 0.02 0.15 0.01 0.10 0.08 0.13 0.20 0.09 0.07 0.11 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.00 0.04 0.07 0.10 0.09 0.02 0.10 0.01 0.06 0.03 0.06 0.13 0.05 0.05 0.13 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00